1949年6月24日，蔣介石由大溪搬到台北，落腳住所雖從草山御賓館改到更隱秘、易守難攻的草山賓館，但隨著國民黨聲勢日下，大批政要或官員陸續來台，紛紛選擇草山御賓館周邊入住，許多日商私人別墅也經台糖公司或台灣工礦公司接收後，分配給達官貴人或做休憩場所。影響所及，草山地區房屋交易格外熱絡，並形成新的政要聚落。
倒是蔣介石在台這段期間，由於認定國民黨派系鬥爭是失敗的病源，多次思及改造問題，他當時就是在御賓館成立「總裁辦公室」，加上附近的草山第二賓館，作為幕僚商議黨政、軍事之處，並可暫時休憩。
◆ 草山御賓館側面（1935 年）
草山地區在日據時期因裕仁皇太子的光臨而奠定了其在台灣地區的重要地位，也因豐富的溫泉資源鑄就了經久不衰的觀光勝地之地位。1923 年，當時學習地球科學的裕仁皇太子於「台灣行啟」時，曾至草山，並至北投欣賞其嚮往已久的「北投石」，該事件促成了相關交通要道的興建，為提供其休憩而興建的草山御賓館更長期成為該地最具代表性的日式溫泉建築之一。1935 年的台灣博覽會，在台北近郊北投一帶的草山，設置了一個佔地5000 平方米的觀光館，是當時台灣博覽會宣傳觀光的重要設施， 其中展出了一系列草山系建築的珍貴影像。
事實上，國民黨內鬥激烈早已是外界抨擊焦點，例如陳果夫、陳立夫兄弟長期發展黨務，其「CC派」在抗戰勝利後如日中天，與陳誠為首的「三青團」「黃埔系」「復興社」互不相讓。1947年黨團合併也無法遏止「CC派」與陳誠間矛盾，更因惡鬥使蔣經國被迫放棄出任政大教育長，足見「CC派」實力。也讓大敗初虧的蔣介石對黨內掣肘深惡痛絕，更痛批黨內紛爭日甚一日，是他畢生最大過錯。
因此早在1948年，蔣介石就在日記中感歎，「大局之危險困厄，至開封淪陷以至極點，乃知歷代亡國之原因，並不在於敵寇外患之強大，而實在於內部之分崩離析所致。尤以親近左右之幹部，不知自強自立，而一意推諉塞責，只怪他人，互相抱怨，而不肯為國家盡職責，減損絲毫之權益與名利，凡一切失敗皆推至元首一身」所致。
所以蔣介石下野後先在溪口召見張群、陳立夫、黃少谷、鄭彥芬等人，研究黨務改造；尤其在3月間，蔣經國提出整頓現狀、改造過渡、籌備新生的三階段論，更被蔣介石接納為推動國民黨改造的重要方針。1949年5月間，蔣介石率蔣經國一行搭乘「江靜輪」在東南海域巡行，當時蔣經國與陶希聖、沈昌煥、曹聖芬等人即在蔣介石指示下，研商「拋棄舊組織」等黨政改造方案。
蔣介石在澎湖停留期間，再度思及推動國民黨改造問題。他當時在日記中指出，「以往領導幹部之無方，不僅使革命重受挫折，而且使革命幹部對余之觀念與認識有此錯誤，僅視為法定總統之職位，而不以革命領袖之身份待之，殊為慚怍」。換言之，蔣介石認定，國民黨對「領袖」無法絕對服從，黨內分裂是潰敗的最重要關鍵，需對此徹底改變。
蔣介石5月間抵台後，除聽取蔣經國關於全盤改造黨組織，挽救青年對國民黨信心等構想，並請教吳稚暉後，即決定收回黨的決策主導權，並指定張道藩、谷正綱、黃少谷、袁守謙、張其昀、胡健中及陶希聖等人，整合派系意見，在草山御賓館討論改造問題。
1949年7月1日，蔣介石搶在國民黨在廣州召開中常會討論是否要改組戰時決策組織前，正式宣佈在草山御賓館設置總裁辦公室，表面看起來僅是蔣介石個人幕僚單位，實質上卻相當於小型黨機器，成員由蔣介石全權指派，下設設計委員會與9個組，蔣介石形同宣告正式另起爐灶，在台灣成立國民黨新中樞，為未來徹底改組吹響號角〔當時由於解放軍進迫華南，國民黨中樞轉赴廣州作為根據地，但軍事、財政大權都在蔣介石掌握下，因此李宗仁與行政院長閻錫山6月間兩度去電蔣介石，盼速到廣州主持大局，可是未獲回音。蔣介石先是出訪菲律賓，繼而在出訪途中完成總裁辦公室的組織大綱，取代國民黨中央黨部各職能，總裁辦公室以蔣介石為主席，下設設計委員會和9個小組。設計委員包括王世傑、俞大維、張道藩、俞鴻鈞、吳國楨、余井塘、方治、胡健中、雷震、任卓宣、張國燾、端木愷、羅時實等人。辦公室分成九組：
第一組掌管黨務，組長谷正綱、副組長蔣經國。
第二組掌管經濟，組長吳國楨（實未成立）。
第三組掌管軍事，組長王東原、副組長唐軍鉑。
第四組掌管宣傳，組長董顯光、副組長沈昌煥。
第五組掌管國際問題研究，組長陶希聖、副組長蔣君章。
第六組掌管秘書業務，組長張其昀、副組長周宏濤、曹聖芬。
第七組掌管情報，組長唐璇、副組長張師。
第八組掌管警衛，組長施覺民、副組長樓秉國。
第九組掌管總務，組長陳舜耕、副組長黃寄慈。〕。
這波異動，多屬蔣介石親近人士方能冒出頭，蔣經國也被拔擢出任黨務組副組長，日後因「自由中國案」遭禁的雷震，此時仍深獲蔣介石信任而出任設計委員。從1949年成立後到1950年中，蔣介石幕僚即以總裁辦公室名義，密集在附近的草山第二賓館開會研議，稍後國民黨也在草山第二賓館前成立「革命實踐研究院」，以培養黨內新進幹部。
總裁辦公室第一份成果，就是由陶希聖執筆，將討論結論整理為改造方案，並於7月8日呈送蔣介石參考，主張在中常會外新設改造委員會。蔣介石在檯布局底定後，也立即拿著新出爐的改造方案，在未告知國民黨中央情況下，於7月14日自菲律賓訪問返台後，立即飛往廣州，逕赴國民黨中常會參與討論。
據說蔣介石蒞臨會場時，閻錫山正在發表談話，突然看到蔣介石現身，眾人均大吃一驚。接下來在蔣介石主導下，國民黨順利通過新設由12名委員組成的非常委員會，蔣介石與李宗仁分任正副主席〔非常委員會名單包括蔣介石、李宗仁、孫科、居正、於右任、何應欽、閻錫山、吳忠信、張群、吳鐵城、朱家驊、陳立夫。〕，取代黨內最高決策機構——中央政治委員會，會中並決定國民黨未來將改造為列寧式革命政黨，以黨領政。
蔣介石之所以急於設置非常委員會，主要因為他雖已下野，但卻能以非常委員會主席身份，通過國民黨指揮政務體系，直接插手軍政。因此他在台設置的總裁辦公室，也成為貫徹他個人意旨的機要組織，國民黨中央基本上已被架空。7月18日，國民黨中常會討論並通過陳立夫等人起草的《本黨改造方案》，宣示將推動改造並展開清黨，蔣介石也在稍後搭機返台。
但沒過幾天，由於白崇禧主導的華中戰線告急，李宗仁趕來台北向蔣介石搬救兵，當時陳誠以降數百名官員於松山機場列隊歡迎，蔣介石也在機場休息室等候，並發動台灣民眾在街道列隊歡呼，之後國民黨在中山堂舉辦盛大歡迎會，給足了面子，讓李宗仁在台期間相當風光，當時蔣介石更安排李宗仁住在草山御賓館，以示尊榮。〔只是李宗仁在台這幾天內，雖與蔣介石先後進行五次會談，30日李宗仁搭機返回廣州當天，蔣介石並再度親自到松山機場送機，但蔣介石並沒有承諾在財政或軍事上立即協助白崇禧防衛華南戰區，也回絕了李宗仁要求讓白崇禧接手國防部長、執掌兵權的構想，沒幾天，白崇禧就因為難挽頹勢而退守衡陽，廣州跟著也岌岌可危。〕
為進一步推動國民黨改造，9月20日，隨著國民黨中央因廣州陷落而遷往重慶，蔣介石飛抵重慶並發表《告全黨同志書》，號召國民黨員參加改造。但蔣軍節節敗退，蔣介石在各地東奔西走，地方黨務處於無組織狀態，根本沒時間處理改造與否等末節。直到1949年底在台落腳，蔣介石才騰出手推動改造，清黨、重新登記，「CC派」遭徹底洗出權力核心之外，國民黨權力佈局呈現全新局面。