度過朝鮮戰爭前的風雨飄搖，蔣介石在台灣地區的統治漸上軌道，包括士林官邸、草山行館、草山御賓館、「革命實踐研究院」，乃至於日後陸續建立的中山樓、中興賓館、圓山大飯店，都位於草山山系，儼然是蔣介石在台足跡遍佈最密集的地方，更是他相當重要的居住、生活區域。
以草山御賓館為例，除提供黨政軍等政要在此商議要事、臨時休憩，蔣介石與宋美齡也會不定期到此洗溫泉。蔣介石蒞臨前，侍衛會通知管理員淨空，管製出入，蔣介石通常約在下午3點抵達，偏好使用和式會館的溫泉浴室，洗浴後稍事休息即離去，不會在此用餐或住宿。但為了避免遭到轟炸攻擊，國民黨也陸續以鋼筋混凝土等建材修建強化原有防空洞，使得防空洞長達60米，可防範炸彈碎片與爆風襲擊；賓館外側也新增紅磚圍牆，同時插上「賓館重地、請勿擅入」的木牌。
◆ 1913 年8 月27 日《台灣日日新報》上關於草山溫泉的報道該篇報道記錄了日據時期台灣草山溫泉竣工的事宜，經過7 年的建設，草山溫泉算是正式開發。1930 年刊印的《台北近郊的溫泉案》一書內亦有如是描述：現在1913 年的公共浴場建設後，陸續有警察職員療養所、山梅旅館、巴旅館等建築。可見，草山溫泉的開發逐漸展現其規模，成為日後溫泉旅遊的勝地。（上圖）
不過冠蓋雲集的草山御賓館，也意外見證了一場國民黨內的政治冤案。
1955年6月6日，「國民黨政府」宣稱屏東發生「兵變」，指控有人企圖利用南區國軍閱兵場合兵變，矛頭指向被蔣介石調到「總統府參軍長」的名將孫立人與其少校聯絡官、陸軍步校教官郭廷亮。包括孫立人在內，相關人士陸續遭軟禁、逮捕，由於孫立人被認為是國民黨內真正有作戰實力的將領，與美方關係良好，立刻引發軒然大波。
事實上，美國在1949年已一度考慮「驅蔣自立」的可能性，尤其繼策反陳誠無功，轉而鼓吹留美出身、維吉尼亞軍校畢業的孫立人取代蔣介石，執掌台灣省政與軍政。消息頻傳，對孫立人相當不利。〔如美國務院政策計劃處主任肯楠曾建議美國國務卿接管台灣，並邀孫立人參加佔領軍新政權，以分化中國駐台軍隊。國務院參事莫成德在1949年2月3日電文中亦指出，美國需要「一幹練篤實之人，不必聽蔣介石之指揮，亦不必從李宗仁聯合政府之命令，而專為台灣謀福利。孫氏經驗，或有未足，但其他條件，卻甚相合。」雖然孫立人回絕美方的邀約，但這些消息都踩到蔣介石痛處。〕尤其在上海失守之際，麥克阿瑟發函約孫立人赴日晤談，為期三日。
孫立人深知犯忌，請陳誠代向蔣介石請示，蔣復可後，方前往晤談。據孫立人自述，麥克阿瑟告知國民政府勢必垮台，美國保台立場明確，有意請孫負起責任，美國全力支持，「要錢給錢，要槍給槍」。孫立人當場稱他「忠於蔣，不應臨難背棄」，他也將在蔣介石指導下保台。孫立人返台後又親往溪口向蔣介石說明，蔣介石批示「繼續回台練兵」；但孫立人不知已踏到紅線，蔣介石早已勃然大怒，雙方互信基礎薄弱，美方有意以孫代蔣一事，始終不絕於耳，甚至有美國情報官員居中提醒「國府」，要多留意孫立人。
因此雖然在1949年10月，蔣介石為拉攏美國而重用孫立人，他卻在日記中強調，「共產黨與俄國人」到處活動、陰謀挑撥，以孫立人為目標，「將行讒間」。他甚至寫道：「接妻（宋美齡）密函，報告立人事……如非余之明見，則誤大事矣。」
據說孫立人在1950年初，有次與蔣介石在士林官邸共進午餐。席間蔣介石突然對孫立人說，有人跟他講，「你野心很大」。孫立人當場辯駁，「我是一個軍人，只知道帶兵打仗，保國衛民，不懂政治，何來野心」？類似中傷全屬「分化陰謀」。
但事實上，美國國務院與中情局等單位在1950年上半年確有發動政變、驅蔣自立的規劃，美國國務院中國科甚至擬定《台灣政變草案》，計劃發動孫立人為政變指揮官，執行「驅蔣、保台、反共」任務〔甚至當時美國國務院遠東事務助卿魯斯克於1990年在接受台灣「中國時報」專訪時還稱，曾於1950年6月間接獲孫立人要求美方協助政變的密函，只是為了保密並保護孫立人，他當下立即毀去原件，同時陳報美國國務卿艾奇遜，他也指出，密函中並未討論計劃而只是提及了構想，結果此事變成了一樁無頭公案。孫立人晚年則對外否認他曾發出這封密函。〕，讓孫立人捲入美國「以孫代蔣」策略而無法脫身；他偏又頻頻會見美方政軍界人物，不時抱怨國民黨與軍隊腐化，全遭政工體系掌握，蔣介石防孫、去孫之心也越加明顯。
表面上，蔣介石對孫立人表達信賴，卻私下認定孫立人「有異心」，更曾在1950年6月的日記中記載，需「嚴戒孫立人陽奉陰違及招奸洩機各種不法行動」，並直批第三期國防工事尚未開始，是孫立人「荒唐誤事」。因此，對孫立人的各種指控、整肅也不讓人意外。
先是兩名女性部屬被逮捕判刑，讓孫立人陷入挨打局面，由於非黃埔系的孫立人對蔣經國在軍中布建蘇維埃模式政工制度，成立「國防部總政治部」的做法也頗為不滿，屢起爭執，也讓他成為箭靶，處境越來越不利。是以孫立人來台後雖擔任過兩任「陸軍總司令」，但始終未循例擢升「參謀總長」，讓自視甚高的孫立人心中相當不平。
1954年，蔣介石拔擢原「總統府參軍長」桂永清轉任「參謀總長」，「陸軍總司令」由黃傑接任，他並將孫立人調為無兵權的「總統府參軍長」。沒想到桂永清到任即患病去世，與「兩蔣」關係密切的彭孟緝又直接跳過孫立人，代任「參謀總長」，讓許多孫立人部屬發出不平之鳴。在這個負面信息籠罩下，1955年即爆發了震驚中外的「孫立人案」。
政工系統繫於1955年5月蔣介石南下視察空軍基地校閱前一晚，指稱孫立人舊部屬郭廷亮計劃趁蔣介石在屏東機場閱兵時，煽動機槍手瞄準司令台，造成混亂，以發動兵變；之後，政工系統另指控孫立人曾向美方轉達有意政變，並飭部屬王善從、陳良壎偵察蔣介石出入頻繁的陽明山、西子灣行館地形以繪製地圖，刺探高雄要塞警備情形，意圖兵力包圍，是以認定孫立人政變動機與跡象明確，宣告將他軟禁在台北市南昌街的官邸之中。
但孫立人在受訊時則反駁，西子灣地形簡單，根本不用偵察。甚至當時被要求自白的孫立人部屬也指出，高雄武裝部隊在蔣介石抵達後根本不能隨便行動，甚至「要塞警備森嚴，像一道城牆一樣，根本沒有辦法進去，再加總統府內部警備森嚴……恐怕還有電網地道」。簡言之，身經百戰的孫立人想借此兵諫的說法實在太牽強。〔當時台灣監察部門同時由陶百川等人發動調查，也質疑孫立人沒理由用「印象不好」之人，率「不及一百」雜湊之兵，對警備森嚴之官邸，作三面包圍或四面包圍，以備自己進去苦諫。因此，「雖毫無軍事常識之人在憤激狂妄之下，亦不敢冒生命之危險，作此絕無收穫之行動，孫立人將軍，軍事學識、造詣深邃，諒不至愚妄如此。」〕
尤其國民黨手中並無任何孫立人涉及「兵變案」的直接證據，因此引起島內外激烈非議，美國政府與軍方均強調無法接受孫立人是共產黨的說辭。加上蔣介石迅速明令批准孫立人以「總統府參軍長」名義於8月3日所提，因郭廷亮、江雲錦等事件引咎辭職的公文，更使爭議持續擴大。
為平眾議，蔣介石宣佈由當時擔任「副總統」的陳誠為主任委員，與王寵惠、許世英、張群、何應欽、吳忠信、王雲五、黃少谷、俞大維等組成9人調查委員會，負責調查「郭廷亮匪諜案」。當時九人小組正式於1955年9月18日下午在草山御賓館約談孫立人。
雖然孫立人完全否認，並稱他只是想在陽明山找地蓋房，不希望打擾蔣介石官邸，因此要部屬去找，之後也找到閻錫山官邸後一塊用地。不過陳誠等人審訊郭廷亮等人後，仍得到「坦承不諱」等「自首」結果，並稱因不滿孫立人遭蔣介石打壓，因此打算趁蔣介石巡視時兵變。
除在日本治療眼疾的何應欽未參與調查，其他8名調查委員聯署後，共同宣佈由王雲五整理撰寫的調查報告，指稱郭廷亮承認利用其與孫立人的關係，執行陰謀叛亂任務，孫立人則企圖利用郭廷亮在軍中建立個人力量，至陷入其中而不自覺，應負「未適當防範」「失察、包庇」之責。
孫立人曾是陳誠轄下印緬遠征軍舊部。據陳誠之子陳履安表示，當時負責孫案的陳誠明知冤案卻無能為力，親自探視遭禁閉的孫立人。孫立人談話中奮力扯開衣衫，裸出全身傷疤，激動地大喊：我這輩子為國家這樣子出生入死，為什麼懷疑我變節！
為什麼！〔陶百川和張群當時也以「監察院」欲完成「孫立人將軍與南部陰謀事件關係調查報告書」為由，盡力將孫立人請到「監察院」約談。孫立人聲淚俱下，直指他忠於「領袖」及「國家」，同時如果要反，何必等已無兵權、時局已變時再反？結果「監察院」的報告認為郭廷亮並無興兵叛亂情節，「南部陰謀事件」僅是向蔣介石呈遞改革部隊行政建議書，無叛亂意圖；至於孫立人遭人檢舉一事乃屬軍隊內部派系構陷，不足為憑。但與九人小組差異過大，因此被國民黨封鎖，並以極機密封存數十年。〕
◆草山溫泉地圖（1935 年展於台灣博覽會）
日據時期建於草山的溫泉旅館及別墅，地理條件優越，除了坐擁優質的溫泉外，建築在景觀視野上皆將山色盡收眼底，建築設計和材質與日本國內一流的溫泉旅館相比亦毫不遜色。草山溫泉旅館善用借景手法，室內空間精巧，室外週遭庭院簡約樸素，成為草山日式建築鮮明的特點。（下圖）
這段時間裡，調查小組所有約談、開會，到最後決議，都是在草山御賓館進行。但俞大維晚年也自承，他雖被任命為調查委員，卻從未被通知開會，只在王雲五報告完成後被通知聽取宣讀內容，他認為孫立人背負極大冤屈，因此沒有用印為報告背書，但最後報告上卻出現了他的圖章；許世英〔許世英（1873年－1964年10月13日），字靜仁，號雋人，安徽貴池人。1897年以拔貢生選送京師參加廷試，得一等，官位扶搖直上，1910年任山西提法使、布政使。1911年山西太原新軍起義，許世英與新任山西巡撫張錫鑾聯名籲請清帝退位，擁護袁世凱。民國後，歷任大理院院長、司法總長、內務總長、交通總長，1925年底被段祺瑞任命為內閣總理。1928年10月，任國民政府賑務委員會委員長、駐日大使。1948年以政務委員兼蒙藏委員會委員長身份，隨閣揆張群總辭，移居香港。1951年應邀赴台，出任「總統府資政」，1964年病逝於台北。〕更公開在調查書述明孫案「罪疑唯輕，恩出自上」。
但蔣介石已決心拔除這根痛刺，即便宋美齡、陳誠不斷力保孫立人忠誠無虞，台灣當局仍在沒有具體證據、未經正式審訊判決之下，於10月8日下令，孫立人「今即令准免去『總統府參軍長』職務，特准予自新，毋庸另行議處，由『國防部』隨時查考，以觀後效」。蔣介石因此「不殺、不審、不問、不判、不抓、不關、不放」，把一代名將孫立人軟禁在台中市向上路18號一間獨棟日式住宅中，在看守他的副官、憲兵與在外戒護的特務人員監視下，被軟禁長達33年。