之後，草山御賓館一度於1958年，外借給蔣緯國自德國延請的將軍級裝甲兵顧問的在台住所，其使用空間為和館兩間房舍，前後約3年到5年時間。直到20世紀60年代中期，被美國所限，無法反攻的蔣介石，改從文化爭取正統性，因此國民黨多方聯繫海外多位文學家或學者返台，發動「文化復興運動」，也積極動員有象徵性的國民黨大佬與政治人物回到台灣。其中一位標誌人物就是孫中山長子孫科〔孫科（1891年10月20日－1973年9月13日），字哲生，廣東香山人，系孫中山唯一的兒子，其母是孫中山原配夫人盧慕貞。美國加州大學柏克萊分校文學士，哥倫比亞大學碩士。曾任考試、行政、立法院院長等職。43名國民黨戰犯之一。孫科赴台後屢任公職，同時曾任東吳大學董事長之職，1973年病逝於台北。〕。
孫科從1931年2月支持胡漢民反蔣開始，1932年立法院長任內主張聯共抗日，之後雖屢任國民黨高職，也當過行政院長，但與蔣介石關係一般。1949年後，孫科移居中國香港、法國巴黎、西班牙等地，並於1952年定居美國洛杉磯。直到1965年為紀念孫中山百年冥誕，蔣介石積極動員，孫科才前往台灣定居。
蔣介石為表達禮遇，特地將草山御賓館撥給孫科作為官邸，同時也進行大規模整修，包括天花板全部更新，餐廳鋪設地毯，陽台加鋪地磚，增設西式衛浴設備，也把原本日式房舍的門廳改為駐警房舍，原本賓館東側的苗圃，之後也被新納入成為御賓館庭園的一部分。當時洋館是孫家客廳與餐廳，和館是孫科寢室與書房。之後隨著孫科次子孫治強一家搬回定居，國民黨還邀請設計孫中山紀念館的建築師王大閎在和館旁新蓋一間165平方米的磚造洋房，以方便居住。
不過由於孫科家人習慣美式居住環境，因此御賓館不但加裝窗型冷氣，和館內風格也漸漸因一些設施與裝潢調整而改變，包括原有榻榻米地板被換成櫸木地板，和式紙窗門也換成了毛玻璃。由於孫治強喜愛狩獵，還帶回許多獅子、犀牛等獸頭標本，放在洋館中展示。
至於孫科先是受邀擔任「總統府高級咨議」，並於1966年出任「考試院院長」。蔣介石與蔣經國每年大年初一還會親自到御賓館登門拜年，也會到宅為孫科賀壽，或邀請孫科夫婦同到士林官邸做禮拜。孫科1973年因心臟病逝世後，官邸仍由孫科遺孀與孫科子嗣孫治平、孫治強等人繼續居住。因為風水考量，孫家把原先洋館大門改了一個方位，並陸續加設了壁爐、煙囪等設施防寒，已不復當年裕仁來台時的舊觀。
同時由於當地位居硫黃溫泉附近，氣候潮濕，加上長期缺乏維修，權管單位歸屬問題又複雜〔當時草山御賓館土地產權已因台灣政治區劃變遷，由原先台灣省政府代管，改屬為台北市政府所有，蔣介石是以借用名義，禮遇孫科住進御賓館，同時出入配車以示禮遇。〕，因此孫科去世後一段時間房舍就漸漸陳舊，不堪修葺，孫家於1986年間，向國民黨當時的秘書長馬樹禮反映後，國民黨決定撥款新台幣2500萬元，供孫家另購房舍，御賓館則歸還公家，但之後也不了了之。
李登輝出任「總統」後，御賓館狀況每況愈下，雖然孫科次子孫治強仍居住在內，但房舍陳舊不說，客廳屋頂已塌陷，孫科的書房雜亂不堪。屋外芒草叢生，幾乎把木造主建築整個遮住。經濟狀況不佳的孫治強因此上書李登輝求援，意外引發國民黨是否怠慢孫中山後代的爭議，甚至一度還傳說孫家打算以擺地攤或收孫中山遺像費支應生活。不過隨著風波逐漸平歇，相關問題還是沒有解決。
直到擔任「台北故宮博物院」顧問的孫治強因罹患前列腺癌，需往返榮總就醫，他才於1997年暫時離開官邸，借住在友人家。1999年的「九二一」大地震，更讓洋館屋架受損嚴重，陽台牆面整片塌陷，不過為妥善保存草山御賓館，台北市政府於1998年取得孫治強同意後，宣佈當地與草山賓館同列入古跡保存範圍；孫治強則於2001年病逝於台北。由於產權複雜，所需經費數目龐大，因此至今尚未開始修復作業，徒留破舊的木造架構與暫時擋風遮雨的鐵棚架，荒廢在陽明山的雜草之間，當年榮景盛況已在風吹雨打中銷蝕殆盡。