若說蔣介石行館都是為獨攬風光、遊山玩水而設，未免太過偏激。畢竟對蔣介石而言，行館等住所的方便之處，在於它可以免去許多舟車勞頓，隱秘而迅速地達到他所需要視察的地點。特別相較於蔣經國高度關注各地重大民生建設，深諳掌控部隊重要性的蔣介石，有更多比例放在戰務巡視上，因此從20世紀40年代與50年代之交，國民黨大舉遷台時期，設置在各戰地或重要營區的行館就是蔣介石檢閱部隊前的駐地。
例如西子灣賓館與澄清湖賓館，就是蔣介石南下高雄主持「陸軍官校」閱兵的重要住所，澎湖第一賓館也具有戰線前哨指揮部的性質。其他位於部隊營區內的戰時行館也為數眾多。作為最前線的金門、馬祖，受到更大的戰爭壓力；退無可退的蔣介石當然更抱以高度重視，多次親自巡視，或指派蔣經國到第一線督軍，自然留下諸多印記。
例如1949年10月17日，湯恩伯不顧蔣介石當面下達死守命令，棄守宣稱固若金湯、可守三到五年的廈門，敗走金門。解放軍將領葉飛自華南席捲而下，決定集中船隻以15000人進攻大金門。此時湯恩伯已無鬥志，急電蔣介石，認為金門勢必無法守，要求撤往澎湖，鞏固台灣防務。但蔣介石大怒之下立即回電「廈門已丟，金門不能再失」，並指派胡璉第十二兵團與台灣新軍第二一師前往馳援。
此後，古寧頭戰役中解放軍失利，蔣介石贏得了短暫的喘息機會，甚至等到朝鮮戰爭爆發，重拾與美國的關係。1953年1月，蔣介石還親自到金門巡視，並手書「毋忘在莒」四個大字，以高四丈、寬兩丈的尺寸，勒石在金門太武山上。
至於蔣介石在金門的行館，據說設在位於太武山金防部擎天石室，這處基地號稱一刀一斧從堅硬花崗岩石中雕塑而生，不但位置相當隱秘，更能藉以發揮捍衛戒護效果，內部陳設則十分簡單。至於古寧湖旁的三層樓建築古寧樓，則是蔣介石相當喜愛的休閒、沉思去處，也常在這裡召見將領，目前古寧樓三樓仍保存蔣介石生前陳設模樣。
蔣經國恩師吳稚暉去世後，骨灰依遺言撒在大、小金門海域，蔣介石每到金門，也會特別到金門水頭碼頭山上的吳稚暉紀念亭緬懷故人。由於當時兩岸情勢緊張，蔣介石前往金門行程不但一切保密，還會先繞道澎湖，同時緊貼海平面飛抵金門，躲過雷達追蹤，以策安全。