1949年底，國共內戰即將落幕，蔣介石於12月24日來到涵碧樓靜思，他認為，國民黨之所以在大陸慘敗，是因為革命以黨為基礎，但他多年來致力軍事與政治，「將黨事委之他人」，以致敗亡既速且慘，所以「今後不能不以黨事為第一優先」。為了讓黨內有黨問題一次剷平，蔣介石決定大動干戈，「徹底解散、重新組黨」，目標鎖定在非黃埔系的政軍大佬及黨內勢力最雄厚的陳果夫、陳立夫兄弟與「CC派」。
相較於外界關注他何時復行視事的問題，蔣介石抱持著「緩圖」的立場，而把注意焦點放在催促李宗仁來台以及國民黨改造問題上。1949年12月30日，他在涵碧樓召集陳立夫、蔣經國、黃少谷、谷正綱、陶希聖、王世傑與國民黨秘書長鄭彥棻等人，連續兩天討論改造問題，他更在1950年元旦開年第一篇日記「提要」中寫著「雪恥」，更寫下「從前種種譬如昨日死，自後種種譬如今日生」兩句警語。
蔣介石此時對外並不動聲色，外人只看到他上午邀集黨政幕僚到文武廟野餐，下午到涵碧樓開會，隔日上午則是在涵碧樓開會，下午泛舟湖上，似乎一派輕鬆，但事實上，情勢可說外弛內張，通過改造案曝光，隱然釋放黨內將權力重組等信息。張群、吳忠信、張其昀等人也陸續抵達日月潭，表面上是跟蔣介石一同過年，事實上是為改造案做更密集溝通。蔣介石甚至在日記中直言，國民黨如不改造，無異「自葬火坑，徒勞無功」。因此他要「湔雪全黨過去之錯誤，徹底改正作風與領導方式」，「重整旗鼓，自力更生，以達成『反共復國』之使命」。
因此1月2日、3日，大多數受邀前來的幕僚繼續在涵碧樓研商改造具體方案，並由陳立夫擔任主席。但當時陳果夫已重病不能視事，隱居台中，「CC派」唯陳立夫馬首是瞻，與會者也心知肚明，如要糾正全黨之弊病，自然就不可能繞過陳立夫與「CC派」這道門檻。
其實早在蔣介石下野避居溪口時期，他就曾當面對陳立夫等「CC派」人士發過脾氣，直斥「共產黨沒有打敗我，打敗我的是自家的國民黨」，更揚言從此不進中央黨部，幾乎讓陳立夫下不了台。
尤其除了黨內糾紛與派係爭議，陳立夫曾於1948年受命赴美為共和黨候選人杜威助選，在一片看好聲中，杜威意外落選，國民黨因而開罪杜魯門與民主黨，不但美國駐華大使司徒雷登曾直接要求蔣介石命陳立夫出國留學或解散「CC派」，1949年底，美方更直接轉告赴美求援的國民黨人士，陳立夫如不離台，別指望美援到位。不少國民黨人士因此遷怒陳立夫，認為他要為一連串杜魯門政府蓄意「去蔣」的動作負責。
◆蔣介石與妻子宋美齡在慈恩塔下留影。一對老夫妻，此時就像兩個觀光客。這一座新建造的塔，是否可慰其相思之情?
據陳立夫回憶，他當時在日月潭陪侍蔣介石「檢討國是與黨事」時陳詞，大陸失敗是國民黨歷史上的大失敗，「黨、政、軍三方面都要有人負責」，所以「黨未辦好及一切缺失，最好把責任推給我兩兄弟」；他也建議，國民黨改造應把他與陳果夫兄弟二人除去，由蔣經國主持。
對照陳立夫以退為進，並輕巧地想把責任分攤給「CC派」主持的黨務、陳誠負責的軍事與宋子文主管的財政頭上，企圖拉陳誠下水，「默然不語」的蔣介石已心有定見。他甚至語帶威脅地對陳立夫說，國民黨400多名「中央委員」見解分歧，無法集中力量對付共產黨，因此「改造要旨，在湔雪全黨過去之錯誤，徹底改正作風與領導方式，以改造革命風氣；凡不能在行動生活與思想精神方面，徹底與共產黨鬥爭者，皆應自動退黨，而讓有為之志士革命建國」。
陳立夫更沒想到的是，蔣介石這次改造除了地方黨部徹底換掉，連「中央」執行委員、「中央」監察委員都可以全數停權，甚至為一清耳目、澄清誤解，蔣介石連黨名都可以不要，在日月潭改造碰頭會中，共提出6個更名方案，包括中國民主革命黨、中國民主黨、中國國民革命黨、新中國國民黨、中國國民新黨等。蔣介石隨即指示總裁辦公室成立改造研議小組，針對會議結論提出具體推動方案。〔不過相關消息陸續傳開後，立刻引發「解散國民黨」的聯想，就連研議小組內，反對更改黨名的人士更所在多有，不少人都擔心可能讓他人趁機沿用國民黨法統，茲事體大。經過兩個月密集討論後，研議小組決定，國民黨如需改名以建立新形象，建議改採「中國民主勞動黨」，以擴大爭取對象。倒是「中央委員」停權一事，研議小組內已幾成共識。〕蔣介石這次鐵了心，他除了進行自我檢討與規劃〔1950年2月13日，正在籌劃復行視事的蔣介石在日記中即寫道：「此次復出主政，對於軍政經濟制度政策、人事組織以及本黨改造方案皆未確定，恐蹈過去功虧一簣之覆轍，或不如過去之尚有所成也。故三十日之內必須積極準備，對於下列各項必須切實研究，有所決定也。」在下文中，蔣介石更用紅筆勾出6個圓圈，每個圓圈後面是一項有待落實的要務，包括政府組織形式、幹部會議綱領與人選、總體戰實施程序與經濟政策、監察制度與組織之實施、黨的改造方針、台灣黨政方針與人選。足見此時他對國民黨改造工作的重視。〕，並在2月間意有所指地對國民黨中常會表示，之所以在勝利在望的情況下，落到今日這般田地，主要是因為把黨務「交付給別人」，並且是宋子文「管理經濟不當，使國家陷入混亂」所致。緊接著，黨務改造研議小組方案曝光，形同清黨，特別「CC派」能發揮相當大影響力的「中央委員」成了箭靶，項莊舞劍意味濃厚，立刻引發國民黨內炮聲隆隆。
當時多名「CC派」要角不但反對停止第六屆「中央」執行委員會、「中央」監察委員會職權，在黨內的談話會中，也不贊成由總裁一人重新遴選「中央」改造委員會。部分人士甚至當著蔣介石的面，主張改革應由下而上，真正改變國民黨體質，最好先由幹部作成建議，再由蔣介石決定執行。
加上此時「CC派」在黨內人事與政策上，若有似無地和蔣介石唱起反調，似乎重演國共內戰時期黨內秩序蕩然的舊戲碼，更使衝突越發嚴重。首先，蔣介石提名陳誠出任「行政院長」的決定原本已遭人譏笑斧鑿痕跡過深，兩人不堪其擾，但「CC派」除了對陳誠提出質疑，甚至由谷正綱出面，建議蔣介石用黨內假投票方式擺平不同聲浪。
「CC派」的做法讓國際情勢煩得焦頭爛額的蔣介石勃然大怒，痛斥「無法無天」，是想重演行憲後首任閣揆提名，借假投票封殺張群的舊戲碼，他甚至搬出不惜再度下野的籌劃，反制「CC派」掣肘。緊接著，「CC派」不但沒有稍加克制，而是通過「立法院」的勢力，再度消極抵抗蔣介石指示，先是暫擱了與陳誠關係頗佳的劉健群接任「立法院長同意案」，更因為「行政命令授權案」，直接槓上原本想採取低姿態暫掩其鋒的陳誠，陳誠多次憤怒地向蔣介石痛斥陳立夫其心可議，並不斷要求請辭〔「CC派」除了對蔣介石提名陳誠接任「行政院長」不表贊同，曾多次出言反對，遭陳誠痛斥「努力反對，殊為可惡」之外；陳誠接任閣揆後，又因為「行政命令授權案」槓上「CC派」。原來1949年之際，為杯葛李宗仁出任總統一職，讓出任行政院長能有較大權限，不受李宗仁干預，國民黨操控的立法院通過了一項提案，賦予行政院長超乎憲法的完全緊急權力，可用行政命令取代法律，但李宗仁赴美後已被「立法院」收回。陳誠就任後原希望獲得相同的空白授權，「CC派」硬是否決「行政院」提案，讓陳誠勃然大怒，公開批評「CC派」把持「立法院」，「行政院長」除陳立夫沒人幹得了，因此一再要求蔣介石同意他辭職，還指示「行政院」會中途散會。陳誠除了向蔣介石告狀，甚至說出應該把陳立夫等人送到火燒島拘禁的氣話，情勢格外緊張。〕。一波波黨內衝擊讓蔣介石怒不可抑，痛批陳立夫等人「不可救藥」「不識大體」，甚至說，「從此了結，不再與問黨事」。
1950年6月起，蔣介石為表不滿，「中央」黨部呈送公文一概不閱，原封退還，「中常會」也拒不出席，甚至停留在澎湖、高雄等地，國民黨中樞亂成一團。表面看起來蔣介石似乎極其憤怒，與蔣經國討論改造政黨與整肅反動的決心，更在日記中自陳，「立夫『CC派』對時局危亡的嚴重性，至今不僅毫無覺悟，且仍以過去大陸搗亂、助共、自殺之作風，專以爭奪個人權利是務」，因此唯一救亡、死中求生之道，「不顧一切，先肅清內部、澄清政治、穩定基礎」。
不過蔣介石也很清楚，改造等於要把整個黨打破，牽涉到黨工與黨籍幹部身家問題，必須做好徹底撕破臉的準備，但當時「軍事未定」，解放軍隔海炮擊的威脅仍在，美國棄守台灣與蔣政權的局勢已成，黨務改造自無條件貿然實施。
◆ 1954 年「國民大會」召開第一屆二次會議，通過國民黨總裁蔣介石為第二任「總統」；關於蔣介石的連任，實則缺乏法律的依據。1948 年，蔣介石的總統之位是國民大會選出來的，而國大代表則由全國普選產生。蔣介石退守台灣後，再也無法在全國範圍內舉行「國代」選舉，為延續其政權代表中國的「合法性」，只得以第二屆「國大代表」無法產生為由，將第一屆「國大代表」任期無限延長，成為「終身代表」。國民黨當局在東拼西湊後，終於湊出了1624 名代表( 第一屆國大應有代表2961人)，同時將「國民大會組織法」中有半數代表才能開會的門檻降低到了1/3，保證了1954 年蔣介石「合法」地蟬聯「總統」。蔣介石終不是華盛頓，來台之後的「總統」頭銜，一戴便是26 年。