只是面對蔣介石的壓力，以及黨內文宣系統定性派系主義就等同階級鬥爭的大帽子與疲勞轟炸，「CC派」已經沒有空間與籌碼再鬥下去。
因此「CC派」大將蕭錚被迫提案，要求蔣介石繼續領導黨務及革命事業，同時主導全黨改造；「中央」黨部並委由於右任、居正、鄒魯〔鄒魯（1885年－1954年），字海濱，廣東大埔人，1908年與朱執信策劃廣州新軍起義。1911年與朱執信、陳炯明、胡漢民於廣州起義。1914年，隨孫中山籌組中華革命黨，1923年，孫中山電胡漢民、鄒魯等五人暫行總統府職權，出任財政廳長，1927年，蔣介石清黨，鄒魯退出政壇，1946年任監察委員，1949年，參加廣州召開非常會議，經香港到達台北任國民黨中央評議委員，1954年病逝於台北。〕三人面見蔣介石，請他出席「中常會」，並指示改造國民黨方針。被蔣介石列為頭號戰犯的陳立夫看大勢不對，起了不如歸去的念頭，並迅速避走台中。
加上朝鮮戰爭爆發，蔣介石聲望從谷底攀升，終於有足夠空間放手改造。
原本於右任還認為，改造委員由總裁遴選似乎惹人物議，建議改以推薦方式送「中常會」通過；但蔣介石托吳忠信說明，未來「中常會」勢將停止，無法處理改造委員更替問題，事實上，蔣介石的理由很簡單，就是無意再橫生枝節，堅持他個人意志的貫徹。
他更在一次談話會中嚴斥「CC派」：「你們如果不要我來改造黨，即只有下面幾種辦法，第一，就讓本黨無聲無息地這樣下去，第二，你們要給我權，大家要相信我，用民主方式改造是不對的，如果你們不相信我來改造，我就不管了，由你們去辦好了！」蔣介石甚至直批，「如果你們不相信我來改造，你們跟陳立夫去好了」！
在蔣介石的壓力下，1950年7月22日，由吳稚暉領銜聯名上書，240名國民黨在台「中央」執行委員、「中央」監察委員提出《呈請總裁斷然決策改造本黨案》，支持並要求蔣介石盡速實施國民黨徹底改造，使蔣介石獲得絕對支持，因此在陽明山主持國民黨中央常委會臨時會，通過由張其昀、蔣經國所提《本黨改造案》；將國民黨重新定位為革命民主政黨，堅持「反共抗俄」，組織采民主集中制；並決定國民黨第六屆「中央」執委、監委會停止行使職權，授權蔣介石遴選15～25人組成「中央」改造委員會，代行大陸時期400多名「中央」委員職權。
7月26日，蔣介石在台北賓館舉行「中央」執行委員談話會，宣佈16名改造委員會名單，這次權力大洗牌，之前黨內未居要津的蔣經國躋身其中，又出任幹部訓練委員會主委，政治份量急速增加。〔「中央」改造委員會成員包括陳誠、張其盷、張道藩、谷正綱、鄭彥棻、陳雪屏、胡健中、袁守謙、崔書琴、古鳳翔、曾虛白、蔣經國、蕭自誠、沈昌煥、郭澄、連震東16人，平均47歲，全擁大學學歷，9人曾海外留學，由不滿50歲的張其昀出任秘書長，於8月5日正式運作，國民黨中央組織部、宣傳部也改為第一組和第四組。1950年到1952年間，改造委員會共開過420次會議，一周開4次會。蔣介石並設立無實權的中央評議委員會，把過去各擁山頭的黨內元老供了起來，實際予以架空。尤其蔣經國原本於1935年重慶選出第六屆中央執行委員會和中央監察委員會正選和候補共460名委員中都未列名，但從「改造案」後，不但掌握許多黨內新拔擢幹部，擴大黨內人脈，位階也明顯提升。因此兩年後，1952年10月，國民黨改選第七屆中央委員，蔣經國已列名第二，緊跟陳誠之後，排名甚至較「五院院長」及黨秘書長都高。〕另外，不同於大陸時期軍政人士僅出任毫無實權的「中央」評議委員，在改造委員會中領銜的陳誠於人事重整中扶搖直上，成了國民黨第二號人物。
至於重登記中未歸隊的200多名「中央」委員則一律被撤銷黨籍，黨內除了「黨團」「黃埔系」與蔣介石「文宣系」仍有一定影響力，「CC派」勢力順勢被徹底瓦解，唯獨在蔣介石下野時堅決擁蔣的張道藩與谷正綱留了下來。事後來看，這次改造的確大舉排除了蔣經國在黨內爬升的障礙，吳國楨在回憶錄中也指出，接下來舉行的國民黨七全大會，200多名代表「十分之九是蔣經國的人」，甚至會議也全由蔣經國的人馬掌控。
蔣介石大獲全勝，開始在台高度集權意識形態灌輸和黨紀整頓，他也對陳立夫開始出手，陳立夫所有黨職均被拔除，連黨員重登記都沒有去辦理，徹底排除他參加黨務或幕後指揮的空間。已避往台中的陳立夫先通過張道藩瞭解蔣介石要求他離開台灣的決定，加上估計可能被情治人員逮捕，因此自行寫信給蔣介石要求出洋。
◆ 1957 年日本首相岸信介訪問台灣地區。（上圖）
最後蔣介石通過養病的陳果夫轉告，批准陳立夫以參加世界道德重振會年會的名義離台，並送給路費五萬美元。但據來台後成為「CC派」大將的前「立法院長」梁肅戎說，蔣介石原本限令陳立夫24小時內離境。對照陳立夫年輕時任蔣介石機要，寫給宋美齡的信都不封口交他寄出，蔣經國年輕時在上海求學還與陳立夫同室而眠，兄弟相稱。實在情何以堪〔當時除了陳立夫遭整頓，陳果夫則於1948年底即因肺結核遷居台中休養。不過他雖在養病，蔣介石仍下令免去陳果夫「中央財務委員會」主任職務，同時裁撤由陳果夫任董事長的「中央合作金庫」；由陳果夫任董事長的「中國農民銀行」只保留名義，設立保管處，並下令改組由陳果夫任董事長的「農業教育電影公司」，由蔣經國接辦。由於喉部疾病，發言不便的陳果夫，不但備受冷落，還曾自創過一首《啞巴歌》，歌詞裡寫道，「啞巴哥，說不出話真痛苦……聽得人家好說話，肚裡更加不開心；若聞笑罵聲，面孔漲得紅又青；摩拳擦掌，膽小不敢爭。有時像煞吃過黃連嘴裡苦，有時像煞受了冤屈沒處申，啞巴哥，不能說話苦得很」。實在很有反諷的意味。〕。
◆泰國國王普密蓬·阿杜德1950 年訪問台灣地區。他的中文名叫鄭固，於1950 年5 月5 日加冕，加冕後不久即訪問台灣地區，留下這張珍貴的影像。他是卻克裡( 曼谷王朝) 的第九位國王，2016 年10 月去世。（下圖）
1950年8月4日，陳立夫舉家離開台灣，輾轉遷居美國隱居。據說陳立夫行前向蔣介石辭行，求見一面不可得，僅由宋美齡出面致贈陳立夫一本《聖經》，但陳立夫指著牆上蔣介石肖像說，「夫人，活的上帝都不信任我，另一個上帝也沒有用」；他還意有所指地說，「孔宋蔣陳四大家族，陳家是沒有錢的」〔陳立夫就在這種「回國時間沒有確定」的狀況下離開了台灣，蔣經國還是到松山機場去送他一程。不過1951年8月，陳果夫病逝，陳立夫在蔣介石暗示下，未回台奔喪，隔年蔣介石授予陳立夫「國策顧問」和「總統府資政」兩個虛銜與薪俸。陳立夫遷居美國後，隱居在新澤西州湖林城外萊克塢鎮，養來亨雞過活，最後通過孔祥熙幫忙，才與友人合開一家食品公司，製造販賣辣椒醬、粽子、皮蛋、鹹蛋等產品，陳立夫也親自開車送貨。之後陳立夫僅為父親重病一度短暫回台，拜訪者門庭若市；不過陳立夫在父喪後也被限定一日內迅速離台。直到1966年，蔣介石為推動「文化復興運動」，才通過蔣經國極力動員陳立夫回台且多所禮遇。1969年，陳立夫全家遷回台灣，到處演講《四書道貫》，全力提倡中醫，從此很長一段時間絕口不談政事。〕。