在涵碧樓停留時，蔣介石當時多住在最左邊一棟平房中，有內花園、涼亭，可遠眺日月潭；招待所其餘房舍則由隨扈侍從分住。除固定有一排荷槍實彈的憲兵駐守，日月潭週遭茂密的保安林也多不准開發。
此外，為保護蔣介石伉儷安全，涵碧樓所在涵碧半島出入口，即位於今日梅荷園碼頭制高點，均有憲警持槍把守，就連管區分局長都固定由侍衛室推薦指派。據說蔣介石外出時如有群眾圍觀，還規定民眾雙手不得插進衣褲口袋，以策安全。
至於涵碧樓除了作為蔣介石行館，也有部分鄰近空間固定租給台灣旅行社經營當時難得一見的觀光旅遊業務，由於日月潭已是「台灣第一名勝」，遊客如織，因此這間名為EvergreenHostel的特級旅館，限定貴賓、外賓才能入住，價格昂貴，但駐外人士捧場，時常人滿為患。無論東南亞美軍將領或貴賓造訪台灣地區，都會指定入住，更時興到日月潭度蜜月，拍婚紗照。例如旅日華裔棒球全壘打王王貞治夫婦新婚時就受邀到日月潭一遊，還獲得蔣介石與宋美齡在涵碧樓宴請。
當時涵碧樓招待所可說華洋雜處，連客房須知都一律中英對照，還規定台灣遊客不得穿著背心、短褲及睡衣進入餐廳。不過隨著設備逐漸陳舊，館方也於1955年正式翻修涵碧樓，希望吸納更多旅客。
由於蔣介石喜歡在安靜環境下深思，即使在日月潭，手上公文也少有離手，有時候也會背誦或修改演講稿。不過蔣介石對公文、講稿稍不滿意即痛斥，屢見不鮮。宋美齡則從20世紀50年代開始從名家黃君璧、鄭曼青習畫，前後約十年，日月潭、角板山、梨山、慈湖等地是她最常習畫寫生的地方，因此涵碧樓等行館中都備有畫具，隨時可用。
蔣介石與宋美齡的生活習慣也大不相同，有次蔣介石在颱風後要去涵碧樓，正好碰上有段路發生山崩，蔣介石先去慰問在場搶修的工兵，然後下車涉污泥，經塌方路段，自己改搭一部出租車到涵碧樓。至於宋美齡則等到路修好，才和侍衛坐吉普車去和蔣介石會合。不過涵碧樓也是全台蔣介石行館中，唯一一處與宋美齡床鋪合併的地方。