接下來是佛的慈悲。
『設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。』設，就是現在白話文－－假使。希望我成佛的時候，在我的佛土中，假使有人犯了這些戒行，只要一聽到我的名號－－藥師琉璃光如來，便會獲得清淨。
當我們一念『藥師琉璃光如來』的名號，自私心就來了，心想他大概會送點藥給我吃吃；再念『消災延壽藥師佛』那可樂了！又來給我們消災，又給我們延壽，又給我們藥吃，最後還讓我們發財，對不對？如果以這種心情念，不知道靈不靈？莊子說：『夫子之心，其蓬也夫。』琉璃光明怎麼進得來？並非他不進來，好比普照大地的陽光，並非陽光不照你，是我們自己擋住了光明。『拍案驚奇』的作者淩蒙初有兩句詩說得好：
我本將心向月奈何明月照溝渠
所以要看清除，『聞我名已』，不是聽人家念，聞的下面是思、修、慧。「官印閥門」從聞思修入三摩地。聽了這個道理以及佛的願力後，要用心思惟，要去研究。一般人大多在迷信中學佛，念佛有三種心態。
（1）依賴心
好像念了一萬聲佛，佛就欠了你似的。
（2）功利
哼！我佛都念了，結果還是沒有效果，你說氣不氣人？這是功利主義。
（3）糊塗心
只曉得念，腦子也不思考，不知道佛號所包含的意義。佛法並沒有禁止你思考，處處都叫你正思惟修，否則就是迷信。
然而佛法絕對不是迷信，何以不是迷信？因為任何一個法門的修持都是從『聞，嗯，修』而證得菩提。所以，我們看經，文字都很容易懂，正因為文字太容易懂，就不去思惟。人都有惰性，吃飽了飯就懶得用心，不喜歡用腦子，還以為自己瞭解呢？
其實，再進一步，聽到『藥師琉璃光如來』的名號，何以能夠使我們煩惱、污染的心還得清淨？換句話說，你的心光、性光要與藥師佛的心光相感應，自心還到自性的光明中，那是最大的大藥，這個藥是不死之大藥，所以藥師如來是修長壽法。
西藏密宗的修法很有意思，很有趣，也很有深意。他傳你修破瓦法的時候，一定同時傳你修長壽法，不死之法。因為光修破瓦法，很容易走掉，同時修藥師琉璃光如來的長壽法，你才可以留形住世，等到要走的時候，瀟灑而去。因此彌陀佛修法一定配合藥師佛法合修。
事實上，東方琉璃光世界與西方極樂世界是相通的，這個道理在『法華經』、『維摩經』都已經講得非常清楚。再說，真到了願力修持成就；怎麼叫成就啊？『還得清淨』時，梵行成就，念得一念回機，得到清淨，你的心光自然與十方三世一切諸佛光光相接。藥師如來就是光，不過不是世間的光。
藥師如來的願力使一切眾生不至於犯戒，也就是沒有一個眾生不道德，因此也不會墮落在惡道；惡道眾生都因為不道德而墮落進去。此道德之標準包含內容廣泛，那就是『三聚戒』。
看了藥師佛的第五大願，是否想到它與中國文化的『改過遷善』和論語『過則勿憚改』的道理完全一樣？這又證明藥師經與東方文化的關係密切。