《文匯報》記者徐作生親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺跡、遺物，並結合文獻資料，認為建文帝當年逃到了離南京並不遠的蘇州，溥洽和尚收留了他，藏於吳縣普濟寺內，不多久姚廣孝歸隱禪寺，在姚廣孝的監護下，建文帝隱藏於穹窿山皇駕庵。明成祖朱棣的密探找到建文之後，成祖不願意背負『殺侄』的惡名，沒有殺害建文，而是暗中將他繼續幽禁了起來，直到1423年病歿於此，葬於庵後山坡上。這也只是另一種推測。
近幾年有人自稱建文帝后人，拿出《讓氏家譜》，稱建文帝通過地道逃離南京，假扮僧道，雲遊各地，後隱居於武昌，死後就葬在武昌洪山。這一說法還有待於進一步的驗證。
明成祖朱棣為了粉飾奪取帝位的合法性，指使臣下銷毀建文時期的歷史檔案，並明令嚴禁討論此事。因此，對於《明太宗實錄》的記載，難以核實其正確性。後世關於建文帝的記載許多已是傳聞，所以清代學者萬斯同就說：「明代野史之失實，無有如建文遜國一事。」即使到乾隆時，官方正式出版的《明史》，在寫了建文帝焚死之後，又加上可能「由地道出亡」的推測，對於建文帝的下落也是模稜兩可，留給後人的依然是一團迷霧。
與此同時，燕王朱棣為了擺脫篡位的嫌疑，必須否定建文帝的合法性。朱棣即位以後，就宣佈革除建文年號，建文朝只稱作「革除年間」。把建文四年改稱洪武三十五年，接下來為永樂元年(1403)，表示他不是繼承建文帝的帝位，而是直接繼承太祖高皇帝的帝位。在官方實錄的編纂上也如此，《明太祖實錄》接下來就是《明太宗實錄》，中間少了建文帝的實錄，建文一朝的歷史在明代官方歷史記載中隱去不談。並且在明永樂朝官方文獻中，建文帝這位寬厚仁慈的帝王，被描述成一個數典忘祖、荒淫昏聵的人，不但曾親手焚燬朱元璋及馬皇后的遺像，拆毀後宮，大興土木，還經常服食春藥，藥發後身邊數名婦人都不足用，形像極為不堪。成祖朱棣如此歪曲事實，無非是為自己「靖難」奪位尋找合法理由而已。
朱棣之後，繼位的皇帝中沒有人正式承認建文的四年帝位;此後的正德、萬曆、崇禎年間，雖屢有大臣奏請追諡朱允炆廟號，但一直也沒有實現。直到清乾隆元年(1736)，才給了他一個謚號——恭閔惠皇帝，史稱惠帝。——滅十族的方孝孺魯迅先生在《為了忘卻的記念》中為了紀念柔石，曾將他與同鄉台州的寧海方孝孺相提並論，說他有點台州式的硬氣，還有點迂。時至今日，方孝孺仍是人們感歎的話題。一個曾經輔佐帝王，被世人稱為「殺此人則天下讀書種子絕」的一代才士，卻慘遭滅十族。究竟是什麼原因，讓朱棣如此震怒以至於非要滅他十族呢？