崇禎二年(1629年)，袁崇煥給明思宗上了一道洋洋數千言的奏疏——《薊遼督師袁崇煥題本》，在這份奏疏中，袁崇煥稱自己「戰懼惶悚之至」，表示要「席稿待罪」。思宗看完奏疏後，「意殊駭」。是什麼事情讓統領遼東大軍的袁督師如此惶恐，令崇禎皇帝如何震驚呢 ？原來，在奏疏中，袁崇煥向思宗報告了他剛做的一件大事，就是誅殺了東江總兵毛文龍！毛文龍是怎樣一個人？袁崇煥為什麼要殺他呢？
毛文龍，浙江杭州人，天啟元年(1621年)在遼東巡撫王化貞手下任游擊，後金攻陷遼陽後，佔據鴨綠江邊的鎮江堡，升任副總兵，後率部駐守皮島。皮島又稱東江，位於遼東、朝鮮、山東登萊二州之間，戰略位置極其重要，對牽制後金軍隊的進攻有重要作用，因此朝廷在皮島建立東江鎮，晉陞毛文龍為東江總兵。天啟三年(1623年)，毛文龍率部攻佔遼東要地金州，天啟皇帝聞訊大喜，晉陞毛文龍為左都督，掛將軍印，賜尚方寶劍，並在諭旨中對毛文龍大加讚揚。由於毛文龍的東江鎮對後金腹地形成極大威脅，後金視毛文龍為眼中釘，為了除掉毛文龍，曾幾次興兵討伐，卻都無功而返。
天啟六年(1626年)，努爾哈赤率十幾萬大軍進攻寧遠這座孤城，原本以為唾手可得的勝利卻在袁崇煥率領的數千守軍面前化為泡影，氣急敗壞的努爾哈赤親臨前線督戰，結果被紅夷大炮擊傷，一命嗚呼。第二年，一心為父報仇的皇太極又在寧遠、錦州城下損兵折將，連夜潰逃。寧遠、寧錦大捷的赫赫戰功，使袁崇煥成為威震遼東的抗金英雄。崇禎元年(1628年)，一心想求中興之治的明思宗為恢復遼東，提升袁崇煥為兵部尚書兼都察院右都御史、督師薊遼兼登萊天津軍務，將遼東軍事大權一古腦兒交給了袁崇煥。面對皇帝如此的知遇之恩，袁崇煥感激之餘，喊出了「五年復遼」的豪言壯語。然而，讓人疑惑不解的是，袁崇煥「五年復遼」大計的第一步竟然是誅殺大將毛文龍。沒想到，後金想做而做不到的事，袁崇煥卻幫他們做到了。身處皇宮，延頸企盼袁崇煥復遼喜訊的崇禎皇帝，大概做夢也沒想到，袁崇煥給他送來的卻是一份震驚。那麼，袁崇煥為什麼要殺毛文龍呢？毛文龍到底該不該殺呢？
有學者認為，「袁崇煥斬所當斬，毛文龍死且有餘辜」。毛文龍的餘辜是什麼呢？想來是毛文龍死後不久，他的部將紛紛叛變。要知道，在清初四大降王中，除平西王吳三桂外，定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜都是毛文龍的舊部。然而，在這些學者看來，這些人的降清與袁崇煥誅殺毛文龍並沒有因果關係，梁啟超先生在《袁崇煥傳》中甚至稱毛文龍不死，也許會成為最大的降王，支持袁崇煥誅殺毛文龍之情躍然紙上。在有些人看來，毛文龍該不該殺似乎根本就不是問題，原因非常簡單，因為殺他的是威名赫赫的袁崇煥。既然我們認同袁崇煥是大忠臣，被他誅殺的人自然是罪該萬死，死有餘辜了。
不過，並不是所有人都認為毛文龍該殺。崇禎皇帝應該是其中一個，從他「意殊駭」的反應看，他是完全沒想到袁崇煥竟會殺毛文龍，也不認同袁崇煥的做法。只是想到毛文龍已經死了，自己還要靠袁崇煥收復遼東，只得下旨嘉獎他一番，以安其心。即使崇禎皇帝公開表態支持袁崇煥，還下詔公佈毛文龍的罪名，但當時還是有不少人為毛文龍被殺喊冤。有人寫了一部四十回的小說《遼海丹忠錄》，大講毛文龍的功績。《明季北略》甚至把袁崇煥以十二條罪狀誅殺毛文龍與秦檜以十二道金牌害死岳飛相提並論。
那麼，袁崇煥宣佈的毛文龍十二條當斬之罪是什麼內容呢？我們不妨看一下：一、九年以來兵馬錢糧不受經略巡撫管核;二、全無戰功，卻報首功;三、剛愎撒潑，無人臣禮;四、侵盜邊海錢糧;五、自開馬市，私通外夷;六、褻朝廷名器，樹自己爪牙;七、劫贓無算，躬為盜賊;八、好色誨淫;九、拘錮難民，草菅民命;十、交結近侍;十一、掩敗為功;十二、開鎮八年，不能復遼東寸土。
平心而論，即便袁崇禎所說的都是事實，十二條中大多都是明軍中的常見現象，真正夠得上罪狀的並不很多，更不用說是當斬之罪了。而且，所列的十二條罪狀中，有些實在是比較牽強的。比如說糧晌問題，其實朝中大臣早就有人指責毛文龍靡費軍晌，戶部還曾打算前往皮島核查兵員，目的就是想裁減毛文龍的軍晌，然而崇禎皇帝並沒有同意戶部的做法。在給毛文龍奏疏的批復中，崇禎皇帝承認毛文龍的軍隊孤懸海外有自己的特殊性，只要奮勇報國，軍晌可以比其他部隊稍許寬鬆些。皇帝已經如此表態，袁崇煥再把軍晌問題作為毛文龍的罪狀未免有些說不過去，更何況冒領軍晌的情況在明軍中完全是普遍存在的，如果這也算當斬之罪，明軍大概剩不了幾個將領了。
再如說毛文龍全無戰功，卻報首功等等，多少也顯得有失公允。毛文龍能夠官至總兵，主持一方軍事大政，靠的正是戰功，單說他將皮島建成軍事重鎮，己經可說是個大功勞了。事實上，在袁崇煥取得寧遠大捷之前，毛文龍是明軍中惟一能與後金相抗衡的將領。工科給事中楊所修就曾指出：東方自逆奴狂逞以來，惟一毛文龍孤撐海上，日從奴酋肘腋間撩動而牽制之;奴未出老巢則不時攻掠，以阻其來;奴離窺關則乘機搗襲，以斷其後。董其昌更是在奏疏中聲稱：如得兩個毛文龍，則努爾哈赤可擒，遼東可復。此話雖然誇張些，但也可看出毛文龍在當時抵抗後金戰爭中的重要地位。
至於說毛文龍開鎮八年，不能復遼東寸土，則顯得有些吹毛求疵。毛文龍駐守皮島的意義在於牽制後金，使其不能全力南下。對於這一點，兵部早有清醒的認識：毛文龍滅奴不足，牽奴則有餘。而在牽制後金這一點上，毛文龍無疑做得相當不錯，天啟皇帝曾多次在諭旨中稱讚他：多方牽制，使奴狼狽而不敢兩面顧。可見天啟皇帝對毛文龍還是相當滿意的。而要求毛文龍以一鎮兵力與後金全面對抗，只能說是袁崇煥的苛求。退一步講，在遼東戰場喪師失地的情況下，毛文龍至少還堅守住了自己的防區，如果這也要殺，那些打了敗仗的將領是不是要全部殺頭呢？
還有就是說毛文龍結交近侍，這倒是實情，這個近侍說出來想必大家都知道，他便是魏忠賢。毛文龍曾給魏忠賢送禮，還在皮島上建魏忠賢塑像，這在與東林黨關係密切、自己還曾遭魏忠賢陷害的袁崇煥看來，自然夠得上一條罪狀。但是，天啟年間，全國的文武官員給魏忠賢送過禮的人恐怕是難以計數，而為魏忠賢立塑像也不是什麼特別的事，當年全國各地為魏忠賢建的生祠何止千百。袁崇煥把這個拿出來當成誅殺毛文龍的理由，多少有些黨派相爭的意味，夾雜了個人感情。
再退一步講，就算毛文龍有死罪，但十二條罪狀中並沒有什麼需要袁崇煥臨機決斷，當場處死的緊急情況，完全可以將毛文龍逮捕後送交京城，由崇禎皇帝決定如何發落。畢竟毛文龍是一鎮總兵，而且還有先帝所賜尚方寶劍。說起來，袁崇煥的尚方寶劍還是兒子輩的呢。從這一角度講，袁崇煥誅殺毛文龍多少顯得有些莽撞，也難怪崇禎皇帝會感到「意殊駭」。
那麼，袁崇煥為什麼會誅殺毛文龍呢？
有人認為，袁崇煥殺毛文龍只是一個偶發事件，袁崇煥本來並沒有決定要殺毛文龍，他登島的目的是想勸說毛文龍聽從節制，或者讓毛文龍交出兵權，只是在毛文龍拒絕合作後才決定臨陣誅殺毛文龍。其根據是，袁崇煥上島後並沒有馬上誅殺毛文龍，而是與毛文龍連續三天舉行密談，由於毛文龍並不聽命，無奈之下才決定誅殺他。
也有學者指出，袁崇煥殺毛文龍其實早就有預謀，登島的真正目的就是以商量東西夾擊的軍事計劃為名，尋機誅殺毛文龍。理由是袁崇煥在離京之前與內閣大學士錢龍錫談及平遼事宜時，明確表示平定遼東「先從東江做起」，而所謂的「從東江做起」，其實就是要誅殺毛文龍，這一點，在袁崇煥事後給祟禎皇帝的奏疏中有明確的表述：「自去年(祟禎元年)十二月，臣安排已定，(毛)文龍有死無生矣。」其欲殺毛文龍的態度表露無遺。這是一個讓人感到奇怪的想法，平定遼東的首要任務，竟然不是打擊後金，收復失地，而是要對付平遼戰場上的另一位重要將領。帶著這種想法，袁崇禎上任伊始就下令海禁，切斷了毛文龍海上貿易的命脈，毛文龍在給崇禎皇帝的奏疏中，把袁崇煥的這一做法稱為是「攔喉切我一刀」。雖然只是一介武夫，毛文龍還是意識到袁崇煥將要對自己下手，因此在奏疏中大發感歎：諸臣獨計除臣，不計除奴，將江山而快私忿，操戈矛於同室。對袁崇煥已生殺毛之心還蒙在鼓裡的祟禎皇帝想到答應過袁崇煥為實現五年復遼大計可以便宜從事，自己不便出面干涉，只得好言安慰毛文龍：軍中一切事宜，當從長商榷。崇禎皇帝沒有想到的是，毛文龍已經沒有機會從長商榷了。時隔不久，袁崇煥就已經完成了他五年復遼大計中的第一個計劃——誅殺毛文龍。讓人感到可悲的是，這似乎是袁崇煥五年復遼大計中惟一真正實現的計劃。
從嚴格意義上講，袁崇煥喊出「五年復遼」時並沒有完整的計劃。史載崇禎元年(1628年)七月十四日，崇禎皇帝召見袁崇煥等人舉行御前會議，討論遼東局勢，意氣風發的袁崇煥提出：「倘皇上能給臣便宜行事，五年而遼東外患可平，全遼可復。」但當會議休息時，兵科給事中許譽卿向袁崇煥討教「五年復遼」的方略時，聽到的卻是「聊慰上意」四字。一個根本沒有經過周密規劃的目標，實現的可能性會有多少呢 ？有學者分析了當時遼東的形勢和力量對比，得出結論：袁崇煥「五年復遼」的豪言壯語，如同夢囈！
然而無論「五年復遼」是否夢囈，崇禎皇帝卻信以為真，袁崇煥便也只好努力完成這個難以完成的任務。有學者指出，袁崇煥誅殺毛文龍的真實目的，在於整飭軍紀，樹立督師權威。當時，寧遠、錦州、薊州各處軍事要地都曾發生兵變，如不整飭軍紀，根本不能打仗，更不用說五年復遼。而毛文龍長年孤軍海外，不服節制由來已久，加上毛文龍在遼東各軍中地位頗高，因此誅殺毛文龍將能起到殺一儆百，威懾眾將的目的，對整飭軍紀，樹立督師權威無疑是有利的。我們現在當然無法得知袁崇煥當時心中所想，但誅殺毛文龍，僅從軍事上看，只能說是袁崇煥缺乏全局觀，缺乏戰略眼光的表現。毛文龍一死，明軍僅有的一支戰略牽制力量不復存在，遼東戰爭脆弱的均勢就此被打破，沒有了困擾多年的側翼威脅，後金終於可以放心南下了。幾個月後，皇太極率十萬大軍繞過袁崇煥重兵駐守的寧遠、錦州諸城，第一次兵臨北京城下，袁崇煥的復遼大業就此走到盡頭。