石達開回京輔政，軍事節節取勝，穩定了形勢，極大地鼓舞了太平軍的士氣，安定了人心，使天國轉危為安。然而，天國的形勢稍微有了轉機，洪秀全又開始把鬥爭的目光轉向內部。石達開被迫出走。然而，他的出走是「另樹一幟」，還是「遠征報國」呢？
1856年夏天，正當太平天國運動發展到全盛的時候，發生了天京事變。天京事變是太平天國領導集團內洪秀全、楊秀清、韋昌輝爭奪天國領導權力的內訌。它給太平天國造成極其慘重的損失，斷送軍事上的大好形勢，破壞了隊伍的團結。作為農民革命領袖的洪秀全，本應從中吸取教訓，以大局為重，做好隊伍的團結工作。但他為保住自己的帝王位置，任人唯親，猜忌忠直，終於又發生了逼走天國重要領導人物石達開，造成太平天國力量又一次大分裂的嚴重事件。
天京事變後，在天國首義諸王中，除洪秀全和石達開兩人外死喪殆盡。洪秀全的威望已大大下降，無論從威望、才幹來說，石達開確是輔理政務、統帥軍隊、安撫百姓的理想人物。洪秀全雖然已對外姓人有猜忌疑懼的私心雜念，但在當時嚴峻的形勢下，環視滿朝文武，要找一個能力挽狂瀾、收拾人心、重振大局的人來，除石達開外再無他人。因此，從解救燃眉之急考慮，也不得不採取權宜之計，召石達開回京輔政。從廣大群眾說，剛經歷過刀光血影的天京事變，誰不盼望有一個像石達開這樣的人物來輔助國政，穩定局勢。十一月，石達開帶軍從寧國經蕪湖回到天京，受到天京軍民的熱烈歡迎，「合朝同舉翼王提理政務」，洪秀全亦加封石達開為「電師通軍主將義王」，命他提理政務。石達開回京輔政，軍事節節取勝，穩定了形勢，極大地鼓舞了太平軍的士氣，安定了人心，使天國轉危為安。
然而，天國的形勢稍微有了轉機，洪秀全又開始把鬥爭的目光轉向內部。原來，洪秀全並沒有從天京事變中吸取正確的教訓，楊秀清獨攬大權和逼封萬歲的情景不斷在他眼前出現，因而他時生疑忌。尤其是石達開輔政功績卓著，又見石達開「所部多精壯之士，軍力雄厚」，對其兵權的集中更為忌諱，再加上石達開為首義之王，威望極高，這都使洪秀全深為不安。他「時有不樂之心」，日夜思慮，「深恐人佔其國」，使洪氏一家一姓的天下失之旦夕。他從維護洪氏集團的統治地位出發，對石達開進行限制、排擠。遂封其長兄洪仁發為「安王」，又封其次兄洪仁達為「福王」，干預國政，以牽制石達開。洪秀全對安、福二王的封賞，由他自己直接破壞了太平天國前期非金田同謀首義、建有殊勳者不封王爵的規定，也是他組建洪氏集團控制天朝政權的開始。接著，他又「專用安、福王」，使「主軍政」。在挾制、架空石達開的同時，還要奪取他的兵權，「終疑之，不授以兵事，留城中不使出」，甚至發展到對石達開有「陰圖戕害之意」。這種無理的刁難、挾制和陰謀陷害，實際上使石達開已無法施展其聰明才智，已無法實現匡國輔政的志願，石達開也對洪秀全及其集團能否繼續保持太平天國和建立統一的「天朝」失去信心和希望，不禁發出「忠而見逼，死且不明」的歎息。
石達開被逼出走前，怎樣對待洪氏集團的挾制和謀害，他的面前有這樣幾條道路：取而代之、解甲歸田、叛變投敵、束手待斃、率軍遠征。石達開和他的親信將領，對當時形勢是非常清楚的，深知他們不可能以「愚忠」來取得洪秀全的諒解和信任。有謀士勸他從劉邦誅殺功臣韓信的歷史事件中吸取教訓，並提出取洪秀全而代之的建議，但石達開以「惟知效忠天王，守其臣節」，堅決予以拒絕。在當時敵我雙方生死搏鬥的關鍵時刻，解甲歸田，潔身引退的路也是難以走通的，他只好把希望寄托於「唯其妖滅盡，予志復歸林」。至於叛變投敵更不是他能幹出來的事情，最後只好率軍遠征，作為解決矛盾的手段。他認為，只有這樣才可以避免另一次內部殘殺，以保存革命力量，還可以另辟根據地，剿除妖魔，開疆報國，這實在是石達開這個農民英雄在無力解決內部矛盾的情況下，被迫選擇的惟一出路。
對石達開的出走，因限於資料，說法甚多，至今仍是一個難解的千古之謎。
一種說法認為，石達開不顧大局，私自離京搞分裂活動，是另樹一幟，另立「太平安國」。石達開的出走引起了清王朝的關注，清廷駐安徽的頭目四出偵察打聽石達開的動向，並及時向清廷匯報。他們認為石達開「意欲自成一隊」，「似欲另立旗幟」。咸豐七年(1857)七月十一日，《福興奏據探石達開另樹一幟江右吃重請增兵協剿片》中有「現據探稱，該逆自與洪逆內江後，據守安慶，潛於金柱關等處粘貼偽示，解散金陵舊黨，願從軍者即赴安慶，不願者給川資剃髮回籍，示尾署太平安國丁巳元年字樣，其為另樹一幟，已無疑義。」蘇州博物館藏有咸豐七年(1857)六月二十八日兩江總督何桂清致自娛主人書中，有洪秀全「在金陵驚慌無比，求石逆回救，不惟不允，且回文改號太平安國丁巳元年。」與以上福興奏中「示尾署太平安國丁巳元年」一致，這說明石達開另立「太平安國」說並非孤證。
另一種說法認為，石達開的出走是為了保存革命力量，挽救革命。堅持這一觀點的學者不同意上述認為石達開另立「太平安國」的觀點，而是主張「太平安國」與石達開毫無關係。其理由主要有三條：第一，石達開在無為州和皖南青陽縣所貼告示都未署「太平安國」。在安徽省有關方志中均無「太平安國」的記載。石達開另立「太平安國」說只是孤證，實難令人信服。第二，石達開出走後，雖對太平天國的官制禮文進行更改，但始終應用「太平天國」國號，遵守太平天國的正朔。始終自稱洪秀全親封的「翼王」、「本主將」，其部屬一貫呼其為「翼殿」、「翼府」、「五千歲」、「殿長」等等。另外從石達開本人及其部將遺存的文物、文告、文書來看，也說明石達開雖然分裂出走，但所承擔的反清歷史使命與洪秀全一直是一致的。直至晚年，石達開一如既往擁護太平天國革命宗旨，信賴尊敬洪秀全，毫無私自立國與太平天國分庭抗禮的意思。第三，石達開出走後，洪秀全對石達開的態度以及太平天國官書中對石達開的評價都沒有變。天王不忘石達開的開國立功。天王、幼天王在後期所頒的詔旨中，仍對石達開親切地稱呼為「達胞」、「達叔」。可以說，石達開出走主要是出於「吾當遠征報國，待異日功成歸林，以表愚忠耳」。也就是，石達開的出走是為了保存革命力量，挽救革命。
上述觀點各執一詞，那麼石達開出走的真正原因是什麼呢，要想解開這一歷史之謎，還需要做進一步的研究。