嚴復的思想與近代以來中國眾多思想家的看法有很大的不同。他的立場始終是：必須在廣泛的社會形態、深層的制度法理、久遠的歷史文化傳承脈絡這三者相互貫通的基礎上，才能真正說明中國社會複雜的生命性狀，說明泰東、泰西之制度何以截然不同；而這也就是嚴復反覆強調「自然有機體之國家」；「國者，有機之體也」的深意所在。
也是出於同樣的原因，嚴復對於中國革新路徑的設計也與其他思想家、革命家有著很大的分歧。最為人知的例子是1905年，53歲的嚴復以開平礦物局訟事赴倫敦，當時孫中山恰在英國，聞嚴復至遂上門拜訪，談話中嚴復說：「以中國民品之劣，民智之卑，即有改革，害之除於甲者將見於乙，泯於丙者將發之於丁。為今之計，惟急從教育上著手，庶幾逐漸更新乎！」孫中山則表示異議說：「俟河之清，人壽幾何！君為思想家，鄙人乃實行家也。」
嚴復看到的是，中國社會形態因其深層千絲萬縷相聯的「有機」結構，所以任何停留在局部、表層和希望畢其功於一役的改革，都不可能有理想的結果，於是在戊戌變法之年他說：
近日中西人士論中國弊政者，均沾沾以學校、官制、兵法為辭，其責中國者，何其膚廓之甚哉！中國之不可救者，不在大端，而在細事；不在顯見，而在隱微……此病中於古初，發於今日，積之既久，療之實難，無以名之，名之曰「離心力」而已。
因此他對改革路徑的設計當然與排滿革命者們大為不同，比如嚴復在辛亥革命之際甘冒輿論之大不韙而指出對於中國的貧弱腐敗，漢人與滿人同樣具有責任：
「中國之至於貧弱腐敗如今日者，此其過不盡在滿清，而吾漢族亦不得為無罪；則其言一出口，必將蒙首惡之誅、公敵之指，而躬為革命之少年與為其機關之報館方且取其人而轘裂之矣。然而僕亦愛國之一男子，有問於我，必將曰：中國漢人程度真不足，而中國之貧弱腐敗，漢人與有罪焉。何則，事已至此，誠不敢愛死而更欺吾同胞也。」
而早時他更曾斷言：「民智不開，則守舊、維新，兩無一可」；「民智不開，不變亡，即變亦亡」。
這樣的視角，當然決定了嚴復希望通過君主立憲、發展基礎教育、提升民智民力民德、以地方自治等方式逐步培養國民運用民權的能力等等一系列長期的漸進道路而使中國走出中世紀，並且也決定了他後來以「保守」的態度，批評中國近代以來疾風暴雨式的政治變革以及相應的政治理念，比如他在1916年的看法：
「至於任公（指梁啟超），妙才下筆，不能自休。自《時務報》發生以來，前後所主任雜誌，幾十餘種，而所持宗旨，則前後易觀者甚眾……顧而至於主暗殺、主破壞，其筆端又有魔力，足以動人。主暗殺，則人因之而僩然暗殺矣；主破壞，則人又群然爭為破壞矣。敢為非常可喜之論，而不知其種禍無窮。往者唐伯虎詩云：『閒來寫得青山賣，不使人間造業錢。』以僕觀之，梁任公所得於雜誌者，大抵皆造業錢耳……」
「（梁啟超）自竄身海外以來，常以摧剝征伐政府，為唯一之能事。《清議》、《新民》、《國風》，進而彌厲，至於其極，詆之為窮凶極惡，意若不共戴天，以一己之於新學，略有所知，遂若舊制，一無可恕……今夫中國立基四千餘年，含育四五百兆，是故天下重器，不可妄動，動則積屍成山，流血為渠……英人摩理有言：「政治為物，常擇於兩過之間。」（見《文集》第五卷）法哲韋陀虎哥有言：「革命時代最險惡物，莫如直線。」（見所著書名《九十三年》者）任公理想中人，欲以無過律一切之政法，而一往不回，常行於最險直線者也。故其立言多可悔，迨悔而天下之災已不可救矣！今夫投鼠忌器，常智猶能與之，彼有清多罪，至於末造之親貴用事，其用人行政，尤背法理，誰不知之。然使任公為文痛詈之時，稍存忠厚，少斂筆鋒，不至天下憤興，流氓童騃，盡可奉辭與之為難，則留一姓之傳，以內閣責任漢人，為立憲君主之政府，何嘗不可做到。」
可見嚴復與時局潮流日漸激進的扦格難通，乃出於很深的考慮：社會改革的設計不可能有網盡天下之利的喜劇方案（「非常可喜之論」）；只能不斷在痛苦和謹慎的摸索之中，兩害相權取其輕（「擇於兩過之間」）。
1945年陳寅恪在《讀吳其昌撰梁啟超傳書後》一文中說：對於「高文博學近世所罕見」的梁啟超，幾十年以來的評論者總是詬病其「與中國五十年腐惡之政治不能絕緣」，將此視為他的不幸；但是在陳寅恪看來，這種批評實為膚廓之論，因為梁啟超的「不能與近世政治絕緣者，實有不獲已之故。此則中國之不幸，非獨先生之不幸也」。
陳寅恪還把對於梁啟超的評價放在中國變革之異常艱難的大背景中，並且引出自己在這環境之下，對於如何選擇制度方案的態度轉變：「余少喜臨川新法之新，而老同涑水迂叟之迂。蓋驗以人心之厚薄，民生之榮悴，則知五十年來，如車輪之逆轉，似有合於所謂退化論之說者。」
如果說陳寅恪的悲慨確是有感而發，並且被以後歷史證明有其根據的話，那麼我們也許可以聯想到，早在陳氏之前幾十年，嚴復這位對中西社會和文化同樣有著過人瞭解（與陳氏相比，他對於中西制度結構及其法理的探究要深入得多）、同樣是與近代以來的變法維新有著血肉關聯的思想家，就曾反覆告誡過世人，要警惕在「新法之新」催動下得出「如車輪之逆轉，似有合於所謂退化論之說」那樣的逆向結果。
在很長時間裡，舉世流行的熱望始終都是篤信一種「非常可喜」的制度方案如何能夠使中國迅速富強，甚至「超英趕美」；所以相比之下，能夠看到「如車輪之逆轉」之悖論的嚴、陳等人不僅寥若晨星，而且更落得悲劇性的宿命和無奈。嚴復這位向中國介紹近代以來世界面目、尤其系統地向中國輸入憲政法理的第一人，終其一生反而只能抱著那樣「保守」的態度來評價世事翻覆，這可能真像陳寅恪評價梁啟超那樣，是「實有不獲已之故。此則中國之不幸，非獨先生之不幸也」。