雖然武則天一生欣賞、尊重狄仁傑，狄仁傑也全心全意輔佐她，但是狄仁傑說到底是一個正統的儒家，他的心其實還在大唐那一面。武則天知道這一點，但是她也無可奈何。正統的儒家講究忠孝，狄仁傑在這方面自然是無可挑剔的，與此同時，儒家是無法接受女性當權的。《尚書》說：「牝雞之晨，惟家之索。」母雞打鳴了，是一家的災禍，所以自古中國就沒有女性君主，本就很稀少的幾段女人當政時期也被看做是亂政時期，比如著名的西漢呂後。就連唐高宗的父親太宗皇帝也覺得女人當政是不可想像的事情。曾經有一次，新羅國善德女王派使者來求援，說高麗在打自己，請唐軍援助。太宗坐在寶座上說了一大通，總之一句話：「爾國以婦人為主，為鄰國輕侮，失主延寇，靡歲休寧。」誰讓你們是女王當政呢，國家咋能有女主呢，要不鄰國咋欺負你們呢？想想有意思，您可知道自己的後宮裡就有個更厲害的角色嗎？
狄仁傑承認武則天是個偉大的政治家，是合法的君主，但是輔佐女皇還是為他帶來了困擾，他對此是十分苦惱的。據說他後來擔任宰相的時候，在一個雪天裡去洛陽城外看望自己的堂姨，這位堂姨對待他總是不冷不熱的。剛到門口，碰到表弟打獵回來，這位表弟見到貴為宰相的表哥，隨便作個揖就走了，態度很傲慢。狄仁傑倒也沒在意，跟姨媽說：「我現在是宰相了，弟弟要想做官，我能幫忙。」結果這位姨媽回答：「你姨媽我就這一個兒子，不想讓他伺候女主。」這是在諷刺狄仁傑啊，據說當時狄仁傑十分尷尬，這反映出他自己也有些不夠理直氣壯。後面我們會看到，這種矛盾的心情貫穿了狄仁傑的一生。
這裡順便說一下，有的讀者看到這段故事可能會想：狄仁傑是在搞裙帶關係，任人唯親。的確，他給姨媽打包票的那番話按今天標準來說就是搞裙帶關係。不過在唐代，五品以上官員有權力保舉至親子弟，經過一定的程序可以為官，稱為「門蔭」制度。原本舉薦的都是至親，可是久而久之，官場上舉薦其他親屬的風氣蔓延開來，大家習以為常。這就是人治的弊端。堂姨的兒子按理說不在權力範圍內，狄仁傑有濫權的嫌疑，這一點我們不必替他諱言。
對於狄仁傑來說，忠君思想和反對女性當權的思想糾結在一起，這兩種思想都來自他從小受到的教育，非常矛盾。周朝取代唐朝，不像其他的朝代更迭伴隨著戰爭和動亂，一朝天子一朝臣，武則天是採取漸進的方式逐步建立大周的。溫水煮青蛙，臣子們和她的關係是長久發展出來的，很多人對新王朝既無法做到完全地接受，又無法完全地背離，去做出激烈的反抗殉國之舉。可以說，狄仁傑一生對唐朝很忠，這是對國家的忠，對武則天也忠，這是對她個人的忠。這是狄仁傑一生的主線。他在幫著武則天治理國家的時候，認為自己是盡忠，是為了武則天好。他臨終布下棋子，甚至對政變預先有所安排的時候，仍然認為自己是盡忠，而且也是為了保全武則天的名節。