整頓吏治
萬曆初年開始的張居正改革，首先是從整頓吏治開始的。他認為當時朝野政治腐敗、民不聊生的主要原因在於「吏治不清」。為了整頓吏治，以達到為官清廉，治政清平，讓人民生活安定，從而使封建政權長治久安的目的，張居正於萬曆元年(1573)推行「考成法」。其主要內容是加強內閣的行政和監察責任，提高吏、戶、禮、兵、刑、工六科的監察職能。六科是對吏、戶、禮、兵、刑、工六部百司相應而設的監察機構，張居正以六科督促六部，以六部督促諸司以及地方撫、按，最後再由內閣直接控制六科，掌握對各級官吏的監察大權。考成法還對六部、都察院等具體行政衙門實施隨時考核、事事責成的稽查制度等。
這一嚴密而完整的考成系統，將宦官統率六科、稽查章奏權移交內閣，從而在一定程度上減少了宦官干政的可能，極大地提高了內閣的權威，使權力集中於首輔，從而加強了號令天下的中央集權。考成法提高了辦事效率，減少了各部門的相互推諉、扯皮，為精簡機構、節省政府開支提供了可能。稍後，張居正便下令裁減部院諸司冗官和各省司、府、州、縣官，以提高官吏的素質和行政效率。這些，都為此後張居正推行的各項改革奠定了基礎。通過整頓吏治和精簡機構，張居正獲得了一個效率較高、得心應手的行政班子，為推動經濟改革作了思想上和組織上的準備。
在整頓吏治的過程中，張居正對嘉靖、隆慶時期行賄受賄、貪污腐敗的社會狀況深惡痛絕。因此，他擔任首輔之後就果斷採取措施，整治腐敗，決心扭轉政風士習，令出必行，有功必賞，有罪必罰，以重振往日的輝煌。
實施考成法
1573年(萬曆元年)十一月，張居正上疏實行「考成法」，明確職責。他以六科控制六部，再以內閣控制六科。對於要辦的事，從內閣到六科，從六科都到衙門，層層考試，做到心中有數。改變了以往「上之督之者雖諄諄，而下之聽之者恆藐藐」的拖拉現象。考成法的實行，提高了各級部門的辦事效率，而且明確責任，賞罰分明，從而使朝廷發佈的政令「雖萬里外，朝下而夕奉行」。張居正整飭吏治的目的主要還是「富國強兵」，這條紅線貫穿於他的改革之始終，實行考成法的最大收穫也正在於此。
機構改革
王國光也對一系列不合時宜的舊制度、舊秩序進行改革。
其時簿牒等公文十分繁雜、冗濫，從州縣到部，無論是各部門，還是具體的承辦人，都有難言之苦。他便大刀闊斧地進行裁撤合併，去掉了近半數的繁文，使得事情方便易行;戶部十三司因公署狹小，官員們便不來上班，導致弊病越來越重，他便雷厲風行，一改前弊，令所有官員均入署辦公，各司其職，使工作效率大大提高;邊關軍餉告匱，而支出及收項無案可查，他令當地的邊臣核實各項收支，並且籌劃出長遠計策上報，使消耗、浪費銳減。