朱元璋當皇帝後，天不怕地不怕，就怕皇后馬娘娘，生怕馬秀英不高興。而馬氏因為恪守婦道，人品好，後宮嬪妃沒有人不服，史學家稱馬氏是一個稱職賢惠寬厚仁慈的正宮娘娘。
史書上對馬皇后多有褒言，《明通鑒》稱：
後，宿州人，仁慈有智鑒，好書史，佐上定天下，恆勸以不嗜殺人為本。及冊為皇后，勤於內治，暇則講求古訓，告六宮以宋多賢後，命女史錄其家法，朝夕省覽。……妃嬪、宮人皆厚待之。命婦入朝，如家人禮。愛誦《小學》，嘗求上表章。上決事或震怒，輒隨事微諫。雖上性嚴，為緩刑，戮者數矣。
從這段記載上可見，呂雉與馬秀英是兩個完全不能相比同論的皇后，一個惡毒，一個仁慈;一個不守婦道，搞亂後宮，一個恪守女道，穩定後宮;一個煩神，一個省心。
在這一點上，劉邦確實是不幸的，而朱元璋則是幸運的。馬皇后為他生育了不少兒子，《歷代陵寢備考》稱，「後生懿文太子、泰王樉、晉王桐、成祖、周王」(注，有史書稱馬皇后不能生育，朱棣非其親生)，還為他的政事操心。
馬皇后多次勸朱元璋：「誠如陛下言。妾與陛下起貧賤，至今日，恆恐驕縱起於奢侈，危亡起於細微。故欲得賢人，共理天下。」如果不是馬皇后，朱元璋還不知要濫殺多少人呢。而劉邦的皇后呂雉呢，則嫉賢妒能，為了坐穩自己的皇后，什麼事都幹得出來。
朱元璋也深知自己妻子的賢能，在馬皇后生病後，朱元璋為她請來了良醫，還親自送飯，親手餵藥，大臣也為她禱祀。《明通鑒》載，馬皇后告訴朱元璋：
「死生命也，禱祀何益？且醫何能活人，使服藥不效，得毋以妾故罪諸醫乎？」
《國榷》也稱：
後微時，依郭子興家，事上備極艱苦。每佐征討大策，補縫行間，雖貴極，謙素不渝。上或譴怒，輒婉辭。朝夕尚食，手劑之，其謹微類此。疾篤，不復飲藥。曰：「藥無益，徒為醫者累」。
臨死時，朱元璋問她有什麼話留下，她說，「願陛下求賢納才，慎終如始。」洪武十五年，馬皇后死了，時年51歲。當時朱元璋是淚如雨下，至死也沒有再立一個皇后。
死後，朱元璋給馬皇后很高的榮譽，謚之「孝慈昭憲至仁文德承天順聖高皇后」，孝陵之名即由此而來。嘉靖十七年，加謚「孝慈貞化哲順仁徽成天育聖至德高皇后」(《明史后妃傳》)。
正因為兩人深厚的感情，所以直到朱元璋死了，都沒有另立皇后。