在古代，「邪教」是朝廷對民間秘密宗教的稱呼，是政治「打假」，沒有令人信服的評判標準。朱元璋在登位伊始，就採納謀士李善長的建議，迫不及待的宣佈摩尼教、白蓮教為「邪教」組織，先是嚴加監控，而後施以鐵腕。《大明律》明文規定「為首者絞，從者各杖一百，流三千里。」其殺伐之速之狠，既讓我們看到了這位草根皇帝對「邪惡勢力」必欲除之而後快的決心，也讓我們隱約感覺到了他對民間宗教組織的幾分畏懼。
前事不忘，後事之師。歷代帝王對宗教的忌憚，完全是以古為鑒，不是沒有原因的。史載公元184年(東漢靈帝中平元年)，張角、張修二人，各以宗教名義，發展會眾。數年之間，便帶甲百萬，鐵騎千群，一則獨霸東方，一則統攝漢中，與大漢王朝分庭抗禮。(據《三國誌·張魯傳》注引《典略》概述張角、張修的學說時說：「熹平中，妖賊大起，三輔有雒曜。光和中，東方有張角，漢中有張修。角為太平道，修為五斗米道。)
由此可見，「宗教」實在可以作為一個政權的前身和胚胎！自古及今，天無二日，國無二主。專制君王又怎麼可能容忍一個潛在的、隱形的、將來有可能把自己端掉的組織存在呢？！何況朱元璋本人，即是明教(摩尼教中土支教)中薄有威名的小頭目，深知宗教籠絡人心之手法的厲害，出於政治目的，他必須過河拆橋，不能養虎遺患。
「明教」有這些特徵嗎？我們可以來看看《明教教義》：「修行乃四法，啟智，體情，煉體，徒行。缺一不足名，缺二無以立，缺三終渾噩，無四亦無始。啟智通日，以理為事，以常為道。習以日月倫常，天道循環。曉以萬物之規，世間之律。以數入道，以理推之。尋未知之事，探不明之理，終以創世;體情通月，以心處世，以情動人。會三情通六竅，體疾苦涼黑白，不以貧賤歎不平，不以困苦而自棄。守明月，待圓缺，終不以物喜，不以己悲。」不以物喜、不以己悲，正是我國古代先賢聖達所追求的至高境界，邪在哪裡？！朱元璋身在教中，早已知道明教以自我修行為主，拜祭上蒼為輔，意在為教眾建立積極的信仰。並欲以此為基，建立明歷之後的新秩序。
反倒是朱元璋建立的大明政權，頗有「邪教」的特徵，自太祖、成祖之後，大都昏庸無道，荒淫好色，不理政事。更兼設東西二廠，縱容宦官秉政，對朝野之間進行無孔不入的行為控制、情緒控制。時值明末，更有東林黨糟改儒學，壟斷傳統文化的解釋權，推崇「兩末之議」，對士族階級、莘莘學子進行思維控制、資訊控制。