建文元年燕王反叛之初，建文帝以及方孝孺等人，並沒有將朱棣放在眼裡。以為燕王一隅之兵，要翻天是件天大的難事。善良又有點迂腐的建文帝朱允炆甚至還給手下授了了一道奇特的口諭，不准任何人傷害他的叔叔朱棣，以免讓他擔上殺叔罪名。
正是這道口諭，燕王朱棣在四年的「靖難之役」中，才敢於親冒矢石，在兩軍陣前縱橫馳騁而毫髮不損。聯想到建文初年，徐達之子徐輝祖曾力勸建文帝扣壓朱棣之子，建文帝十分猶豫，居然沒有同意，結果放虎歸山，讓朱棣可以無所顧忌了。二是方孝孺向建文帝推薦了平叛的統帥，他的好友、李文忠之子李景隆。正是這個渾蛋，既打了敗仗，又打開金川門迎賊。在此之前，已有人對建文帝說李景隆有異志，但「帝雅信孝孺，遂不復疑，坐成開門之變，蓋不免於誤國雲」(明姜清《姜氏秘史》)。等到最終方孝孺如夢初醒，強烈要求建文帝殺李景隆時，一切都為時已晚了。三是朱棣軍渡過長江，南京危在旦夕之時，方孝孺又支了一個最臭的招兒。其時，「帝憂懼，或勸帝他幸，圖興復。孝孺立請守京城以待援兵，即事不濟，當死社稷」。
眼看南京不保，有人勸說建文帝暫避，畢竟，大半個中國，仍在建文帝控制之下。好漢也不吃眼著虧嘛。可是方孝孺力主守城，以待援兵。他甚至說：「即事不濟，當死社稷」，居然要讓皇帝以死酬志，可見迂腐之極。結果是陳碹以戰艦降燕，李景隆打開了城門，建文帝也在一場大火之後「不知所終」了。
靖難之役簡介
明太祖朱元璋把兒孫分封到各地做藩王，藩王勢力日益膨脹。因太子朱標早死，皇太孫朱允炆繼位，年號建文，是為建文帝。建文帝與親信大臣齊泰，黃子澄等採取一系列削藩措施，決定先削那些力量較小的藩王，於是首先襲執周王朱炆，把他廢為庶人，又拘代王朱桂於大同，囚齊王朱炆於京師，湘王朱柏自焚死。與此同時，也在北平周圍及城內部署兵力，又以防邊為名，把明太祖第四子燕王朱棣的護衛精兵調出塞外戍守，準備削除燕王。
建文帝以為準備停當了，便秘密下令擒拿朱棣，但是沒有成功，再加上削藩措施嚴重威脅藩王利益，坐鎮北平的朱棣於1399年(建文元年)，起兵反抗，隨後揮師南下，史稱「靖難之役」。
戰爭持續四年。此時建文帝已無大將可用，只好起用倖存的老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐，而建文帝也缺乏謀略，致使主力不斷被殲。朱棣以北平(今北京)為基地，適時出擊，靈活運用策略，經幾次大戰消滅官軍主力，最後乘勝進軍，於1402年(建文四年)攻下帝都應天(今江蘇南京)。戰亂中建文帝下落不明，或說於宮中自焚死，或說由地道逃去，隱藏於雲、貴一帶為僧。同年，朱棣即位，就是明成祖。
第二年，改元永樂，改北平為北京。1421年，遷都北京，稱北京為京師，南京為留都。