朱棣對朱高熾的不待見和接連打擊，使得父子之間的感情逐漸生疏，發展畸形。父子之間缺乏必要的信任和溝通，骨肉至親形同陌路，而兩人之間的感情與罅隙則要靠別人來維繫與彌縫。某日，朱棣突然想見朱高熾，便命人去宣召他。楊士奇請求派戶部尚書夏元吉去，因為夏元吉性格忠厚，同時也是太子的支持者。他怕朱棣派別人為使，會引起朱高熾的恐懼，很有可能在驚惶之際不辨真假，產生輕生的念頭。果然，朱高熾在聽到朱棣派人來召他時，非常害怕，幾欲自裁。待得知使者是夏元吉後，心情大為放鬆，說道：「元吉來，必能為我調護，當且見之。」
朱高熾即位之後，所有的新政舉措中，對父親朱棣的既定政策最大的叛逆，是他的回遷南京之舉。有人曾對此做出解釋，認為朱棣遷都北京，給江南地區帶來了巨大的壓力，江南人民因此而增加了不小的負擔。而且還認為，朱高熾自永樂二年(1404年)成為皇太子至永樂十八年(1420年)被召回北京，朱高熾一直生活在南京，已經習慣了南京的生活。因而於公於私，朱高熾都應該遷回南京。
個人以為，朱棣遷都北京，確實是給江南地區人民帶來了不小的壓力，這是不可否認的。但只要措施得當，並不會給江南帶來太大損失，更不會使江南地區發展受阻。明朝自定都北京後，江南經濟依舊繁榮，中後期甚至還出現了所謂的「資本主義萌芽」，這就很能說明問題了。至於朱高熾的生活習慣，在永樂二年以前的26年中，朱高熾的絕大部分時間都住在北京。永樂十八年，他被召回，直到他登基稱帝，朱高熾又在北京生活了大約五年的時間。而依照常理，五年時間足以改變一個人的生活習慣。因而，朱高熾返遷南京之舉，雖有為國計民生著想的成分，卻更多的包含了否定父親、怨憎父親的情感。
朱高熾有一個特點，據《明史》記載，他自幼就「端重沉靜」。也就是說，朱高熾從小就是一個喜怒不形於色的人，即便對父親心懷不滿，他也不會輕易在人前表露的。而十分湊巧的是，朱棣後期的國政頗多可供指摘之處，這正好給了朱高熾絕佳的借仁愛新政之名行發洩不滿之實的機會。
還有一件事很值得我們注意。侍讀李時勉曾在朝會時當面直諫朱高熾，指責他在為父親明成祖守喪期間親近妃嬪，跡近不孝。這惹得朱高熾大怒，當即命令衛士對其施刑，致使李時勉的幾根肋骨被砸斷。前言有述，朱高熾是一個喜怒藏中之人，而這次卻當庭發怒，實出意料。則合理的解釋只有一個，即李時勉所言不虛，那件事朱高熾確實做過，他確實「不孝」。對李時勉施刑，不僅僅是維護自己名聲，更多的則是惱羞成怒。
朱高熾宣佈停罷寶船下西洋、往西域買馬之詔，時在他登基的當天;而在他登基後的第二天，他就釋放了因勸諫明成祖不要北征而入獄三年的夏元吉等人;十一月及十二月，他又為建文帝殉難諸臣平反，這些都發生在年號還沒改成洪熙的永樂二十二年。這意味著，從法理上來講，當時仍是他父親統治的時候，作為一個孝子，是不應當在父親的執政時間內改弦更張的。而轉年三月，朱高熾就準備遷都南京了。眾所周知，朱高熾在位的時間只有十個月，可關鍵則是，朱高熾並不能預知自己只有十個月的執政時間。這也就是說，當時施行仁政改革的朱高熾在時間上並沒有急迫感，他的急迫感，只存在於心理上。他急切地想改變父親的決定，並藉機釋放自己已經壓抑了幾十年的心情。
所以，朱高熾的那些為人稱道的為國為民的仁愛之舉，其頒布的原始動機絕非如我們通常想像的那麼簡單純粹，這其中飽含他對父親朱棣的不滿於怨憎。但同時我們也應看到，朱高熾雖為人子，更重要的身份則是皇帝，只要他確實心中有國有民，恪守為君之道，則他對父親是否叛逆、怨恨乃至不孝，已無關宏旨了。