由於明神宗將近30年不理朝政，朝臣群龍無首，進而分化成了一個個的小集團，這些集團經過一段時間的整合，最終形成了一些勢力較大的黨，東林黨、齊楚浙黨，這兩大黨派由於政見不同爭吵，後來逐漸演變為純粹的權力之爭，你說對的我偏要說是錯的，你說是錯的我偏要說是對的，相互傾軋勢同水火。
天啟初年，由於東林黨人扶植天啟帝登基有功，幾乎完全把持了朝政，朝中的要害部門被東林人士充斥，齊楚浙黨受到打壓，心有不甘。這時，一個機會來了，就是大太監魏忠賢掌權，魏忠賢橫行跋扈，與東林人士有諸多矛盾。於是齊楚浙黨紛紛投靠魏忠賢，希望通過魏忠賢手中的權力打擊東林黨，從而實現自己把持朝政的目的。於是，他們有了一個響亮的名字——閹黨。
閹黨其實是齊楚浙黨與魏忠賢的政治聯合，聯合的目的是為了對付一個共同的敵人——東林黨。雙方終於爆發了一場正面的衝突，也即楊漣、左光斗彈劾魏忠賢當殺之罪，這場鬥爭的結果是東林黨慘敗，大批東林黨人士被殘酷殺害、逮捕下獄和貶為庶民。東林完敗，閹黨掌握了政權。
然而，僅僅幾年以後，新的轉機又來了，崇禎皇帝登基，嚴懲擅權的魏忠賢和閹黨，閹黨受到殘酷打擊。應當說，閹黨之中還是奸佞比較多，而東林黨雖然有不少敗類，但是還是正直之士較多。
崇禎之初對閹黨大清洗，隨即皇帝重新大批啟用東林黨，東林人士紛紛入閣，充斥朝廷的要害部門，閹黨如過街老鼠人人喊打，閹黨殘餘心有不甘，他們蟄伏起來，伺機反撲，重掌朝綱。
真是三十年河東三十年河西，機會又來了，崇禎二年，皇太極親率八旗大軍和蒙古騎兵，共計10萬人，繞道蒙古，破塞入關，直取北京。明朝兵部尚書、薊遼督師袁崇煥進京勤王，由於袁崇煥的諸多錯誤和失誤，加上袁崇煥言行過於不檢點，從而引起了崇禎皇帝的懷疑。
比如，袁崇煥尾隨清軍不進攻，造成了他引導清軍來北京的假象，其實他的目的是憑堅城、用大炮;他初次見到崇禎帝時，宣稱皇太極要在北京登基，勸說皇帝與皇太極議和，其實他的目的是讓崇禎以為敵人過於強大，從而為自己的失職開脫，並且讓崇禎同意他進城防守，因為在野外他的部隊很有可能打不贏。
但是由於袁崇煥自己的錯誤，加上朝中大臣的攻訐，崇禎覺得袁崇煥有問題，於是下令將袁崇煥逮捕，暫時關押，等待審理清楚再說。
袁崇煥下獄以後，朝中別有用心的人看到了此案的前景，這是一個扳倒東林黨的極好機會。袁崇煥雖然不是東林黨，但是與東林黨關係密切，多有來往。錢龍錫是東林黨的領袖人物，又是內閣大學士，當初崇禎命令徹查閹黨逆案，就是錢龍錫一手審理的。閹黨對錢龍錫可謂恨之入骨，因此，想要扳倒東林黨，就必須扳倒錢龍錫，想要扳倒錢龍錫，突破口就是扳倒袁崇煥。
這時候，一些人開始攻訐袁崇煥殺毛文龍是錢龍錫指使的，一下子使得此案的方向大變。原來單純的審理袁崇煥的問題，現在變成了對朝廷中一個結黨營私、迫害政敵的大案的審理。崇禎的態度也變了，他的注意力集中在了袁崇煥殺毛文龍這一案件的性質上而不是案子經過與對錯上。
閹黨殘餘和覬覦內閣首輔位置的溫體仁、周延儒開始大肆行動，他們不斷偽造證據、顛倒黑白、混淆視聽，不斷攻擊袁崇煥。錢龍錫主動辭職以圖洗清自己，錢龍錫去職。
不斷的黑材料使得崇禎皇帝開始確信，袁崇煥和錢龍錫確實是結黨了，一件事更加堅定了崇禎皇帝的看法，那就是袁崇煥在牢中堅稱自己和錢龍錫沒有半點關係，在崇禎看來，袁崇煥這番言論就是結黨的表現：拚死保護自己死黨中的其他人。
於是，一個結黨營私、迫害異己、殘害忠良的奸黨在崇禎的腦海裡成型了：東林黨勾結袁崇煥，殺害毛文龍，賣米給蒙古，引敵人入關，妄圖逼迫皇帝結城下之盟，在後金軍隊面前避戰等等。。種種劣跡。
崇禎認定，袁崇煥與錢龍錫等人都是奸黨，東林黨很多人不可再用。
崇禎皇帝已經動了殺心，加上袁崇煥確實有錯，他又和崇禎的性格相互牴觸，崇禎下令將結黨營私、奸邪誤國的袁崇煥凌遲處死。罪名是付託不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀款則斬帥，縱敵長驅，頓兵不戰，援兵四集，盡行遣散，及兵薄城下，又潛攜喇嘛，堅請入城，錢龍錫關入監獄，擇日斬首。
錢龍錫這時候上了一道奏章，奏章中咬了袁崇煥。崇禎皇帝這才如夢初醒，明白錢龍錫和袁崇煥沒有結黨，但是大錯已經鑄成，袁崇煥已經死了。
袁崇煥從下獄到被殺9個月，這期間，慘烈的政治鬥爭，東林黨人內閣紛紛下台，閹黨重新秉政。各個部門重新洗牌。溫體仁、周延儒入閣，成基命等人去職。
閹黨重新掌握朝綱，打敗了東林內閣，握住了權柄，華麗翻身，當然了，代價是袁崇煥等愛國將領的粉身碎骨。
袁崇煥案件是崇禎朝歷史上一個轉折點，此案背後是極為複雜的政治鬥爭，袁崇煥被殺標誌著崇禎新政結束，中興之夢破滅，大明王朝氣數將盡。
之所以這樣說，並不是在說，東林黨代表正義，閹黨代表邪惡，不是這個意思。
此案表明，明朝末年的政治鬥爭已經完全不以事實和道德為依據，演變為拋棄一切仁義道德、不擇手段的打擊政敵。任何企圖為國家為民族奮鬥的愛國志士在這樣的政治環境中都會被碾壓的粉碎。明朝的忠臣良將在無休止的的黑暗的朝廷紛爭中耗盡鮮血，國家最終覆滅。
袁崇煥的慘死表明了晚明政治的極端黑暗和腐敗。