東林黨自打自臉
崇禎殉難，清軍入關，天下危在旦夕的時候，與清王朝隔江而對的南明弘光政權，成了再造大明王朝的新希望，但這政權一建立就不給力，國家大事沒怎麼處理，先鬧出了一樁南明版的「爭國本案」。
南明王朝建立後，圍繞著誰當皇帝的問題，江南的東林黨和權臣馬士英一派各執一詞。「爭國本」時代堅守「立長」法統的東林黨，在這場爭鬥中反而又搬出了「立賢」的論調，即藩王裡誰有能力，就立誰當皇帝。當時的三大熱門候選人，分別是馬士英推舉的福王，東林黨推舉的路王，以及遠在廣西的桂王。
兩派人爭爭吵吵，沒想到福王朱由菘自己把這個問題解決了，他寫信給南明手握重兵的江北三鎮，即高傑，黃澤清，劉德功三位總兵，取得他們支持後，隨即帶兵進了南京，然後就順利登上了皇位。這種登基方式，也帶來了一個負面影響：關係南明國土安全的江北三鎮，從此以開國功臣自居，南明政權對他們再難節制。
公務員氾濫成災
南明弘光政權中把持大權的馬士英，在崇禎時代曾多有建樹，也出了名的仗義。曾經慷慨解囊，為大文學家張溥料理後事。但南明時代，他卻被罵做奸臣。
真正找罵的，主要是這幾件事：一是在朱由菘登基後，他啟用好友，當年曾迫害東林黨的「閹黨」阮大鋮出山，使他與東林黨關係激化。而後阮大鋮大肆報復排擠東林黨，更鬧得政權烏煙瘴氣。
二是福王即位後，他幹的第一件事，就是出賣了東林黨重量級人物，後來死守揚州的民族英雄史可法。當年討論南明皇帝人選時，史可法有著名的「七不可」論，即七條反對朱由菘即位的理由。而這一切，馬士英早就給朱由菘匯報了。結果，招來朱由菘記恨的史可法，不得不以外出「督師」的名義避禍。
第三，則是他在南明擔任內閣首輔期間的經濟改革，主要是提高南明的鹽稅和酒稅，以充實國庫，為了解決財政困難，他更大肆賣官鬻爵，各級官職都明碼標價，當時南明就有民謠稱「都督多如狗，職方滿街走」，南明的官，已經多到氾濫了。
（江蘇揚州史可法紀念館）
不靠譜的將軍們
南明立國早期，在國防上的最重要屏障，就是設立在江淮一帶的「江北四鎮」。這是南明對抗北方清王朝的最大資本。然而這四鎮的負責人，即黃得功，高傑，劉澤清，劉良佐四位總兵，從一開始就是非常不靠譜的。
早在清軍南下之前，官封東平伯的劉澤清就囑咐部下：敵人來了別玩命，能跑咱就拋，跑不了咱們就投降。高傑雖然在史可法的感召下，決心誓死抗敵，但他有勇無謀，部下又紀律極差，並非大將之才。
後來清軍南下時，這四個人裡，劉良佐和劉澤清都是主動叛變，決心抗敵的高傑，卻在部下嘩變中被殺。唯獨堅持抗戰的黃得功，最終戰死沙場。而且在清軍南下前，這四個人除了黃得功外，全是飛揚跋扈之徒，各個擁兵自保，明王朝根本難以控制。
弘光政權的迅速衰亡，除了腐敗黨爭等問題外，一個重要原因是：這個執政團隊，從來沒有拿出可行的辦法，來整合這個政權可以利用的軍事力量。
囚徒翻身做皇帝
弘光政權敗亡後，繼續扛起「大明」旗幟的，是由東南海商梟雄鄭芝龍扶植，成立於南京的南明隆武政權。這個政權的皇帝，就是隆武帝朱聿鍵。
他登基的時候四十四歲，但之前蹲監牢，就蹲了二十八年，先是因為自己的父親不為祖父喜愛，結果和父親一起被祖父關監牢關了十六年，差點餓死在裡面。到了崇禎即位的時候才放出來，卻很快因為得罪了崇禎，又被關在監牢裡過了十二年，直到南明弘光帝政權建立後才被釋放，之後就是弘光政權完蛋，逃難，再被鄭芝龍擁立當傀儡。縱觀他的一生，算是從一個監獄到另一個監獄。
但在做皇帝的表現上，這位「囚徒」卻是絕對的高分：生活很簡點，後宮只有曾氏一個皇后，連個妃子都沒有，在行政用人上提出「用捨公明」，即消除門戶之見，改變晚明以來因黨爭而造成的政治危害，金聲，楊廷林，何騰蛟等後來的抗清名將，也都是在此時由他開始啟用。
尤其重要的是，他最先提出聯合各地農民軍抗清的主張，這一點對整個南明的抗清決策影響深遠，即使在他敗亡之後，也被之後的永歷等南明小朝廷堅持下去。他的政權雖然短命，但他的行為，卻頗多中興英主的氣象。
扁擔軍悲壯北伐
南明弘光元年六月十五日隆武皇帝朱聿鍵即位，一直到次年他失敗。期間他依然完成了一次悲壯的北伐——黃道周北伐。身兼兵部，吏部兩部尚書的黃道周，自請募兵北伐，但鄭芝龍恨他多事，處處掣肘，一番忙活，才招募了三千多人，大多是沒受過任何軍事訓練的平民百姓，許多人連武器都沒有，只能拿扁擔湊數，綽號 「扁擔軍」。
這種北伐的結果，沒開打就可想而知。七月出兵，十月到了江西，十二月五日，全軍覆沒的黃道周在江西婺源被俘，次年三月初五被清王朝殺害於南京，臨死的時候，黃道周慨然朝南明政權的方向拜三拜。終於盡忠到家。
但事實上，這場以卵擊石的出征，本來並非毫無機會。當初黃道周募兵的時候，迫於輿論壓力，鄭芝龍還是象徵性的給他派了一隊兵馬增援。但因為是鄭芝龍的兵，黃道周也不待見，可這支軍隊是正規軍，更隱藏著一位後來震動台灣海峽的人物。
當時他只是這支軍隊的一個營級幹部，人微言輕，卻給黃道周提了一個非常重要的建議：先不要急於和清軍決戰，而是以大學士的身份進入江西贛州城，然後用朝廷名義詔令各路義軍集結，待到實力強大後，再與敵人決戰。
遺憾的是，以儒學正宗自居的黃道周，怎麼看得起這個大頭兵，擺擺手拒絕了這個建議。然後就是全軍覆沒，被俘，遇害。這個大頭兵也逃了出來，回到福建，他當時的名字叫施郎，後來多了一個綽號叫「海霹靂」，三十八年後他率領大軍橫渡台灣海峽時，已經改名叫施琅。
橫空出世李戰神
在清王朝統一南中國的戰爭中，一個經常出現的戰爭場景，就是當南明軍隊列陣備戰的時候，突然傳來一個聲音「辮子軍來了」。接著原本威風凜凜的明軍，就立刻如鳥獸散，即使在與那些原屬明軍，卻投誠清王朝的「偽辮子軍」交手的時候也如此。
長期的戰爭，確實把某些明朝軍人打出了「恐八旗症」。然而在南明永歷王朝的最後時段，卻出現了一位打破「恐八旗症」的傑出軍事家——李定國。
李定國原本是大西農民軍的將領，更曾做過明末農民軍領袖張獻忠的義子（排行老二），他從一個明王朝的敵人，當明王朝的捍衛者，箇中的緣由，除了當時情勢的變化外，也與他身邊一位說書先生分不開——金公趾。
這位金先生，原本是他在四川時擄掠到軍營裡的，每天給他說評書為他解悶。那時候的李定國，最愛聽的就是評書《三國演義》，然而金先生口才極好，不僅以精彩的表演一次次折服李定國，更常在說書時話裡有話，以三國中的人物，來激發李定國心中的忠義思想。
終於有一天，李定國明白了金先生的苦心，他慨然高呼說：「我不敢做諸葛亮，能夠像關羽張飛那樣盡忠，我就很知足了。」之後他這樣說，也這樣做。張獻忠失敗後，李定國追隨張獻忠的另一養子孫可望，一道平定雲南貴州地區，在當地建立政權。並經他努力，促成了大西農民軍與南明永樂政權的聯合。在東南半壁盡數落入清王朝手中的情況下，大西南，成為南明最後的抗清堡壘。
揚眉吐氣衡陽捷
（衡陽大捷）
李定國名動天下的一戰，是永歷六年的衡陽大捷。當時，李定國剛剛在桂州之戰中擊斃清朝定南王孔有德，收復廣西全境，並趁機進兵湖南衡陽。清王朝急命敬謹親王尼堪率十五萬精銳滿洲八旗南下增援。十一月十九日戰鬥打響，李定國以誘敵深入戰術，假裝敗退，吸引清軍主將尼堪脫離大部隊，繼而以重兵圍殲。
血戰之中，尼堪被當場擊斃。十五萬清軍全線崩潰，被李定國前後夾擊，幾乎全軍覆沒。此戰得勝後，戰場之上，參戰的八萬明軍歡聲雷動，齊聲高唱《滿江紅》，嘹亮的軍歌震天響。明末清初思想家黃宗羲評價說：這一場戰役的勝利，是萬曆年間以來，大明軍隊取得的最輝煌戰績。之後李定國將此戰中斃命的尼堪，命人繪製成圖冊，在南方各省遍傳勝利喜訊。
衡陽之戰的結局，對於當時立足未穩的清王朝，卻是一記重創，當時許多退避山區鄉野的明朝遺民們，紛紛走出鄉村，慶賀勝利。許多早已喪失信心，四處躲避搜捕的明朝軍民，又開始重新拿起了武器。
按照王夫之《永歷實錄》裡的說法，當時的清王朝，甚至欲向永歷王朝割讓南方七省，雙方劃江而治。清朝君臣上下，聽到李定國的名字，更有人渾身發抖。之所以如此，主要因為自明清戰爭開始以來，清王朝一直自豪的，就是滿洲八旗強悍的戰鬥力。
在清王朝平定南中國的戰爭裡，那些投降清朝的前明官員，也不止一次向清朝抱怨，說由投降明軍改編的清軍，根本沒有戰鬥力，要想一統天下，清王朝必須派出由「真正滿洲」組成的八旗勁旅。可衡陽之戰，面對十五萬滿洲軍組成的八旗勁旅，以及清王朝當時親王中的傑出戰將尼堪，李定國橫挑強敵，以寡擊眾，不但重創敵人，更無情粉碎了清軍長期以來的心理優勢——他打造了一支戰鬥力堪與滿洲八旗媲美的鐵血勁旅。
軍事家政治幼稚
南明永歷政權，從衡陽大捷後的形勢大好，到最後徹底衰敗，表面的原因，是由於孫可望弄權，逼宮永歷帝朱由榔，造成忠心勤王的李定國，與野心家孫可望之間的火並，最終削弱了自身實力。
但李定國本人，卻也有不可推卸的責任，在粉碎孫可望叛亂後，執掌南明大權的李定國也一度志得意滿，對孫可望的舊部大加排擠，甚至另一位戰功顯赫的大西舊將劉文秀，也被他削奪兵權後鬱鬱而終，直接導致劉文秀的許多部將與他反目。
在永歷十三年（1658年），清王朝在叛徒孫可望的洩密下，再次攻打永歷政權，然而素來足智多謀的李定國，在應對上卻昏招迭出，最終導致四川，貴州各省迅速淪陷，一度聲勢浩大的永歷政權，局面迅速糜爛。
李定國，是一個優秀的軍人，然而卻不是一個優秀的政治家。
悲壯的最後一戰
即使在永歷王朝大勢已去，大廈將傾的永歷十六年二月，敗退到雲南騰沖的李定國，依然向清王朝發動了一次悲壯的絕地反擊——磨盤山之戰。他決定沿怒江以西二十里的磨盤山小道設伏，借險要地形設下三道埋伏，並埋設大量地雷火器。
這次他的胃口更大——全殲追擊而來的清朝平西方吳三桂，以及他所統帥的優勢兵力滿漢八旗聯軍。戰鬥打響後，明軍以６０００敗兵做誘餌，且戰且退，將清軍帶入了第一道埋伏圈，眼看大功即將告成時，南明光祿寺少卿盧貴生火線叛變，將李定國的籌謀向吳三桂和盤托出，久經沙場的吳三桂，火速向設伏的明軍發起了攻擊，李定國也當機立斷，命令三道埋伏圈提前攻擊，與清軍展開血戰。
一場計劃中的殲滅戰，打成了犬牙交錯的搏殺戰，按照當時文人的記錄，雙方戰死的屍首，堆滿了整個磨盤山，經過一天的殊死搏殺，清軍再次倒在南明軍凶悍的衝鋒下，在付出巨大傷亡後撤退。
南明軍也付出了沉重代價，名將竇祖望戰死，士兵傷亡數萬，清軍方面的損失更大，在平定永歷政權的戰爭完全結束後，因為此戰的失敗，清軍上下竟沒有得到封賞。這以後，流落緬甸的永歷帝朱由榔，寄居在緬王庇護下，一度和李定國失去了聯繫，在邊境一心整頓兵馬，謀求恢復的李定國，等來的卻是永歷帝朱由榔遭吳三桂所擒，最終被弓弦勒死的噩耗。悲痛萬分的李定國當場口吐鮮血，於永歷十六年（１６６２年）六月十一日去世，臨終留下遺言：寧可死在荒野，也絕不投降。
至死都不曾放棄
明朝最後一個殉難的皇帝——永歷皇帝朱由榔，一生可用悲苦形容。然而這位壯志未酬的末代皇帝，身上卻有天生的帝王氣度。即使在他被吳三桂所擒，淪為俘虜的時候，依舊不卑不亢。清軍中的滿漢軍將們，起先出於好奇，都紛紛拿他當珍奇動物般參觀，沒想到的是，只要與他四目對視，或是應答上幾句話，這些驕兵悍將們便不由自主的跪倒，恭恭敬敬對他行禮。
即使是殺人如麻的吳三桂本人，他第一次見到淪為階下囚的朱由榔時，朱由榔只平靜的問了句「這是誰啊？」吳三桂立刻膝蓋發軟，頭冒冷汗，誠惶誠恐的伏地不能起。他的風度氣概，令吳三桂的滿族部將愛星阿，以及宗室貝子卓越羅都格外欽佩，在朱由榔最終被吳三桂勒死後，這二人反覆請求，要給朱由榔留一具全屍。
朱由榔臨終前做過的最後一件事，就是給吳三桂寫了一封真誠的信，這封信除了對他曉以家國大義外，其中的一些話語，也成了對吳三桂未來的預言。朱由榔在信中質問吳三桂：你以為自己很聰明，其實你自己很傻，你以為辦了你的主子最想做的事情，其實你卻觸犯了他們最大的忌諱。
事實正被朱由榔說中，為清朝建國立功無數的吳三桂，最終沒有得到清王朝的信任，也因此釀成了著名的「三藩之亂」。而朱由榔也希望用這封信，來打動做了多年叛徒的吳三桂，說動他能夠再次匡扶大明。雖然他沒有成功，雖然他也許能力有限，但是在那個特殊的時代裡，無論是身為帝王的朱由榔，還是慷慨忠義的將軍李定國，光復山河的努力，他們至死沒有放棄。