雍正皇帝去世後，棺柩在乾清宮停棺十九天，九月十一日移停在雍和宮。當初，雍和宮為親王府邸時按體制使用綠色琉璃瓦，乾隆元年(1736)把雍和宮的昭泰門、雍和門、雍和宮正殿、永佑殿、法輪殿等處，改換黃色的琉璃瓦，雍正帝的棺柩則放在永佑殿內。乾隆元年(1736)八月十七日，海望奏，今將中殿、後殿改黃瓦，殿內應行添建楠木神龕、供案等。辦買木植磚灰繩斤顏料工價等項，約估銀4，989兩。乾隆皇帝將他父親的影像供在永佑殿內，名為神御殿，添建楠木神龕、供案等。此外，每天都有喇嘛在雍和宮正殿和後殿(即法輪殿)誦經。
乾隆九年(1744)，皇帝將雍和宮改為喇嘛廟，成立了「雍和宮工程處」，負責修建工程及辦買物料。雍和宮原是中國式的宮殿，為了符合西藏寺廟的樣子，仿照故宮的雨花閣，在殿脊上建重簷的方樓，方樓上又安設舍利寶塔，寶塔樣子屬西藏式，方樓則是中國式。此項繕修費用由內務府銀庫支出，根據《內務府月折檔》記載，十三年(1748)七月先領過銀30，000兩，十二月又領銀20，000兩，共50，000兩。雍和宮的主要建築形式維持宮殿的輪廓，窗門殿飾則用唐古忒式。
乾隆皇帝派三世章嘉呼圖克圖為管理京師寺廟喇嘛扎薩克，給銀印一顆。呼圖克圖(hutuketu)或稱胡圖克圖，即活佛或佛爺之意。章嘉活佛自九歲到北京，和乾隆皇帝一起讀書，兩人感情親密。在《章嘉國師若必多吉傳》中提到，乾隆十年(1745)，皇帝修習藏密，向章嘉國師說：「朕欲學習密法，請給我傳授入乘法灌頂，還要把你的本尊神勝樂灌頂法傳授給我。」章嘉為他舉行隆重的灌頂儀式，給乾隆皇帝傳授全部的「勝樂鈴五神」灌頂法。灌頂時，皇帝請章嘉國師坐在高高的法座上，而皇帝自己坐在較低的座墊上，一直跪到灌頂結束。皇帝給章嘉國師奉獻了一具鑲滿奇珍異寶的金質曼扎，並佈施財物無算。乾隆皇帝又依次聽受「吉祥輪勝樂深奧二道次教授及分支」等密法，堅持每天上午修證道次，下午修證勝樂二次第。每月初十日舉行壇城修供、自入壇城、會供輪、供養等活動。皇帝學習佛法，跪在地上，頂禮章嘉國師的腳。如此尊寵，令人難以想像。
乾隆十五年(1750)，西藏第七世達賴感謝皇帝派兵平定西藏郡王朱爾默特那木扎勒的叛變，竭力在西藏搜羅古物和佛像。當時，廓爾喀國王(尼泊爾)從印度運來一棵白檀樹，七世達賴用大量的珠寶把白檀樹換來，從西藏運到北京。由養心殿造辦處的廣木作、木作、漆作、雕塑作、如意館五處的工匠，會同中正殿辦造佛像的喇嘛工匠，在察漢達爾罕喇嘛設計指導下，成做了一個高5.5丈的大佛像。為了安置大佛像，拆去觀音殿，改建萬福閣。大佛像全身貼滿金葉，而且鑲嵌珠寶，頭上戴著金色五佛冠。此外，連成造鐫胎漆金邁達裡佛等，所有辦買木石磚灰繩麻釘鐵雜料及給發各作匠夫工價、運價按例銷算銀86，038.54兩、赤金315.07兩。該年，雍和宮萬福閣前添建東西配樓兩座，並西邊修建廟宇成砌牆垣修理暗溝等項工程，實用銀16，937.36兩。又續添粘修東書院等處殿宇房間頭亭，並修理吉隆胡圖克圖居住正房廂房，後樓圍房添安板壁，挪安地罩，拆搭地炕祭器處，正房挑換椽望，順山圖房添砌院牆等項。
乾隆十七年(1752)，內大臣總管內務府大臣海望等奏准，粘修雍和宮殿宇、僧房，並東書院殿宇房間辦買物料、匠夫工價，共領銀3，667.64兩。僧房又稱為「連房」，就是喇嘛的宿舍，在昭泰門的東邊，分東、中、西三路，每路10連，共30連。根據金梁的研究，這是乾隆皇帝修建雍和宮時，把雍親王府南邊太保街一帶的民房，用官價收買而改建的。金梁在書中提到清末僧房和各佛倉的房屋共有643間的灰房和瓦房，及12間遊廊的巨大數目，可以說是在北京城內首屈一指的大喇嘛廟。
雍和宮雖改為喇嘛寺廟，但雍和宮的後樓和東書院兩區還保留雍正皇帝時代的器物。乾隆皇帝誕生於雍和宮東書院內的如意室，東書院內陳設雍親王府時代的古玩器物。清朝皇帝在五月夏至節祭北郊的地壇後，必到東書院大和齋內吃芝麻拌面。東書院的「大塊文章台」是雍親王府內演戲用的戲台，北面的「五福堂」為府內眷屬聽戲用的看台。雍和宮後樓即第六進的綏成樓，樓內收藏著不少乾隆皇帝幼時用的玩具，緊接著綏成樓的東山牆叫「東順山樓」，西山牆叫「西順山樓」。乾隆二十七年(1762)的修建工程主要針對這些建築，雍和宮東書殿宇、房座、遊廊，並後佛樓房間，以及雍和宮廟宇、鐘鼓樓、戲台、旗桿、柵欄等項。此項工程記載雍和宮的佛殿僧房數量：廟宇方座共49座，計214間;僧房130座，計919間;東書院殿宇房座共78座，計326間內;正座宮殿23座，計112間;遊廊值房共55座，計214間;後佛樓殿宇房座共9座，計47間;西邊關帝廟殿宇共7座，計21間。以上粘修佛殿僧房共1，157間，共約需銀16，619.5兩。三十一年(1766)又修理東書院、後佛樓等殿宇房屋，買辦物料和匠役工價用銀15，223.53兩。
乾隆四十四年(1779)，六世班禪羅桑貝丹益西為慶賀乾隆七十歲大壽，特地從扎什倫布寺啟程至京，次年(1780)九月到北京。乾隆命人修繕雍和宮的班禪樓、戒台樓及法輪殿，作為班禪蒞臨雍和宮禮佛時的休息和講經場所。六世班禪和章嘉國師一同在雍和宮戒台樓給皇帝講解「迅捷智慧六臂依怙隨許法」，由章嘉國師譯成蒙語，講給皇帝聽。該年十一月六世班禪因患痘，圓寂於西黃寺。乾隆命造辦處成做六世班禪大師銀像，供奉於雍和宮班禪樓內。法輪殿的右邊為戒台樓，傳說乾隆皇帝常穿上喇嘛的朝衣，披著大紅綢的哈達，戴著金質五佛冠，或桃形黃帽，坐在壇台上靜坐參禪，或講經說法。眾喇嘛圍在他的左右前後，焚香頂禮，聽他講經，故此樓叫「戒台樓」。
乾隆四十四年(1779)修繕雍和宮，八月將雍和宮所有佛號俱添蒙古字書寫四樣字，又修法輪殿西邊添建重簷戒台1所，以及拆卸舊有戒台殿3間，木戒台1座。除揀選舊料抵銀4，578.23兩，顏料紙張等項各處取用，官廠木植值銀3，874.02兩，其餘辦買石料磚瓦、工價等估銀8，894.17兩。乾隆四十七年(1782)，郎中連城文開奏准雍和宮、法輪殿、西邊戒台殿改建重簷戒台殿一座，又改建藥師殿等項工程，原估工料銀23，172.03兩，除領過銀兩外找領不敷銀948.95兩。員外郎連城文開奏准改建雍和宮、法輪殿、東邊藥師壇、照西邊戒台殿樣式、上簷、添周圍廊、內簷裝修等工，共領銀8，286.8兩，內有木植值銀4，751.93兩，照例由該工交納圓明園銀庫歸款。
乾隆五十二年(1787)修理雍和宮正面牌樓、天王殿前旗桿、昭泰門外牌樓等工程，取用官廠木植值銀667兩，工料銀5，741.45兩。乾隆五十三年(1788)住持喇嘛扎克巴丹達爾等報，雍和宮僧眾居住房間，以及廟內圍房看守房堆撥房共計954間，自乾隆三十八年(1773)粘修以後逾16年，尚可居住280間，其餘674間糟壞不全、牆垣坍塌，應行修整。計昭泰門外西邊圍房56間，僧房40間、東邊圍房81間，僧房250間、東花園僧房82間、印上僧房14間、後井僧房37間、小廟僧房27間、辦齋房5間、西阿斯哈門北夾道僧房53間、關帝殿6間、堆撥房18間，以上共房82座，計674間。應行拆瓦房585間，拆砌院牆699.7尺。粘修門樓32座、門口99座，並各座外簷油飭內裡裱糊成搭棚座圈廠等項，除取用官廠木植值銀6，737.59兩外，淨估需銀22，072.14兩。
乾隆五十五年(1790)粘修殿宇僧房共69間，包括雍和宮萬福閣1座計7間、永康閣1座、延寧閣1座、飛仙遊廊2座，並永佑殿兩山穿堂2座，計12間，並安定門外下院小廟大殿3間、東西配殿6間、後殿5間、僧房5間等。所有估需銀兩奏請在廣儲司銀庫現存雍和宮香燈餘存銀兩內照數支領，共約估銀24，364.34兩。
雍和宮目前仍是北京規模最宏偉的藏傳寺廟，乾隆皇帝挹注經費超過三十萬以上。相較之下，康熙時代修建五台山的寺廟，不過發內帑一千、三千兩，經費極少，其寺廟規模和金碧輝煌的氣象，絕對比不上雍和宮。(文/賴惠敏)