話說，李成梁剿滅了王杲，但王杲的兒子阿台卻在亂軍之中脫逃了。阿台沿路打家劫舍，一路闖蕩，從撫順闖到鐵嶺，又從鐵嶺闖回撫順，來來回回闖了幾遍，軍力又強盛起來，於是返回古勒寨，重建城壁，成了古勒寨的新一代寨主。
萬曆十一年(1583年)二月，李成梁認為「阿台未擒，終為禍本」，督兵從撫順出塞百里，大敗阿台於曹子谷，斬首一千有奇，獲馬五百。作為反擊，同年5月，阿台寇遼東，入瀋陽。李成梁被徹底惹毛，麾軍將之遂回到古勒寨。這一次，李成梁不打算就此罷手，他決定搗碎阿台的老巢，一次性解決問題。然而，古勒寨寨勢陡峻，三面壁立，李成梁急攻兩晝夜均未得手。努爾哈赤的祖父覺昌安和努爾哈赤的父親塔克世為了討好李成梁，自告奮勇入古勒寨勸降阿台。哪知古勒寨發生了內亂，李成梁趁勢殺入。李成粱殺入後是怎麼做的？ 清朝人是這麼記載的，筆者認為可能有誇張的成分。
《清太祖武皇帝實錄》記載：不分男婦老幼盡屠之，一時間，屍橫遍地，血流成河，共斬首二千三百。
至此，建州女真王杲部被滅。但努爾哈赤的祖父、父親也慘死在戰亂中！ 這一來，努爾哈赤不幹了！努爾哈赤捶胸頓足，悲痛欲絕，抄起傢伙直奔明軍大營，詰問明朝邊吏道：「祖、父無罪，何故殺之？」李成梁解釋說：「汝祖父實是誤殺。」
作為賠償，賜給他「敕書三十道，馬三十匹」，另外還有一份建州左衛都指揮使的委任狀。一來是努爾哈赤當時的實力太遜，二來賠償的東西太誘人，在嚴峻的現實和利益的誘惑下，努爾哈赤選擇了忍讓，但，他和大明王朝的梁子算是結下了。說賠償的東西誘人，是因為敕書是個好東西，女真部落之間為了爭奪一道敕書，往往會拼得屍橫遍野，流血漂櫓。
因為有了敕書，便有了到大明京城朝貢的資格。說是朝貢，其實是到明廷來撈金攬銀。所以說，敕書不僅是地位和身份的象徵，更是財富的體現。當年的王杲就靠從別人手裡搶來的幾道敕書把自己的事業做大，很快就成了雄霸一方的霸主。
現在，努爾哈赤手裡憑空得了三十道，那還不樂瘋了？何況，敕書之外，他還得了到了一份建州左衛都指揮使的委任狀呢！事實證明，有了這三十道敕書和這份建州左衛都指揮使的委任狀，努爾哈赤很快崛起，迅速強大，他以十三副鎧甲、部眾三十人起兵，四下殺伐，逐漸吞併了其他建州部落。
有意思的是，在萬曆二十一年(1593年)九月，努爾哈赤在古勒山(今遼寧新賓縣上夾鄉古樓村西北)一帶大敗「九部聯軍」（「九部聯軍」是指由海西女真的葉赫、哈達、烏拉、輝發四部及蒙古科爾沁、錫伯、卦勒察三部，以及長白山珠捨裡、訥殷二部號聯合起來的九部軍隊），明朝為嘉獎努爾哈赤穩定邊疆有功，竟封他為「龍虎將軍」。
由此，努爾哈赤的野心更大了，他的下一步，是吞併女真其他各部。當時的女真共有三大部：建州女真、海西女真、野人女真（東海女真）。建州女真生活在牡丹江、綏芬河流域和長白山北部一帶，分為建州五部（哲陳部、渾河部、蘇克素護部、董鄂部、完顏部）和長白山三部（朱捨裡、訥殷、鴨綠江）。海西女真東連建洲、西鄰蒙古，南到遼寧開原，北至松花江一帶，分為扈倫四部（哈達部、葉赫部、烏拉部、輝發部）。
野人女真（東海女真）在黑龍江、烏蘇里江和庫頁島一帶，屬於邊遠貧困地區，分為窩集、瓦爾喀、庫爾哈三部。努爾哈赤為了統一上述女真，前後用了整整三十六年時間。這期間，遼東總兵李成梁被彈劾下課，遼東無可勝任之人，「十年之間更易八帥，邊備益弛」。而且自從萬曆二十年（1592年）年抗倭援朝戰爭爆發，遼東大軍的主力一撥接一撥的發往朝鮮戰場，斷斷續續地打了差不多七年仗，明廷實在沒有太多的精力理會努爾哈赤。
應該說，在這段漫長的時間裡，努爾哈赤對明朝還是表現得相當忠誠的。比如，他得到了龍虎將軍的封號，二話不說，馬上率部入京朝貢謝主龍恩。當時有很多人認定，努爾哈赤是明朝最忠誠不過的馬仔，他忙忙碌碌的這些年，是在替朝廷管理遼東。而努爾哈赤利用這次難得的進京機會，還大大地秀了一把：一臉赤誠地向大明申請入朝鮮驅殺倭寇，情願揀選精兵，待嚴冬冰合，即便渡江，征殺倭奴，報效皇朝」（語見《李朝實錄》）。
當然，說是努爾哈赤純粹是在表忠心也不妥當。要知道，入朝作戰又何嘗不是他、乃至整個女真族人所悠然嚮往的事呢？在當時，富裕的朝鮮對於苦寒的建州來說，簡直就是一個美妙的天堂，女真人本來在朝鮮北部佔了一些地盤，卻被朝鮮一路往北趕，現在如果能以抗倭援朝的借口捲土重來，飽掠一番是肯定的，說不定還有機會裂土封王呢。退一步說，若「朝鮮即被倭寇侵奪，日後必犯我建州」（《李朝實錄》），對女真也存在很大的威脅。
所以說，努爾哈赤這個提議如果能通過，以後的歷史發展可能又是另一個樣子。可是萬曆斷然拒絕了。也許萬曆覺得，努爾哈赤插手朝鮮，局勢只會更亂：一旦戰敗，不但朝鮮糜爛，而且遼東也將更難以控制，日本對大明的威脅也就更大了。而一旦戰爭勝利，先不說努爾哈赤會不會到處掠奪物資，首先他就在中、朝、日三國建立起極高的聲望，朝鮮也會對其感恩戴德，女真和朝鮮相互間就會失去了牽制作用，不利於大明政府對這兩地的控制。
而在朝鮮方面來說，他們也覺得「若許韃子征倭，則天朝兵馬多少，朝鮮兵強弱，山川險易，無不詳知，所關非細，決難聽從」 （《李朝實錄》），對女真極其排斥，不歡迎他們的援助。不管怎麼樣，努爾哈赤的請戰意圖泡湯了，他能做的事，就是繼續自己的吞併大業。
他回到了遼東，對海西女真扈倫哈達、葉赫、烏拉、輝發四部，展開攻勢，軟硬兼施，遠交近攻，先弱後強，征撫並用，逐個吞併。萬曆二十九年（1601年），努爾哈赤攻滅了哈達，其部在遼東聲勢日隆，漸有尾大不掉之勢。而明朝經過七年的抗倭援朝，元氣大傷，無力遙控遼東局勢，蒙古也在這節骨眼上趁火打劫，進犯遼東，李成梁的長子遼東總兵李如松就在與蒙古人的作戰中中伏身亡。沒辦法，只好又請李成梁出山。
從萬曆十九年（1591年）下課，到萬曆二十九年（1601年），老頭子離開遼東已足足十年了，這番歸來，已經物是人非，時勢變易，該如何開展工作呢？誰也沒有想到，李成梁竟然主動放棄孤山新堡、寬甸堡、新甸堡、大甸堡、永甸堡、長甸堡等六堡。
六堡位於今天遼寧鳳城以東鴨綠江以北地區，明人稱其「南捍衛所，東控朝鮮，西屏遼沈，北拒強胡，蓋全遼屹屹之巨防，國家永永之大利也」，正是他早年辛辛苦苦建立起來的扼制女真的戰略要地。現在努爾哈赤的勢力正日益膨脹，你說你要撤出六堡，這到底是怎麼啦？居住在六堡的很多人不願意搬。李成梁給出的官方解釋是：寬甸懸邊外，岌岌難守，是個是非之地，必須放棄。
的確，此時的遼東，也已經不是彼時的遼東了，建州女真部在努爾哈赤領導下日益強大，已令四方各部畏服，難以撼動。而反觀遼東明軍，兵力疲弱，根本無力維持邊境安全，為了降低戍邊的成本，李成梁只得忍痛割愛，改變策略，轉攻為守，放棄寬甸一帶，將當地居民遷入內地，目的一為堅壁清野，二是辟出一片利於攻防的緩衝區，遏制女真的入侵。
六堡的丟棄，京城裡的言官們一片嘩然，紛紛指責李成梁放棄國土，喪權辱國。但萬曆不理會，「帝素眷成梁，悉留中不下。」（《明史.李成梁傳》）
寬甸六堡的毀棄，似乎真的為大明王朝贏得十數年的安定。事實卻是：努爾哈赤正在馬不停蹄地由近及遠，先弱後強，抓緊擴大自己的地盤，盡量不招惹明朝。萬曆四十三（1615年）年六月，震懾遼東幾十載的一代名將李成梁辭世，享年九十三歲，「上命以公祭喪」（《明史.李成梁傳》）。萬曆四十四年（1616年）正月初一日，努爾哈赤以赫圖阿拉為中心，參照蒙古政權、特別是中原漢族政權的範式，在赫圖阿拉（今遼寧新賓）正式稱汗，汗名很長，叫「承奉天命覆育列國英明汗」(簡稱「英明汗」，建元天命)。
這一年努爾哈赤五十八歲，已經吞佔了大部分女真部落（除明朝所支持的葉赫部外，其已基本完成女真的統一）。稱汗後的努爾哈赤野心迅速膨脹，漸漸露出獠牙。
經過兩年的精心籌備，決定公開跟明朝作對。萬曆四十六年（1618年）正月十六這一天，努爾哈赤自稱天顯異象，這年必須有大動作。他一字一板地對眾諸貝勒大臣說：「我意已決，今歲必征明國！」（《清太祖武皇帝實錄》卷五）——努爾哈赤對大明的「忠誠」之心，原來不過如此啊！
不過，他從十幾歲以號稱十三副鎧甲起兵，到了邁入了花甲之年才宣佈這個心願，也算得上夠狠忍，夠老辣了。宣佈完畢，接下來是做精心的入關準備。他吩咐各旗各部大肆伐木，趕製攻城的器械。為了做好保密工作，向外聲稱是伐木蓋馬廄。各項工作一直忙碌到該年度四月份。萬事具備，只待東風。四月十三日，他以明朝辦事不合理，偏袒女真葉赫部為由，悍然頒布「七大恨」，動員全軍傾巢略明。這「七大恨」的內容由於歷史謬傳，版本眾多。根據《清太祖武皇帝實錄》所記，其真實內容大致為：.
一、明人無辜殺我的祖父、父親。
二、明人無私幫助葉赫部與我作對。
三、明人在清河以南、江岸以北打獵，侵擾我部落村莊，處死我部派到廣寧的十個使者。
四、明人擅自越界，出兵援助葉赫部，將我早年聘娶的女人轉嫁給蒙古王子。
五、柴河、三岔、撫安三地是我們祖輩傳下來的地盤，明人卻不許我們在其上耕種，遣兵驅逐。
六、葉赫部倒施逆行，弄得天怒人怨，明人卻偏信他們的鬼話，派使者來污辱我、數落我。七、大明國君既為天下共主，不應該對我有偏見，更不應該違抗上天的旨意協助葉赫部與我對抗。
這「七大恨」裡面，其實只有第一條有點說得過去，但殺其祖父一事，畢竟已事過多年了，而且賠也賠了，接受也接受了，現在還拿來講，氣勢多少有所打折，於是只好翻來覆去地指責明朝向著葉赫部拉偏架，不惜擅自越界，援助葉赫部，夥同葉赫部派使者來污辱女真、責女真擅殺，幫助葉赫部，轉嫁女人等等等等，嘮嘮叨叨的將明朝數落一大通。就是這樣的「七大恨」，居然讓女真士兵激動不已。四月十五日，努爾哈赤率軍「乘隙突入」，迅速攻陷撫順，接著又連下東州、馬根單等五百餘城堡，掠明帝國人畜三十萬，編降民一千戶，其後又取得了震驚世人的「薩爾滸大戰」的勝利，一舉奠定了與大明王朝爭鋒的先機。