清朝比明朝嘗藥更為嚴格：一器由御醫、院判、內監依次嘗藥;另一器進御。
清太醫院初設在北京正陽門內東江米巷，今東交民巷西口路北附近。太醫院大門懸掛「太醫院」匾。大門前左為「土地祠」，右為「聽差處」。太醫院有大堂五間，懸掛康熙帝御賜名醫黃運的詩文：「神聖豈能再，調方最近情。存誠慎藥性，仁術盡平生。」醫生講求「誠慎仁術」四字。大堂左側南廳，是御醫辦公廳堂，右側為北廳。後為先醫廟，供奉伏羲、神農、黃帝的塑像，有康熙帝御書「永濟群生」匾。先醫廟裡有銅人像，廟外有藥王廟，廟連接大堂的是二堂、三堂。
光緒二十七年(1901年)《辛丑條約》後，東交民巷被劃為外國駐華使領館區。翌年，太醫院遷到新建衙署，在今地安門東大街113號院，大堂東西3間，進深3間，現基本保存。東院為藥房。今前院有28戶居民，後院為五中分校使用。太醫院在宮內上駟院北設有待診、休息的處所，舊稱「他坦」，又作「塌潭」，為滿語音譯，漢意是「住屋、住所」。歲月流逝，現已無存。
康熙吃西藥
——給皇帝看病的不一定是御醫
明清的太醫院，兼具衛生部、總醫院、醫學院和保健局四種功能。康熙三十二年(1693年)五月，康熙帝因患瘧疾，服用法國傳教士洪若翰等進的金雞納霜(奎寧)而病癒。光緒二十四年(1898年)九月初四，法國駐華公使館多德福醫生曾為光緒帝診病開藥。不過，太醫院始終是以中醫中藥為主。
御醫職責主要有八項：侍直、進御、扈從、奉差、儲藥、祭先醫、診視獄囚、施藥等。其侍直，各以專科，分班輪值，在宮中稱宮直，在外廷稱六直。宮直在御藥房及各宮外班房值班，六直在外直房(如暢春園、圓明園)值班。扈從，皇帝出巡，御醫或奉旨點用，或按班輪值，都給夫馬、車輛裝載藥材，還給賬房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太醫也奉旨前往診病。太醫還給監獄囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御醫不一定都能給皇帝看病，給皇帝看病的也不一定都是御醫。
御醫怎麼當
——想晉陞，等六年
考選遷轉太醫院的御醫，來自全國各地，從民間醫生以及舉人、貢生等有職銜的人中，挑選精通醫理、情願為宮中效力的人，量才錄用。如康熙年間，北京同仁堂創始人樂顯揚曾任太醫院吏目一職，其子鳳鳴承襲父業。雍正年間，同仁堂供奉御藥房的宮廷藥材，前後八代，一百八十八年。太醫院還設有教習廳，培養醫務人才。經歷六個寒暑，考試合格，才能錄用為醫士或醫生(光緒《大清會典事例》卷一千一百五)。他們的晉陞規則是，六年考試一次，成績合格，沒有差錯，一次升補。考試受八股文影響，如一次考題為「知者樂水，仁者樂山」，還看重書法。太醫開藥方，要字跡端好。這項人事錄用和晉陞制度的優長是：第一，將考選、遷轉限制在院內，調出、調入均少，利於人才隊伍穩定;第二，御醫、吏目、醫士等採取考試方式選拔，擇優錄用，利於業務水平提升。
薪資待遇低
——醫士月薪不如太監
薪資待遇方面，太醫院的院使月銀三兩，左右院判、七品御醫均月銀二兩二錢，吏目、醫士月銀一兩五錢(光緒《大清會典事例》卷二百五十)。雍正元年(1723年)規定：醫士月給公費飯銀一兩五錢、米九斗。而一個普通太監月銀二兩，可見御醫的俸銀是偏低的。
會診、嘗藥、備案
——皇帝看病步驟多
御醫治病方面，據《明史·職官志》記載，給皇帝看病有「六要」：一要組成班子，院使、御醫和內臣三方共責，相互監督。二要會診，共同診斷。三要共同選藥，聯名封記藥劑。四要共同監視煎藥。五要共同嘗藥，就是每二劑合為一，煎熟，分作二器，一份御醫、內臣先嘗，一份進御。清朝比明朝嘗藥更為嚴格：一器由御醫、院判、內監依次嘗藥;另一器進御。六要將脈案方劑存檔備查。
藥房設藥庫儲存藥材。藥材按定例給價，由藥商採辦。內藥房醫生切造炮製。清宮藥房名目繁多，如御藥房、壽藥房、東藥房、西藥房、內藥房、外藥房、乾清宮藥房、武英殿露房、長春宮藥房、永和宮藥房等，有儲藥、煎藥、配製藥品等職能。
名醫多非御醫，御醫也多非名醫。清代醫學，重於考據，沒有解剖學。康熙帝的人體解剖學著作，尚不能出版，遑論他人？名醫王清任夜間解剖死刑者屍體，參證獸畜，著《醫林改錯》，為中國人體解剖學開山之作。後唐宗海推廣發揮，著《中西匯通醫經精義》。「兩人之開悟，皆足以啟後者。」
伴君如伴虎
——明代神醫戴思恭
戴思恭，字原禮，浙江浦江縣人。洪武中，征為御醫，治療立效，洪武帝愛重之。燕王朱棣患瘕(音「假」)，就是蠱脹病，洪武帝派思恭往治。思恭見燕王所用的藥都對，不明白為何不見效，便問燕王好吃什麼，回答：「嗜生芹(喜歡吃生芹菜)。」思恭說：「得之矣！」《明史》記載：「投一劑，夜暴下，皆細蝗也。」於是，燕王病癒。晉王朱櫚病，思恭給治癒。不久，復發死。洪武帝大怒，逮治王府諸醫。思恭從容進道：「臣前奉命視王疾，啟王曰：『今即愈，但毒在膏肓，恐復作，不可療也。』今果然矣！」諸醫由是免死。洪武帝不豫，少問，出御右順門，懲治侍疾諸御醫無效者，獨慰思恭曰：「汝仁義人也，毋恐。」不久，洪武帝死，建文帝立，懲治諸御醫，唯獨思恭沒受懲罰，還提升他為太醫院院使。永樂初，又徵人，免其拜。後病卒，年八十二。