清宮檔案中有一種專門記載皇帝起居生活、言行舉止的簿冊，叫《起居注》。光緒皇帝最後一年，即光緒三十四年(1908)的《起居注》，向我們透露了這樣三點信息：
一，住在中南海瀛台涵元殿的光緒，每天早晨的第一件事，便是到儀鑾殿(今懷仁堂)，向慈禧太后下跪請安，沒有一天間斷。直到十月十九日這天，還有光緒向慈禧請安的記錄，說明十九日之前，光緒的身體還是不錯的。
二，在二十日的《起居注》上，出現了「上不豫」的字樣。這一天沒有了光緒向慈禧請安的記載。相反，這天慈禧太后在儀鑾殿傳出懿旨，讓載灃當攝政王，載灃的兒子溥儀被送到宮中教養，顯然已是安排後事了。表明二十日這天，光緒已是預料之中將要歸天了。
三，二十一日的《起居注》記載：光緒「大漸」，也就是病危。「酉刻，龍馭上賓。」光緒在二十一日傍晚死在瀛台，慈禧太后則是第二天下午在儀鑾殿命歸西天。38歲的光緒皇帝反而死在74歲的慈禧前面，而且前後只差一天。這是歷史的巧合？還是處心積慮的謀害？於是，眾說紛紜。
認為光緒是被害致死的，大致有這樣幾種說法：
一，慈禧謀害說。在光緒身邊任職近20年的起居注官惲毓鼎，曾寫過一本《崇陵傳信錄》，書中說：光緒三十四年十月，當慈禧太后重病後，光緒的臉上有了喜色，慈禧聽說後十分憤怒，脫口說出「我不能先爾死」。慈禧在病危期間，唯恐自己死後，光緒重新執政，推翻她既定朝政及平反她一手製造的種種冤案，於是令人下毒將光緒害死。
二，李連英謀害說。德齡的《瀛台泣血記》等書認為，清宮大太監李連英等人，平日裡仗著主子慈禧的權勢，經常中傷和愚弄光緒。他們深恐慈禧死後光緒重新主政，會清算他們往日的罪孽，所以就先下手為強，在慈禧將死之前，先把光緒謀斃。
三，袁世凱謀害說。溥儀在《我的前半生》一書中談到，袁世凱在戊戌變法時辜負了光緒的信任，在關鍵時刻出賣了皇上。袁世凱擔心一旦慈禧死去，光緒決不會輕饒了他，所以就借進藥的機會，暗中下毒，將光緒毒死。
四，被人暗害說。曾經是清宮御醫的屈貴庭，寫過一篇《診治光緒皇帝秘記》的文章，說：在光緒臨死的前三天，他最後一次進宮為皇上看病，發現光緒本已逐漸好轉的病情卻突然惡化，在床上亂滾，大叫肚子疼，而且臉色和舌頭都是黑的。這位御醫認為，雖不能斷定是誰害死了光緒，但卻可以肯定光緒是被人暗中害死的。