首飛梯隊選定時，距離執行飛行任務只剩下了一個月。這段時間，訓練的重點轉向飛行程序和實際執行任務。
中國航天員訓練和整個航天工程的進展是同步的，沒有前車之鑒，沒有成功範例，摸索中進行，過程中有很多不成形的、不停變化的狀態，形式和內容都不可能固定。
比如，我們的訓練是針對神舟系列飛船的，但當時神舟系列飛船的技術狀態並沒有完全定下來，因此，隨著飛船技術和功能的調整，訓練大綱和操作細則都必須隨時跟著調整，而每調整一次就要重新學一次。打個比方說，相當於在建學校的同時要把學生培養出來，教學大樓還沒蓋好呢，我們就要想像坐在教室裡上課是個啥樣，有的課老師還沒有，就要找老師，發現還得補上一門課，就得再找老師。
而到了這個階段，整個航天工程絕大部分技術內容都已經定型，訓練目標和訓練內容才變得明晰和確鑿。
這一個月的強化訓練，主要在飛行程序模擬器中進行。用飛行程序模擬器、飛船運動人工控制模擬試驗系統等設備，進行正常飛行、應急飛行以及飛行過程中各類故障的判斷和處理，有針對性地反覆訓練。
對這些內容的考評，將決定誰成為首飛航天員。
其實，相關的操作，我們已經訓練了無數遍，尤其我們首飛梯隊的三個人，都是優中選優的勝出者，那麼怎樣才能在三個人中間拉開檔次呢？這時，專家們給我們設置了一些陷阱。
比如，按正常程序，航天員進艙後首先要對飛船的初始狀態進行檢查，專家們這時就會故意把狀態設置錯，看我們能不能及時發現，發現後怎麼處置。雖然訓練過程都一樣，但是我們面對問題的表現肯定是有差別的，哪怕只是細微差別，專家們都會做出評判。
我們連續進行了五次模擬程序考試，我五次的成績分別是：99.5分，99.7 分，100 分，100 分，100 分，仍然排名第一。
9 月初，李繼耐總指揮親自主持，召開了評選委員會會議，以無記名投票方式對我、翟志剛、聶海勝三人進行了排序，當時的結果並沒有公佈，儘管如此，我心裡還是有比較清楚的感覺：我可能排在第一位，首飛有可能是我。
2003 年 9 月 14 日，全體航天員來到酒泉衛星發射中心，也就是神舟五號發射場，進行最後的訓練和選拔。
9月21日到9月24日，首飛梯隊的三人進行「人—船—箭—地」聯合測試演練。
到了這個時候，可以說我已經對飛船的飛行程序和操作規程滾瓜爛熟、倒背如流。
比如，飛船在實際發射時，起飛後 3 分 20 秒左右，罩在座艙外的「整流罩」將按程序被拋除，航天員在此時可以見到舷窗外的天空。在演練時，這只能是一種想像中的景況，不會實際發生。因此，指揮大廳裡的老總們誰也沒料到航天員在此時會有什麼反應。
我坐在飛船座艙中，之前的所有規定動作都做得一絲不苟、忙而不亂，沒有失誤。程序剛剛走到 3 分 20 秒時，我認為按實況應當報告這時的狀態，於是按照順利發射時一定會出現的情況，向指揮中心報告：「整流罩拋除，我看到窗外的天空了！」
這並不是訓練中的規定動作，所以現場的一位老總驚訝地問我們所長宿雙寧：「你們的航天員訓練得這麼好，連這都知道？」
身為航天醫學工程研究所所長、中國載人航天工程航天員系統總指揮兼總設計師，宿雙寧對此非常自豪：「開玩笑，你都知道的事，他還能不知道？」
這次合練讓我一直以來的感覺得到了印證。
從整個提前演練的環節上看，我們三個人走的程序不一樣，我走的是實程序，都是一比一的設備演練，而翟志剛和聶海勝的演練，程序是壓縮的。
我告訴自己不可以有半點鬆懈。我期待著確認心中的那個謎底。
10 月初，我們首飛梯隊的三位航天員，都被領導約見單獨談話。總裝備部朱增泉副政委負責載人航天飛行的思想工作與宣傳工作，他帶著一個班子，不僅找我們三個人談話，還找我們的家屬談話。
首長的談話內容非常透徹，包括整個行動過程、訓練任務和執行任務的思想調整、宣傳計劃、個人對載人航天工程的認識、如何對待飛和不飛。
我當時匯報說，從訓練這個角度，我覺得飛行肯定是沒有什麼問題的，我只拿它當一次任務，跟訓練沒什麼兩樣。如果不是我去飛行，我會做好備份，堅持到飛船離地前的最後一秒，隨時準備飛。而對於類似如何對待榮譽、名利，那時真的沒有多想，也沒想到飛行回來會很「出名」。
談話快結束的時候，朱副政委突然問了我一句：「所裡跟你說了吧？」我說：「沒有，什麼也沒說。」他沉吟了一下，說你要保持住，情況很不錯的，綜合素質排名最高。
在此之前，9 月 30 日，中央電視台《面對面》欄目的王志採訪我，這是我第一次接受電視採訪。當時，我得到的特殊照顧至今讓我印象深刻。
那時，防「非典」還沒有結束，要求我接受採訪最好穿著防護服，可穿著它上鏡效果又很不好，我和王志就都沒有穿。
結果，為了保證我的安全，工作人員就用幾個大電扇，一直對著王志吹，讓他處於下風口，這樣，他那邊的氣息就流通不到我這邊來。王志就這樣一直頂著風采訪我。
那個採訪場面對我來說很新鮮，估計王志也是第一次在人造大風中採訪，我很感動。國家和人民對我們的厚愛和呵護，讓我更加深切地感到了肩上擔子的份量，我沒有理由褻瀆自己的職責。