隆慶六年六月以後，政權落到居正手中了。他的志願，是把整個的生命貢獻給國家。他還記得在五年冬天，正在內閣中的鬥爭，愈演愈烈，自己的政治生活，岌岌不保的時候，他曾經有過兩句偈語：
願以深心奉塵剎，不於自身求利益。
他對於政治的認識，是只有把握，沒有放棄；只有前進，沒有後退；只有犧牲，沒有畏縮。現在是他的時代了。萬曆元年，他曾講到這時的心理狀態：
去年、當主少國疑之時，以藐然之軀，橫當天下之變，比時惟知辦此深心，不復計身為己有。(1)
他認定嘉靖年間的廢弛，和隆慶年間的混亂，一切的癥結只是紀綱不振。所以他入手的方略便是整飭紀綱。明代掌握政權者的武器是京察，京察的大權在手，便可以澄清吏治，整肅官常。就在隆慶六年七月間，居正奏請舉行京察，五品以下的由吏部、都察院會同考察，四品以上的責令自陳。京察終了，十六日神宗下詔戒諭群臣，這是居正的手筆：
朕以幼沖，獲嗣丕基，夙夜兢兢，若臨淵谷，所賴文武群臣，同心畢力，弼予寡昧，共的昇平。乃自近歲以來，士習澆漓，官方刓缺，鑽窺隙竇，巧為躐取之媒，鼓煽朋儔，公肆擠排之術，詆老成廉退為無用，謂讒佞便捷為有才。愛惡橫生，恩仇交錯，遂使朝廷威福之柄，徒為人臣酬報之資，四維幾至於不振，九德何由而鹹事。朕初承大統，深燭弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛濁，但念臨御茲始，解澤方覃，銛鋤或及於芝蘭，密網恐驚乎鸞鳳，是用去其太甚，薄示戒懲，余皆曲賜矜原，與之更始。《書》不雲乎？「無偏無黨，王道蕩蕩，無黨無偏，王道平平。」朕方嘉與臣民，會歸皇極之路，爾諸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以後，其尚精白乃心，恪恭乃職，毋懷私以罔上，毋持祿以養交，毋依阿淟涊以隨時，毋噂沓翕訾以亂政。任輔弼者當協恭和衷，毋暱比於淫朋，以塞公正之路。典銓衡者當虛心鑒物，毋任情於好惡，以開邪枉之門。有官守者，或內或外，各宜分猷念以濟艱難。有言責者，公是公非，各宜奮讜直以資聽納。大臣當崇養德望，有正色立朝之風；小臣當砥礪廉隅，有退食自公之節。庶幾朝清政肅，道泰時康，用臻師師濟濟之休，歸於蕩蕩平平之域；爾等亦皆垂功名於竹帛，綿祿蔭於子孫，顧不美歟？若或沉溺故常，堅守舊轍，以朝廷為必可背，以法紀為必可幹，則我祖宗憲典甚嚴，朕不敢赦。百爾有位，宜悉朕懷，欽哉故諭！(2)
在舉行察典的當中，居正對於「以言干政」的人，確實去了幾個，他自己也說「芝蘭當路，不得不鋤」。但是在執行的時候，居正自有相當的分寸，所以在慰留張佳胤的書中，引用韓愈「蔡人即吾人」一句；後來《與南台長書》(3)又言：「或曰，『某為新鄭(4)之黨，不宜留之。』或曰：『某為新鄭所進，不宜用之。』紛紛藉藉，日引月長，甚無謂也！」他在當時，曾把自己的主張和楊博說起；後來又和李漸庵說：
天生一世之才，自足一世之用，顧銓衡者，每雜之以私意，持之以偏見，遂致品流混雜，措置違宜，乃委咎云「乏才」，誤矣！僕之淺薄，雖不足以與知人，然一念為國之公，實無所作。故自當事以來，諄諄以此意告於銓曹，無問是誰親故鄉黨，無計從來所作眚過，但能辦國家事、有禮於君者，即舉而錄之。用三驅以顯比，懸一鏡以虛照，故一時群才，鹹有帝臣之願。今部署已定，以後仍當綜核名實，一一而吹之。第恐人樂混同，必有以為刻核者。然非是無以考成績而亮天工也。(5)
居正進用人才，要求「能辦國家事，有禮於君者」，這是為的國家，但是何嘗不是為的士大夫。但是從那一群不能辦事、履進履退、坐食養望的人看來，便是剛很刻核。直到萬曆四年，居正已經當國五年，大眾還不能體諒，居正曾說：
僕一念為國家，為士大夫之心，自省肫誠專一，其作用處，或有不合於流俗者，要之欲成吾為國家、為士大夫之心耳。僕嘗有言：「使吾為劊子手，吾亦不離法場而證菩提。」又一偈云：「高岡虎方怒，深林蟒正嗅，世無迷路客，終是不傷人。」丈深於佛學者，豈不知此機乎？(6)
儘管隆慶六年的士大夫不能體諒，萬曆四年的士大夫不能體諒，甚至永遠不能體諒，但是居正抱定決心，為國家擔負這一個重大的責任。他的待人是「旁求賢哲，共熙帝載」(7)，他的自稱是「別無他長，但性耐煩耳」(8)。忍耐，忍耐！這是他從徐階那裡學到的秘密：徐階忍耐著應付貌合神離的同僚，居正忍耐著應付千頭萬緒的政局。七月間舉行京察，上仁聖皇太后、慈聖皇太后尊號。九月葬穆宗，居正又趕到大峪嶺，「周視山川形勢」(9)。煩真是煩極了，居正還忍耐著。
居正準備實行大政，一般大臣也期待他實行大政。他們讀過聖賢之書，希望居正做孔子、孟子，他們要行王政。他們還記得建文帝在位的時候，烽火已經照遍南、北二京，皇帝還和方孝孺這一群人討論周禮應門、皋門的制度：固然那一次還是失敗了，但是現在是太平時代，為什麼不可以再試一下？然而居正的行為又使得他們失望了，他們甚至公然說道：
「我們以為張公在朝，當行帝王之道。現在看他的議論，不過是富國強兵，僅僅這樣，真真使人失望。」
居正聽了以後，只是一笑道：「這是太客氣了，我怎樣能使國富兵強呢？」
到萬曆七年，在這方面，有了一些把握，居正才昌言道：
孔子論政，開口便說「足食」「足兵」。舜令十二牧曰：「食哉維時。」周公立政：「其克詰爾戎兵！」何嘗不欲國之富且強哉？後世學術不明，高談無實，剽竊仁義，謂之「王道」，才涉富強，便云「霸術」。不知王霸之辨，義理之間，在心不在跡，奚必仁義之為王，富強之為霸也？僕自秉政以來，除密勿敷陳，培養沖德外，其播之命令者，實不外此二事。今已七八年矣，而閭裡愁歎之聲，尚猶未息，倉卒意外之變，尚或難支，焉在其為富且強哉！(10)
居正對於國事的認識，是富國強兵，但是這一群人要行王政，要談堯舜，談周孔。居正便提出堯、舜、周、孔的議論和他們辯難。他們有時談到宋朝周、程、張、朱的主張，居正便不客氣地認為「皆宋時奸臣賣國之餘習，老儒臭腐之餘談」。但是居正是政治家，他沒有公開喊出，只是說：「這是太客氣了，我怎樣能使國富兵強呢？」
事實上，居正還是感覺很大的困難。難在哪裡？難在嘉靖、隆慶以來，積弱之勢已成。世宗時代的萎靡不振，不要管了；穆宗時代，又因為內閣中的鬥爭，幾個名臣的力量，都浪費在正負相消的局面中。居正說過：
天下之勢最患於成，成則未可以驟反。治之勢成，欲變而之亂難；亂之勢成，欲變而之治難。(11)
國勢強則動罔不吉，國勢弱則動罔不害。譬人元氣充實，年力少壯，間有疾病，旋治旋愈，湯劑針砭，鹹得收功：元氣衰弱，年力衰憊，一有病患，補東則耗西，實上則虛下，雖有扁盧，無可奈何！(12)
幸虧隆慶末年的積弱，還沒有到不可救藥的境界，這是一個關鍵，居正決不能放過。他正豫備實現自己的主張：「是以君子為國，務強其根本，振其紀綱，厚集而拊循之，勿使有釁，脫有不虞，乘其微細，急撲滅之，雖厚費不惜，勿使滋蔓，蔓難圖矣。」(13)
富國強兵，其實只是一件事：富國是中間的過程，強兵是終極的目標；要有良好的經濟基礎，才談得上國防建設。居正當國之初，在軍事方面，廣東廣西的僮人，福建的人民，不斷起義，情勢固然相當嚴重，但是這些無關國防。重點只在北邊，這是對於韃靼的防禦。隆慶五年，俺答封貢的事情已經確定了，接後，吉能、切盡台吉這一群西部首領的貢市又告成功。北邊是安靜了，但是居正始終只認為這是停戰，不是和平。他永遠主張「外示羈縻，內修戰守」。他認為對於韃靼的方略，是「犬搖尾乞憐，固可投之以骨，如其狂噬，則大杖加焉」(14)。大杖始終要握在手裡。他的計劃，是足食足兵。他和王崇古也說過：
天生五材，民並用之，誰能去兵？孔子稱必不得已而去。今之時，非有甚不得已也，乃不務為強兵而務為去兵，則唐季世是矣。然足食乃足兵之本，如欲足食，則捨屯種莫路焉。誠使邊政之地，萬畝皆興．三時不害，但令野無曠土，毋與小民爭利，則遠方失業之人，皆襁負而至，家自為戰，人自為守，不求兵而兵自足矣。此言似迂，然在往時誠不暇，今則其時矣，故願公留意焉。(15)
這還是隆慶五年的事。居正對於北邊的國防，永遠沒有鬆手。但是他對於一般人談守邊設險的計劃，總還不能放心。隆慶初年，有人提議沿邊種樹，居正就說：「種樹設險，固是守邊要務，但如議者所言，決無成效。」當時大家不以為然，但是儘管種了多年的樹，一株也沒有長成。居正只有切實地說：「天下事豈有不從實幹而能有濟者哉！」(16)
這也是隆慶五年的話。就在這一年，居正說過：
來歲擬遣大臣閱視，大行賞罰。如猶玩愒難振，則僕自請如先朝故事，杖鉞巡邊。人臣受國厚恩，坐享利祿，不思一報，非義也。(17)
隆慶六年十月，一切煩雜的事，都有了頭緒，居正實行派遣大臣巡邊的計劃：第一，兵部左侍郎汪道昆巡視薊、遼；第二，兵部右侍郎吳百朋巡視宣、大、山西三鎮；第三，兵部侍郎協理京營戎政王遴巡視陝西四鎮。這三位都是嘉靖二十六年進士，恰恰是居正的同年。這一次閱視的成績，並不十分完滿，在居正和百朋、王進的私交上，更發生了不小的裂痕。
汪道昆到薊、遼去，事情很簡單。臨去的時候，居正給戚繼光一封信：
汪司馬知足下素深，相待之禮，必從優厚，頃已面囑之，然渠亦自不俟囑也。但足下自處，又且務崇謙抑，毋自啟侮。昔李愬屬櫜鞬謁裴度於道，唐史美之。蓋重命使，所以尊朝廷也。司馬此行，於薊甚有關係，幸留意焉。(18)
道昆去後，一切很順利；事畢上疏，議額餉，議增設墩台，都是些例行公事。居正給他去信說：「敷奏明切，文辭粹美，讀之再過，歎挹彌襟。」(19)道昆本來只是一個文人，文人的才能，只有在文辭方面表見；所幸薊遼是譚綸、戚繼光經營的局面，居正沒有什麼不放心。
王遴和居正本不十分融洽，到陝西去後，把巡閱的事情辦妥，不久便告病還鄉，這個當然是有些不滿了，居正去信說：
唐虞之世，九官十二牧，師師濟濟，各效其能，豈必人為禹稷，位皆百揆，而後愜於心哉？誠欣於時世之遇也。方今堯舜在上，屬任忠賢，僕躬履貫魚之行，寤寐孜孜，用天下賢者，效之於上。士生於今，義無所逃，以其時則可矣。公乃獨傲然遠引，慨慕巢由，嘲哂禹契，欲自越乎不可逃之分，而背乎不易得之時，此愚蒙之所未譬也。雖然，人各有志，何可相強？聊為道其區區如此，惟高明裁之。(20)
吳百朋到宣大、山西去的時候，便發生困難。宣大總督王崇古唯恐百朋要來掣肘，百朋的朋友又認為這是一種貶謫，居正無法，只有向雙方解釋：
比者奉翰教，薄冗未能隨答，然諸所請者，一一具如尊指，屬所司復行矣。堯山少司馬(21)行時，已屢囑之云：「宣大事體，與他鎮不同，北門有寇公，諸無足慮者，歸來但可告成事耳。無煩刻核，徒亂人意。」然此公爽朗闊大，必能成也。(22)
辱教，滿紙皆藥石之言，但謂僕驕抗，輕棄天下士，則實未敢，然因此而益加警惕，無不可也。吳堯山奉命閱視宣大，僕數年以來，經營此地，頗費心力，今以托之，屬望匪淺，不知肯為國家措一臂否也？(23)
百朋去後，著實做出一番成績。他以（一）糧餉、（二）險隘、（三）兵馬、（四）器械、（五）屯田、（六）鹽法、（七）番馬、（八）逆黨，一共八項考核邊臣。他對於宣大總督王崇古、宣府巡撫吳兌，以及山西總兵郭琥這一群人，都分別指出功過，奏請升黜。同時他對於大同總兵馬芳，嚴重地提出彈劾。他認定馬芳行賄，當然非嚴加懲處不可。百朋是閱視大臣，這一點完全沒有做錯；但是居正是首輔，便不免有無限的遲疑。明代的軍隊，久已是一個腐化的機構，從下層到上層，是層層的剝削。總兵官是最上層的了，他再把剝削所得，分潤京官。科道受賄，兵部受賄，有時大學士也受賄。舞弊貪贓，成為一般的風氣。遇到清明的高級長官，談不到賄賂，總兵官便和長官的家丁聯絡，高級長官也難免受到一些嫌疑。明朝中葉以後，武人在社會中的地位，正在逐日地低落。當他們到兵部領取公文的時候，三軍司命的總兵官，都要長跪，這是奴才，不是長官。他已經取得奴才的身份，那麼和大官的家丁聯絡，也正是恰巧適合，整個國家的命運，付託給這一群人物，不能不算是前途的大慮。居正看到這一點，所以到萬曆元年便有西北邊用書生為將的意念。(24)書生受的文化陶冶多了，自然會比較注重名節和操守。這是後話。但是隆慶六年，居正還是遲疑。吳百朋彈劾馬芳的奏折到了，言官們又在彈劾宣府總兵趙奇，居正只是說：
僕與馬、趙，素不識面。異時當國者之家奴，率與邊將結拜，鮮不受其啖者。自僕任事以來，內外隔絕，幸門盡墐，朝房接受公謁，門巷間可張羅，亦無敢有以間語譖言，入於僕之耳者，又何所私庇於人。即此兩人之狡猾無狀，僕豈不知？第以其俱嚄唶宿將，部下又多獷少，代者未必能馭，即有疵纇，猶可驅策而用之。貢市羈虜，本難久恃，猝有緩急，無可使者，故為保全，徒以為國家耳。士大夫乃獨不諒鄙心，謂之何哉！(25)
但是居正保全不得了。吳道南正在攻擊居正，認定他是包庇馬芳，忽略吳百朋。怎樣辦呢？馬芳免職了，同時居正再給百朋去信：
馬帥褫職，國法已彰。僕以淺薄，謬肩重任，雖不足以當天下事，然一念公虛平直，則可以告於天地祖宗之靈，不敢措一毫私意於其間也。乃昨吳少參(26)有書，甚為公不平，其辭怨憤，使人難堪。今九邊之事，宣大為重，不以付之他人而托公者，以公為心知故也。又面請於上，特賜命服以寵其行，公視僕此心為何如哉！渠乃以僕為厚猾帥而薄故舊，豈不厚誣我哉？區區之心，惟公垂鑒焉。(27)
居正的一番苦心，沒有得到同僚的諒解，但是他對於北邊的佈置，始終是著著不懈。對於九邊重鎮，他派人巡閱；對於九邊督撫，他注重人選：這是對內的事。他對外的策略，也是不斷籌措。北方的韃靼，除了土蠻一支以外，俺答這一個系統，已經通過封貢手續，和明朝處在停戰狀態中了。俺答對於幾個重要的領袖，如他的胞弟昆都力哈，胞侄永邵卜、吉能，以及他的兒子黃台吉，本來是可以指揮的，但是因為那時的韃靼，是一個組織不健全的部族，實際不能合作。居正的計劃是要盡量地使他們分離為無數的單位，單位的增加，便是力量的減小。韃靼沒有聯合向北邊進攻的能力，國家的安全便增加一層保障。
隆慶五年，謠傳昆都力哈(28)和吉能死了，居正準備扶植把都的兒子青台吉，使他和黃台吉對抗。他說：
把酋之子，不知何如。僕料黃酋必思東並，今當扶植青把都，使之力抗黃酋。黃酋若有東並之志，只可責之以大義，亦不必力禁之。待其兩敝而歸命於我。(29)
把都、吉能，一時俱殞，黃酋亦且病發，天之亡彼，於茲見矣。但在我處之，須以恩信。其子但能管束其部落，即令告於順義，奏請襲職，不必擇賢。要令其勢分而釁構，則我可因其機而制之，數十年之利也。(30)
俺答的問題解決了，但是一個桀驁不馴的黃台吉，連俺答也無可奈何。昆都力哈之妻，又聯絡永邵卜，不肯進貢，事情有些棘手。隆慶六年居正當政以後，又說起：
昆婦愚悍，似無來期，永邵卜雖為所牽，終貪嗜關市財物，可招而致，然皆無足為輕重，第常以大義責之，時出小利誘之，毋令東合土蠻，為薊鎮害，足矣。(31)
就在這一年，昆都力哈提出要求來了，他要和俺答一樣封王。封王只是一個名義，在中國沒有什麼損失，但是中國不能受他的威脅。居正明白現在不是世宗時代了，中國有的是準備。所以他再和王崇古說：
辱示昆都力、黃台吉二酋事情，先已有人言之。黃酋驕悍，誠為難馴，然剛躁寡謀，部下多怨，且其子父不和，勢難獨逞，將來疆場小釁，或不能無，然使處置有方，亦終當歸吾羈紲也。昆都老而譎，數年以來，東糾土蠻，西合俺酋，皆此人為之，比之黃酋，反為難制。然俺答既已帖服，黃酋素不附之。昨已令薊人散佈流言於邊外云：「昆都與吾有約，將合兵以擊土蠻。」虜性多疑，必相猜忌，則此酋亦孤立，無能為也。如再言封王事，可以好語款之云：「俺答汝兄，倫序為長，且首發歸順之端，又執吾叛人，奉吾約束，朝廷嘉其悃誠，故厚賚而王之。汝頻年為患，於中國未有尺寸功，何得遂與汝兄等？我皇上並包兼容，何惜一王號而不汝畀，但於事體，有未順耳。汝若能依汝兄之言，遵奉約束，堅守盟誓，二三年後，當與汝奏聞朝廷，一體封王加賚。若欲借此事以啟釁，則我惟有一戰耳。」渠聞此言，必不敢動。量此孤虜，以上谷一鎮之兵當之，東連雲朔，彼雖入，亦不足畏也。(32)
居正對付韃靼的計劃，是充實邊防，準備隨時出擊，同時利用一切機會，使韃靼分裂。這樣一來，北邊的敵人，只是散漫的部落而不是整個的集體，無形中減輕北方的威脅，北方的軍隊，便隨時有決勝的可能。在這一點，很有些類似帝國主義「分而滅之」的政策，但是中間有一個絕大的區別。帝國主義的目標，是對於敵人，加以奴役或剿滅；居正的目標，是容許敵人的存在，而消弭敵人的威脅。帝國主義是攻勢的，居正是守勢的；帝國主義只希望片面勝利，居正卻希望雙方共存。中國強盛的時候，對外採取的方略，經常和居正的主張一致，這是中國文化和近代帝國主義的區別。
隆慶六年過去了，次年改元萬曆，是年正月庚子，發生王大臣之獄。
事情本來很簡單。這一天神宗在乾清宮，看到一個人，神色倉惶地走過，吩咐左右把他拿下。經過訊問之後，才知道這是王大臣，從薊州來的一個逃兵。逃兵的處分也還簡單，但是消息到了馮保，便不簡單了。馮保認定這是一個機會。他想起高拱，真是恨之切骨。高拱已經卸任回籍了，但是馮保的怨恨沒有消滅。唯有血、血、血，才能洗盡馮保的怨憤。王大臣送到東廠了，經過東廠的搜檢，王大臣身上，果然搜出刀來。證物有了，這一定是行刺，而且在乾清宮外走過，不是謀刺皇上是刺誰呢？誰主使的？東廠所錄的供詞裡明明寫著，是高拱主使的。兇手有了，凶刀有了，主使的人也有了，馮保決定要徹查這一件案子。
徹查又怎樣呢？東廠的威權在馮保手裡，要殺王大臣，殺高拱，不是很容易麼？但是馮保手中的東廠，和憲宗時代汪直手中的西廠，以及熹宗時代魏忠賢手中的東廠相比，差得遠了。馮保的人品，不知道比汪直、魏忠賢究竟怎樣，但是神宗初年的朝廷，確實比憲宗、熹宗時代高明了。居正曾經說過，「朝多長者」。在這個環境之下，即使馮保有作惡的意志，他也沒有作惡的機會。「朝多長者」，一切出於居正的佈置，這裡更顯出居正的作用。
不幸居正和馮保的關係太密切了，而且高拱的解職，居正又是最大的收穫者。「馮保的陰謀，有居正參預嗎？甚至還是他主謀吧！驅逐高拱已經過分了，現在又要殺高拱！」一般人的懷疑，又集中到居正身上。從嘉靖二十七年殺夏言以來，掌握政權的人，最後都發生身家性命的危害。嚴嵩當權，殺夏言，徐階當權，殺嚴世蕃，八十幾歲的嚴嵩，也被平白逼死；高拱當權，徐階的兒子充軍，徐階也旦夕莫保。二十五年的傳統了。唯有血，才是政權的代價，現在大致又是高拱支付代價的時候了。這個傳統，真是又殘酷，又凶暴。大眾指著居正，認定他正要壓迫高拱，支付最後的血債。
大臣中最有聲望、最有氣魄的是楊博和葛守禮。守禮約楊博一同去訪居正。
「已經和他說過了。」楊博說。
「一般的輿望都在楊公，」守禮說，「認定只有楊公能不殺人、媚人。目前事情更吃重了，談不得已經說過，不便再說啊。」
他們一同拜訪居正。他們替高拱辯護，他們指明東廠沒有良心，他們唯恐株連大眾，他們甚至於以全家百口，擔保高拱的無辜。
也許他們說得太熱切了一點，居正有些氣憤了。他不期望一般人的諒解，然而他不能想像平生所欽佩的人也會對自己懷疑。
「兩位以為我也要甘心高公嗎？」他憤憤地說。
「不是的，」楊博說，「但是只有相公，才有回天之力。」
居正決定了辦法，東廠的訊問只是初審，居正奏明神宗，交掌錦衣衛左都督朱希孝和左都御史葛守禮以及馮保複審。葛守禮和馮保當然責無旁貸。希孝是第二名靖難功臣成國公朱能之後，第六代成國公朱希忠之弟。明朝自成祖以後，特別看重靖難功臣，第一名靖難功臣淇國公丘福的後代削除了，所以成國公是當時的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以來，都是特蒙恩寵的勳臣，居正提出希孝，正是看重他的資望。但是事情卻把希孝難住了，他和希忠商量。遵照馮保的計劃吧，他們不願意得罪士大夫；遵照良心吧，他們又不願意得罪馮保。希孝認定了事情的困難，他向居正請教，居正教他再和楊博、葛守禮商量。審訊的經過相當複雜，但是這件事情的結果非常簡單。萬曆二年，希孝逝世，居正在他的神道碑記著：
今上踐祚之元年，有賊挾刃至宮門，驚蹕。捕得，下東廠治，賊冀緩死，妄言有主者。於是內外錯愕，索賊甚急。然余心知其誣，乃見上，言斯事重，請令錦衣衛與東廠雜治之。上曰：「可。」公既受命，即獨宿外捨，燕居深念，多設方略，密偵之，如是十餘日，乃得其情，趣具獄上，戮止一人，余無所問。當是時，微公，搢紳禍且不測，其所存活，不啻數百千人矣。(33)
王大臣灌下一杯生漆酒，啞了；他不能誣賴高拱指使，也不能陳述馮保唆供，就這樣糊塗地交給刑部擬罪，得到斬首的處分。王大臣的無辜的血液，洗清高拱的被誣，但是沒有洗去居正的嫌疑。居正在給總理河道萬恭的信中說起：
昨會捨親西石公言：頃者內獄之起，眾情洶洶，獨公以為朝有人焉，無足慮者。此足以見公知我之深也。今士大夫親見僕行事，無一人知及於此者，而公乃在外得之，人之相去，豈不遠哉。(34)
居正對於當時士大夫之不相知，真有些憤意了。他對於高拱，不是不恨，但是他沒有置之死地的意念。他在這一年曾和吳百朋說起：「僕平生所厚士大夫甚多，見背者亦不少，然終不以是而易其好賢之心，即今日內獄之事，可以觀矣。」(35)這幾句話，透露他對於高拱的怨恨，但是他沒有意思要殺高拱。居正《雜著》(36)裡，痛責王猛計陷慕容垂的錯誤。他說：「猛蓋自揣才略，不能駕馭垂，故百計欲去之，以為足以弭將來之患，而乃出於陰賊險狠之謀，類小人女子妒寵忌能者之所為，此諸葛孔明輩所不道也。」他知道高拱已經倒了，自己有控制的力量，何必得罪清議，更揭示自己的不能容物。居正的自信力，正在逐日加強。
萬曆元年六月，內閣上疏請隨時考成。在居正的一生，這是一件重要的政治事業。居正平時常說遵循祖宗成憲；假如我們要探求居正創製的行為，那便只有他的考成法。全文如次：
臣等竊聞堯之命舜曰：「詢事考言，乃言的可績。」皋陶之論治曰：「率作興事，屢省乃成。」蓋天下之事，不難於立法，而難於法之必行；不難於聽言，而難於言之必效。若詢事而不考其終，興事而不加屢省，上無綜核之明，人懷苟且之念，雖使堯舜為君，禹皋為佐，亦恐難以底績而有成也。臣等竊見近年以來，章奏繁多，各衙門題復，殆無虛日。然敷奏雖勤，而實效蓋鮮。言官議建一法，朝廷曰「可」，置郵而傳之四方，則言官之責已矣，不必其法之果便否也。部臣議厘一弊，朝廷曰「可」，置郵而傳之四方，則部臣之責已矣，不必其弊之果厘否也。某罪當提問矣，或礙於請托之私，概從延緩；某事當議處矣，或牽於可否之說，難於報聞。征發期會，動經歲月，催督稽驗，取具空文。雖屢奉明旨，不曰「著實舉行」，必曰「該科記著」，顧上之督之者雖諄諄，而下之聽之者恆藐藐。鄙諺曰，「姑口頑而婦耳頑」，今之從政者殆類於此。慾望底績而有成，豈不難哉？臣居正當先帝時，曾上《便宜六事》，內《重詔令》一款，亦嘗亹亹言之，隨該吏部題復，欲各衙門皆立勘合文簿，事下各撫按官，皆明立程限，責令完報，然亦未聞有如期令而以實應者。甚者寢格如初。茲遇皇上躬不世出之資，勵精圖治，百執事亦皆兢兢務修其職業，無敢以玩愒弛廢者；獨所謂考言屢省者，尚未加之意焉，竊恐致理之道，有未盡也。查得《大明會典》內一款，「凡六科每日收到各衙門題奏本狀，奉聖旨者，各具奏目，送司禮監交收；又置文簿，陸續編號，開具本狀，俱送監交收。」又一款，「凡各衙門題奏過本狀，俱附寫文簿，後五日，各衙門具發落日期，赴科註銷，過期稽緩者，參奏。」又一款，「凡在外司、府衙門，每年將完銷過兩京六科行移勘合，填寫底簿，送各科收貯，以備查考，欽此。」及查見行事例，在六科，則上下半年，仍具奏目繳本；在部院，則上下半月，仍具手本，赴科註銷。以是知稽查章奏，自是祖宗成憲，第歲久因循，視為故事耳。請自今伊始，申明舊章，凡六部都察院，遇各章奏，或題奏明旨，或復奏欽依，轉行各該衙門，俱先酌量道裡遠近，事情緩急，立定程期，置立文簿存照，每月終註銷。除通行章奏不必查考者，照常開具手本外，其有轉行復勘，提問議處，催督查核等項，另造文冊二本，各注緊關略節，及原立程限，一本送科註銷，一本送內閣查考。該科照冊內前件，逐一附簿候查，下月陸續完銷，通行注簿，每於上下半年繳本，類查簿內事件，有無違限未銷。如有停閣稽遲，即開列具題候旨，下各衙門法問，責令對狀。次年春、夏季終繳本，仍通查上年未完，如有規避重情，指實參奏。秋、冬二季亦照此行。又明年仍復挨查。必俟完銷乃已，若各該撫、按官，奏行事理，有稽遲延閣者，該部舉之。各部、院註銷文冊，有容隱欺蔽者，科臣舉之。六科繳本具奏，有容隱欺蔽者，臣等舉之。如此，月有考，歲有稽，不惟使聲必中實，事可責成，而參驗綜核之法嚴，即建言立法者，亦將慮其終之罔效，而不敢不慎其始矣。致理之要，無逾於此。伏惟聖明裁斷施行。(37)
奏疏上去以後，奉聖旨：
卿等說的是，事不考成，何由底績？這所奏，都依議行。其節年未完事件，繫緊要的，著該部、院另立期限，責令完報。若不系錢糧緊要，及年遠難完的，明白奏請開除，毋費文移煩擾。(38)
居正曾經說過：「法之不行也，人不力也，不議人而議法何益？」現在他創製了，這是他的有名的考成法。事情真是簡單異常。他只要各衙門分置三本賬簿。一本記載一切發文、收文、章程、計劃，這是底冊。在這許多項目之中，把例行公事無須查考的，概行剔除以外，再同樣造成兩本賬簿：一本送各科備註，實行一件、註銷一件，如有積久尚未實行，即由該科具奏候旨；一本送內閣查考。居正的綜核名實，完成萬曆初年之治，最得力的還是這三本賬簿。
政治只是民族精神的表現。十六世紀的中國民族血液裡，已經滲入因循的成分，「置郵而傳之四方」，成為一切政令的歸宿。法令、章程，一切的一切，只是紙筆的浪費。幾個腦滿腸肥的人督率著一群面黃肌瘦的人，成日辦公，其實只是辦紙！紙從北京南紙店裡出來，送進衙門，辦過以後，再出衙門，經過長短不等的公文旅行以後，另進一個衙門歸檔，便從此匿跡銷聲，不見天日。三百七十年了，想到已往的政治情況，真是不勝警惕。
居正是一個現實的政治家。他知道政務的辦不通，不是機構的缺乏，所以他不主張增加政治機構。他也知道公文政治不能打倒公文政治，所以他不主張提出新的法令、章程，增加紙筆的浪費。他只要清清白白的一個交代。辦法在紙上說過了，究竟辦到沒有？他要在各科的賬簿上切實註明。在內閣裡，他自己也有賬簿，可以隨時稽考。他以六科控制六部，再以內閣控制六科。這是居正的政治系統。
六科是明朝特有的政治機構。一切行政事務，分屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部，各部行政長官，有尚書、左右侍郎。同時又有吏、戶、禮、兵、刑、工六科，各科有都給事中、左右給事中、給事中。尚書是二品，都給事中只有七品，但是對於六部的封駁、糾劾之權，完全在六科手裡。明朝的大官可以統率小官，但是小官同樣可以牽掣大官，這是明朝的立法精神。六科實際上是六部的監察機關，各科給事中分管各科的事，但是對於國家大事，同樣地可以建言；對於奉旨會推內閣大學士，吏、兵二部尚書，及在外總督、總兵的場合，各科都給事中同樣地可以參加；至於光宗逝世的時候，楊漣以從七品的兵科右給事中，和內閣同受顧命，更是特有的創例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以內閣控制六科，便是一種創製。內閣本來是皇帝的秘書處，事實上不負行政責任，更談不上監察責任，實施考成法以後，內閣實權顯然擴大，所以萬曆四年劉台劾居正疏，稱：「居正定令，撫、按考成，章奏每具二冊，一送內閣，一送六科。撫、按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。內閣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居正創為是說，欲脅制科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？」劉台的言論其實沒有說錯。
考成法的實施，在整理賦稅的方面，發生的影響最大。中國人受聖經賢傳的影響太大了。孟子見梁惠王，第一句便是「王何必曰利，亦有仁義而已矣」。孟子又勸梁惠王，「王如施仁政於民，省刑罰，薄稅斂，深耕易耨，壯者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其長上，可使制梃以撻秦楚之堅甲利兵。」政治家談到理財，好像做了一件虧心的事。漢武帝時代，桑弘羊領大農，在整個國家，因為對外戰爭，已經走上經濟崩潰的路線以後，居然靠著平准政策的運用，「民不益賦而天下用饒」(39)。這是多麼大的貢獻，但是卜式對他的批評，只是「烹弘羊，天乃雨」。其實一個有組織的國家，不能沒有國家的經濟政策。沒有經濟，便沒有政治。孟子的主張，是十分取一。白圭問道：「吾欲二十而取一，何如？」孟子說；「子之道，貉道也。」孟子是說無組織的民族，才能二十取一，有組織的國家，不能不十分取一。這是孟子的經濟政策。他那「薄稅政」的主張，用現代的術語，其實只是「養稅源』。國家對於人民的賦稅，不能太重，人民才可以謀經濟發展，人民的經濟發展了，國家便增加十分取一的機會。孟子的主張，其實不是「崇禮義，退財利，復往古之道，匡當世之失」(40)那一套。
居正當國以後，他的主張是富國強兵。要強兵便先要富國。富國不外是開源、節流。在這兩方面，他都盡了最大的努力。考成法是開源，在考成法以外，當然還有節流。
隆慶二、三年間的預算，每年國家收入二百五十餘萬兩，支出四百餘萬兩。(41)這是一個岌岌可危的預算。當時沒有屋上架屋的構機，也談不到親戚故舊的汲引，所以要節流便不僅是裁減「駢枝機關」、「閒散人員」。隆慶年間的節流是從皇帝和國防入手。這是大處著墨的方法。所以隆慶三年穆宗向戶部索銀三十萬兩，內閣便把歲入、歲出的狀況奏明，請求停取銀兩，其結果穆宗只是說：
朕覽卿等所奏，戶部銀兩缺乏。內庫亦缺銀兩，朕方取。既這等說，且取十萬來。卿等傳示，不必再來奏擾。(42)
這時的內閣大臣，真是負責任的大臣，穆宗的態度，有一些憊賴，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆慶六年居正當國以後，在節流方面，真是「錙銖必較」。神宗開館纂修《穆宗實錄》，居正上疏，請求免循舊例賜宴。他說：
臣等夙夜皇皇，方切兢惕，豈敢為此飲食宴樂之事，非惟於禮有不可，於心亦實有不安也。且一宴之費，動至數百金，省此一事，亦未必非節財之道。(43)
這一年的冬天，居正在日講的時候，請求次年正月早開日講，不必設宴，並免元夕燈火。神宗真是一個聽話的孩子，他說：
「早吩咐停止了。伺候聖母用膳的時候，都很簡單，逢到節期，只有果宴。」
筵宴停止了，光祿寺春節的供應又省去七百餘金。萬曆元年十月，居正進講，言及宋仁宗不愛珠飾。
「賢臣才是寶貝，珠玉有什麼用處！」神宗說。
「是呀，」居正再說，「明君貴五穀而賤珠玉；五穀養人，珠玉饑不可食，寒不可衣。」
「正是，」神宗說，「宮人們喜歡珠玉，但是朕在歲賜上，沒有一次不減省。」
「皇上說到這一點，真是社稷蒼生的福澤。」居正切實感到少年皇帝的「聖明」，同時也替戶部寬心。他知道歲出方面，又省去一些不必要的開支。這年內承運庫太監崔敏上疏請買金珠，奏疏發交內閣，居正看到以後，立即封還，切實給他一個否認。
居正的對付韃靼，也隨時考量到國家的財政問題。宣大邊外，俺答的問題解決了。隆慶五、六兩年的撫賞，所費不過萬餘，而所省已百餘萬，居正在給宣大總督王崇古的信上，曾經說起：「今所與虜者，國家不啻若九牛一毛，而所獲茲如此，若公與僕所為國謀者，忠乎否耶！」(44)他真有些自負。但是他對於薊遼，又是一種感想。薊遼邊外的「屬夷」請求加賞，他認為不值得。他說：
今戶、兵二部，已議為曲處。但此數一增，後來遂為歲例，帑藏之入有限，犬羊之欲無窮，歲復增加，曷有紀極？此其弊源，必有所在，不塞其源而徒徇其欲，將不知其所終矣！薊門事體，與他鎮不同，僕日夜念之，未嘗少釋。凡有所求，所司未嘗不頻而語，屈意而從也。僕亦坐是，往往見惡於人，若僕有所私庇於薊者。然司農所藏，委為匱乏，固亦無怪其頻也。幸僕今謬司國柄，俟邊警少暇，望公與鎮、巡諸君，虛心商量，思一長策，著實整頓一番，庶為經久之計。若但拆東補西，支持目前，費日增而無已，兵復弱而莫支，將來必有以為口實者，恐僕與諸公，皆不能逭其咎也。(45)
應當節省的錢都節省了：光祿寺採辦的錢，世宗末年，每年用十七萬，現在只用十三四萬，節約的力量，一直支配到皇上的御廚。但是節流只是一個方面，主要的方面還是開源。考成法實行了，開源便得到合法的立場。考成法是一根鞭子，它的目標是督促一切政務的進行。但是在財政方面，考成法的成績最顯著。居正說過：「考成一事，行之數年，自可不加賦而上用足。」(46)這一句揭開居正的懷抱。
「不加賦而上用足」和桑弘羊的「民不益賦而天下用饒」，似乎神秘，實際上一點也不神秘。弘羊的武器是平准法，他打倒當時的富商大賈，把一切囤積居奇的利益，收歸國有，這樣應付了漢武帝時代的財政困難。居正的武器是考成法，他要實收糧賦，停止減免；這樣便可以摧殘當時的一部分大地主，維持國家的歲收。
明朝對於江南和浙西的稅額特重，尤其是蘇州府。明初蘇州府歲征秋糧二百七十四萬六千餘石，和浙江全省相等，實在是一個駭人的數字。因此反而造成土地集中的情勢。貧農的生活困難了，田地賣給富家；富家的勢力擴大了，不但坐食田租的收入，而且因為地位優越，可以獲得減免的特惠。大地主的地位從此形成。大地主在減免的時候，可以優先享受；在科役的時候，可以設法避免；甚至在徵稅的時候，可以任意拖延。一切的利益都歸大地主；一切的負擔都歸貧農。到了貧農擔負不了的時候，於是便把田地賣給地主，從小農的地位，降為佃農。有的貧農索性連同土地和自由，一齊賣給地主，於是成為農奴；農奴對於主人，固然喪失平等的身份；但是對於國家，反而獲得意外的自由，催租科役的差人，從此不會上門。就是這一點，便可以引起小農的羨慕。有時小農的經濟狀況，還不十分困難的時候，自己也會到大地主家裡，請求收為農奴，這就是所謂「投靠家人」。所以從經濟的立場講，國家和大地主顯然地成為對立的形勢。大地主的勢力愈擴大，國家的歲入便愈減少。因為大地主的拖欠賦稅，以及投靠家人的逃避徭役，於是國家不得不把賦稅徭役分攤到無力拖欠或逃避的小農。其結果更把小農驅入佃農或農奴的地位，越發增加大地主的勢力。國家的力量，只增加事態的嚴重。
這時是十六世紀，社會革命的呼聲沒有發動，平均地權的主張沒有提出。有心的當局只有從「摧豪強，抑兼併」的途徑入手。隆慶三年海瑞為應天巡撫，他的目的便是摧殘大戶。貧農的田產併入大戶的，海瑞設法替他們奪還，實行他所看到的社會政策。後來萬曆十五年海瑞在南京死了，小民罷市，當他的棺柩出城的時候，沿江號哭相送的人，百里不絕，但是隆慶四年，海瑞就因為「魚肉搢紳，沽名亂政」的名義被劾，解除應天巡撫。這裡看出當時的地主利益和小民利益的衝突，而為了國家對付地主的大臣，又常常因為地主階級的勢力而終歸失敗。居正和海瑞的立場，本來不是絕對一致的，但是他對於海瑞的去職卻絕對同情，所以他說：「至於海剛峰之在吳，其施雖若過當，而心則出於為民；霜雪之後，少加和煦，人即懷春，亦不必盡變其法以徇人也。」(47)
現在是居正的時代了。他用不到奪田還民，那些不易實行的政策；他有的是考成法，他發動政治的力量，增加歲入，打擊地主，同時也減輕貧民的負擔。他給應天巡撫宋儀望的信，是當時一篇有價值的文獻：
來翰謂蘇松田賦不均，侵欺拖欠云云，讀之使人扼腕。公以大智大勇，誠心任事，當英主綜核之始，不於此時剔刷宿弊，為國家建經久之策，更待何人？諸凡謗議，皆所不恤。即僕近日舉措，亦有議其操切者，然僕籌之審矣。孔子為政，先言「足食」，管子霸佐，亦言「禮義生於富足」。自嘉靖以來，當國者政以賄成，吏朘民膏以媚權門，而繼秉國者又務一切姑息之政，為逋負淵藪，以成兼併之私。私家日富，公室日貧，國匱民窮，病實在此。僕竊以為賄政之弊易治也，姑息之弊難治也。何也？政之賄，惟懲貪而已，至於姑息之政，依法為私，割上為己，即如公言，豪家田至七萬頃，糧至二萬，又不以時納。夫古者大國公田三萬畝，而今且百倍於古大國之數。能幾萬頃而國不貧！故僕今約己敦素，杜絕賄門，痛懲貪墨，所以救賄政之弊也；查刷宿弊，清理通欠，嚴治侵漁攬納之奸，所以砭姑息之政也。上損則下益，私門閉則公室強。故懲貪吏者所以足民也，理逋負者所以足國也。官民兩足，上下俱益，所以壯根本之圖，設安攘之策，倡節儉之風，興禮義之教，明天子垂拱而御之。假令仲尼為相，由、求佐之，恐亦無以逾此矣。今議者率曰：「吹求太急，民且逃亡為亂。」凡此皆奸人鼓說以搖上，可以惑愚闇之人，不可以欺明達之士也。夫民之亡且亂者，鹹以貪吏剝下，而上不加恤，豪強兼併，而民貧失所故也。今為侵欺隱占者，權豪也，非細民也，而吾法之所施者奸人也，非良民也。清隱占，則小民免包賠之累，而得守其本業；懲貪墨，則閭閻無剝削之擾，而得以安其田里。如是，民且將屍而祝之，何以逃亡為？公博綜載籍，究觀古今治亂興亡之故，曾有官清民安，田賦均平而致亂者乎？故凡為此言者，皆奸人鼓說以搖上者也。願公堅持初意，毋惑流言。異時宰相不為國家忠慮，徇情容私，甚者輦千萬金入其室，即為人穿鼻矣。今主上幼沖，僕以一身當天下之重，不難破家以利國，隕首以求濟，豈區區浮議可得而搖奪者乎？公第任法行之。有敢撓公法，傷任事之臣者，國典具存，必不容貸。(48)
居正對於江南的大地主，印象太壞了。他還記得徐階和他談起的話，異時每聞存翁言，「其鄉人最無天理」。及近時前後，官於此土者，每呼為鬼國，云「他日天下有事，必此中創之」。他說：「蓋謂朝廷之政令，不能行於此地，而人情狡詐，能忍人之所不能忍，為人之所不敢為故也。」(49)但是他對於他的辦法，具有信心；他不怕時人的攻擊，而且也相信終會得到大眾的諒解。他說：
吳中事勢已極，理必有變。今得丈稍稍振刷，使知朝廷法紀之不可幹，上下分義之不可逾，汰其太甚，而無至於盭橫決，而不可收拾，則吳尚宜屍祝公以報德，而可以為怨乎！嬰兒不剃頭則腸痛，不痤則浸疾，然剃頭、痤，固不能止嬰兒之不啼也。近來彼中人，不獨側目於丈，且推本於僕，造為橫議，欲以搖撼國是，如昨南余云云，意皆有所由來，故不得不一創之。今上意已定，正論不搖，丈宜自審畫，無為山鬼所惑。(50)
居正的時代，國庫的主要收入是田賦，唯有對田賦有把握，才談到整理財政，才談到富國。隆慶五年已經有過徵賦不及八分，有司停俸的詔令。(51)神宗登基以後，下詔：隆慶元年以前的積欠，一概豁免，隆慶四年以前的積欠，免三征七。(52)換一句講，便是隆慶五年以後的積欠，一概追繳，同時還得追繳以前三年的七成積欠。考成法實行以後，規定徵賦不足額的，巡撫和巡按御史聽糾，府、州、縣官聽調。事態確實有些嚴重了。從書生的立場看，一切只覺得操切，但是除了整理田賦以外，在當時的環境之下，有什麼方法可以增加國庫收入，彌補歲入、歲出的巨大的差額？
元年，戶部尚書王國光奏稱：
國初天下州縣存留夏稅、秋糧，可一千二百萬石，其時議主寬大，歲用外計贏銀百萬有餘。使有司歲征無缺，則州縣積貯自豐，水旱盜賊，不能為災患。今一遘兵荒，輒留京儲，發內帑。由有司視存留甚緩，苟事催科，則謂擾民，弊遂至此。請行天下撫、按官，督所司具報出入存留逋負之數，臣部得通融會計，以其餘濟邊：有司催征不力者，悉以新令從事。(53)
這是一個整理地方財政的計劃。王國光主張由地方當局整理田賦收入，除去規定截留作為地方經費者以外，一概呈報中央，再由戶部統籌，作為國防的經費。這一個計劃的提出、批准和實行，當然都有居正在內。經過嘉靖、隆慶兩朝虛耗以後，從神宗登位起，直至萬曆十年，國家稱為富庶，(54)不能不認為居正的大功。
萬曆元年，六部的人事發生了兩次變動。九月間吏部尚書楊博因病致仕，不久逝世。楊博的去位，當然是一個很大的損失。
居正說過：
自余登朝，則見故少師太宰楊公，心竊嚮慕之，公亦與余為忘年之契。公在本兵久，又遍歷諸鎮，躬履戎行，練習兵事。余每從公問今中國所以制御夷狄之策，及九塞險易，將士能否，公悉為余道所以，如指諸掌。故自余在政府，所措畫兵事，蓋得之公為多。(55)
楊博逝世以後，延推吏部尚書，候補人第一名、左都御史葛守禮，第二名、工部尚書朱衡，第三名、南京工部尚書張瀚。守禮資望最好，朱衡在河工方面，成績最著，但是居正認定張瀚清貞簡靖，獨用張瀚。本來第三名稱為陪推，照例是用不到的。因此張瀚對於居正，真是感激，在人才進退的方面，不免受內閣的影響。
禮部尚書陸樹聲因為對於內閣感到不愉快，請求致仕，居正托樹聲的弟弟樹德去挽留，但是樹聲去志堅決，只得由他去了。居正自己到樹聲家中，要他推薦替人，樹聲推薦南京禮部侍郎萬士和。十二月間，禮部尚書也換了人。
在邊疆方面，最重要的變動是宣大總督的更換。宣大是當時最重要的地方，對付俺答封貢，王崇古盡了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢時。一次在文華殿上，神宗問道：
「宣大重鎮，為什麼要取回王總督？」
「朝廷用人，不宜把他的力量用盡。王崇古在宣大久了，應當休息一下，他日不妨再用。」居正說。
「誰可以代王崇古？」神宗又問。
「方逢時可代。」居正答。(56)
這樣決定了王崇古入理京營戎政，方逢時補宣大總督的詔令。逢時本來是和崇古共事的，一切都很順利。
北邊的問題，暫時穩定了，但是廣東、廣西和四川還需要處分。處分的方法，第一便要使得地方負責官吏，感覺地位的穩定。居正和神宗也說起：
「現在南北督撫，皆臣親自選用，能為國家盡忠任事之人。皇上宜加信任，不要聽浮言，加以苛求，使他們無從展佈。」
「先生的話說得是，」神宗說，「先生公忠為國，所用的人哪有不當的。」(57)
廣東離北京太遠，地方又太富庶了。中央鞭長莫及，吏治不能澄清，貪官愈多，民憤愈大。政治的不良，成為地方治安的大禍。嘉靖中年以後，和平、龍南一帶，李文彪、謝允樟、賴清規，都稱王，佔據江西、廣東交界的地方，但是政府因為受到倭寇的牽掣，始終無力應付，直到四十四年，才算稍為安定一下。隆慶年間，惠州藍一清、賴元爵，潮州林道乾、林鳳、諸良寶，瓊州李茂都起事了，整個的社會，不能安定。居正曾經說過：「嘉、隆之間，廣州處處皆盜，議者謂嶺表非我版圖矣。」(58)形勢真是非常的嚴重。隆慶五年八月，高拱和居正商定，調殷正茂總督兩廣軍務，決定進兵。居正和正茂說起：「治亂國，用重典。廣固亂國也，其勢非用兵威以震盪之，奸宄不畏，良民無依。」(59)以後募浙兵，發馬價，一切都由正茂放手去做。居正當國以後，更和正茂說：
廣事之壞，已非一日，今欲振之，必寬文法，假便宜乃可。近來議者紛紛，然朝廷既以閫外托公，任公自擇便宜行之，期於地方安寧而已，雖彈章盈公車，終不為搖也。(60)
萬曆元年，潘季馴又和居正談起，也是懸念廣東的兵事。居正肯定地說：「廣事近以屬之殷司馬，此君才略，足以辦此，又假以便宜，兵食期一二年，當得蕩定。」(61)果然就在這一年中，將廣東方面，逐步安定，只剩諸良寶、林鳳未平，不幸廣東軍隊，在進攻中，受到一些意外的挫折，居正和正茂再說：
諸良寶必死之寇，而各官乃易視之，其敗固宜。一撮許殘賊不能克，則諸山海逃伏之盜，必將乘勢再起，將來廣事，不可便謂無虞。大抵南賊，譬之蔓草，鏟盡還生。從古以來經略南方者，皆未能以一舉而收蕩平之功，其勢然也。今當申嚴將令，調益生兵，大事芟除，見賊即殺，勿復問其向背。諸文武將吏有不用命者，宜照敕書，悉以軍法從事，斬首以徇。了此，則諸不逞之人，皆破膽而不敢旁睨矣。不惜一朝之費，而貽永世之安，惟公留意焉。(62)
統治者下了鎮壓的決心，正茂當然出力，萬曆元年四月，潮州一帶的軍事成功了，只有林鳳和部下出海，在福建、廣東的海岸線活動，最後完成他在海外發展的使命。
在廣西方面，當殷正茂由廣西巡撫調任兩廣總督的時候，繼任的是郭應聘。這時府江瑤也起了一次大動亂。府江是從桂林到蒼梧的桂江，在陽朔到昭平三四百里這一段，兩岸都是瑤山。瑤人進攻永安州、荔浦縣，擄去知州楊唯、都指揮胡潮。桂江交通中斷，各縣城門，白天都不敢開，形勢嚴重極了。居正一面吩咐應聘調集大軍，一面說：
兩江(63)寇盜，為患久矣，異時居官者，皆畏首事，莫敢發，故其患滋甚。今乘古田(64)之餘威，用足下之妙算，殲此狐鼠，諒不為難。但炎荒瘴病之地，屯數萬之眾，役不宜淹久，貴在臨機速斷，沉謀遄發，先併力以破其一巢，則餘賊自然破膽，次第可平。若以三萬之餉，與之相持於欽、岑之間，使賊跧伏溪澗，以逸待勞，非計之得者也。兵機不敢遙制，特獻其瞽見如此，惟高明采擇焉。(65)
應聘正在調集大軍六萬，進討府江瑤的當中，懷遠(66)的瑤人又起義了，殺知縣馬希武，情勢也很吃緊。這時已經是隆慶六年的秋後，居正當國，更有決定的全權。他和應聘商定，先定府江瑤，一面招撫懷遠，等到府江平定以後，隨即進兵。冬天以後，府江已經安定，但是萬曆元年正月進兵懷遠，又因為雨雪的關係，發生停頓。居正說：
懷遠之兵，既未得天時地利之便，暫宜解歸，以俟大舉。若有他巧可取之，尤妙矣。此事若非縣令苛急，亦未遽叛。事之未形，一夫制之有餘，禍端已構，數萬人取之不克，至兵連禍結，師老財費，使朝廷廑南顧之憂，疆場有不討之賊，彼激亂啟釁者，死何足恤哉！以是知天下之事，推知幾識微者，可與圖成，而輕躁鋒銳者，適足以僨事階亂而已。(67)
但是戰事已經決定，沒有徘徊的餘地。應聘調兵十萬，積極進行，居正只是說：「不謂其怙惡不悛，敢行稱亂如此，則天討所必加，雖費財動眾，亦難中止矣。一切剿處事宜，公所畫俱當，惟公自裁便宜行之，不敢中制。」(68)就在這一年，懷遠兵事結束，廣西平定。居正主張徹底蕩平。他說：「兵已深入，須盡殲之，毋使易種於斯土，又煩再舉也。」(69)
萬曆元年，四川方面發生平定都掌的軍事。都掌「蠻」盤踞敘州府高、珙、筠連、長寧、江安、納溪六縣地方。「蠻」首踞九絲山、雞冠嶺、都都寨、凌霄峰、四出擄掠，成為四川心腹之患。四川巡撫曾省吾決心進兵，居正也認為「都掌為害多年，不容不除」(70)。省吾調兵十四萬，奏留總兵劉顯統兵出發。劉顯在福建平倭，和俞大猷、戚繼光齊名，但武官的積習太深了，貪贓行賄，不守法紀，一切的事都有，這時正被劾罷。居正和省吾說：「若其人果可用，不妨特疏留之，立功贖罪；如不可用，則當別授能者。公宜以此意明示劉顯，俾鼓舞奮勵；如玩寇無功，必將前罪並論誅之，不敢庇也。地方大事，惟公熟計之。」(71)三月中，劉顯準備完成，一舉擊破凌霄峰；居正再寄書省吾，督促追擊：
凌霄既破，我師據險，此天亡小丑之時也。宜乘破竹之勢，早收蕩定之功。計蠻眾不過數千，我師當數倍之，無不克者。攻險之道，必以奇勝，今可徵兵積餉，為坐困之形，而募死士，從間道以搗其虛。……若不奮死出奇，欲以歲月取勝，此自困之計。兵聞拙速，未睹巧之久也。惟公熟計之。劉帥功名，著於西蜀，取功贖過，保全威名，在此一舉。其一切攻圍之計，宜聽其自為便利，勿中制之，唯與之措處軍前賞功募士之費。計軍中一月當費幾何，與其曠日遲久，不若暫費速罷之為愈也。(72)
九月中，劉顯平定都掌。捷音到京，居正說起：「十月十四日，聞九絲捷音，不覺屐齒之折。殄此巨寇，不惟蜀民安枕，且國家神氣，借此一振，四方有逆志感紀之人，亦將破膽而不敢恣睢矣。」(73)這裡看出他心中的喜悅。
居正對於國事的計劃，是在穩定中求進展。他整頓賦稅，節省支出，為國家安定經濟的基礎。對於北邊的國防，他是一面分化韃靼，一面整理軍實。對於南方的動亂，他用最大的努力加以鎮壓，勞師費財，一點都不顧惜。這些動亂的原因，他明明知道是由於政治的不良，因此他的責任應當是努力改進當時的政治情況，但是他的措施，只是對於起義農民和少數民族的無情鎮壓。居正是封建社會的統治者，這裡完全暴露了封建統治者的凶狠面貌。
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