萬曆元年，居正進《帝鑒圖說》，第二年就發生效力。神宗這時才十二歲，他和吏部尚書張瀚，都察院左都御史葛守禮說，要召見廉能官員，面加獎諭。居正隨即請定面獎廉能儀注，他在疏中說：「臣等竊惟致理之道，莫急於安民生；安民之要，惟在於核吏治。前代令主，欲興道致治，未有不加意於此者。」(1)二年正月，神宗在會極門，召見廉能官員浙江布政使謝鵬舉等二十五人，特加獎勵，各賜金幣，便是這一次的結果。
九月間，刑部秋審，判定重囚應處死刑的，一概上奏。這是一件例行的公事，但是困難從宮內發生了。
「慈聖太后的懿旨，吩咐概行停刑，」神宗在文華殿和居正說，「先生以為怎樣？」
「春生秋殺，天道之常，」居正說，「皇上即位以後，停刑已經不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；兇惡不去，反害善良。愚臣看來，還是不必停。」
神宗聽了以後，奏明太后，應處死刑的，一概准予執行。
這一點牽涉到古代統治階級的政治思想問題。不負實際責任的人常常主張寬大，但是負擔實際責任的人，便認為這是一個難題。鄭子產臨死的時候和子太叔說：
「我死後，國家大政是你的事了。有德的人，也許能夠以寬服民，其次莫如猛。火的威焰，人人看到都害怕，所以燒死的人不多；水性懦弱，人人都覺得可愛可近，偏偏死在水中的人多了。所以寬大不是一件容易的事。」
子產死後，政權落到子太叔手上，這是一位官僚主義的統治者。被壓迫的人民大眾得到這個機會，發動起來，爭取他們的自由。子太叔懊恨極了，他認為早聽子產的話，一定不至於此，這才調動軍隊，把起義的人民鎮壓下去，仍走上反動統治者的老路。
居正是主張猛的，他曾說過：「使吾為劊子手，吾亦不離法場而證菩提。」他看到元末的大動亂，完全因為當局的寬縱，以致演成不可收拾的慘劇。所以他認定「君子為國，務強其根本，振其紀綱，厚集而拊循之，勿使有釁，脫有不虞，乘其微細，急撲滅之，雖厚費不惜，勿使滋蔓，蔓難圖矣。」(2)他又說過：「盜者必獲，獲而必誅，則人自不敢為矣。」(3)關於捕「盜」的事，在考成法也有明文規定。後來萬曆七年，因為「盜犯」中途脫逃的事，他說：
張國用查系三月初間，已屬順天府著長解押發，乃至今尚未到，此必中途賄逃矣。頃已令該府捕長解家屬監候，又行逐程挨查，於何處脫逃，務見下落，事系考成，期限已迫。若此時尚未到，執事亦宜上疏自白，請旨緝拿，務令得獲正罪，庶足示懲。若已到，則照在京例，盡法處之，不可縱也。(4)
居正的主張是「盜」者必獲，獲則必「誅」，這是考成法的規定。但是如《明史》所載，居正當國之時，「大辟之刑，歲有定額」(5)，又稱「居正法嚴，決囚不如額者罪」(6)，都難免有些以訛傳訛。每年死刑，要有一定的名額，就在當時，也不能不算是一件不可思議的事。但是《艾穆傳》稱艾穆為刑部員外郎，到陝西複審的時候，艾穆決定只有兩個人處死刑，同審的人唯恐太輕了，要受到政府的處分，艾穆慷慨地說：
「我可不會拿別人的生命保障自己的地位。」
在居正大權在握的當中，地方官吏奉行過甚，也是不免的事。
二年十月遼東大捷，除了遼東總兵官李成梁進左都督以外，薊遼督撫以及內閣諸臣一體加恩，居正具疏力辭，神宗親筆下諭：
敕諭元輔張少師：朕以幼沖嗣位，賴先生匡弼啟沃，四方治安，九邊寧靖。我祖宗列聖，亦鑒知先生之功，就加顯爵不為過。乃屢辭恩命，惟一誠輔國。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生實心，不復強，特賜坐蟒衣一襲、銀錢五十兩，以示優眷，申成先生美德，其欽承之。(7)
自從俺答封貢事定以後，戰事的中心逐漸東移。東部的韃靼，在土蠻的領導下，繼續和朝廷作戰，最困難的問題是「屬夷」。喜峰口、宣化境外有朵顏衛，錦州、義州、廣寧境外有泰寧衛，瀋陽、鐵嶺、開原境外有福余衛，這是所謂大寧三衛；迤東還有建州衛。在名義上他們都服屬中國，所以稱為「屬夷」，但是事實上泰寧部長速把亥、炒花，朵顏部長董狐狸、長昂，以及建州衛都指揮王杲都和土蠻相通，成為薊遼一帶的邊患。要對付土蠻，第一便得對付「屬夷」，所以萬曆元年，居正就認定處置「屬夷」之策，為國家大事，急宜經理。(8)這一次遼東大捷，李成梁斬建州部落一千一百餘人，後來連王杲也殺了，當然是對付「屬夷」的一次「成功」。
戰事中心到了薊遼，但是薊遼最大的遺憾，便是地形的缺陷。整個三衛，盤踞在熱河和遼寧的西邊，薊州和遼東兩鎮，失去應有的聯繫。居正的計劃，是遵守楊博固守邊牆的遺策，一面整理薊州一帶的邊牆，(9)以備韃靼的進攻；同時也計劃反攻。他聯絡遼東、宣府、薊州三鎮，主張由薊州堅守，由遼東、宣府雙方夾擊。他給方逢時說起：
比者遼左之功，固為奇絕，朝廷賞功之典，亦極其隆厚，然僕於此，蓄意甚深，謹密以告公。今九邊之地，薊門為重，以其為國之堂奧也。自嘉靖庚戌以來，虜禍日中於薊，至罷九邊之力以奉之，而內地亦且困敝。然所以釀此禍者，皆屬夷為之也。國初棄大寧之地與之，冀其為吾藩屏，而今乃如此！故屬夷不處，則邊患無已時。然欲處之非加之以威，彼固未肯俯首而服從也。今西虜為貢市所羈，必不敢動，獨土蠻一枝，力弱寡援，制之為易。今擬於上谷練得戰士二萬，遼東二萬，多備火器，卻令薊人平時將內地各城堡，修令堅固。視三鎮士氣已振，度其可用，則屬夷求撫賞者，一切以正理處之；凡額外求討，及捉軍要賞者，悉正以軍法。彼不遂所欲，必結虜來犯，我則據台以守，遏之邊外，使之一騎不入，在我雖無所獲，而在彼已為失利，亦策之上也。如其賊眾潰牆而入，則亦勿遽為倉皇，但令薊將斂各路之兵四、五萬人，屯據要害，令諸縣邑村落，皆清野入保，勿與之戰。而上谷、遼左，不必俟命，即各出萬人，遣驍將，從邊外將諸屬夷老小盡殲之，令大將領一萬人入關，不必衛京師，逕趨薊地，伏於賊所出路。彼雖已入內地，見我不動，必不敢散搶，不過四五日，虜氣衰矣。衰則必遁，然後令薊人整陣以逐之，而宣、遼兩軍合而蹙擊。彼既饑疲，又各護其獲，敗不相救，而吾以三鎮全力擊其惰歸，破之必矣。一戰而勝，則薊鎮士氣既倍，土、蘇諸酋，不敢復窺，而屬夷亦皆可脅而撫之以為我用。薊事舉則西虜之貢市愈堅，而入援之兵，可以漸減，九邊安枕無事矣。愚計如此，今先試之於遼左，蓋遼人素稱敢戰，而李將軍亦忠勇可用，故厚賞以勸之，懸利以待之，亦致士從隗始之意也。(10)
萬曆元年，居正和薊遼總督劉應節說過，要「虛心商量，思一長策，著實整頓一番，庶為經久之計」(11)。這便是居正的長策了。但是這一條計策，在居正手裡，始終沒有用過。戰事的中心逐漸東移，遼東成為中國的重鎮，這是後事。萬曆最初十年，戚繼光坐鎮薊門，是當時的一重保障，土蠻不敢南侵，未必不由於此。居正對於三衛，始終設法羈縻。他自己說過：「要在當事者隨宜處置。譬之於犬，搖尾則投之以骨，狂吠則擊之以棰，既棰而復服，則復投之，投而復吠則擊之：而可與之較曲直，論法守乎？前有書與方公，方答書云：『耐煩二字，邊臣宜書諸紳。』誠然。」(12)居正手上有的是大棒和骨頭，這是他「羈縻『屬夷』」的方法。對於「撫賞『屬夷』」的緞布，正和對於賞賜俺答的緞布一樣，居正逐件看過，都要美好經用，這是骨頭。朵顏部長董狐狸、長昂，和青把都是親戚，居正吩咐宣府巡撫吳兌：「幸公示意青酋，令其傳意長昂，勿復作歹，自取滅亡。」(13)這是大棒。這一年他又說過：
辱示薊鎮虜情，淵哉其言之也。已即密語彼中當事諸公，俾知所從事。屬夷處置適宜，則土虜之真情可得，而兩鎮之貢市愈堅，當今邊務，莫要於此矣。公在上谷，內修戰守，外探虜情，東制西懷，自有妙用，僕復何憂。(14)
居正曾經自稱別無他長，但能耐煩，這是一句謙虛的話，但是耐煩確是能使居正成功的品德。耐煩的人，對於一切事務，有佈置，有步驟。他不會一暴十寒，然而他也不求一勞永逸，只是一步一步，腳踏實地去幹。我們所不能滿意的是居正對於起義的人民，沒有正確的認識，因此只知道如何去鎮壓；同樣地他對於沿邊的少數民族，除了利誘威服以外，沒有採取進一步靠攏和爭取的方法。
對於用人行政方面，他也是一步一步幹著。萬曆二年四月，實行久任之法，這是他在隆慶二年《陳六事疏》中已經說過的。十二月內閣進職官書屏。居正上疏：
仰惟皇上天挺睿明，勵精圖治，今春朝覲考察，親獎廉能；頃者吏部奏除，躬臨銓選，其加意於吏治人才如此。顧今天下疆裡，尚未悉知，諸司職務，尚未盡熟，雖欲審別，其道無由。臣等思所以推廣德意，發達聖聰者，謹屬吏部尚書張瀚，兵部尚書譚綸，備查兩京及在外文武職官，府、部而下，知府以上，各姓名籍貫，及出身資格。造為御屏一座，中三扇繪天下疆域之圖：左六扇，列文官職名；右六扇，列武官職名；各為浮帖，以便更換。每十日，該部將陞遷調改各官，開送內閣，臣等令中書官寫換一遍。其屏即張設於文華殿後，皇上講讀進字之所，以便朝夕省覽。如某衙門缺某官，該部推舉某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人見任此地，今能辦此事否？臣等日侍左右，皇上即可親賜詢問，細加商榷，臣等若有所知，亦得面盡其愚，以俟聖斷。一指顧間，而四方道裡險、易，百司職務繁、簡，一時官員賢、否，舉莫逃於聖鑒之下。不惟提綱挈要，便於觀覽，且使居官守職者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得達於高聰：其賢者將兢兢焉爭自淬勵以求見知於上，不才者亦將凜凜焉畏上之知而不敢為非。皇上獨運神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。(15)
在職官方面，明代定都北京以後，南京六部諸寺，實際成為贅疣。嘉靖、隆慶間已經開始裁革了。萬曆三年二月裁南京官，以後再經過九年的裁革，除了養望的大官和必需的屬官以外，差不多已經調整，這都是居正任內的成績。
三年四五月間，居正上《請飭學政疏》，這是一個極大的改革。明朝的學制，兩京國子監是直轄中央的國立大學，與地方無干。各府、州、縣有府學、州學、縣學，都有一定學額，歸各省提學官管轄。鄉村之中又有社學，民間子弟自由入學，不受學額的限制，但是沒有強迫入學的規定。當時的問題，集中在地方學制的府、州、縣學。
太祖洪武年間規定，府學四十人，州學三十人，縣學二十人，日給廩膳，稱為廩膳生員。洪武十五年定令，廩膳生每人每月領米一石，魚肉鹽醯，由官供給。宣宗宣德三年規定，府、州、縣學各設增廣生員，學額與廩膳生員相同，他們沒有領米的權利，但是和廩膳生員一樣，一家之內，除本身外，優免二丁差役。換一句話，就是家中只要一人入學，可以三人免役。以後增廣生員以外，又添附學生員，現代術語稱為特別生，他們當然更談不到廩米，但是免役的權利，還是一樣。廩膳生員，增廣生員，附學生員，簡稱廩生、增生、附生；有時只稱廩、增、附。通常人用漢朝科目秀才異等的名稱，稱為秀才。這些秀才，有米可領，遇役可免：文理通順，學問優長的，當然還可以考取舉人、進士的出身，為國家做事；但是大多數永遠只是秀才，做一世的府、州、縣學主員，領米免役，成為地方的特權階級。這一群特權階級人物多了，發生連帶關係，在地方上隱隱成為一種勢力，可以欺侮一般民眾，同樣地也可壓迫地方官吏。他們儘管滿口孔子、孟子，聖經、賢傳，講道德，說仁義，但是事實上只是地方的禍害。這便是所謂學霸。嘉靖十年題准：「生員內有刁潑無恥之徒，號稱學霸，恣意非為，及被提學考校，或訪察黜退，妄行訕毀，赴京奏擾者，奏詞立案不行，仍行巡按御史拿問。」(16)便指的這些人。
萬曆二年，特敕吏部「慎選提學官，有不稱者，令其奏請改黜」。去今已經一年了，但是還沒有看到成績。居正認定唯有控制各省提學官，才可以控制生員，疏稱：
臣等幼時，猶及見提學官，多海內名流，類能以道自重，不苟徇人，人亦無敢干以私者，士習儒風，猶為近古。近年以來，視此官稍稍輕矣，而人亦罕能有以自重。既無卓行實學，以壓服多士之心，則務為虛譚賈譽，賣法養交；甚者公開幸門，明招請托；又憚於巡歷，苦於校閱，高座會城，計日待轉。以故士習日敝，民偽日滋，以馳騖奔趨為良圖，以剽竊漁獵為捷徑，居常則德業無稱，從仕則功能鮮效，祖宗專官造士之意，駸以淪失，幾具員耳。去年仰荷聖明，特敕吏部，慎選提學官，有不稱者，令其奏請改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意義甚盛。今且一年矣，臣等體訪各官，卒未能改於其故，吏部亦未見改黜一人。良以積習日久，振蠱為艱，冷面難施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被傷於眾口，因循頹靡者，上不必即黜，而且博譽於一時：故寧抗朝廷之明詔，而不敢掛流俗之謗議，寧壞公家之法紀，而不敢違私門之請托。蓋今之從政者大抵皆然，又不獨學校一事而已。(17)
疏後附列十八款，目標都在整飭當時的學風，列四款於次：
一、聖賢以經術垂訓，國家以經術作人，若能體認經書，便是講明學問，又何必別標門戶，聚黨空譚！今後各提學官督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用；不許別創書院，群聚徒黨，及號召地方游食無行之徒，空譚廢業，因而啟奔競之門，開請托之路。違者：提學御史，聽吏部、都察院考察奏黜；提學、按察司官，聽巡按御史劾奏；游士人等，許各撫、按衙門，訪拿解發。
一、我聖祖設立臥碑，天下利病，諸人皆許直言，惟生員不許。今後生員務遵明禁，除本身切己事情，許家人抱告，有司從公審問，倘有冤抑，即為昭雪，其事不幹己，輒便出入衙門，陳說民情，議論官員賢否者，許該管有司申呈提學官，以行止有虧革退。若糾眾扛幫，聚至十人以上，罵詈官長，肆行無禮；為首者照例問遣；其餘不分人數多少，盡行黜退為民。
一、廩膳、增廣，舊有定額，迨後增置附學名色，冒濫居多。今後歲考，務須嚴加校閱。如有荒疏庸耄，不堪作養者，即行黜退，不許姑息；有捏造流言，思逞報復者，訪實拿問，照例發遣。童生必擇三場俱通者，始行入學，大府不得過二十人，大州縣不得過十五人，如地方乏才，即四、五名亦不為少。若鄉宦勢豪，干托不遂，暗行中傷者，許逕自奏聞處治。
一、生員考試，不諳文理者：廩膳十年以上，發附近去處充吏，六年以上，發本處充吏；增廣十年以上，發本處充吏，六年以上，罷黜為民。
這是居正整飭學風的計劃；他要打倒游談之士，所以不許創建書院；他要肅清學霸之源，所以裁減學額；至於禁止糾眾，考驗文理，固然是明初以來的遺規，但是居正有考成法在手，一切都得實行，因此儘管只是舊話重提，但是重提的舊話，到了萬曆初年，便增加新的意義，不能再當具文看待。關於書院一方面，到萬曆七年詔毀天下書院，局勢的推演，更加積極：在學額方面，因為考成的關係，有司奉行，也是非常嚴格。《明史》(18)《選舉志》言：「嘉靖十年，嘗下沙汰生員之命，御史楊宜爭之而止。萬歷時張居正當國，遂核減天下生員，督學官奉行太過，童生入學，有一州縣僅錄一人者。」大致這不是一句誣蔑的話。
假如居正為自己的政治前途打算，關於整頓學風的事，也許還要重行考慮。各個時代有各個時代的領導階層，得罪這個階層，往往會發生極大的風波。周武帝滅高齊，統一北方，對於南方的陳國，隨時可加撲滅，只因為沙汰沙門，得罪當時的領導階層，這一群僧侶消極反抗，武帝死後，不過數年，整個的國家移轉到一個委瑣平庸的楊堅手裡，智識階層，不曾提出一句反抗的呼聲。明朝以來，秀才成為當時的領導階層，政府的官吏，出身於這個階層，地方的輿論，也操縱在這個階層的手裡。他們固然壓迫一般民眾；然而一般民眾沒有機會也沒有能力喊出反抗的呼聲，民眾中的優秀分子，又往往因為知識發展的關係，隨時為當時的領導階層所吸收；因此秀才們不但沒有受到民眾的反對，反而出乎意外地受到民眾的擁護。人民大眾的認識沒有提高以前，有時會把騎在頭上的惡霸，看作領導的人物，何況在居正的時代！居正以前，世宗主張沙汰生員，但是畢竟沒有沙汰。居正以後，思宗時，大學士溫體仁又提出同樣的主張，刑科都給事中傅朝祐立即提出彈劾，疏言體仁「又議裁減茂才(19)，國家三百年取士之經，一旦壞於體仁之手，此謂得罪於聖賢」(20)。溫體仁固然是一個庸人，但是主張裁減生員，何嘗得罪於聖賢？孔子嘗為乘田、委吏，孟子也說「往役、義也」。孔子、孟子沒有造成特權階層，也沒有提出領米免役的要求，為什麼主張裁減生員，為民眾減輕負擔，為公家平均勞役，就算是得罪聖賢呢？傅朝祐的議論，只是擁護特權階層的既得權利，不肯放棄。
居正提出整頓學風的計劃，正是抱了最大的決心。萬曆八年，他曾經說起：
秉公執法，乃不榖所望於執事者，欲稱厥職，但力行此四字足矣。至於浮言私議，人情必不能免。雖然，不容何病！不容然後見君子。不榖棄家忘軀，以徇國家之事，而議者猶或非之，然不榖持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毀譽關頭，若打不破，天下事無一可為者，願吾賢勉之而已。(21)
這封信中，大致也是關於整頓學政的事，居正抱定宗旨，打破得失毀譽關頭，所以能有當日的成功，也正因為他不顧人情物議，所以不免招致身後的詆毀。
萬曆三年五月，還有一次遼東報警的事。「屬夷」傳來的消息，韃靼武士又出動了。這一次的主謀是土蠻，他糾集青把都，率同二十餘萬騎士，準備向遼東開發。消息緊張的了不得。遼東巡撫立刻申報兵部，敵人已經開到大寧，所以請兵請糧，一刻也緩不得。兵部尚書譚綸隨即上奏。神宗雖然只有十三歲，但是對於國家大事，不容他不關心。驚惶極了，他問居正怎樣辦。
「請皇上寬心，」居正說，「暑天不是敵人猖狂的時候，大致不會有什麼大事。」
居正儘管這樣地寬慰神宗，但是言官們已經驚動了。一位給事中上疏，主張防守京城，浚壕塹，掘戰坑：他恨不得立刻宣佈戒嚴。居正悠悠地回想到隆慶四年李春芳、趙貞吉那一番倉皇失措的情形。他歎了一口氣，但是同時也吩咐薊鎮戚繼光和宣府巡撫吳兌打聽虛實。不久，繼光的報告來了，據說韃靼諸部「酋長」，久已解散，沒有集合的行動。吳兌更說青把都始終沒有出動，更談不到進兵遼東。居正的估計沒有錯，一切只是虛報。但是北京城裡的空氣，從五月以來，已經緊張了好久。秋天到了，又是準備秋防的時候。居正上《論邊事疏》：
夫兵家之要，必知彼己，審虛實，而後可以待敵，可以取勝。今無端聽一訛傳之言，遽爾倉皇失措，至上動九重之憂，下駭四方之聽，則是彼己虛實，茫然不知，徒借聽於傳聞耳，其與風聲鶴唳、草木皆兵者何異？似此舉措，豈能應敵？且近日虜情狡詐，萬一彼嘗以虛聲恐我，使我驚惶，疲於奔命，久之懈弛不備，然後卒然而至，措手不及，是在彼反得「先聲後實，多方以誤之」之策，而在我顧犯不知彼己，百戰百敗之道，他日邊臣失事，必由於此。故臣等不以虜之不來為喜，而深以邊臣之不知虜情為慮也。兵部以居中調度為職，尤貴審察機宜，沉謀果斷，乃能折衝樽俎，坐而制勝。今一聞奏報，遂爾張皇，事已之後，又寂無一語，徒使君父日焦勞於上，以憂四方，而該部以題復公牘，謂足以了本部之事耳。臣等謂宜特諭該部，詰以虜情虛實之由，使之知警。且秋防在邇，薊、遼之間，近日既為虛聲所動，徵調疲睏，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。(22)
萬曆三年六月命各省巡撫及巡按御史，對於有司賢否，一體薦、劾，不得偏重甲科。這也是整頓吏治的一個表現。明初用人的制度，分為三途；第一是進士，第二是舉人、貢生，第三是吏員。這是所謂「三途並用」。後來因為長官都是進士出身，進士出身的官員，特別蒙到關切，舉人、貢生出身的，已受歧視，更談不到吏員出身了。於是吏員上進無門，自甘暴棄，就是舉貢也決不輕易就職，他們唯一的目標，是考進士，考中了便是甲科出身，日後自有合理的發展，考不中，他們準備三年以後重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故紙堆中。浪費精力，埋沒人材，科舉制遂成為大害。隆慶年間，高拱提議，明初舉人為名臣者甚眾，以後偏重進士，輕視舉人，積弊日甚，請求自今以後，唯論政績，不論出身。這是一個有見地的提議，但是沒有實行。隆慶四年，吏科給事中賈三近上言：「撫、按諸臣遇州、縣長吏，率重甲科而輕鄉舉：同一寬也，在進士則為『撫字』，在舉人則為『姑息』；同一嚴也，在進士則為『精明』，在舉人則為『苛戾』。是以為舉人者，非華顛豁齒不就選；人或裹足毀裳，息心仕進。夫鄉舉豈乏才良，宜令勉就是途，因行激勸。」(23)賈三近的奏疏，穆宗也曾批准，但是實際上這個計劃沒有實現。這兩件事，居正都在大學士任內看到，現在自己當國，更積極地要想實現，但是即在居正任內，並沒有顯著的效果，居正身後，當然更談不到。科舉的制度，永遠成為整頓吏治的障礙。
隆慶六年六月以後，內閣只有居正和呂調陽兩人，到現在三年了。萬曆三年八月，居正疏請增加閣員。御批，「卿等推堪是任的來看。」居正推薦吏部左侍郎張四維及馬自強、申時行二人入閣。御批「張四維升禮部尚書兼東閣大學士，著隨元輔等在內閣辦事」，因此四維在內閣中，名為居正的同僚，其實只是居正的屬員。首輔的權力，無形中又提高一層。
張四維字子維，蒲州人，嘉靖三十二年進士。他是楊博的同鄉，王崇古的外甥，和居正也有相當的關係。這是一個有辦法，能忍耐，而且捨得化錢的人，因此在宦途上，得到許多意外的方便。隆慶年間，是一個盛談邊務的時期，四維當然很清楚，以後俺答封貢事起，朝議未定，奔走關說，主張封貢的便是四維，因此深得高拱的器重。高拱準備引進四維入閣，以致引起高拱、殷士儋間的衝突。其後四維也因為言官彈劾，乞假家居。但他和當道要人，還是不斷地連絡。隆慶六年，高拱失敗，這是四維潛伏的時期了，但是因為王崇古的關係，不久他和居正又發生聯繫。四維知道政治中樞，還有馮保和慈聖太后，於是他再連絡馮保和李太后的父親、武清伯李偉。萬曆二年，四維入京，以翰林學士掌詹事府，不久改吏部左侍郎，三年八月，改禮部尚書兼東閣大學士，入閣辦事。做官的慾望，當然滿足了。至於爭權，四維很清楚，在居正當國的時候，談不到爭權。呂調陽入閣三年了，除在內閣公本照例署名，以及每逢慶典，照例進官、蒙賞以外，還有什麼？四維知道自己只是「隨元輔辦事」。這是聖旨，也不妨說是一個條件。大學士固然名為大學士，其實只是居正的一條尾巴。在這一點，居正和四維成立一種默契。但是居正沒有看清忠厚的人和才華的人究竟有些不同。忠厚的人如呂調陽，也許可以遵守這個默契，並不感覺痛苦；才華的人如張四維，便完全兩樣了。他遵守這個默契，但是心裡卻充滿怨憤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他的恭謹，只能增加他的仇視。這便成為居正身後，四維極力報復的張本。萬曆十年，居正逝世；十一年抄家，他的長子敬修自殺，在他的血書後面寫著：「有便，告知山西蒲州相公張鳳盤(24)，今張家事(25)已完結矣，願他輔佐聖明天子於億萬年也。」到了這時，敬修才知道四維是自己一家的大仇，但是在居正生前，居正只覺得四維是一個恭謹的同僚。
萬曆三年，在江浙海外，發生一次小規模的國際戰事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的時代。經過譚綸、俞大猷、戚繼光、劉顯這一群人戡定以後，大局稍為安靜，但是小股的倭寇，還是不斷地擾亂，隆慶年間，廣東方面的動亂，也有倭寇參加的蹤跡。中國和日本是接近的鄰國，本來應當好好相處，為國際爭取和平，為人民爭取幸福，但是那時雙方的統治階級，都沒有認識這個道理。遠在北京的皇帝，高高在上，沒有貫徹保衛祖國的職責；而日本方面，無數的封建主，一邊率領擄掠成性的武士，一邊勾結中國沿海的漢奸，不斷向大陸進攻。這是當時中國和日本相處的情勢。居正也曾說到中國和日本的關係：
倭奴自元以來，為中國患。元嘗以十萬人，從海征之，舟泊其境，值海風大作，十萬人沒於海。本朝有天下，四夷君長，靡不向風，獨倭王良懷不奉朝貢，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海諸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命禮部移書，責其國王，亦只言天道禍福之理以導之耳，終不能一加兵於其國。是以其人驕悍狡詐，謂中國無如之何。侵侮之漸，有自來也。(26)
居正看到日本的禍害，但是居正認識當時國家的敵人，還是北方的韃靼，所以在「北邊第一」的口號下面，對於倭寇，談不到根本解決，只能對於沿海督撫，尤其蘇、浙、閩、廣諸省，加以不斷的戒飭。他的計劃是用兵船巡弋近海，隨時和倭寇在海面決戰。萬曆三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一帶了。應天巡撫宋儀望調兵船和他開戰，打了一個勝仗，居正一邊奏請加官，一邊致書獎勵，同時警戒浙江巡撫謝鵬舉。他說：
近年海寇息警，人心頗懈，僕竊以為憂，故昨年擬旨申飭。賴公偉略，起而振之。今果能一戰而勝之，不俟登岸而遏之於外洋，功尤奇矣。天下事豈不貴豫哉！慰甚。彼前鋒既折，必不敢窺吳，禍當中於浙矣。(27)
浙無倭患久矣，一旦聯舟突犯，必有勾引之奸。且地方安恬日久，驟尋干戈，恐無以待寇，幸折以忠義，鼓以賞罰，悉力一創之，庶將來不敢再窺。亟剿此寇，然後徐究其禍本而除之，可也。浙人鹹云：「謝公非用武之才，恐不能了此事。」僕曰：「不然，謝公沈毅有遠慮，賊不足患也。」願公勉就勳庸，以副鄙望。(28)
萬曆三年，居正決心整頓驛遞，這也是居正招怨的一件大事。
明代從北京到各省的交通幹線都有驛站，驛站是當時的唯一交通制度。驛站有主管官吏，有馬，有驢，有伕役；水驛有紅船，有水夫：都很完備。馬、驢從哪裡來？馬、驢來自民間。船隻從哪裡來？船隻也來自民間。馬、驢的草料，船隻的裝備，莫不來自民間。民間還要按糧出夫，馬伕、水夫當然也來自民間，自備工食，三年一輪，週而復始。除開馬伕、水夫以外，各驛還有館戶，專為過往人等，治造飯食，不許片刻稽留：當然館戶也是來自民間，自備工食。最初的時候，伕役還享到免糧的特權，從嘉靖二十七年議准以後，連這一點特權也取消，於是伕役不僅沒有權利，只有義務，而且還要供給馬、驢、紅船以及其他必要的配備。交通幹線附近的人民，實際成為國家的奴役，他們的地位，甚至落到清代的烏拉娃子以下。
對於交通幹線附近的人民，這不能不算一種虐政，但是國家如此龐大，為維持中央和各省的交通起見，在交通工具尚未發達以前，驛站制度，縱是需要合理的調整，不是沒有存在的理由。一切全看這個制度的運用。太祖時代，關於使用驛站的規定，非常嚴密，非有軍國大事，沒有使用的權力，即是公、侯、駙馬、都督奉命出差的時候，也只許隨帶從人一名。所以驛站制度雖然存在，人民的痛苦，還得到一些緩和。有一次，吉安侯陸仲亨從陝西回京，擅行使用驛站車馬，給太祖知道了，太祖痛責道：「中原兵燹以後，百姓開始復業，買馬出丁，非常艱苦。倘使大家和你一樣，民間賣兒鬻女，也供給不起啊！」
太祖時代究竟是老遠的過去了。以後的條例，便逐日地寬大！太祖時代，給驛條例只有六條：到嘉靖三十七年，便擴充到五十一條。五十一條的使用者，都有勘合，現代稱為護照。勘合分為五等：溫、良、恭、儉、讓。北京的勘合由兵部發出，各省的勘合由巡撫和巡按發出。填發的機關，總算還有相當的限制；但是在填發的時候，便來一個寬大的作風！兵部可以填發勘合送人，各省也可填發勘合送人。領用勘合的人，沒有繳還的限期，一張勘合，成為終身的護照，而且自己不用，還可轉贈旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。寬大之外，還有寬大！交通幹線附近的人民，真是民不聊生。領用勘合的官員，大都既不溫良，也不恭儉，更談不到讓；勘合的五個號碼，只成為刻骨的諷刺。官員到了驛站以後，百般需索。他們要糧食，要柴炭，要酒席，要蔬菜，要夫，要馬。有時在拉到夫馬以後，人民也可按照道路遠近，講明價值，經過一番磋商，索性繳納銀兩，放走了事。於是官員們在沿站滋擾以外，連帶也成為擄人勒贖的強盜。這一點，官員們久已視為他們應有的特權。在寬大的政體之下，沒有人敢於侵犯他們的特權，以至引起自身的不利。
直到萬曆三年，居正提出整頓驛遞的計劃：
凡官員人等非奉公差，不許借行勘合；非系軍務，不許擅用金鼓旗號。雖系公差人員，若轎扛夫馬過溢本數者，不問是何衙門，俱不許應付。撫、按有違明旨，不行清查，兵部該科指實參治。若部、科相率欺隱，一體治罪。
撫、按、司、府各衙門所屬官員，不許托故遠行參謁，經擾驛遞；違者撫、按參究。
有驛州、縣，過往使客，該驛供送應得廩糧蔬菜，州、縣止送油燭柴炭，不許重送下程紙札，如有借此科斂者，聽撫、按官參究。
凡經過官員有勘合者，夫馬中火，止令驛遞應付，有司不許擅派裡甲。其州、縣、司、府官朝覲，給由入京，除本官額編門皂，量行帶用外，不許分外又在裡甲派取長行夫、馬，及因而計路遠近，折干入己。
凡官員經由地方，系京職方面以上者，雖無勘合，亦令巡路兵快防護出境，仍許住宿公館，量給薪水燭炭，不許辦送下程心紅紙札，及折席折幣禮物。
凡內外各官丁憂、起復、給由、升轉、改調、到任等項，俱不給勘合，不許馳驛。(29)
這年又規定自京往外省者，由兵部給內勘合；其中仍須回京者，回京之日繳還勘合；無須回京者，即將該項勘合，繳所到省份撫、按衙門，年終一併繳回兵部。自外省入京者，由撫、按衙門給外勘合，至京以後，一併繳部，其中有須回省者，另由兵部於回省之日換給內勘合。
居正的規定，較之太祖時代的給驛條例，已經太寬，但是從太祖到神宗，這二百年間，整個的時代變了，一切只能做到「去泰去甚」。就是這樣的規定，也還有成為具文的危險，嘉靖、隆慶年間，都曾有過類似的規定，其後只成一張廢紙！但是居正手中有的是考成法，他用六科控制撫、按，用內閣控制六科，章程、條例都要切實執行，不容成為具文，這是考成法的作用。
對於萬曆三年整頓驛遞的心情，居正自己說過：
近來驛遞困敝至極，主上赫然思以厘振之，明旨屢飭，不啻三令五申矣，而猶不信！承教，謂外而方面，內而部屬以上，凡得遣牌行者，有司不敢不一一應付。若如近旨，但無勘合者，皆不應付，則可盡復祖宗之舊，蘇罷困之民。夫有司官卑，豈敢與大官相抗，所賴以行法振弊者，全在撫、按耳。撫、按官狃於故常，牽於私意，而責有司以奉法令，抗大官，勢不能也。朝廷欲法之行，惟責之撫、按，不責之有司。異日倘有犯者，或別有所聞，則抗命之罪，必當有歸。(30)
丈田、賑饑、驛傳諸議，讀之再三，心快然如有所獲。蓋治理之道，莫要於安民。究觀前代，孰不以百姓安樂而阜康，閭閻愁苦而危亂者？當嘉靖中年，商賈在位，貨財上流，百姓嗷嗷，莫必其命，比時景象，曾有異於漢、唐之末世乎？幸賴祖宗德澤深厚，民心愛戴已久，僅免危亡耳。隆慶間，仕路稍清，民始帖席，而紀綱不振，弊習尚存，虛文日繁，實惠日寡。天啟聖明，雖在幼沖，留心治理。僕每思本朝立國規模，章程法度，盡善盡美，遠過漢、唐，至於宋之懦弱牽制，尤難並語。今不必復有紛更，惟仰法我高皇帝懷保小民一念，用以對越上帝，奠安國本耳。故自受事以來，凡朝夕之所入告，教令之所敷布，惓惓以是為務，鋤強戮凶，剔奸厘弊，有不得已而用威者，惟欲以安民而已。奸人不便於己，猥言時政苛猛，以搖惑眾聽；而迂闊虛談之士，動引晚宋衰亂之政，以抑損上德，矯扞文罔，不知我祖宗神威聖德，元與宋不同，哺糟拾余，無裨實用，徒以惠奸宄賊良民耳。(31)
驛遞條例既經整頓，以後便是執行的事了。居正認定這是一件致理安民的大業，所以始終沒有放鬆。執行的時候，當然從自己做起。兒子回江陵應試，吩咐兒子自己僱車；父親過生日，吩咐僕人背著壽禮，騎驢回裡祝壽。萬曆八年，居正次弟居謙病重，回裡調理，保定巡撫張鹵發出勘合，居正隨即繳還，並附去一封信：
亡弟南歸，辱給勘合，謹繳納。禁例申嚴，頃有頑僕擅行飛票，騎坐官馬，即擒送錦衣，榜之至百，其同行者，俱發原籍官司重究矣。仰惟皇上子惠窮民，加意驛傳，前遣皇親於武當祈嗣，亦不敢乘傳，往來皆宿食逆旅，蓋上之約己厚民如此。僕忝在執政，欲為朝廷行法，不敢不以身先之。小兒去歲歸試，一毫不敢驚擾有司，此台下所親見，即亡弟歸，亦皆厚給募資，不意又煩垂憐也。此後望俯諒鄙愚，家人往來，有妄意干澤者，即煩擒治，仍乞示知，以便查處，勿曲徇其請，以重僕違法之罪也。前奉旨查朝覲官遣牌馳驛者，久不聞奏報，辱在知厚，敢以直告。(32)
唯有始終不懈，從自己做起，才算得「綜核名實」，這是居正給我們的教訓。在整頓驛遞的當中，一切都從大官做起。外勘合由撫、按衙門發出，所以便先行整頓撫、按。甘肅巡撫侯東萊的兒子擅行馳驛，言官提出彈劾了。甘肅雖然不是最吃緊的地方，但是究在北邊，而且東萊是一個應付韃靼號稱得力的邊臣。居正確實感到一點困難，但是不能因為一個巡撫的原故，破壞國家的定法。沒奈何，把東萊的兒子應得的官蔭革去了，以後再慢慢地設法補救。保定巡撫張鹵奉到居正的催促，恰好保定正在交通幹線的要點，只得實行稽查。他發現違反規定的，一共十幾人，一齊都奏報上去。這一次太嚴重了，居正只得稍行容忍，先把太僕寺和太原府的官員處分一下。他和張鹵說：
兩承翰示，一一領悉。前奉明旨所查，惟朝覲遣牌馳驛者，即所參苑寺、太原二人，亦足以應詔矣。若概及其他，恐干連人眾，所傷者多。今姑為隱涵，後若再犯，即達官顯貴，亦不能少貸矣。舊染頹俗，久難驟變，彼頑梗玩肆之人，以為法雖如是，未必行也，今量處數人，以示大信於天下，庶幾有所憚而不敢犯乎！然惟在各撫、按以實奉行，不敢廢格詔令可耳。今台諫諸君屢奉嚴旨詰責，常慮無以塞明詔，苟搜得一事，如獲奇寶，一經指摘，聲價頗損，故願諸公之毋捨己以徇人也。至於三司官在本省地方，夫馬廩餼，用之自不為過，惟出境則不可。若宣大之於薊遼，則地隔兩境，各有軍門統屬，自難以相通。若奉敕者，則不在此例矣。(33)
這一次的處分，有一點出人意外的，是太原府知府上書兵部和都察院，聲明並非本人有意違例，因為山西巡撫派人護送，所以竟在省外使用驛站車馬。責任落到山西巡撫身上。居正當然犯不著因為這個問題，動搖邊疆大臣，所以只得去信加以嚴重的誥誡：
太原守投揭部、院，自辯馳驛非其本意，悉由相知者差人護送。都台即欲據揭並參，不穀喻之乃止。原揭奉覽。蓋聞智者不先人而後己也，仁者不危身以邀恩也。夫各撫、按、司、道之公背明旨，而以傳驛徇人也，冀以避怨而施德也，今既不施德於人，而又有累於己，豈不兩失之乎？仁智者不為也。公嘗告我曰：「今內之紀綱政事，已覺振肅，而外之吏治民風，尚未丕變，則諸大吏不以實奉行之故也。」不穀深韙其言。今若此，未可謂之奉法也！以公之高明強毅，而猶若此，況其他乎？已矣乎，吾無望於人已！恃在知厚，直獻其愚。詩雲，「他山之石，可以攻玉。」幸惟原諒。(34)
整頓驛遞，當然不是一年的事。最感覺棘手的是內監和衍聖公。內監是宮內的親信，輕易干涉不得。居正只得吩咐他們的領袖去設法。(35)衍聖公是孔子六十四代孫尚賢。大聖的後人，因此更應為世表率，偏偏尚賢忘去這一點。每年衍聖公自曲阜入京朝貢，沿途騷擾不堪。山東布政據實直告居正。居正說：
承示大監、聖公橫索驛遞。今內官、勳臣小有違犯，動被繩治，而聖公所過，百姓如被虜賊，有司亦莫之誰何，以其為先聖之後也。夫聖人秉禮為教，志在從周，假令生今之時，亦必斤斤守朝廷之法，不可逾越，況其後裔乎？後若再行騷擾，亦宜一體參究，庶為持法之公也。(36)
這是萬曆八年的事。次年，衍聖公家庭發生風波，尚賢的庶母郭氏攻訐尚賢，朝廷派員查勘。一面由居正和山東巡撫何起鳴把衍聖公每年入朝的故事，重行商定。居正說：
中間處分孔氏朝貢一節，極為得中。然僕竊以為今親王俱不朝貢，孔氏何必親行？朝廷亦不必借此為重。渠每歲一行，族人佃戶，科派騷擾，不勝勞苦，沿途生事百端，軍民避之，無異夷虜，及至京師，淹留數月，待私貨賣盡，然後啟行，此豈為觀光修貢者耶？竊以為宜如王府例，每歲只差人進馬入賀，不必親行；或當朝覲之年，預期奏請，得旨而後行，亦為簡便。公如以為可，疏請之。若今歲，則彼聽勘未結，自不宜來矣。(37)
商定的結果，衍聖公入朝定為三年一次。這樣一來，對於衍聖公的走私夾帶，當然不免發生稍許的不便，但是交通幹線附近的居民，卻減少了不少的驚惶。
萬曆三年，發生了水利問題；這一年舊事重提，再行發動疏鑿泇河和膠萊河，這兩件事，居正都盡了最大的努力，但是都沒有成功。本來明朝的水利問題，集中在黃河，這不是因為明朝人對於水利有特別的興趣，而是因為政治和軍事的關係，不能不著重漕運；著重漕運，便不能不著重黃河。明朝的京城在北京，整個的國防形勝，也著重在北邊，因此每年由南而北的漕運四百萬石，成為國家的生命線。隆慶六年，居正曾和漕運總督王宗沐說過：
今方內乂安，所可慮者，河漕為最。茲賴公之力，經理什七，江、淮之粟，方舟而至，來歲新運，又已戒期，計三年之後，京師之粟，將不可勝食矣，欣慰欣慰。(38)
萬曆元年，四百萬石又安穩地北上，居正又說：
四百萬軍儲江、海並運，洪濤飛越，若涉平津，自僕有知以來，實未見有如是之盛者。一日侍上，語及今歲漕事，天顏喜悅，殿上侍臣，鹹呼萬歲。僕因推言，此皆督臣之功也，宜加懋賞，重任之。上深以為然。(39)
次年，漕運還是如期北上，居正說起：
辱示知：運艘已於三月十一日，盡數過淮，無任忻慰。聞度江遇風，諒無大損，若前途通利，則額賦可以畢達，國儲可以日裕矣。今計太倉之粟，一千三百餘萬石，可支五、六年。鄙意欲俟十年之上，當別有處分，今固未敢言也。(40)
居正方作國儲充實以後的計劃，就在這一年，黃河在邳州決口，淮河也決口。萬曆三年，黃河又在碭山決口，黃水不斷南流，一部分由淮安入運，直灌長江，淮、揚一帶因此發生極大的恐慌。但是當局的注意還是集中運道。這時從宿遷到韓莊的運河還沒有，從淮安到宿遷，再從宿遷到徐州茶城，黃河就是運河，明朝人稱為「借黃為運」，在借黃為運的情形下面，黃河的通塞，和漕運有關，也就和國防有關。明朝人治河有幾條牢不可破的原則。第一，黃河到開封以後，不許向北，因為向北便不能向南，淮、徐一線的漕運便發生問題。第二，黃河到徐州以後，不許向南，因為向南便影響明朝鳳、泗一帶的祖墓。第三，即使在這個範圍以內，也不許輕易改道，因為改道便會發生淺灘，必然妨礙糧艘向北，空船回南的路線。在這幾個原則之下，明人對於洪水橫流，挾沙俱下的黃河，只有夾岸築堤以防黃水的潰決。他們築堤的技術非常發達，單就堤岸的名稱，便有遙堤、縷堤、月堤、格堤的不同，但是最後總有橫潰的一日。黃河屢次決口，河水流入運河，復在高郵決口。事態嚴重極了，種種的主張都提出，一切等待居正解決。
居正只有給河道總督傅希摯去信。萬曆二年，他說：
近聞淮、揚士大夫言海口益淤，以故河流橫決四溢，今不治，則河且決而入於江，維揚巨浸矣。又有言前議築遙堤為不便者。其說皆信否？從未行此道，不知利害所歸，望公熟計其便，裁教。幸甚。(41)
希摯的覆信來了，居正覺到游移，又去一信：
辱示《治河議》，一一領悉，但據公所言，皆為未定之論。海口既不可開；遙堤又不必築；開泇口，則恐工巨之難；疏草灣，又慮安東之貽患。然則，必如何而後為便乎？願聞至當歸一之論，入告於上而行之。(42)
最後希摯決定請求重開泇河。泇河二源，一出嶧縣，一出費縣，稱為東、西二泇河。隆慶四年，翁大立總理河道的時候，就提議開泇河，他主張上通微山、赤山等湖，中貫東、西泇河，下合沂水，過宿遷駱馬湖，再入黃河。在隆慶萬曆年間，稱為新水道，其實就是現在韓莊、宿遷間的運河水道。這一個計劃《明史》稱為「引泗合沂」，當然不是專指泇河本身。大立的計劃沒有實現，希摯重行提出。萬曆三年二月，希摯疏稱：「治河當視其大勢，慮患務求其永圖。頃見徐、邳一帶河身墊淤，壅決變徙之患，不在今秋則在來歲，……臣日夜憂懼，悉心講求。禹之治水，順水之性耳；今以資河為漕，故強水之性以從吾，雖神禹亦難底績。惟開創泇河，置黃河於度外，庶為永圖耳。」他提出工程計劃，最後說，「若拼十年治河之費，以成泇河，泇河既成，黃河無慮潰決矣，茶城無慮填淤矣，二洪無慮艱險矣，運艘無慮漂損矣，洋山之支河可無開，境山之閘座可無建，徐口之洪夫可盡省，馬家橋之堤工可中輟，今日不貲之費，他日所有省，尚有餘抵也。故臣以為開泇河便。」奏疏上去以後，發戶、工二部看議，工科都給事中侯於趙請求召集廷臣會議。居正認定會議只是虛文，一面奏派於趙和希摯會勘，一面再給希摯去信：
開河之策，議在必行，但以事體重大，且此中有言其費度七、八百萬乃足者，豈其然乎！故請差科臣會勘，徒以息呶呶之口耳。此事先年諸臣，亦知其便利，獨以艱大之任，憚於承肩。今公赤忠，身任其責，更復何疑，願堅持初意，勿奪群言。其中事體，亦須詳慎，期在萬全無害可也。(43)
於趙勘後，認定要開泇河，勢必經過良城，良城伏石實勘五百五十丈，開鑿之力，難以逆料。戶部又謂「正河有目前之患，而泇河非數年不成，故治河為急，開泇為緩。」居正準備承肩「艱大之任」，但是戶、工二部都不贊同，希摯的態度，又不堅決，事情只得擱下。萬曆三年六月，奉旨：
侯於趙等所奏，與傅希摯原議，大不相同。傅希摯久歷河道，他當初若無底見，豈敢謾興此役，此必該道等官，畏工久羈官，故難其說，陰肆阻撓。勘官據其所言，謾爾回奏，其言先開良城伏石，徐議興工，都是搪塞了事之語，深負委託。今人平日都會說利道害，沽名任事，及至著落他實幹，便百計推諉，只圖優遊無事，捱日待時，詎肯視國如家，忠謀遠慮者？似這等人，如何靠得他成功濟事？且泇口之議，止欲通漕，非欲棄河而不理，今他每既說治河即可以兼漕，便著他一意治河，別工不必再議。
萬曆三年開泇河的計劃失敗了。直到萬曆三十二年，總河侍郎李化龍、曹時聘的手裡，才完成。每年三月，糧船由泇河北上，秋天以後，空船仍由黃河南下，泇河、黃河，成為徐州、宿遷間往還分途的水道。但是居正沒有看到！居正所看到的，只是一個大計劃的失敗。三年六月的上諭，充滿焦急和憤恨，我們不難想像是誰的手筆。
開泇河的計劃失敗了，四百萬石的漕糧，重行寄托給全無把握的黃河。國家的命運，真是非常地渺茫，居正方在躊躇著。這年九月，南京工部尚書劉應節，右侍郎徐栻上疏請開膠萊河。這兩位都是居正的同年，尤其是劉應節，在他任薊遼總督的時候，居正曾經和他有過不少的磋商。應節，山東濰縣人，對於膠萊一帶的情形，更應當熟悉。居正記得隆慶五年，自己曾經反對膠萊新河的計劃，曾經慮到水泉難濟，但是現在的情形不同。黃河屢次決口，泇河計劃不成，除勘探膠萊新河以外，他沒有其他的辦法，而且經過幾年以來的開源節流，在經費方面，他有相當的把握。所以他毅然地不待復勘，派徐栻前往山東開浚，會同山東巡撫李世達辦理，一面再囑世達極力協助。他對應節、徐栻、世達等說起：
膠河之可開，凡有心於國家者皆知之，獨貴鄉人以為不便，皆私己之言也。讀大疏具見忘私徇國之忠，已奉旨允行。又承教，鳳竹公(44)肯身任之，尤為難得，今即以屬之。漸庵(45)亦曾有疏雲，開泇口不若疏膠河。故宜與之會同，且委用屬吏，量派伕役，亦必借其力以共濟也。至於一應疏鑿事宜，及工費多寡，俱俟鳳竹公親履其地，次第條奏。其河道官屬錢糧，俱不必與之干涉，以破其棄河不治之說，庶浮言不能興，大事可就也。(46)
膠河之可開，凡有心於國家者皆知之，乃竟為浮議所阻者，其端有二。一則山東之人，畏興大役，有科派之擾，又恐漕渠一開，官民船隻，乘便別行，則臨清一帶，商販自稀，此昔年之說。一則恐漕渠既開，糧運無阻，將輕視河患，而不為之理，此近年之說也。凡此皆私己之言，非公天下之慮也。今當決計行之，無事再勘。僕嘗念此，惟以不得任事之人為慮。昨奉百川公書，公雅不辭勞，審爾，大事濟矣。已即面奏於上，特以屬公。前得山東撫台李公書，謂開泇口不如疏膠河，意與公合，故宜會同，且委用屬吏，量派伕役，亦必借其力以共濟也。諸疏鑿、造船事宜，及工費多寡，俱俟公親履其地，一一條奏。其河道官屬、錢糧等項，俱絕不與之干涉，以破其棄河不治之說，庶浮言不興，大工可就也。夫世必有非常之人，然後有非常之功，然又必遇非常之時，而後其功可成。故曰：「非常之原，黎民惑焉。」今主上英明天啟，志欲有為，而公以非常之才，適遘此時，可不努力以建非常之業乎？大功克成，當虛揆席以待。(47)
向承教膠河事，時方議鑿泇口，未遑論也。今泇口既罷，劉、徐二司空復議及此，適與公議合，故特屬之。望公協恭熟計，共濟此事。僕以淺薄，謬膺重寄，主上虛己而任之，自受事以來，晝作夜思，寢不寐，食不甘，以憂國家之事，三年於此矣。今朝廷大政幸已略舉，惟清河、宗室，未得其理。宗室事巨，不敢輕動，清河則宜及今圖之。了此一二大事，僕即納管鑰，稽首歸政，乞骸而去矣。千金之裘，非一狐之腋，所望海內英哲，共助不逮。(48)
萬曆三年，膠萊新河的開鑿，是一件最迫切的事。神宗上諭：「這膠萊河議，即經行勘，俱為浮議所阻，劉應節等既的有所見，不必復勘。就著徐栻改工部右侍郎兼都察院右僉都御史，會同山東撫按官，將開浚事宜，一一計處停當，具奏來行。朝廷屢議開河，止為通漕，與治河事務不相干涉，再有造言阻撓的，拿來重處。」在這道上諭後面，我們看到居正具了最大的決心。居正對於運河工程，不一定明白，但是他假定劉應節、徐栻應當明白，再加以李世達的贊同，他認為成功的希望，可以看到，所以排除一切障礙，集合一切力量，為國家開闢新水道，替四百萬石漕糧找一條安全的交通線。
但是這一次又是一度嚴重的失敗。山東方面，一則唯恐運河改道，對於西部的繁榮，發生影響；二則眼見開鑿新河，東部的勞役，非常繁重：山東的輿論動搖了，山東巡撫李世達也動搖了，連帶徐栻也起了動搖。居正立刻去信：
僕聞疑事無功，疑行無名，明主方勵精圖治，詢事考成，豈宜以未定之議，嘗試朝廷哉？神禹大智，猶必親乘四載，遍歷九土，至於手足胼胝，而後能成功。方其鑿龍門之時，民皆拾瓦礫以擊之。蓋眾庶之情，莫不欲苟安於無事，而保身自便者，孰肯淹留辛苦於泥塗橫潦之中，此眾議之所以紛紛也。願公主之以剛斷，持之以必行，心乎為國，畢智竭忠，以成不朽之功。凡粘滯顧忌，調停人情之說，一切勿懷之於中，又親歷工所，揆慮相度，分任責成。若憚勞不親細事，徒寄耳目於人，則紛紛之議，將日聞於耳，雖勉強圖之，亦具文而已，決不能濟也，幸公熟圖之。若果未能堅持初意，恐拂眾心，則亦宜明告於上，以謝昔建議之為非，而後重負可釋耳。此國之大事，不敢不盡其愚，幸惟鑒有。(49)
這是萬曆三年冬間的事。四年正月，徐栻奏稱估計鑿山引水，築堤建閘，工費該銀九十餘萬。在國家歲出歲入，都在三百萬上下的時候，這不能不算一個不小的數字。居正認定這是徐栻「故設難詞，欲以阻壞成事」，這時劉應節已改戎政尚書，二月間，再著應節暫解營務，赴山東會同徐栻開河。事情似乎有了辦法，但是應節到了山東以後，和徐栻發生重大的異議。同樣一條膠萊新河，應節主張通海，徐栻主張引泉，關於水源方面，有了絕對不同的主張。但是在分水嶺方面，勢必動工開鑿，這是應節和徐栻都不能不應付的問題。山東巡按御史商為正奉命挑驗。據他的結論，「雖二百餘萬金，不足以了此」，經費方面，困難極大。應節主張通海，但是海水一來，海沙連帶也來，因此應節主張建閘障沙。山東巡撫李世達認為海沙和海水同來；他說，「竊以謂閘閉則潮安從入，閘啟則又安從障也。」全河長二百七十里，據應節所計，海潮自南口入，凡五十里；自北口入，凡一百八十里：這是說在二百七十里之中，可以通潮的二百三十里。但是據世達所計，除大風迅烈，海潮狂湧的時候以外，南潮所及，距海口二十里，北潮所及，距海口六十里，和應節的估計，便有很大的距離。當然，在海潮不及的地方，可以引泉，但是世達論及泉水，以為「十月以後，日漸消耗，至春月泉脈微細，適值糧運湧到之時，雖置櫃設閘，以時啟閉，終不能使之源源而來，滔滔不竭也」。海潮不能來，泉水不敷用，水源發生問題，那麼二百餘萬金，還不是等於白費？
但是還有一個根本的問題。膠萊新河原是為著海運提出的動議，本來的計劃是漕船由淮入海，再取道膠萊新河入渤海灣。所以必須淮安以下的運河沒有問題，才談到這個計劃的實現。但是萬曆三四年間，運河沿岸高郵、寶應一帶，正是問題的中心。商為正說：「況海運必出自淮安海口，高、寶其所必經，高、寶不治，此河雖通，亦不能越而飛渡。」李世達說：「今當緝高、寶之堤，無徒殫財力於不可必成之膠河也。」他們也許有一些成見，但是他們的邏輯，不容人不重加考慮。居正沒有辦法，只有交工部集議。工部尚書郭朝賓復稱「事體委多窒礙，相應停罷以省勞費。」萬曆四年六月，罷膠萊新河，這是居正在漕運方面第二次的失敗。以後他的注意，便集中到運河和黃河。
居正的兩次失敗，本來不是意外。他自己沒有治河的經驗，而且平生沒有經過這一帶，他憑什麼可以構成正確的判斷呢？他有堅強的意志，他能充分地運用政治的力量，但是在他沒有找到得力的幹才以前，意志和力量只能加強他的失敗，所以在無法進行的時候，他便毅然地承認失敗，這正是他的幹練。最可惜的，萬曆二年工部尚書朱衡致仕，失去一個有經驗、有魄力的大臣，假如居正能夠和他和衷共濟，也許可以減少一部分的失敗。萬曆三年，工科給事中徐貞明上水利議，認定河北、山東一帶都可興水利，供軍實。但是在交給工部尚書郭朝賓查復以後，朝賓只說「水田勞民，請俟異日」，打銷了一個最有價值的提議。假如居正能夠給貞明一些應得的注意，再推動政治力量，作為他的後盾，也許可以根本解決北方的糧食問題。
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