戰時出任行政院長，明言不培植個人勢力
七七事變發生的第二天，中國共產黨中央委員會發出了《為日軍進攻盧溝橋通電》。第三天，中國工農紅軍領導人毛澤東、朱德等致電蔣介石，要求紅軍開赴前線，對日作戰。7 月15日，中共代表在廬山將《中共中央為公佈國共合作宣言》交給蔣介石。17日，蔣介石才在廬山發表講話，做出了「拼全民族之生命，以求國家生存」的抗戰姿態。
9月22日，國民黨中央通訊社發表了中共代表7月15日提交的《中共中央為公佈國共合作宣言》，23日，八路軍115師在晉西北伏擊日軍阪垣師團，取得了著名的「平型關大捷」。同日，蔣介石發表談話，承認共產黨合法化，第二次國共合作實現，抗日民族統一戰線初步形成。
國內抗日高潮興起，孔祥熙在海外再也休養不下去了，遂於國共合作實現的第二天，攜家眷自意大利乘「維多利亞號」客輪起程回國。
孔祥熙到達馬尼拉時，從菲律賓方面得到一份情報，日軍不顧國際準則，準備中途登船，劫持孔祥熙這位中國國民黨政府高級官員為人質。為防止意外，孔祥熙即在馬尼拉改乘飛機，直飛香港。然後從香港換上了法國郵輪「海素號」，於10月18日到達上海吳淞口。
孔祥熙出國之時，國民黨當局對他此次出訪寄予厚望，希望他能夠說動美、英、法、德諸國，向日本施加壓力，延緩日本帝國主義侵華步伐。所以上海碼頭人聲鼎沸，高官致詞，鼓樂相送，好不熱鬧。然而，他未能承擔起這樣的重任，就在他在海外遊說的時候，戰爭已經強加到了中國人民頭上。如今，他回到上海時，日本鬼子對上海的進攻正在瘋狂關頭。孔祥熙不敢讓輪船靠近碼頭登岸，遂由法國領事帶一艘小船秘密靠近客輪，把孔祥熙一家偷偷接下來，在法租界的大馬路碼頭喬裝上岸。不要說沒有盛大的歡迎場面，就連真實身份都不敢聲張，兩相比較，也只有吁噓感歎。孔祥熙看到昔日繁華的大上海正在日軍炮火下呻吟，到處彈痕纍纍，死屍橫陳，滿目瘡痍，他悲愴、憤怒而又心寒，不敢停留，立即登上汽車，在中國上海守軍的掩護下，直奔南京而去。
蔣介石指揮的淞滬作戰失敗，日軍步步進逼南京，這座國民黨的首都也眼看朝不保夕，高官富商們正匆匆做著撤退逃跑的準備。已復任行政院長的蔣介石還是為孔祥熙設宴接風，誇獎了幾句出使有成之類的話。孔祥熙不敢領受，說了些弱國外交艱難，戰爭一起，靠人人跑、靠牆牆倒之類。
蔣介石大聲說：「不！庸之兄此次出訪成績是很大的，起碼打過招呼的國家不會一下子站到日本方面，為侵略者張目，這是一；其二，訂購了一批武器和軍火，這對我國抗戰無疑會起到積極作用。」委員長嘉勉，其他人也就乘機恭維，說什麼孔副院長有外交天才，在艱難之中取得成就，敬佩敬佩之類。然後推杯換盞，飲了幾杯。
蔣介石指揮的淞滬會戰失利，日軍一舉進逼南京，到12月13日，南京失守，如豺狼禽獸般的日本鬼子進入這座六朝古都，在松井石根的指揮下，日軍進行了長達6周的滅絕人性的大屠殺，殺害中國軍民30多萬人。
國民黨政府撤到了武漢，華北、華東戰場日軍步步進逼，連連得手，瘋狂的日軍侵華總部叫嚷要「3個月滅亡中國」。蔣介石眼看如此下去，不僅國將不國，委員長也將無立足之地，不得不集中精力用於軍事方面。於是以「身為最高統帥，前方戰事緊急」為由，提出辭去行政院長職務。
誰來接替行政院長職務呢？蔣介石思考再三，宋子文雖然同樣有才，又在西安事變中出了力，但是他當年任財長時恃才傲物的勁頭半分未減，如果出任院長，更難控制。而孔祥熙就不同了，一是西安事變期間，孔祥熙曾代院長，工作還算盡職，各方反映不錯；二是孔祥熙為人隨和，政敵不多，可能較好通過；三呢，是最主要的，就是孔祥熙歷來惟蔣之命是從，極好操縱，他好像沒有個人野心，不會窺視最高權力、對蔣構成威脅。於是想讓孔祥熙繼任行政院長。蔣介石先在黨內徵求意見，結果國民黨元老派居正、於右任、覃振等也都支持孔祥熙出任。二陳的CC系勢力雖旺，算來算去，自感資歷尚淺，還輪不到院長地位，也就順水推舟，表示擁護。CC系的算盤是，以對孔的支持換取孔的合作，以後聯手抵制咄咄逼人的政學系和復興分子。
1939年1月3日，孔祥熙正式在漢口就任國民黨政府行政院長。
「哈哈，潘益民看相蠻靈嘛，果然是『一人之下，萬人之上』！」回到家的孔祥熙心裡想著，卻無人可以發番感慨，因為靄齡到香港去了，對於其他人，這話當然是不便說的。
「孔院長，這麼大的喜事，是不是慶祝一下？」譚新光提議說。
「不不不，國家正在遭難，我不能不顧國家的災難而對個人陞遷表示高興。」
「孔院長言之有理！其實我也不主張去搞什麼慶祝，給人口實，授人以柄。我想說的是，孔院長這次拜相，既得到了元老派支持，也得到了CC系的擁護，應該乘答謝這些人之機，同他們建立密切聯繫，培植自己的羽翼，鞏固政治勢力。那麼不出幾年，在全國人的眼裡，就不只是『孔家財』，還會出現一個『孔家黨』，到那時，您就會成為一個權傾天下、跺一腳九州亂顫的偉人……」譚新光說得極富於煽動味，專等孔祥熙一高興，給自己也封個什麼大頭銜。
「嘻！」孔祥熙立即變了臉色，「我孔某今天能夠上來，完全靠的是蔣先生支持，我就知道死心塌地為蔣先生效勞。蔣先生哪天不信任我，我立即滾蛋！聯合那班人有啥道理！」
譚新光嘿然而退，他拿不準這是孔祥熙躊躇滿志的得意之語，還是發自內心的真實感受。
增稅印鈔票，全力維持戰時財政
抗戰開始，國民黨龐大的政權機構已明顯不適應戰爭狀態下的實際情形，所以在孔祥熙上任前的1月1日，國民黨政府就頒布了一個《調整中央行政機構令》，它規定：
一、凡工作因戰事影響，不能繼續進行之機關，暫行停辦或裁撤；
二、凡工作因與戰事無關，不必進行之機關，暫時停辦或裁撤；
三、凡某一機關之工作與另一機關之工作性質重複者合併之；
四、凡工作有繼續進行之必要之機關加強之；
五、凡工作有進行之必要，而尚無機關者創設之。
孔祥熙上任後，隨即按照這些原則對政府機構進行了大規模的調整，撤並機構，裁汰冗員，區分職責。例如他把原來的行政院的實業部，軍事委員會所屬的第三部、第四部、資源委員會、工礦調整委員會、農產調整委員會，國民政府所屬的建設委員會，全國經濟委員會所屬的水利部門等，共十幾個部門，一併納入一個新設的經濟部。原來五花八門的這部那部這委員會那委員會，一下子變得清爽多了；機構重疊、職能交叉、遇事只知爭利、有了責任互相推諉、誰也不肯負責的局面有了扭轉。
「庸之兄，你搞得有一套勒，現在機構真有了戰時經濟體制色彩，推行抗戰的經濟措施這下不愁沒法實施了呀！」國民黨元老居正由衷地誇獎孔祥熙。
「不敢不敢！孔某的辦法都是蔣委員長出的，都是蔣委員長的英明決策！」孔祥熙出言謙遜。
背過臉去，居正就給人講了：「這個老孔，本事是有的，可惜怎麼總帶著一股奴才腔！」林森說：「他就是這麼個人，全靠這股奴才腔才爬上高位嘛！」
於右任大鬍子說：「奴才腔？那要看跟誰，換了你這個元老試試，換了這個場合試試，他有厲害的時候哩！」
是的，孔祥熙為強化對戰時經濟的統治，不少時候也很有點沙皇般的鐵腕。比如，前一年日本鬼子「八一三」進攻上海時，上海、南京等地立即出現了擠兌風潮。遠在國外訪問的孔祥熙得到消息，令各銀行立即停業兩天。到15日一開業，《安定金融辦法》也出台了，它規定每戶每週只能提取存款的5%，至多不能超過法幣150元，防止了資金外逸。17日，又命令中央、中國、交通、農民4銀行組成「四行聯合辦事處」，隨後又改為「四行聯合辦事總處」，孔祥熙坐一處而牽全國金融的牛鼻子，說一不二，使抗戰之初的金融得以穩定。
到1939年，蔣介石兼任了「四聯總處」理事會主席，孔祥熙任副主席，他們兩人就可以決定戰時全國財政經濟的一切問題。
1938年3月，華北偽聯合準備銀行成立，他們想方設法套購國民黨政府的外匯，破壞抗戰財政。孔祥熙當即規定一切外匯只能由中央銀行在重慶辦理，對日本帝國主義套購中國外匯的陰謀予以遏制。
國民黨政府遷到長年濃霧籠罩的山城重慶之後，蔣介石的心情也被財政經濟狀況壓得像蒙上了濃霧。終於他再也憋不住了，屈尊紆貴駕臨孔祥熙的范莊別墅。
「庸之兄，現在前方的戰爭形勢不妙，可我認為我們的經濟形勢更糟！有人反映訂購武器彈藥的經費不能及時到位。前方將士的薪餉經常發不了，一些政府部門甚至沒有必要的辦公費，都快要關門了！過去人們都說你是一位精明的理財家，但今天你得給我說說，這究竟是怎麼搞的？」蔣介石氣沒喘勻就朝孔祥熙嚷起來。
「介兄，這你應該明白呀，去年全國的三稅（關稅、鹽稅和統稅）加上特稅，收入不過5億元，可現在光每天軍費開支就要500萬元，一年下來就是18億元！如果再加上政府部門的其他開支呢，5億元怎麼能夠應付過來？」孔祥熙慢條斯理地說。
「當然你認為你很有道理，可我現在不要聽那些數字，我要問你還有沒有辦法弄到錢，是用於支持抗戰的錢！」
「弄到錢的辦法我當然是有的，山西理財家的特點就是在最窮的地方籌到錢，但是這需要委員長的支持！」
蔣介石哈哈大笑：「先告訴我辦法。」
「第一，實行《公庫法》。戰時國家財政，貴乎機動集中，統籌調度。在各省市縣均建立公庫，一切收入均集於公庫，實物在各地，而賬目和支配權則在中央，軍隊可在各地調用，而管理者卻不能中飽私囊。說到底就是物在當地，而權在中央。」
「妙！」
「第二，增加稅收。戰時籌款辦法有7種：借債、增稅、發鈔、募捐、動用戰備儲金、變賣產業、征發。而其中又應以增稅為主。理由有四：一是增稅永遠不需償還；二是備充公債基金，維持國家信用；三是有力出力，有錢出錢，負擔公平；四是課奢侈品以重稅，這是戰時特殊政策，無人能說是非。」
「好主意！」蔣介石脫口而出。
「但是，增稅也有缺點。」
「噢？增稅是好事，咱們政府能多收錢，有什麼缺點？」蔣介石不明白。
孔祥熙不得不解釋：「增稅手續繁瑣，你總得給人說個理由，什麼增，增多少，都得說個明白，而收入卻較慢。這是一；其二，人民感受痛苦，影響作戰意志；其三，產業負擔較重，妨礙經濟恢復。」
蔣介石揮揮手：「現在是要錢第一！沒錢我們就得立即完蛋，就是飲鴆止渴也得飲，剜肉補瘡也得剜！」
「好！有委員長這話我就放心干了。我打算用新三稅代替舊三稅。哪新三稅？就是貨物稅、直接稅、食鹽戰時附加稅……」
「好了好了，具體辦法我不要聽，你只管去辦。拿回錢來你就是好院長，我也是好委員長；拿不回錢來你就是笨蛋窩囊廢，我也不認你什麼連襟一擔挑，也不認你過去功勞多大，你就下台滾蛋！你罵我什麼王八蛋我也不管。」蔣介石直言不諱。
孔祥熙心裡不悅，還得接著講：「籌錢的第三個辦法是舉借內外債。借債的優點有五：一是得款迅速，可以應急；二是得款易多，便於支持戰費；三是人民不感受壓迫；四是利用游資，不傷國民經濟；五是使後人分擔戰費……」
「高！你就去借債，越多越好！讓子孫萬世來負擔，反正咱們只管借來花，百年之後一挺腿，後事管他娘！」蔣介石聽得心花怒放。
「話是那麼說，可借債也有弊端。一是不能長期持久。你想光借不還，誰還願意借給你？二是戰後財政難於整理。三嘛，易使社會信用膨脹，造成物價上漲。」
「那你不要管，只要能借到，就先借來用，其他事情以後再說嘛。」蔣介石大度得很。
孔祥熙點點頭接著說：「籌款還有第四個辦法，就是大量發行鈔票。」
「你跟宋子文不是常跟我講，發行一元鈔票得有一元黃金或白銀的準備嗎？如果有黃金白銀我還發愁什麼經費？你這不是說和不說一樣嗎？」蔣介石迷惑不解。
「哈！那是平時說話，現在是緊急時刻。過去發行的鈔票都是有黃金準備的，現在就顧不得了。政府要用錢，就讓印刷廠印，然後拿來就去買東西……」
「那，那不亂了套？」蔣介石對這個辦法不敢輕易表態。
「只要我們控制住數量，悄悄干，一時也顯不出來。既可應急，又能刺激生產。好處是收入迅速，數額易多。」
「只要老百姓不起來造反，你就只管去幹好了！」蔣介石也顧不了那麼多了。
「委員長這麼痛快，這維持戰時財政我就有辦法了！」孔祥熙滿懷信心。
有了蔣介石的首肯，孔祥熙籌錢的路子立即寬了起來。四手並用，果然讓蔣介石感到不再受錢掣肘。但是老百姓很快吃了苦。比如增稅，在國民黨統治區竟到了一把掃帚收1元稅，一個糞箕收5角，一把鍋刷收3角，農民自織一匹土布，要剪下2尺作稅捐。在四川，竟到了一隻雞、一個蛋、一棵蔥都有稅的地步。國民黨政府發行的債券也名目繁多，什麼救國公債、建設公債、軍需公債、國防公債、賑災公債，不一而足。到1944年，已發行法幣公債150億元，外幣公債3.2億美元。加上發行中的營私舞弊、攤派不公，各種公債無一不信譽掃地。短短時間內，舉借的外債有美國7億多美元，蘇聯3億多美元，英國1億多英鎊，還有德國、法國、比利時等一大堆。還本付息直把國家經濟壓得喘不過氣來。濫印鈔票更是災患無窮。到1945年，國民黨政府已經憑空濫印了比戰前多出800多倍的票子，致使物價像脫韁的野馬，狂奔如飛。法幣1元錢的購買力，1938年頂戰前6角，1939年就只頂2角8分，1940年只頂8分錢，1943年頂5厘，到1945年6月，就只頂5毫了。就是說戰前1元錢的東西，這時用2000元還不一定能買來。這叫老百姓怎麼活？孔祥熙理財雖然把蔣介石政府維持了下來，卻讓全國人民受到極大壓搾，幾乎斷絕了生路。
恢復舊制，解決戰時糧食供應
孔祥熙的四條籌款辦法如同四隻大耙子，把全國民眾的錢都摟進了蔣介石政府的腰包，蔣介石自然眉開眼笑，對他嘉勉有加。可沒過多久，蔣介石又把孔祥熙找到了他的黃山別墅。
這一次蔣介石不先開口，只管皺著眉頭喝他的白開水。重慶的天氣雖然濕熱難耐，但這個樣子卻讓孔祥熙渾身發涼。
「委員長……」孔祥熙戰戰兢兢，不知老蔣葫蘆裡要賣什麼藥，也不敢再像高興時稱他介兄了。
「噢。」蔣介石仍然滿臉陰沉，還是不講話。
孔祥熙站了起來：「委座，是不是我……」
「你坐，你坐。」
孔祥熙抖抖瑟瑟地屁股剛挨沙發，蔣介石把水杯「咚」地往桌上一摔，自己呼地站了起來，朝孔祥熙吼上了：「你的四條籌款辦法，我都讓黨內和政府通過了，沒說的吧？嗯？錢是多了，可當下是戰時，我的軍隊是要吃糧食的！拿你的錢弄不到糧食，難道讓軍隊吃你那花花綠綠的紙票子？嗯？你說你說，當年蕭何給劉邦的前線送去的是糧食還是花紙頭？」
這一下孔祥熙才明白今天老蔣為什麼發火，原來要了票子還要實物，要就要唄，發什麼邪火？孔祥熙乾咳兩聲才慢吞吞開了口：「戰時是應考慮實物供應，軍民更是以糧為本。對此我已有想法，只是還不太成熟，多謝委員長提醒，一周之內，我保證把籌措糧食的辦法拿出來。」
「失職，失職！身為行政院長，這麼重大的事情自己不考慮，還要我來提醒！什麼一周之內拿出辦法，我讓你一周不吃糧食等辦法你等得及嗎？三天，我要你三天就拿出辦法來！」蔣介石大耍威風。
「好吧，那就三天。」孔祥熙憋著一肚子氣走了出來。
「達令，孔聖人給你搞戰時財政，抓那麼多錢，多不容易！可你今天說話態度太糟糕，讓人出力，總得好話好說嘛！」孔祥熙一走，美齡出來抱怨蔣介石。
「我讓他佔這麼高的地位，他總得多出力才行！再說老孔這個人，不擠不出油，詐他一下，他的辦法來得就快啦！」蔣介石猶自為自己的劣行狡辯。
「那不行，讓人心裡不愉快，總不是什麼好事情。我看大後天你找個名目請客，把氣氛搞好點，再讓人家談談想法，誰不知道在這裡大事小情最終都還得你拍板。你不說話再好的主意也實行不了勒！」
「由你由你，我不管，反正我要他三天拿出辦法來。」
孔祥熙果然有些辦法，很快就提出了解決糧食問題的方案。他向蔣介石說：「抗戰以來，物價飛漲，而糧賦仍以貨幣徵收，戰前的田賦標準根本買不到多少糧食，顯然失當。這也是造成軍民糧食供應不足的主要癥結。為解決這個問題，我準備恢復舊制。」
「嗯，什麼舊制？」
「一是1927年以前的舊制。1927年前，所有財政素無中央地方之分，一切收入均歸中央。南京國民政府成立以後，才把田賦稅劃歸各省。恢復舊制首先是恢復1927年前的舊制，把徵收權收歸中央……」
「好主意！這麼大的權力為什麼不歸中央？嗯，這事早該辦，你們，你們，到現在才提出來……」蔣介石又要指責，被美齡狠狠瞪了一眼，於是接著說，「你往下講，往下講！」
「二是恢復明朝嘉靖年間的舊制……」
「什麼？恢復明朝舊制，你怎麼不恢復周朝舊制？」蔣介石兜頭攔住。
孔祥熙低下頭不吭聲了。
等了一會兒無人說話，蔣介石又催開了：「往下說啊！」
孔祥熙說：「你要不同意，這一條就算了。」
蔣介石說：「什麼舊制我還沒明白，你怎麼知道我不同意？我說不同意了嗎？」
宋美齡望著天花板：「今天談話進行得很艱難，如果委員長心情不好，我看是不是先吃飯，以後找機會再談啊？」
蔣介石知道美齡指的是什麼，馬上說：「不不不，我們接著談，我對孔院長的建議很感興趣，我想早點知道。」
孔祥熙這才接著說：「明朝嘉靖年以前，田賦徵收的都是實物，即糧食油料等。嘉靖年間實行了『一條鞭法』，將田賦實物稅改為貨幣稅，它的好處很多。但現在戰爭期間，糧食已經成為重要的戰略物資，我的想法還是恢復徵收實物，由政府直接控制……」
「好的好的，政府直接收取糧食才有用，要票子你的工廠就能印嘛……」蔣介石這回倒眉開眼笑。
孔祥熙的田賦徵收辦法一出台，各省縣都設立了田賦管理處，省財政廳長和縣長兼任處長。各徵收點的設立以讓農民往返不超過60里為原則。可謂征網密佈。
孔祥熙規定原來田賦每元折稻穀2鬥，不產稻穀之地折其他雜糧。不久又將1元折2斗改為折4鬥。每到徵糧季節，孔祥熙要求財政部派50人以上赴各省監督。各省則派200人以上到各縣，各縣市則全體出動。孔祥熙還在各地聘請通訊員1000多人，直接與財政部聯繫，對徵糧秘密督察，遇有情況直接報告。這些措施，確保了各地徵糧任務的完成。如1941年徵糧4500多萬石。1942年徵收6600多萬石，1943年徵收6400多萬石，1944年徵收5400多萬石，年年都超額徵收。徵收實物，軍隊的糧食供應上了，政府公務員也免費供糧，確實給蔣介石解決了極為頭疼的大問題。