天啟五年（1625）的五六月間，六君子陸續被逮到京。周朝瑞和袁化中最早被逮，五月初即入獄。顧大章於五月二十六日被押到，魏大中六月十三日押到。楊漣與左光斗最後到，至六月二十七日才送進詔獄。
昔日同儕諸公，再見面時已在魍魎世界。六人相見，不勝感慨。
這六人，除了魏大中之外，其餘五人均為萬曆三十五年（1607）的同年進士。昔日及第時，都是抱負不凡，自許終生要做個報效國家、治平天下的直臣。轉眼卻是烏紗除去，性命堪憂，生死就握在一個無賴手裡，真是福禍難料！
他們也知道，自泰昌年間「紅丸案」以來，他們同氣相求，以正抗邪，得罪人了一批小人，這才被權奸所疾恨。這樣想來，也是所為光明磊落，無甚可悔。
六月二十七日，楊漣和左光斗押到後，六人全體在獄中聚了一天，平安度過了審訊前的最後一日。
到二十八日，魏閹的得力爪牙、錦衣衛指揮崔應元有令，對六君子開始嚴刑拷問。
錦衣衛都指揮僉事許顯純奉命主持用刑。六君子的袁化中因平素多病，入京後受了濕氣，一直僵臥不起。除他而外，其餘五人同日開始了惡夢般的遭遇。
魔頭許顯純是個武官，性極殘酷，卻又粗通文墨。為了向主子有個交代，他無所不用其極。
這次，他早已把事先寫好的假口供揣在懷裡，招與不招，都是一樣的。抓六君子入獄，聖旨上的罪名是「受賄」，許顯純按照魏忠賢的意思，已經安排好給各人「受賄數目」：楊漣為二萬兩、左光斗二萬兩、周朝瑞一萬兩，袁化中六千兩、顧大章四萬兩、魏大中三千兩。
按明朝「懲貪」的慣例，只要是承認了較為可信的貪污數目，並由家人湊齊了相當於贓款數的銀兩交上，就可以放人。這個追贓過程，叫做「追比」或者「比較」。
若六君子都是貪官，這一點兒錢，家裡隨便一摟也就齊了。可他們人人是兩袖清風，如何有法子「退贓」！
六君子據理申辯，許顯純根本不聽，只說這數目是汪文言所供。眾人提出要與汪文言對質，許顯純冷笑道：「文言已論罪處死，諸位於地下再與他對質吧！」
死無對證，你們能怎麼樣？
汪文言是條漢子，他絕對不可能誣陷六人。這些「贓款」的數字，都是許顯純編好後，寫成供狀，趁汪文言被酷刑折磨得人事不省，抓著汪文言的手指畫了押，以此鍛成「鐵案」。然後把汪殺死。
那麼，按照許顯純的說法，汪文言供出了六君子受賄，這幾筆數額巨大的銀子，又是誰向他們行的賄呢？
是熊廷弼。
這個名字，在本書的前面，已經出現過幾次了。要講清楚東林的故事，這個人是無法繞開的。
熊廷弼，字飛白，號芝岡，湖廣江夏（今湖北武昌）人。先世為南昌望族大姓，曾祖時遷居江夏，後來世代為農。他從小聰穎好學，但家境不好，常因交不起學費而輟學。
萬曆二十五年(1597)，熊廷弼29歲，舉鄉試第一，次年登進士。當了官以後，清正廉明，熱心賑濟災民，從萬曆末年開始，兩度任遼東經略。
可他現在卻是個罪臣。因天啟二年（1622）初廣寧失陷，他有責任，被問成死罪。眼下正關在監獄裡，等候問斬。
統帥失地，被砍腦袋，似乎也是罪有應得。但是熊廷弼這一案，本是個天大的冤案。熊大人和孫承宗一樣，出身文臣卻知兵，對遼東做過周密的戰略部署，其功勞和能力都不在孫承宗之下。之所以兵敗，之所以被問罪，是因為他沒有孫承宗那麼幸運，他「上面沒有人」——尤其是沒有一個皇帝做靠山。
萬曆三十六年（1608），熊廷弼奉命巡按遼東，這是他第一次與遼東結下不解之緣。其時，遼東鎮守總兵官李成梁和巡撫趙楫棄守寬甸等六堡八百里疆土，白送給了建州女真。還強逼邊民6萬戶徙於內地，然後以「召回逃人有功」為名，向朝廷邀賞。這麼大個事，想瞞住所有的人當然不可能，有人很快就提出懷疑。
於是，萬曆授予熊廷弼巡按御史職（監察部特派員），派他去遼東察一察。
熊廷弼到任之後，立即進行實地勘界，然後上疏朝廷，指出趙楫、李成梁之罪，就是殺頭也難抵其罪（萬曆對李成梁的信任，絕非一般，因此沒有採納這個意見）。此後，熊廷弼又到遼東各地察看，「北抵黃龍，東抵鴨綠，南極於海，西至山海、錦義一帶，間關險阻，雖逼近虜穴、人跡罕到之處，無所不遍歷」。
有了調查，就有了發言權，他為防範建州的努爾哈赤。制定了「實內固外」和「以夷攻夷」的方略。「實內」就是屯田，搞生產建設兵團。「以夷攻夷」就是發動女真族的其他部落和蒙古諸部，來鉗制努爾哈赤。
萬曆見他說得好，就乾脆授權讓他來主持屯田。
熊廷弼不僅有謀略，在實幹上也很有一手。三年之內，積穀30萬石。通過整頓軍務，使邊軍實力大盛。
他的「合縱連橫」也搞得很好，與女真葉赫部及蒙古各部關係都不錯，使得努爾哈赤感到壓力甚大，不得不退縮，以求和好。
努爾哈赤剛興起的時候，明朝人大多都看不起他，甚至有人認為他還不抵江南一富家有實力。但熊廷弼一眼就看出：遼東將來的大敵，就是這個努爾哈赤。當時有人評說道，熊廷弼制定的遏制戰略，後來如能全部實現，則努爾哈赤「終身老死於穴中而不敢動」。
可惜，他後來與遼東巡撫楊鎬意見不和，不久被召回，調往南直隸任督學。他一走，「遼東方略」就再也無人理睬了。明朝之敗亡，這是不為人所注意的一大關節。
由於他身上有武人作風，所以當了督學也是一副武夫作派。萬曆四十一年(1613)，因杖死生員芮永縉被彈劾，丟了官，回鄉一待就是7年。
萬曆四十六年(1618)怒爾哈赤起兵，攻佔了撫順等地。次年三月，遼東經略楊鎬督四路大軍進攻後金，其中三路大敗，損兵折將。朝廷這才又想起熊廷弼，趕緊起用他為大理寺丞兼河南道御史，命他宣慰遼東。熊廷弼受命後，兼程來京，但朝廷卻又遲遲不給他關防文書，他只能在京城乾等著。
到了六月，努爾哈赤攻陷了開原。熊廷弼憂心如焚，上疏請急赴遼東，並要求大權獨攬，以避免多方牽制。萬曆這時候大概是急了，馬上任命他為兵部右侍郎兼右僉都御史，經略遼東，並賜以上方寶劍——你願怎麼幹就怎麼幹吧！
七月，熊廷弼離京，在赴遼東途中得知鐵嶺失陷。進入遼陽後，更是差點兒沒把他氣暈：遼陽已半是空城，官紳大都逃離，留下的也都人心惶惶。
熊廷弼此行應變的身手果然不凡，一路上他不斷命令逃民返回原地；一進遼陽，就逮捕了有退縮之意的知州李尚皓；又斬了逃將劉遇節、王捷、王文鼎，以祭奠開原、鐵嶺死節將士。三下兩下，便初步穩住了軍隊和民心。
此時他得到情報，說是努爾哈赤要乘勝攻佔遼陽。如果如此，明軍現有的實力根本無法抵抗，熊廷弼便多次上疏，要求朝廷派兵遣將，發給軍器，補充戰馬。他日夜督促士兵造戰車、制火器，加強防務。還斬了貪將陳倫，撤換了紈褲子弟、懦弱無能的總兵李如楨，以振奮軍心。
就這樣也還是不行，熊大人索性玩起了孫子兵法，他把守瀋陽的絕大部兵力調到遼陽，大饗軍士，擺開陣勢，佯裝要進兵。
努爾哈赤雖然經常品《三國》，但此刻還是中了熊大人的空城計，在疑慮重重之中，沒有立刻進攻遼陽。
你不來，我就要忙了！熊廷弼趁機加固了遼陽城防。另外還有更絕的：他不滿足一般的嚇唬，還親自出馬，與總兵賀世賢率精兵一千，踏冰冒雪，突然出現在已被努爾哈赤佔領了的撫順關前。熊大人坐在馬上，虛張聲勢，以鞭指點地形曰：「某可營，某可伏，某可戰」，故意讓後金的哨探聽到。
努爾哈赤聞報大為恐慌，以為熊廷弼真的要衝關了，連忙砍樹堵山口，運石頭整修關隘，累得滿頭冒汗。熊廷弼卻以此贏得了時間，繼續大修遼陽城。三個月後，一座城垣壯固的遼陽城赫然雄峙於遼東，防衛形勢為之一變。
努爾哈赤這才回過味兒來，跌足不已。
熊廷弼用兵如神，決不是虛名。他不僅把努爾哈赤玩於股掌中，還提出了能夠徹底剿滅後金的「坐困轉蹙」戰略設想。大致的方略是：將遼東的明軍分為四路，置於靉陽、清河、撫順、柴河三岔河這幾個點上，每路三萬人，相當於能攻能守的獨立戰區，各路相互策應。
這樣，既能組織快速反應部隊，消滅後金零星擾邊的小部隊，又能在農忙季節對後金境內進行頻繁襲擾，使之不得耕種，日見困乏。然後四路兵馬可相機同時進征，一舉滅掉這個遼東大患！
萬曆皇帝，是明朝中後期少有的一位懂軍事的皇帝，他很欣賞老熊的這一套，就不斷給老熊撥兵、撥軍器。
至泰昌元年(1620)九月，熊廷弼已經集結了兵力13萬，重200斤以上的大炮數百門，重80斤的大炮3000餘門，「百子炮」數以千計，戰車4200餘輛，鐵箭、火箭42萬餘支。
老熊的戰略計劃是這樣的：打算一到冬季，就率軍去撫順關顯示威力，先震懾一下後金，讓它士氣低落。然後等到第二年春，再統率大軍駐撫順，步步進逼。要是後金傻呼呼地出來迎戰，則不與其交戰，把它的主力壓制在那裡就行。主要的戰鬥，是從靉陽、清河、寬甸這幾個點上不斷以小部隊出擊，反覆襲擾後金的後方，使之疲憊不堪。同時再採取招撫的辦法，分化瓦解其內部，等時機一成熟，就給它一鍋端掉！
那個時候的熊大人，大概也沒把努爾哈赤看得怎麼特別了不起。後金，眼看著就是他的囊中之物。他絕想不到，這個被他死死壓住了的部落，後來居然能佔了他身後大明的萬里江山。
自萬曆十九年（1591）威鎮遼東的總兵官李成梁第一次解職以來，遼東形勢從未有現在這樣好過，敵不敢再犯，且失土略有收復。朝廷上也屢有人誇讚熊廷弼的「全遼」之功。
但木秀於林，必有風摧之。熊大人的功業，到此也就走到頂點了。萬曆四十八年（1620）這年，總體形勢很好，但在八月裡，後金勝了一仗，攻陷了我方蒲河，明軍寡不敵眾，損兵七百。
本來，勝敗乃兵家常事，但有人卻不能寬容。朝中嫉妒熊大人「全遼」業績的，也大有人在，對他的攻擊從來就沒斷過。在萬曆朝，熊廷弼地位一直比較穩固，原因是萬曆對他給了無條件的支持。
萬曆直到臨死前，仍對熊廷弼的意見很重視，別的奏疏可以不看，惟獨熊廷弼的奏疏非看不可，而且無一不批答，隨上隨批。
萬曆一死，熊廷弼立時失去保護屏障。
言官們被壓制了十多年，終於可以出頭了，他們紛紛上疏，要求改革萬歷時期的弊政。萬歷時期的內政，確實一塌糊塗，但是他的「攘外」還是做得不錯的，言官們卻不管那個，一勺燴！
給事中姚宗文首先在朝中散佈流言，糾合一些人攻擊熊廷弼，必欲去之而後快。緊接著，御史顧慥、馮三元、張修德，兵科給事中魏應嘉先後彈劾熊廷弼。
就這樣，在泰昌元年十月，正是所謂「眾正盈朝」時，熊廷弼被免職，以右僉都御史袁應泰取而代之！
這簡直是亂點鴛鴦譜了！袁應泰固然是個非常稱職的文官，清正愛民，品德無私，但對於用兵作戰卻一無所長，就像今人所說，「和熊廷弼差了兩三個檔次不止」。他到任後，一切以寬大為懷，把熊大人那一套嚴密的邊防設施給改了個七七八八。到了第二年三月，清兵猛攻瀋陽，袁應泰守不住，城陷，他也只能自刎殉國了。
遼東形勢從此一潰千里，不可收拾！
這時候，大家才想起：咱們還有個「全遼」的功臣在家閒待著呢！於是，急召熊大人重新出山，再任遼東經略。同時以諸城人王化貞為廣寧巡撫。
這次復出，是讓老熊駐在山海關，也是賜了尚方寶劍的，負責節制諸路人馬。這好像跟萬曆年間很相似，起碼權力是一樣的。
但實質卻大不同！
今天有人為他此次出山而甚感惋惜，說他「不知是保國衛疆、求功心切，還是意氣用事，全不知其中關節」。
什麼關節？
可以說，這次的情況相當凶險，遼河以東，城寨盡失，軍民逃亡一空，比不得當年了。這還不算，最成問題的是自己人，他老人家遇到了連皇帝也很頭疼的「經撫不合」難題。
熊廷弼復職後，提出了收復遼東的「三方並進策」，即在廣寧部署重兵，牽制後金全部兵力，此為一方；在天津和山東的登、萊各置舟師，以備將來進攻，這是另外兩方。實施這個「三方並進策」，還要聯絡朝鮮。派大臣到朝鮮，收歸流落到朝鮮的遼東軍民，與朝鮮軍合為一處，構成復遼的又一方。這樣，三方並進策實際是四方不斷積蓄力量，伺機並進。
恰好努爾哈赤這時也有他自己的問題。一個是佔領遼、沈後的內部矛盾激化，需要解決；另一個是占的地盤大了，兵力分散，要想大規模進攻遼河以西，還要有大量準備工作要做。
下一步的較量勢所不免，但還不至於馬上動手，雙方都在憋著勁兒做準備。
可是熊大人這次的情況卻不大妙。
從天啟元年(1621)六月起，熊廷弼就開始為實施「三方並進策」做準備。他遇到的問題是：向兵部請調的兵遲遲不到，廣寧巡撫王化貞也不配合。
王化貞這個人，既不知兵又輕敵，而且是個「上面有人」的人，兵部尚書張鶴鳴是他的後台，首輔葉向高是他的「座師」。朝廷方面當然支持他的出擊策略。可他的能力實在也是不行，五次率兵出擊，均無功而返，並且還過早地暴露了「三方並進策」的意圖。
熊廷弼有長遠的謀劃，當然反對王化貞這樣胡鬧，雙方就此出現不和。王化貞仗著朝中有人，不受熊廷弼的節制。
朝廷方面幾乎一面倒地支持王化貞。調往遼東的援軍，張鶴鳴不通過經略就自行分配。熊廷弼詢問情況，張鶴鳴也不答理。王化貞擁兵十四萬，而熊廷弼身邊只有兵五千。熊廷弼要兵無兵，要權無權，完全被架空了。他上疏請朝廷節制王化貞，結果上面讓他不要管王化貞的事。
王化貞甚至還上疏，放出狂言：願請兵六萬，一舉蕩平遼東！
看來，下一場大戰，在準備階段，可以說明朝方面就已經輸了。
天啟二年(1622)正月，努爾哈赤髮五萬大軍，分三路向河西進攻。二十日，渡過遼河攻西平堡。明守將羅一貴頑強抵抗，終因眾寡懸殊而失陷。羅一貴殉國。
就在後金軍圍攻西平堡時，熊廷弼令鎮武堡守將劉渠急速增援。王化貞則輕率地採納了游擊孫得功的計謀，撤去了廣寧、閭陽的守兵。以孫得功為先鋒，帶著這部分兵馬與劉渠匯合，一同前去增援。
努爾哈赤聞訊，分兵一部迎擊明援軍於平陽橋。這個孫得功，早已暗中投降後金。剛一交戰，他就在陣後大呼：「兵敗了！」喊罷，率先策馬逃跑。明軍陣後頓時大亂，三萬餘人最終全軍覆沒，劉渠戰死。
孫得功逃回廣寧後，立即封了府庫及火藥庫，聲言要捉住王化貞，作為投降後金的見面禮。幸虧有部將掩護，王化貞才倉皇逃出廣寧。在大凌河，王化貞遇見熊廷弼，不禁失聲痛哭。
熊廷弼則冷笑道：「六萬大軍，一舉蕩平，何至如此？」
一句話，說得王化貞慚不能言。
經廣寧之敗的挫折，王化貞已知用兵不是兒戲，沒有熊廷弼的參與，他絕不敢再戰了。
於是熊廷弼將自己從山海關帶來的五千兵交給王化貞，讓王化貞殿後，掩護難民隊伍撤退。他本人則帶領副使高出、胡嘉棟等，盡焚關外軍資，然後退入山海關。
熊大人的這個建議和行為，可能是他一生中最大、也是唯一的一個錯誤決策。
經撫不合、窩裡鬥，固然可恨；熊大人立了大功反而遭打擊，固然可憫；但是在軍國大事上，決不能意氣用事。當今有史家評論說，他無意出兵收復廣寧，並不是被後金的攻勢嚇住了，而是心灰意冷，還在生王化貞的氣。
事實看來也是這樣。在平陽橋大敗後，就有人建議熊廷弼趕快馳援廣寧，這在當時還是可以一搏的事，可惜未能成行。
王化貞逃離廣寧兩天之後，努爾哈赤的前軍才抵達廣寧。在這兩天時間裡，明軍回兵廣寧，從叛將孫得功手裡奪下城池固守，是極有可能的。
在廣寧，王化貞的逃離，不過是叛將作亂，並不是直接敗於後金大軍。因此，廣寧失守嚴格來說並不是一次敗仗。返身再把它奪回來，明軍在心理上、士氣上應該說沒有什麼太大障礙。
至於奪回以後守不守得住，有一多半的因素就要看熊、王二人的智慧和意志了。
努爾哈赤進入廣寧後，縱軍大掠、焚城，而後撤回遼陽，仍是將遼陽作為前進基地。遼河以西的軍事主動權盡歸後金，明朝若再想恢復遼東，不說是「無望」，也是前景非常渺茫了。
熊廷弼的錯誤，就在於此。
廣寧失陷的敗報傳回京師，滿朝大嘩，人人震恐！
原先袒護王化貞的人怕累及自己，就紛紛起而追究王、熊二人的失土之責。結果，王化貞、熊廷弼一起被逮入京，論死，被關在獄中等候處決。兵部尚書張鶴鳴因為事發後表現惡劣，不久也被罷免。
一代豪雄熊廷弼，落得個如此下場，後人多有為他感到不平的，認為他是代人受過，吃了王化貞瞎指揮的「瓜落兒」。
遼西的總崩潰，緣於平陽橋之敗，這明明白白是王化貞惹的禍，與手中只有五千兵的熊大帥有什麼關係？
這兩人逮進大牢後，遼東統帥出缺，東林的楊漣、左光斗就推舉了孫承宗出來。天啟也接受了教訓：打仗解決不了「經撫不合」還打個屁！於是，讓孫承宗既任兵部尚書，又兼東閣大學士，再去經略薊遼。這麼高的位置、這麼大的權，明朝開國以來還沒有過——這下子，沒有人能掣孫大人的肘了。
先前，要是早給熊大人這樣的權，何至於遼東全部丟光！
熊廷弼被逮，這是天啟二年（1622）的案子，他和王化貞就這麼一直關著等待砍頭。實際上，這是一種緩期執行，一旦形勢或者輿論有變化，沒準兒也還能活下來。
沒想到，熊廷弼這只死老虎，在天啟五年（1625）被魏忠賢大大利用了一回，用來打擊東林黨人。
若論熊廷弼與東林黨的關係，從整體上來說，不大好。老熊是看不大慣東林黨喜歡挑人毛病的那個勁兒，東林的大佬葉向高對熊廷弼也不大感冒。但是，並不等於所有的東林人士都跟老熊過不去。
比如，老熊第二次出山，就是東林重臣劉一璟極力推薦並運動成功的。劉一璟認為，臨危受命，非熊大爺莫屬。
還有，在熊廷弼被逮後，對他怎麼處置，朝中有兩種意見。一種是認為他和王化貞都應該死，另一種意見則認為，王化貞是死定了，但熊廷弼應從輕。東林方面的葉向高、黃尊素、顧大章等，就是持從輕意見的。
一開始審理這案子，援引了「議能」「議勞」的條例，也就是考慮罪臣以往的能力與功勞予以減輕，初審議定王化貞死、熊廷弼判流刑。可是朝中反對意見非常大，堅決反對的人當中也有東林的要員，比如魏大中。
所以，東林黨人對熊廷弼的評價和態度，並不是以黨派來劃線的，他們各有各的觀點，都有一定原則。
總體來講，說東林黨專以打壓熊廷弼為能事，這不符合事實。但雙方關係總體上不睦，則大致可信。
但魏忠賢是以熊廷弼向東林黨人行賄的名目，抓了「六君子」的，這個案件在當時就叫「遼案」。這就有點兒不可思議了。
「熊廷弼——東林黨」，這兩者之間雖不是水火不相容，起碼也是井水不犯河水，怎麼能搭得上邊呢？