熊廷弼被判死刑後，因為朝議爭論太大，結果在獄中一關就是幾年。他在鐵窗下反思，越想越冤：遼東大敗，罪不在己，卻當了個替罪羊，不服啊！於是就利用緩期執行的這段時間，讓家屬四處托人，以求活命。只要留得青山在，不愁將來翻不了身！
這個思路是對的。但是找了一些人，都幫不上忙——他這案子要從輕改判，是有一定難度的，因為有個王化貞在摽著呢。同樣判死的人，要活其中一個，這得是多厲害的人才可以辦到？
三找兩找，到了天啟四年（1624）初冬，他想到了汪文言。他覺得這是個很合適的人選，古道熱腸，關係又廣，應該能打通路子。
這個思路也沒錯，汪文言果然一口答應，因為他也覺得熊大人太冤了。當下就開始活動。
托人辦事，就像水滴滲透，只要你有耐心，總能滲透到你想達到的地方。
這個「萬金油幹部」汪文言晃開膀子一活動，居然通過中間人，把關係走到了魏忠賢的門下！這倒也不算荒謬——權力尋租，利益驅動，什麼事情都可能發生。
這個思路其實也對。在朝中當時能不動聲色翻這個大案的，還真就是魏公公才能辦得到。
魏忠賢倒也爽快，熊廷弼過去跟他無怨無仇，救人拿錢，何樂而不為？於是，他跟中間人談好價，四萬兩銀，多一錢不要，確保熊大人能出獄、免死罪。
這事情直到這一步，還是「正常」的。魏公公確實能辦到，而且也沒多要。活個人，四萬兩還多嗎？
糟就糟在——熊大人是個清官，家裡也沒有開商號的，他沒錢！
魏忠賢是很認真對待這件事的，放出話後，見遲遲沒送錢來，就差人打聽。一聽說沒錢，他不以為是窮，以為是熊家嫌要價高，於是惱了：這不是捉弄人麼？
公公發了火，吩咐手下：去打聽一下，這臭事是誰出頭辦的？
結果一問，是那個上次沒搞住的汪文言！
汪文言在此事中浮出水面，給了魏忠賢一個靈感——遼案，事關封疆，是要死人的。而汪文言恰好與熊廷弼、東林黨兩邊都有關係，自己又送上門來！
——這不是天照應我魏某？
汪文言，這回你就交代你是怎麼向東林黨行賄的吧！
這個「莫須有」的「遼案」，就是在我們現代詞彙中仍在使用的「栽贓」之本意。
以受賄案扯進來「六君子」，打擊的對象是經過精心挑選的。楊漣、左光斗、魏大中不必說了，他們既是朝中佔據要津者，又是魏忠賢一向的死敵，當然要首先搞死。那麼，袁化中、周朝瑞、顧大章是怎麼和魏忠賢結的怨呢，這裡還須簡要介紹一下。
袁化中，字民諧，別號熙宇，山東濟南府武定縣人。萬曆三十五年（1607）進士，從縣令的位置幹起，後巡按宣府、大同，官聲一直不錯。天啟四年任河南道御史。
他之觸怒魏忠賢，是由於在楊漣上疏受挫後，他帶領河南道的同僚繼續上疏彈劾。
這道奏疏不長，但使用了很厲害的「用間術」。他說：魏忠賢逞威作福，殺內廷外廷如草芥，神人共憤。這當然是在陛下不知情的情況下干的，魏忠賢畢竟還存有一點畏懼心理。如今楊漣告他的折子已經上了，魏忠賢必然害怕陛下處死他。這樣一來，他極有可能鋌而走險。那時候，受害者恐怕就不是大臣、而是皇上了。陛下您想想：深宮之中，怎可讓多疑多懼之人伺候左右，一點兒防備都沒有呢？
這道奏疏，估計天啟看不到，但老魏卻恨得咬牙切齒。
此外，魏忠賢素所庇護的邊將毛文龍為冒軍功，抓了12名百姓作為戰俘獻上。魏忠賢大喜，吩咐要記功，卻被袁化中揭露，說12名戰俘全為百姓，且其中有8名是婦女兒童，後金難道淪落到要用婦孺打仗？
結果，毛文龍記功的事情泡了湯。這也大大杵了魏公公的肺管子。
還有就是在崔呈秀的政績考察問題上，袁化中沒說好話。崔呈秀曾經求他幫忙掩飾一下劣跡，他不答應，在考察時如實上奏，揭露崔品行不端，導致崔要被法司處分。後來崔呈秀投了閹黨，就立馬報私仇，鼓動魏忠賢把袁化中給降級外調。
有了上面的這些過節，這一次的「遼案」，當然就少不了這位耿直的御史大人。
周朝瑞，字思永，別號衡台，山東東昌府臨清人。萬曆三十五年進士，最初授中書舍人，相當於內閣的文書，與同僚楊漣、左光斗等情誼深厚。
周朝瑞在天啟即位之初，曾上疏請皇上開「日講」，也就是每天上點兒課，學點兒帝王之道。對這個建議，天啟大為讚賞，並馬上實行了。
天啟元年，周朝瑞任禮科給事中，仍然很受天啟器重。三年，又升左給事中。這一年，他上疏彈劾大學士沈灌以重金行賄，結交客、魏，大辦「內操」，搞得皇宮烏煙瘴氣。這其中，也牽涉到閹黨裡的邵輔忠和徐大化。從此，他就與閹黨一班人結下了樑子。
熊廷弼被關起來後，閹黨徐大化不知受何人指使，放過王化貞不提，一個勁要求「立斬」熊廷弼。周朝瑞則針鋒相對，認為熊廷弼才堪大用，罪不宜誅，可以讓他戴罪鎮守山海關。
這又惹毛了徐大化，兩人連續上疏互掐，直至有人出面調解才算拉倒。後來，周朝瑞升了太僕寺少卿，徐大化一百個不服，一心要除掉他。
於是，周朝瑞也逃不過這一劫。
顧大章，字伯欽，別號塵客，南直隸蘇州府常熟縣人。他是個高幹子弟，其父顧雲程，曾任南京太常寺卿。顧大章中進士後，最早任的是泉州推官，因看不慣上司的獨斷專行，就棄官回家養病了。三年後復出，任常州教授，繼而又任國子監博士，開始與朝官互通往來。萬曆四十六年（1618）升任刑部主事，天啟年間改任員外郎。
顧大章跟閹黨結怨，是因為閹黨徐大化遭上司彈劾，徐懷疑奏疏是顧大章幫上司起草的，氣就不打一處來。恰好在熊廷弼問題上，顧大章是主張從輕一派的，徐大化就唆使親信楊維垣出面，彈劾顧大章徇私枉法。所謂顧大章受熊廷弼之賄四萬兩的謠言，最先就是由楊維垣放出來的。
葉閣老見自己的門生被陷害，當然力主調查，調查結果是毫無根據。但顧大章經此風波，也不得不告病回鄉了。
到了天啟五年，顧大章復出，任禮部郎中。這時徐大化已升任大理寺丞，成了閹黨一員大將。他和楊維垣商量了一下，一傢伙就把顧大章給砸到「遼案」裡去了，連贓款數目都和當年造謠時的一樣。
可以說，天啟「六君子」個個皆正氣凜然、忠心報國，都能為朝廷和百姓做一些好事。尤其他們的個人品德，更是無可挑剔。至於魏忠賢非要把他們與熊廷弼案拉到一起，分明就是欲加之罪，何患無詞。這裡面，絕無所謂「東林黨要搞死熊廷弼，而魏忠賢恰好利用熊廷弼案搞死東林黨」這樣一個因果鏈條。
在朝士中，對熊廷弼印象好的人不多，因而主張將熊廷弼處死的官員，不僅有魏大中和其他東林黨人，也有大批閹黨人士。
六月二十八日這天，許顯純把栽給「六君子」的贓款數字填寫在奏疏上，上報皇上，然後命令，對犯人各打40棍、拶手敲100下、夾槓50下。「六君子」都是讀書人出身，體質文弱，一頓酷刑下來，個個都是皮開肉綻、氣息奄奄。
不過，這還只是個下馬威。七月初一，魏忠賢矯詔，說既然六人招認受賄是實，就繼續押在詔獄中追贓，「著不時嚴刑追比，五日一回奏」。
這是什麼意思？追比，就是規定每過幾天交多少「贓款」，交不上就拷打。什麼時候家屬把全部「贓款」湊齊了交上，在詔獄的事情就算完了，餘下的是移交刑部議罪。
所以開頭的那一頓打，只是小菜一碟。這五日一「追比」，才是慘毒無比。
這時候，發生了一個小插曲：閹黨的重要成員、內閣大學士魏廣微，忽然出面為六人說情。
事情起於吏部尚書崔景榮，他深知這「追比」的厲害，怕這六人一下都給打死，對輿論怕不好交代。於是就跑去找魏廣微，把利害關係講了一通。
這魏廣微也是陷害「六君子」的主謀之一，但是在這時候被說動了，也擔心出現這種後果。於是就趕緊上了一道奏疏，說楊漣等人誠然是罪人，但前不久畢竟還是朝廷要員。縱使贓私是實，也應轉交法司。豈可逐日嚴刑、讓鎮撫司法追贓？人非草木，重刑之下，死也就是一瞬間的事。這不要說有礙仁義，且與祖宗之法相違。如此，將朝政日亂，與古之帝王就大不相同了啊！
這奏疏的草稿，就是崔景榮起草的，魏廣微以自己名義遞了上去。
他這樣做，動機究竟何在？一直看不到令人信服的解釋。這只能說明，人性是複雜的，也許魏廣微壞是壞，但他整人也就整到罷官削籍為止。把人往死裡打，則超過了他的道德底線。
不論什麼原因，他是把這道奇怪的奏疏遞上去了。
魏忠賢一看：這什麼呀這是！大怒。魏廣微一害怕，連忙把崔景榮的草稿拿出來，證明並非自己本意。結果是崔景榮立即被罷免，魏廣微也很快被攆出內閣。從後來的情況來看，這兩人反倒因禍得福，沒有繼續作孽，因此清算時罪也相對較輕。
魏廣微勸阻不成，七月初四開始第一次「追比」。六君子前幾天才被打過，此時都還沒緩過來，不能獨立行走，由獄卒扶著蹣跚而行。
六君子出來後，只見個個面色暗淡，頭髮全脫，額頭纏著布，衣服上血跡斑斑。
其中數楊漣的模樣最慘，鬍子在幾日之內全白，染上了鮮血，極為醒目。
六人緩緩走到公堂，都伏於屋簷下。許大魔頭把這六人輪番訓斥了一遍。幸而未打，又送回了獄中。
這日為什麼沒打？原來許顯純先前拷打汪文言時費了牛勁，對東林黨的硬骨頭有點兒打怵，想把案子直接推給刑部。
但是魏忠賢哪裡能讓他偷這個懶，七月初七，有旨對許顯純嚴厲訓斥，仍舊限他「五日一比」。
這一階段，魏忠賢不斷對許顯純施加壓力，許也就漸漸地像條瘋狗，不管它那麼多了！
七月十三日，又開始「追比」，六君子被拖至公堂，許顯純露出了猙獰面孔，喝令今後每五天一「追比」，每次要犯人家屬拿出四百兩銀來，否則就要受重棍。
六君子當中，袁化中、周朝瑞家境略好，其餘人皆為清貧之家，在被逮時又被緹騎搜掠一空，因此每五天拿四百兩銀簡直是天方夜譚。
許顯純宣佈了「五日一比」的決定後，左光斗小聲分辯，魏大中、周朝瑞、袁化中三人伏地不語，楊漣則把隨他進京的家人（僕人）喚至左右，大聲道：「汝輩都從速回去，好生服侍太奶奶，告訴各位相公，不要讀書了，以我為戒！」
楊漣此時已然明白，魏忠賢這次是非要六人的命不可，所有幻想，盡可拋去。他的這番話，既是說給堂上審官聽的，也是告訴同伴們不要再心存僥倖。
這日「追比」，又各打了三十大棍，執棍者的呼喝聲震天動地！六君子舊創未復，又添新傷，各個股肉腐爛脫落，其中楊漣受刑最重。魏大中因身體虛弱，受刑後連喊痛的力氣都沒有了。
這次之所以用刑較重，是由於魏忠賢直接施加了壓力。初四日的比較沒有動刑，當天魏忠賢就知道了，把許顯純臭訓了一頓，因此從初九日開始，拷打一次比一次加重。
詔獄裡對六君子的審問，天啟一概交給魏忠賢去辦，具體情況天啟可能知道，也可能不知道。而魏忠賢則派有專門的「聽記」在審訊現場監視，對審訊的進度和力度，是完全掌握的。
彼為刀俎，我為魚肉。夫復何言！六君子的家屬，雖然仍然抱著一線希望在設法籌款，但六人心中都已明白：來日無多了！
當天，楊漣就寫好了遺書。又猛喝涼水，只求速死。
果然，第二天魏忠賢又矯詔下了中旨，斥責許顯純、崔應元追比不力，各降一級。原定五日一比，也改為三日一比了。
到七月十七日比較，楊漣、左光斗挨了三十大棍，其餘人未用刑。楊漣、左光斗都只是咬住牙，不吐一詞。許顯純威脅說，下次如再不交銀，就要受「全刑」了。全刑，就是五種常用的刑罰一起上。
這一天劉啟先進去見到了魏大中。魏大中身體狀況更為惡化，只能以微弱的聲音說：「吾不久矣，毛孔皆痛。勿教吾兒知道。」劉啟先告訴他，學洢想進來見一面，魏大中大驚，堅不允許。
由於這天的「追比」，除了楊、左外，其餘四人沒有受刑。魏學洢如同絕地逢生，連忙出了京城，趕到京畿的定興縣江村，到與父親曾是同僚的鹿繼善家裡求借銀兩。
鹿繼善此時任兵部主事，正與孫承宗同駐山海關。家中鹿太公受到兒子的影響，對六君子寄予同情，曾經幫助過左光斗的弟弟左光明籌集銀兩。六君子的家屬也多有人來過他家告借。鹿家幫助魏大中，本來是沒有問題的，但鹿繼善是個清官，因此家中可說是已無分文了。
鹿太公慷慨豪俠，不忍正直之士受此磨難，就發動村鄰湊錢相助。鄉人淳樸，雖然大多並不知道魏大中是何許人也，但卻知道人以群分，六君子必是好人無疑，都紛紛解囊相助。
甚至村中有許顯純的族人，受良心的拷問，也拿出錢來幫忙。
鄉間民窮，大家七湊八湊，才勉強湊出不到五十兩銀。危難時的慷慨相濟，最能顯出人性之光。魏學洢接過銀子，心中五味雜陳，既感激，又傷悲。他謝過大家後，又匆忙奔回京城去打探消息了。
七月十九日，楊漣、左光斗、魏大中受全刑，慘烈異常。周朝瑞、顧大章各二十棍、拶敲五十，袁化中因病免棍、拶敲五十。
七月二十日，楊漣的家人送飯時，不知為何在茶葉裡摻了一點兒金屑，被獄吏發覺。家人怕受牽連，連夜逃走了。從這天起，就再也沒有人給楊漣送飯了。
一代名臣，終局淒楚若此！楊漣早年喪父，其母視他如珍寶，傾心培養成才。卻不料，人生半百剛過，他就要走在白髮老母的前頭了。
志士何辜？忠良何罪！天理何在啊！
天啟五年夏的這二十幾天，可以說是明朝開國以來最黑暗的日子，六君子在魔窟裡所承受的，不僅有肉體上的創傷，還有正義不得伸張的深深絕望！
剛入監獄不久的時候，左光斗曾經對諸人提建議道：「閹豎殺我輩，有兩個法子。一是借我們不肯誣服，再三拷掠，直至掠死，二是在獄中加害，隔日報稱病死。若我輩誣服，則當轉至刑部擬罪，或許尚有見天地之日。枉死獄中則無益！」
眾人覺得他說的有道理，就都「自誣服」了。可是，他們太過天真了，惡人豈能容你有空子可鑽？自誣服換來的則是更為嚴厲的追比——既然認了，你就交款吧。眾人到這時大悔失計，但已經晚了！
許顯純是個滑頭，他並不想擔殺死六君子的惡名，幾次都想搪塞，可是魏忠賢催逼得越來越緊。二十一日，又有一道嚴旨下來，責令對楊漣等還要加大力度。
楊漣是東林最有名望的人，又是反對魏忠賢最力的一個，因此對他的拷打尤為慘酷，每次都被打得肉綻骨裂，髓血飛濺，幾度昏死。而許顯純仍嫌不足，命人專打楊漣的頭和臉，直到打得牙齒盡脫。
好個楊漣，生就的是一副錚錚鐵骨，早就抱定了必死的信念。許顯純追問他有關熊廷弼行賄一事，楊漣怒斥道：「熊廷弼在遼陽尚未敗時，我就參劾過他。及至廣寧失守，我更力斥他何辭不死！熊廷弼恨不得欲殺我，豈能托我營求免罪？你昧心殺人，天下後世，汝肉不足人食！」
正邪人物，對眼前世界的看法，其差別往往有如天壤。施暴政者，以為死能嚇住天下的良心；正義者卻以「好死」為平生的心願。楊漣在入獄前就寫下了一篇著名的《告岳武穆疏》，裡面講：「自古忠臣受禍者，何獨漣一人？如武穆王何等功勳，而『莫須有』竟殺死忠良。何況直臣如漣，此行定知不測，自受已是甘心！」（《楊大洪集》）
義士不屈，浩氣彌天。在生死關頭，楊漣以最後之力寫了《獄中絕筆》。其文曰：「但願國家強固，聖德剛明，海內長享太平之福。漣即身無完肉，屍供蛆蟻，原所甘心！」
楊漣將這兩千餘言的絕筆，親手托付給顧大章。為防止被獄卒搜去，顧大章把它藏在關帝像背後，後又埋於獄室北牆下。因僥倖之故，最終傳到了楊漣之子楊之易的手上，才得以傳之後世。
他又以血蘸指，寫下280字之血書，其文曰：「大笑，大笑，還大笑！刀砍東風，於我何有哉！」氣竭之際仍字字如劍，直刺人間奸邪。
血書寫好後，藏在了枕中。於楊漣死後，隨屍體一同抬出，才被家屬發現。
到二十一日比較，天下大雨，用刑的棍子濕重異常，「且盡力狠打，故呼號之聲更慘」。楊漣的家人日前畏禍逃走，無人來交銀兩。用完刑後，許顯純大聲責罵，楊漣「舉頭欲辯，而口不能言」。
為了防止詔獄中的慘烈情況被洩露出去，獄中防範甚嚴。左光斗的學生史可法得知恩師入獄後，就趕來京城打探消息，卻始終不得其門而入。二十一日，他聽說老師又受了全刑，且被炮烙，心知老師將不久於人世，就以五十金賄贈獄卒，痛哭哀求。獄卒亦被感動落淚，讓他穿上了破衣草鞋，裝扮成清潔工，混進了監獄。
史可法幼年窮困，唸書時曾借住在古寺中。某一日風雪夜晚，左光斗微服出遊，見史可法正伏案打盹，袖下壓著剛寫好的文章。左光斗抽出一閱，不禁大為讚賞，連忙解下貂皮衣服為史可法披上。此後，左光斗一直對史可法很照顧，曾激勵他說：「童子勉之，前半節事在我，後半節事在汝！」
進得監室後，史可法見左光斗背倚牆壁，席地而坐。面目焦爛，不可辨認，乃炮烙所致。左膝以下，筋骨皆脫，其狀慘不忍睹。
史可法不由肝膽俱裂，抱著恩師的膝蓋失聲痛哭！
左光斗聽出是史可法的聲音，就用手撥開已經焦爛的眼皮，目光依然炯炯，罵道：「庸奴，此何地，你竟敢大膽前來。國家之事，糜爛至此，你竟輕身而昧大義。倘遭不測，天下事由誰支撐？趕快離去，不然，不等奸人構陷你，我就先將你打死！」說罷，就用手去摸地上的刑具，作投擊狀。
恩師既出此言，史可法不敢違抗，忍不住熱淚橫流，起身快步離開了。後來，他經常向人講述此事，每次都哽咽不止，說道：「吾師肝膽，皆鐵石所鑄也！」（方苞《左忠毅公逸事》）
史可法後為崇禎朝的進士，為救國難，赴湯蹈火。南明時期，在著名的揚州保衛戰中以身殉國，名垂萬世，沒有辜負恩師生前的一片苦心。
可歎，天下雖大，卻容不得一二忠貞之士卓然而立。
惟見小人猖矣，世風下矣，綱紀危矣！
六君子的遭遇，引起了無數正直人士的同情。有一位化名為「燕客」的人，就混進了詔獄，想對六君子有所幫助。他目睹了六君子的最後時刻。
七月二十四日「追比」，左、楊、魏又受了全刑。魏大中的家屬本來已交齊了「贓銀」，為什麼還要對魏繼續用刑呢？
原來，魏忠賢曾認為，魏大中和自己同姓一個「魏」，便有籠絡之意，只是一直沒有效果。這次給魏大中栽的贓在六君子中最少，就是為了給大中最後一個機會。
但魏大中在受刑過程中竟無一個悔字，使得魏忠賢大為惱怒。七月初，京師西城御史倪文煥因責打了小宦官，得罪了太監「領導班子」，自知不能免禍，就投靠了崔呈秀，請崔代為斡旋，並把魏大中在入京途中與周順昌結為親家的事報告給了魏忠賢。兩件事加在一起，魏忠賢對魏大中便不再抱幻想了，下令說，不管魏大中完不完贓，只管往死裡打。
二十四日這天，情況相當嚴重。劉啟先到鎮撫司堂上交銀的時候，見魏大中已無力跪起，趴在堂下。
劉啟先連忙膝行過去，想給魏大中攏一攏頭髮，卻見魏大中半個脊背血肉狼藉，滿是蛆蠅。他鼻子一酸，淚水滾下來，哽咽著問道：「魏公，能忍否？」
魏大中以微弱的聲音說：「我不行了。」
劉啟先又問：「想食粥麼？」
魏大中艱難地睜開眼睛，急促地說道：「餘事莫問，速教吾兒離去！」
劉啟先知道訣別時刻已到，忍不住放聲痛哭。衙役們聽到了，跑過來對他一頓喝斥責打。
劉啟先退出後，哭求守門的兵卒，在牆縫處偷看了一會兒裡面的情況。開始還能聽到魏大中的呻吟之聲，到後來就聲息全無了。
當天六君子被拖入監牢後，許顯純吩咐小牢頭說：「今晚六人不得宿一處。」隨後，把楊漣、左光斗、魏大中送去了大獄。
混進牢裡打雜的「燕客」感到奇怪，問獄卒是何緣故，獄卒歎息道：「今晚各位大老爺當有挺壁者。」挺壁，為方言，就是死之意（《碧血錄》）。
當夜，楊、左、魏果然被害死。有人告訴「燕客」說，三人之死，是鎖頭（監獄頭目）葉仲文所為。負責六君子的幾個獄卒中，葉文仲最狠毒，顏紫其次，郭二再次之。惟有劉某一人比較忠厚。
外面並不知道這些情況。二十五日早上，魏大中的親友們發現有一些異常。到下午，楊、左的死訊傳了出來，但魏大中卻沒有消息。到二十六日，魏大中死訊才傳出，究竟死於何時，無人知曉。
到七月二十九日，三人的屍體才從詔獄後門被拖出，都用被褥包著，外裹葦席，用草繩捆住。
諸君子每死去一個，許顯純就剔下喉骨，裝入盒內封好，送給魏忠賢以示任務已完成。
楊漣死前寫的絕筆，被顧大章藏在牢房地下後，因為換了房間而可望不可即。獄卒孟某感於忠義，伺機偷出，交給自己的弟弟帶了出去，轉交給了燕客。另有楊漣藏在枕頭裡的血書，被牢頭顏紫查出。
顏紫本是狠毒之人，讀了血書後，竟然被感化，對人大哭說：「異日翻案，我就持此以贖罪吧！」
楊、左、魏三人死後，「追比」日期改為隔兩日一比，但用刑的次數卻大大減少了。這是因為魏忠賢已經除去心頭最恨的三人，怕一下子死的人太多，不好向天下人交代。到八月十二日，袁化中將一萬兩全部交完。十四日，周朝瑞的一萬兩也全部交完。但是當日仍有嚴旨下來，命令繼續嚴追，並不放人。
這兩人在六君子中，家境是比較好的，交款的壓力不是很大。尤其周朝瑞對生還有很大幻想，他曾對同案人說過：「忠賢所恨，惟有楊、左，楊、左若死，吾四人可生還，」（《先撥志始》）
自完贓後，周朝瑞的心情不錯，便整理鞋帽，逍遙獄中，以為厄運結束之日快要到了。但他忘了：閹黨一夥，從來不按牌理出牌。所謂追贓，不過是一個迫害的借口，他們豈有讓政敵生還之理！
果然，八月十八日晚間，袁大中被單獨押至關王廟，獄卒顏紫動手將其害死。
第二日，許顯純上疏，報告周朝瑞病重，這是下手謀害的前奏。皇上看了，不明所以，還專門派了醫官去詔獄看病。醫官胡裡糊塗進了詔獄，病人沒有見到，卻被許顯純喝斥出來。
周朝瑞此時還蒙在鼓裡。顧大章和獄卒孟某心裡著急，就商議如何想個辦法點醒他。
八月二十日，顧大章凝視了太陽許久，對孟某說：「聽說鬼不能見太陽，趁還未死，多看一看。」
周朝瑞聞聽，心中奇怪，也湊過來看。孟某就假做嚴肅地對顧大章說：「先生到此地步，不思大事，卻終日浪談，何意？」
顧大章便轉頭看著周朝瑞說：「所謂大事，就是身後之事，我自七月後就知斷無生理，因此訣別家人，遺書已寫了甚久，只是無法送出，今仍留在床下，怎能說我終日閒聊、不思大事呢？」
周朝瑞這才猛醒：「既如此，我也寫幾行吧！」
他把遺書寫好，與顧大章的放在一處藏好。
可憐周朝瑞，遺書寫完還不到10天，大限就到了。八月二十八日中午，周、顧二人正在和獄卒孟某一起吃飯，獄卒郭二跑來叫道：「堂上請二位爺說話。」說著，便給二人戴上刑具，向外走去。
走到監獄門口，另一獄卒劉某從後面拉住顧大章，小聲道：「爺回來，今日沒你事，是裡頭要周爺的命！」
周朝瑞被押至大監後，沒多久，便有死訊傳出。
據說，周朝瑞的「速死」，跟他的耿直也有關係。他完贓之後，許顯純從中貪污了五十兩，稱贓銀尚未交齊。周朝瑞不服，拿出賬目來，要和許顯純對質。許顯純哪裡還能等到對質，先就下了手。所以有獄卒事後說：「公死之速，在此一算也。」（見《碧血錄》）
周朝瑞死後，獄中的監管更嚴，遺書無法送出。顧大章將情況偷偷告訴給燕客，由燕客賄賂了獄卒，才在周朝瑞的屍體發送出來時，取出了遺書。燕客將遺書保存好，後來南歸，托人交給了周家。
到此，六君子中的五人已先後冤死，只餘下顧大章一人。
顧大章自入獄起，就對結局不抱幻想，他在自己的獄室牆上寫了一副對聯，曰：「故作風波翻世道，常留日月照人心。」並囑咐家人，以此聯作為自家祠堂的楹聯。
追比以來，閹黨認為顧大章最有錢，對他栽贓最多。為了追出四萬兩銀來，也就讓他活得最長。在受刑過程中，他曾三次被拷打昏死，家人見此慘狀，都悲傷不已。
顧大章平素信佛，對生死問題看得很開，他對家人笑道：「汝輩慎勿作兒女態！」（《碧血錄》）
諸人既死，全部壓力就落到他一人肩上，聖旨上還特地申明，要從嚴對顧大章追贓。此時，義士燕客則在獄內外積極活動，設法能在最後關頭讓顧大章逃脫厄運。
九月初二，獄卒劉某對燕客說：「堂上已在商定顧爺的死期，甚迫，奈何？」
燕客說：「與你錢，能緩五日否？」
劉某說：「能！」
此時延展死期又有何意義？原來，五位君子在數日內先後死於詔獄，這事情在外界引起的輿論甚大。閹黨崔呈秀、徐大化為此感到憂慮，他們商議了一下，便向魏忠賢提出建議說：「若六人皆死於詔獄，無以服人心。」不如將顧大章交刑部定罪，以示此次剷除六君子的行動光明正大。
魏忠賢接受了這一建議，就去忽悠天啟，馬上下了一道詔書，命將顧大章發到刑部定罪，明昭天下，以定是非。
古代奸人做惡，也忘不了要披一張光明正大的遮羞布。這就是政治權術中「檯面上的話語」。
初六日，聖旨下到鎮撫司，燕客知道後，深怕許顯純下黑手，當夜緊張得一夜未合眼，所幸一夜無事。
第二天一早，獄卒劉某跑來說：「五日之期已到，今晚必不能保全，奈何？」
燕客成竹在胸，說道：「合當有變！」
劉某不信，搖頭竊笑而去。
果然只過了片刻，許顯純就將顧大章提至堂上，宣讀了將他移交到刑部的命令。讀完，許顯純拍案大喝：「你十日後，復當至此追贓！」
何來此言？原來，這是許顯純怕顧大章到刑部後，把詔獄的黑幕講出去，所以才以此進行威嚇。
在去刑部的路上，顧大章如釋重負，對燕客道：「這一向在詔獄中，如有人扼吾之喉，不讓吐一語。一腔怒氣，無從得伸。今來刑部，雖無多日，但許顯純之兇惡及兇手姓名就可播之天下、傳之同道者了。異日世道復清，此輩斷無遺種，吾瞑目矣！」
顧大章身處絕境，頭腦仍十分清醒，他料定在魔掌之下必無生路，但也預見到奸人必不長久。今日奸人的所有惡行，必是彼輩將來之絞索——不是不報，時候未到而已！
楊漣等人在獄中受刑和慘死之狀，果然在刑部審訊時由顧大章一一說出，很快就公之於世。
但此時的刑部審官，全都屈服於閹黨的淫威，已根本不能主持正義。九月十三日會審，會審官有十人，在堂上喝令顧大章承認六人受賄之事。顧大章憤而駁難，冷笑道：「吾豈能代死者誣服乎！」
最終，刑部尚書李養正等商議，依據鎮撫司轉來的「供詞」，以「移宮」和「封疆」兩案判六人斬刑，算是給這次迫害披上了「合法」的外衣。
十審官良心已被狗吃掉，不僅揣度著魏閹的意思判決此案，還嫌顧大章申辯而下令打了十竹板。而後，將他們的名帖和判詞恭恭敬敬交給內侍帶走。魏忠賢接到文件後，大喜過望，立刻矯詔公佈天下。又指示道：十七日將顧大章押回詔獄，繼續追比。
顧大章得知消息，覺得心事已了，全無貪生之念，說道：「有刑部十天，則詔獄百日不為虛度。何也？可與家人相見訣別。再者，原為流言者，已由我親身證實。如此，比起已死諸君，我已屬幸運，更有何求？」
燕客知道先生已抱決死之念，甚感悲慼，連忙勸先生再等兩日，也許就會有轉機。
顧大章淡然一笑：「吾自八月初，已將家事處置寫於一二紙上，封之又開，凡五六次，思無剩語……今日已將這副皮囊置之度外矣！」
說罷，仰天歎道：「吾安可再入此獄！」
他主意已定，視死如歸，以右手僅剩的食指和大拇指，握筆疾書絕筆一幅，曰：「我以不祥死，猶勝於老死窗下而默默無聞者！」
十四日一整天，在刑部監獄他米水不進。其弟顧大韶前來探監，兄弟二人在一起飲酒訣別。在此之前，他曾讓人在自己的酒中下毒，但因藥力不足而未能死去。當夜，趁人不備，毅然自縊而死，
九月十九日，顧大章屍體從刑部監獄中送出，衣帽整齊，神態安詳，面容有如熟睡。
烈士高行，蒼天亦泣！
六君子亡故之時，正值英年，都不過50歲左右。「諸賢之死，天下為之流涕」。
但同在一片天下，對正邪的判定，卻有天淵之別。沒心沒肺的天啟皇帝，把自己的肱股大臣視為仇寇，毀自己的江山有如狂歡。八月中，他在經筵聽課時，對內閣諸臣說：「楊漣等罪惡多端，今雖在獄亡故，其未完贓私，令地方撫按立限追比。」
九月下旬，刑部議罪奏疏呈上後，天啟好像恨猶未解，一口氣批了200多個字，稱六君子為「兇惡小人，目無法紀」。還特別指示要將六君子案「宣付史館，頒行天下，以示朕仁孝開明之治，以服萬世人心。」（《明熹宗實錄》）
堂堂大明朝，經過嘉靖、萬曆、天啟這三朝不遺餘力地自毀自滅，若要不亡，已是沒有天理了！
反觀草民百姓，卻不乏豪俠仗義之士，敢為六君子伸張。六君子死後，一直在暗中守護的「燕客」仍滯留京中，每每想起六君子的音容，都覺悲憤難抑，慷慨長嘯。一日與人喝酒，又講起六君子冤案，忍不住熱淚湧流，不能自已。他的言行被閹黨偵知，立即派人拘捕。
燕客聞訊，急忙裝扮成商人，縱馬向南，一日一夜狂奔300里，才逃脫了魔掌。
六君子在獄中的種種情景，就是他冒死寫下來，才傳諸後世的。他的書，僅有薄薄的14頁，書名曰《詔獄慘言》，又曰《天人合征紀實》，逐日有翔實記錄。署名為「燕客具草撰」，據明史專家王春瑜先生說，該人的真實名字叫顧大武。
閹黨泯滅天良，已毫無人性。「六君子案」本是政治案件，追贓不過是個借口，但殺害了六君子之後，閹黨仍不放過六人的家屬，逼迫家屬繼續完贓。
這是大明朝最黑暗的一幕。
暗夜中，雖只有星辰寥寥，但其光焰卻永懸於人心之中！