六君子全部被害死，「六君子案」卻不能算結束，因為此案的「肇始者」熊廷弼還沒有處理。
六君子一死，熊廷弼當然也就活不成了，為什麼呢？
明末有人說：「當時失封疆者，不獨一熊也，楊鎬、王化貞安坐福堂，而獨殺一熊，熊不死於法，而死於局。」（《三朝野記》）這話說得不錯。這裡所說的「福堂」，是指刑部監獄，當時人認為刑部監獄與詔獄比起來，不啻是天堂。
熊廷弼難逃一死的原因，首先當然是魏忠賢收受賄賂不成，感到受了愚弄，因此他「誓速斬廷弼」。老魏一發火，誰還能有生路？
其次，就是六君子因「受賄」被拷掠死了，而「行賄人」豈有活下來的道理？因此熊廷弼必須死，一則是為了平息輿論，二則是為了滅口，讓「封疆賄案」成為「服萬世人心」的鐵案。
其三，熊廷弼本人對「行賄案」的態度，也注定他必死無疑。熊廷弼是條好漢，不因楊漣、魏大中曾經力主要判他死刑而銜恨，反而在獄中寫了一份揭帖（宣傳單），力辯楊漣等人絕無受賄事，讓人帶出去廣為傳播。這個釜底抽薪的義舉，激怒了魏忠賢，他焉能不死？
最後還有一條，就是直接促成熊廷弼掉腦袋的人，是閹黨的馮銓。當時坊間有一部繡像小說（帶插圖的章回小說）《遼東傳》刊行，裡面專有一章是「馮布政父子奔逃」，寫的是馮銓的老爸馮盛明當年臨敵脫逃的事，大概是把膽小鬼嘻笑怒罵了一通。馮銓讀了後，又羞又怒，疑心是熊廷弼指使人所撰，於是心生歹念，要把熊大人立馬搞死。
本來閹黨關於殺熊廷弼的輿論，是從六君子被逮入京時就開始發動的。先是實習御史門克新受魏忠賢指使，於五月初五上疏「請立誅熊廷弼」。可是在內閣票擬時，閣員們誰都不願承擔這個殺封疆大臣的惡名，於是建議推遲到秋後再說。
天啟對此很憤怒，發回讓內閣重議，內閣卻以當下的行刑時間不合祖制為由，再次拒絕。
可是，熊大人必須得死，總要有個人出頭來背這個惡名。
這個人，當然有！
到了八月二十一日，也就是楊、左、魏三人已經殞命後，馮銓趁著在文華殿講筵之機，從袖中拿出一本《遼東傳》呈給天啟看。他說：「此書為熊廷弼所撰，流傳市面，掩飾誇功，希圖脫罪。天啟翻開一看，文字很淺顯，哪裡會是進士出身的熊廷弼所撰，但是狼要吃羊，有個由頭就行，管他娘的那麼多！於是他下詔，讓內閣速議處決。
內閣其他人仍是不願沾邊兒，馮銓恰好是八月份入的閣，就由他起草了詔書。按例，票擬文書入宮後，由王體乾先行審閱，王看完後說：「這明明是小馮欲殺熊家，與皇爺何干？」他建議，請皇帝御筆加入「卿等面奏」之語，把殺熊廷弼的責任推到內閣身上。
八月二十五日，皇帝修改過的詔旨下達，裡面果然把進呈小說的情節詳細寫出，並且說是「卿等五員面獻」，讓內閣的人一個也脫不了干係。這道奏疏，對熊廷弼咬牙切齒，連「心懷不軌，辱國喪師，惡貫滿盈，罪在不赦」等詞語都用上了，命令立刻把熊廷弼給「決了」（《明熹宗實錄》）。
天啟為何對熊廷弼如此之恨？
因為熊廷弼遭遇的廣寧之敗、河西之失，是在天啟二年，正是天啟皇帝剛上任不久。這是一件很丟皇帝面子的事，天啟耿耿於懷，總要找個人出氣。他本來對熊廷弼寄予厚望，結果如此令人失望，他也就選中了熊廷弼來撒氣。
第二個原因，是新上任的領導，往往對前任領導所信賴的重臣有很微妙的心理，不願意重用、不放心使用，甚至要找個茬子幹掉。新領導總願意使用由自己發現、或自己提拔起來的幹部。熊廷弼在第二次出山後，權力遠不如萬曆年間，此外還有一個嘛也不懂的王化貞在掣肘。這就是「一朝天子一朝臣」在起作用。
最後還有一個原因是，天啟也是一個很懂軍事的人，對遼東方面的戰略形勢，他並不糊塗。可能是看出了熊廷弼「最後的奔逃」是在跟他賭氣，因此不願饒恕老熊。
皇帝有了處決令，魏忠賢心花怒放，但是他知道這熊大人可不是一般人。熊廷弼在遼東鎮守多年，頗得人心，部將衷心擁護，萬一有個不聽邪的傢伙帶一幫死士來劫法場，那就麻煩了。於是，他讓內閣議一個妥善的處決辦法。內閣議來議去，也拿不出什麼好辦法——哼哼，最好就是不殺。
最終，還是魏忠賢的同鄉、閹黨內閣的黃立極說了一句：「半夜傳旨，即能了結。」這一句話點醒了魏忠賢，就是這辦法好！半夜下旨，也就意味著要立即處決，等不及天明拉到西市（明代刑場，在今北京西四）去了，只能秘密處決，乾淨利落。
大約在八月二十六日，凌晨的五鼓時分，有宦官手捧駕帖（提人手續），來到刑部監獄提熊廷弼。當時掌提牢的是刑部山東司的主事張時雍，他睡眼朦朧地一看來人，就知道熊大人今晚休矣！
張主事連忙叫來牢頭，吩咐撒個謊，把熊老爺哄出來。
熊廷弼一聽說要他出去一下，立刻就明白了：日子到了！他從容起身，沐浴梳洗，換了一套乾淨衣服，把一份早就寫好的奏疏放在一個小布袋中，掛於胸前。這份奏疏，是一篇申辯文字，此外還有他對邊防的一些建議。
忠心耿耿的人，死到臨頭也還是忠。國家固然是皇上說了算，但是國家並不等於就是皇上。天下的事，總有一種東西，是超越一家一姓而永恆的，那就是「青史」！是非黑白，瞞得了一時，大抵總瞞不過三十年！
熊大人雄才大略、正直一生，自信無愧於天地間。他抖抖衣服，穩步邁出了獄室。
一出門，他就大聲說道：「我是大臣，必當拜旨，豈能草草從事！」
牢頭將他引至庭中，見到張主事和宦官，他還想說話。
張時雍搶先說道：「芝崗（熊之別號），你失陷封疆，應得一死，還有什麼話說呢？」
熊廷弼聞聽此言，一怔，當下默然。
張時雍看見他胸前掛的小布袋，便問：「袋中何物？」
熊廷弼答道：「辯冤疏！」
張時雍冷笑說：「大人沒讀過《李斯傳》？不知『囚安得上書』？」
熊廷弼傲色不改平日，斜睨了張司官一眼：「是你未讀過《李斯傳》吧，此乃趙高之語！」
張時雍竟一時啞口無言。稍後，才回過神來，請熊大人將奏疏解下來，交給他暫時保存，天明後覆命時將為他代奏。
熊廷弼解下布袋交給張時雍，輕喝一聲：「拿筆來！」
接著，提筆書寫絕命詩一首。詩曰：他日倘拊髀，安得起死魄？
絕筆歎可惜，一歎天地白！這詩的意思是說：他日若想重振雄風上沙場，一個死魂靈又怎能復活呢？絕筆之時只歎可惜了一腔抱負，這浩歎能令天地失去顏色！
高山仰止，庸碌小人即便攀梯又焉能及！
絕命詩寫罷，擲筆，從容就戮。
熊廷弼氣概凜然，挺立不跪。劊子手無法，只好迎面而砍，一刀只及頸半，又慌忙從另一側補上一刀，狀極慘烈！
可惜，熊廷弼臨終前寫的辯冤疏，因張時雍怕事，沒有遞上去，而是偷偷毀棄了，未能流傳下來。
天啟殺了熊廷弼，仍不解氣，下詔傳首九邊（明朝北方的九大軍區）。
傳首九邊，有何用？無非使將士寒心、仇敵雀躍而已！
從此熊大人身首異處，屍身棄於漏澤園。直至崇禎二年（1629），才允其子收拾骸骨頭顱歸葬。
熊大人歸天後，正在前線禦敵的袁崇煥聞訊，悲憤難抑，隨即賦詩二首，哭熊經略。
其詩句曰：「才兼文武無餘子，功到雄奇即罪名！」
是啊，功到雄奇即罪名。誰說古人都是愚忠呢，他們都能夠看得清、看得透。
可是，看透了又能如何？
有個武弁叫蔣應陽，按捺不住，某日為熊大人喊冤。第二天，就有人在在亂草叢中發現他的屍身，疑是被東廠誅殺。太倉進士顧同寅、生員孫文豸作詩悼惜熊廷弼，為兵馬司緝獲，被斬。
最令人切齒的，是「死者長已矣」，卻又不讓你生者能偷生。天啟下令，將熊氏家屬驅逐出京，不得在京居留。緊接著，又有閹黨梁夢環蹦出來，誣告熊廷弼生前曾貪污軍資十七萬兩銀！