閹黨用了四個多月時間，把東林黨的標桿人物六君子從肉體上全部滅掉了，用以殺一儆百。就這，他們還嫌不夠。為了給閹黨惡政搞一套漂亮的包裝，魏忠賢還想從理論上做一番「正名」的工作。
他耿耿於懷的，就是要對萬曆末年以來的「三案」徹底翻案。不把「三案」翻過來，東林黨就永遠是國家的功臣，那麼打擊東林黨，豈不是證明了自己是壞人？
這個工作，其實在天啟四年（1624）十二月就已開始發動。當月，御史周昌晉上了一道疏，攻擊東林黨在「移宮案」中危言聳聽、以移宮而邀功。這只是一個試探。因為要翻「三案」，最麻煩的就是翻「移宮案」，這裡面直接牽扯到天啟本人。如果說當年驅逐李選侍不對，那就等於說天啟不應該親政，而應讓李選侍垂簾聽政。這豈不是否定了天啟皇權的合法性？
可是天啟在政治上基本等於白癡，他的批復，雖然沒有否定「移宮案」的定論，但卻痛罵楊漣、左光斗等人「向來濁亂朝政」（《明熹宗實錄》）。
這個效果，是周昌晉上疏前就預見到了的。他選的時機，正是楊、左剛剛被驅逐的時候，天啟對兩人的火正大著呢，此疏一上，必然會有這樣的批示下來——小臣有時也可以左右皇上。
既然皇上說了，「移宮案」中的大功臣楊、左是一貫胡來，那麼翻案就大有希望。
於是，到了天啟五年（1625）二月，閹黨正式發動了。由御史楊維垣出頭，以比較容易翻案的「梃擊案」做為突破口，公開翻案。楊維垣說，當年混進宮裡棒打太子的張差，分明就是個瘋子，跟李選侍無關。這一道疏，天啟倒是心領神會，馬上批示查處。結果，當年主持此案審查、現任刑部侍郎的王之寀立刻被革職為民。
等到「遼案」爆發，對六君子的逮捕令下達後，魏忠賢認為時機已完全成熟，就決定在「三案」問題上發起總攻。四月初十日，給事中霍維華上疏，要求全盤推翻「梃擊」「紅丸」「移宮」三案的結論。
霍維華寫的這道奏疏，平心而論，邏輯相當嚴密，即便是強詞奪理，也是抓住了「三案」中一些很懸疑的問題大做了一番文章。奏疏把劉一璟、韓爌、孫慎行、張問達、周嘉謨、王之寀、楊漣、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顧大章等全部牽連在內，逐一攻擊。
天啟患了高度健忘症，移宮時對李選侍的恨與怕已全忘個乾淨，此時只是恨東林諸人。他看了奏疏，大為讚賞，馬上讓文書官把它送到內閣，讓內閣票擬意見。並且口頭傳達了他本人的意見，說是：「這本條議一字不差!」要求把劉一璟、韓爌、張問達、孫慎行等五人削籍。
可是這次閹黨內閣再次表現出奇怪的態度，他們不僅不贊同，反而認為處理過當，寫了揭帖論救，說「若以一疏削五大臣，不論是否削當其罪，亦與陛下優禮大臣之禮相牴觸」。
這已經是閹黨內閣第二次不配合了，這一次的原因又何在呢？這是因為，所削之人全是退職的重臣，其中有兩個還是前閣員。現任內閣兔死狐悲，決不能讓皇上開這個口子，否則說不定哪一天自己也會同樣倒霉。
這是官場慣例壓倒了黨派利益。從這一點看，閹黨也和東林黨一樣，並不是個組織嚴密的團體，而不過就是一夥利益、觀點相近的官員罷了。他們的步調，並不總是完全一致。
天啟見拗不過這幫大臣，就降旨對劉一璟等人「姑不深究」，下令把霍維華的這道奏疏交付史館，如實記載。此外，對前首輔葉向高為總裁編纂的《光宗實錄》裡的有關評價，也要修改過來。《光宗實錄》就是天啟老爸當皇帝一個月的歷史記錄，「三案」跟這段歷史密切相關。
《光宗實錄》一修改完，原先在「三案」中獲罪的人就等於已經平反，各個都得到起復和晉陞。那個在「紅丸案」中因為獻藥把皇帝給吃死了的李可灼，也跟著沾光，從遣戍地回家閒住去了。
在「梃擊案」中曾因隱瞞案情而得罪的岳駿聲，此次也獲起復，只是還要等等合適的位置。可他老先生官癮太大，為了早點兒得到實職，就上疏再論「梃擊案」。誣陷東林黨人王之寀在「梃擊案」中逼供，勒索皇親鄭國泰二萬兩銀，還將鄭國泰之子鄭養性驅逐出京，等等。
天啟既然想翻案，他對此的反應也就近於完全瘋狂，把父子兩代受鄭貴妃家族欺壓的前仇全然拋棄，恩將仇報，下詔讓地方撫按對王之寀追贓，並准許鄭養性回京居住。最重要的，是下令立即起用岳駿聲。
——只要官到手，良心可餵狗。官場的險惡風波，常常就這樣由私慾而起。
最可惜的是王之寀，此時已從刑部侍郎退下，在家鄉被逮，後又於天啟七年（1627）解入鎮撫司詔獄，最後死在了獄中。死的時候，距天啟「駕崩」僅有三個月！
天啟五年（1625）這一年，閹黨除了在不斷打擊東林勢力外，還一直在抓輿論工作。正月，魏忠賢為摧毀東林黨的根基，鼓動閹黨成員兵科給事中李魯生上疏，說「假道學不如真忠義」，請將京師書院改為忠臣祠，天啟欣然接受這一建議。同年八月，閹黨御史張訥又奏請「毀天下講壇」，把「三案」惹出的亂子，都歸結於書院。
天啟立即批復，將天下書院盡行禁毀。原主持東林、關中、江右、徽州四大書院的鄒元標、孫慎行、馮從吾、余懋衡，無論生死，全都削籍。
到天啟五年年底，經過一年的整肅，東林黨被驅逐削奪的官員，已有二百人之多。閹黨認為有必要對東林陣營的人員來一個總的清理。此前，閹黨成員也各自搞過《天鑒錄》《東林點將錄》等黑名單，但人數差別比較大，所列人名也有出入。閹黨為了統一步調，由御史盧承欽出面，奏請「將一切黨人姓名罪狀，榜示海內，使其躲閃無地，翻案無期」（《三朝野記》）。
天啟也很快同意了，下詔以上諭名義刊刻並張榜公示《東林黨人榜》，共錄有309人。當時就有人把這比做北宋的「元祐黨人碑」。
黨爭起，國將亡。閹黨是一夥「做官黨」，只要我這一派的有官好做，什麼是非正邪，都他娘的一邊去。北宋末年的亂象又在明末重演了。
東林黨既然被全面擊潰，那就應該有一個法定的文件把他們永遠釘死。閹黨中陸續有人已經考慮到這一點。天啟五年（1625）的五月，吏科給事中楊所修奏請，翰林院應該把與「三案」有關的奏章編輯成「學習材料」，刊行天下。不久又奏請仿照世宗御制的《明倫大典》，把「三案」奏章編輯成書，頒布天下。
世宗就是嘉靖皇帝，他以藩王入繼大統，異想天開要追封自己已死的老爸為皇帝，因此鬧出一場「大禮議」風波。他幹的這事情於禮法不合，為了堵人的嘴，就搞了這麼個《大典》，作為歷史定案。
天啟對這個建議，當時未有明確態度。到九月份，又有在移宮案中為李選侍辯護、跟楊漣互掐過的御史賈繼春建議，楊漣等六人雖死，但受賄不過是小罪，他們的大罪在於結交王安、譭謗先帝、逼辱李選侍和「皇八妹」，所以應該把「三案」檔案公佈，讓萬世都知道楊漣他們犯了什麼罪。
天啟這次同意了，但對於怎麼編、由什麼人來編及怎麼發行等等，都沒有具體指示。
到天啟六年（1626）正月，肅清東林黨的運動告一段落，天啟覺得關於「三案」的歷史定論可以出籠了，於是發佈特諭，說是為了讓「天下萬世，無所疑惑」，特命開館編纂《三朝要典》，凡是那時候的「公論」，都要保存下來，凡是「群奸邪說」，都要盡量摘錄，再由史官加上批判語，「以昭是非」（《明熹宗實錄》）。
編輯這本大批判材料的總裁官是顧秉謙、丁紹軾、黃立極、馮銓，這全是鐵桿閹黨。其餘副總裁官和編纂官，也大多都是一樣，可以說是明朝的「石一歌」了。
閹黨不僅精心挑選了負責官員，還認真篩選了謄寫人員，政治不可靠的一律不要。顧秉謙第一次報上去的謄寫人員名單中，就被魏忠賢及其「領導班子「查出，有四個人有東林嫌疑，不僅沒批准，還把這四人削了籍。
編纂工作進展得十分神速，到三月底，全書編完。不過，崔呈秀看了看初稿，覺得問題還沒有講透。初稿是從「梃擊案」講起的，他覺得要從「爭國本」講起，才能把萬曆年的老案全翻過來。於是，他索性上了《三案本末》一疏，把這段歷史重寫了一遍。天啟當即下詔准予採用。
四月份，又有工科給事中虞廷弼上疏，說有了這本官刻的《三朝要典》，此前私人搞的什麼《點將錄》之類，就太不嚴肅了，應該廢止。天啟大概還沒忘那個「托塔天王」的典故，也就馬上批准了。
六月十九日，萬事具備。天啟在皇極門內殿舉行了《三朝要典》編成的進獻儀式，百官同來稱賀。正本共24卷，送到皇史宬收藏，副本由禮部刊刻，贈給百官，頒行天下。
緊接著十月，開館重修《光宗實錄》。
與修《三朝要典》相始終的，還有一個插曲。就在這一年正月，剛開始修《三朝要典》的時候，閹黨又抓了一個東林黨人惠世揚。
惠世揚原任給事中，在「梃擊案」和「移宮案」中，都是相當激進的分子。他還參劾過大學士沈灌，說他「交通客魏」，因此得罪了閹黨，被罷免。天啟五年九月，他不知怎麼被牽連進了楊漣案，天啟下令逮捕進京追究。到天啟六年正月，被押送到京城。
審他案子的，是三法司的官員。那時刑部尚書徐兆魁剛被魏忠賢提到這個位置上才七天，所以決心好好弄一下這個案子，以報大恩。
都察院的頭頭周應秋，也不是什麼好貨，是魏忠賢的「孫子輩」走狗，平時沒事就請魏忠賢的侄子魏良卿到家吃燉豬蹄，人稱「煨蹄總憲」。他對魏忠賢無比忠誠，一次聊天，老魏問他：「你是江南人，為什麼好粥啊？」周應秋這個江南人聽不大清河北話，聽成了「你為什麼好竹啊」。當下，他沒正面回答，打個哈哈過去了。過後，立刻寫信給兒子，叫把家裡庭院中的竹子統統砍光——老魏的心事你莫猜！
就這樣一幫東西，三法司的會審，結果不問而知。
惠世揚，懸了！
會審大堂設在城隍廟，那時候六君子已死，審官們沒把惠世揚當回事兒，都想捉弄捉弄他，而後判個死刑就拉倒。
他們喝令衙役打二十五大板。一頓板子打完，幾乎把惠世揚給打死。打完也不審了，把人關起來，幾個人就七嘴八舌把判詞寫好了。他們揣摩了天啟的心理，乾脆把惠世揚竄入「移宮案」去處置，說他「結交王安，大惡備矣」，應處斬刑。
天啟和魏忠賢對這判決書都很滿意，但是魏忠賢不想馬上把惠世揚砍頭，想等到《三朝要典》和《光宗實錄》都修好後，再拿這惠世揚祭旗，以圖個圓滿。惠世揚從這時候起，就蹲在大獄裡等死了。哪知道，大批判材料編好後才半年多一點，天啟就一命嗚呼了。忙亂之中，閹黨竟然沒來得及殺惠世揚。
真是九死一生啊！後來這個惠世揚在崇禎朝官當大了，一直當到了副都御史和侍郎。
編纂《三朝要典》，把東林君子說成是狂悖小人，把有奶便是娘之徒說成是磊落之士，這得有唾面自乾、當眾舔主子屁股的厚臉皮才做得下去。在閹黨精心挑選的「石一歌」中，也有良心未泯的知識分子。他們覺得實在是幹不了。
精神之閹，甚於割卵！
比如副總裁、禮部尚書姜逢元，是一位大書法家，因與東林無涉而被選中。在修書期間，他老夫子「每擱筆而歎，忠賢朝聞夕逐，令其閒住」。這還算不錯的，沒丟命。
《三朝要典》的「光芒照耀了全明朝」。可是，魏忠賢想不到：歷史雖然是強勢者所創造，卻不是強勢者能寫成的。好與不好，青史之名不會根據你自己寫的牛皮文章，而僅僅在乎億萬人心！皇皇《三朝要典》，想做的是千秋文章，而實際壽命只有一年多，就隨著天啟的駕崩而成了廢紙萬張。
——咦！眼看它忽喇喇大樹將傾，眼見得倏忽間猢猻四散，哪裡有什麼赤膽忠心永不變，何處有鐵打江山萬萬年？
大夢，大夢而已！