在華東，上海陷落之後，日軍撲向國民政府的所在地——首都南京。於是，第二次「正面的正規戰」，即南京會戰已迫在眉睫了。
首都得失，事關重大。蔣介石必死守，日軍必猛攻，雙方必定大戰一番。
日軍分三路進攻南京，蔣介石任命唐生智為南京衛戍司令，率十三個師組成南京衛戍軍。
11月16日，中山艦升火，在一片凝重的氣氛之中，徐徐駛離南京。中山艦是一艘著名的軍艦。它原名永豐艦。1922年6月，陳炯明叛變之際，孫中山便是在這艘軍艦上避難，蔣介石也正是在這艘軍艦上護衛孫中山。1926年3月，著名的「中山艦事件」又成了國共分裂的訊號。這一回，中山艦再一次擔負歷史性的使命，它載著國民政府主席林森，離開首都，沿著長江，朝重慶迸發。
四川省主席劉湘發表致林森電報，表示「謹率七千萬人翹首歡迎」。
林森此行，為何如此隆重？
11月20日，國民政府發表宣言：「國民政府茲為適應戰況，統籌全局，長期抗戰起見，本日移駐重慶。此後將以最廣大之規模，從事更持久之戰鬥。」
從此，重慶這座山城成了「陪都」——戰時首都。
不過，最初只是林森作為國家元首，先遷往重慶。國民黨中央黨部和國民政府機關，則就近遷往武漢。
就在日軍重兵壓境、三面包圍南京之際，那位德國駐華大使陶德曼又求見蔣介石。他再度充當日、華之間的幕後斡旋人。
12月2日，躊躇再三的蔣介石，在會見陶德曼時表示退讓：「中國政府願以德國所提出的各點作為談判的基礎。」
德國所提出的「各點」，亦即日本所提出的七條。
蔣介石「降價」，日本卻「加價」了！日本於七條之外，又另加了四條「亡人之國的新條件」！
日本外務大臣在給德國駐日大使的公文中稱：「如中國方面總的承認這樣一個媾和原則，向帝國政府表示乞和態度，則帝國準備答應開始進行日、華直接談判。」
日本全然是一副盛氣凌人的態度，他們要蔣介石「乞和」！自然，這是蔣介石所無法接受的。
蔣介石明確地拒絕了日本的條件。蔣介石說：「倭所提條件如此苛刻，決無接受餘地。」此時求和，無異滅亡，不僅外侮難堪，而內亂益甚。「與其屈服而亡，不如戰敗而亡。」
這樣，南京一戰已無可避免。12月5日，日軍兵臨石頭城下，蔣介石飛離南京，前往武漢。翌日，日軍的飛機便大批飛向南京，狂轟濫炸，一場惡戰開始了。
唐生智率眾奮力抵抗，無奈不是日軍的對手。12月12日——一年前的這一天，正是西安事變發生的日子，唐生智不得不敗退。翌日，日軍湧入南京，首都陷落。
一場空前的浩劫，在南京進行：日軍慘無人道地施行大屠殺，三十多萬中國人血染南京！日軍甚至進行「殺人比賽」……
12月17日，蔣介石在武漢發表《告全國國民書》，表示：「目前形勢無論如何轉變，唯有向前邁進，萬無中途屈服之理。」
中共立即對蔣介石的文告作出反應。《中國共產黨對時局宣言》於12月25日發表，指出：
蔣介石先生本年12月17日《告全國國民書》所提出之「貫徹抗戰到底」「爭取國家民族最後之勝利」之主旨，與本黨目前對時局的基本方針，正相符合。中共中央堅決地相信國共兩黨同志和全國同胞，定能本此方針，親密攜手，共同奮鬥。
國共之間，你呼我應，互相支持，同仇敵愾。這是過去十年中所從未有過的。
不過，也就在這個時候，毛澤東在中共內部講話中敲響了警鐘，提醒全黨，要牢記第一次國共合作失敗的教訓：「1927年陳獨秀的投降主義，引導了那時的革命歸於失敗。每個共產黨員都不應該忘記這個歷史上的血的教訓。」
值得順便提到的是，正是由於第二次國共合作，在南京獄中被關押了三年的陳獨秀，於1937年8月23日獲釋。陳獨秀是中共的創始人，曾連任中共五屆總書記。不過，此時他已離開中共達十年之久了……