經過幾天幾夜的激戰，終因眾寡懸殊，新四軍陷於彈盡糧絕的境地。屍體橫七豎八，佈滿皖南山間。雨仍不時地下著，凍得戰士們手腳冰冷。
葉挺指揮部隊幾度突圍，均告失敗。葉挺在11日致電毛澤東：「計劃又告失望，現將士疲勞過度，唯士氣尚高……今日事已至此，只好拼一死以贖其過。」
鑒於項英臨陣動搖的嚴重錯誤，中共中央在12日發來電報，指定新四軍由葉挺、饒漱石負責領導，項英隨軍北上。
饒漱石，那時在新四軍中只是作為葉挺軍長的朋友出現，化名梁樸。其實他長期從事地下工作，那時擔任中共中央東南局副書記。
據當時任新四軍軍醫處副處長的王聿先（新中國成立後曾擔任上海市衛生局局長）目擊：在14日早晨，「軍長的朋友」梁樸前來找葉挺，密談了一陣子。事後王聿先才知道，正是這次密談，他們決定按照毛澤東的指示，「與包圍部隊首長談判」。經葉挺、饒漱石決定，派出兩名參謀持葉挺名片，前往附近國民黨五十二師師部聯繫談判之事，以求爭取時間，減少損失。
這時，葉挺手下大約還有兩千來人。13日的戰鬥，格外酷烈。新四軍政治部主任袁國平在戰鬥中負傷陣亡。
14日傍晚，響了一天的槍聲稀疏了。這時從山下傳來喊聲：「不要誤會，不要打槍，我們是奉命來接葉軍長的。」
葉挺命令暫停還擊。於是一位國民黨一八師副官處長，帶著一個排上山來了。那位處長見了穿黃呢軍服的軍官，便知是葉挺軍長，連忙敬禮，說明來意。為了全軍的命運，葉挺也就不顧個人安危，隨來人下山，去見他的同學上官雲相。
葉挺一去，便遭拘捕。在17日，葉挺被押往上饒，關入李村監獄。隨同葉挺一起下山的王聿先，則被關入上饒七峰巖監獄。據王聿先回憶，關了一個多月之後，葉挺生病，憲兵去掉了王聿先的腳鐐，帶他到李村監獄給葉挺看病。王聿先見到葉挺時，落下了熱淚。
葉挺面目消瘦，鬚髮很長，但牆上有著他用木炭寫的兩行大字：富貴不能淫，威武不能屈。三軍可奪帥，匹夫不可奪志。
此後不久，葉挺「失蹤」。
葉挺到哪裡去了呢？
1941年冬，在重慶中國電影製片廠工作的中共地下黨員陽翰笙，忽然收到一封信，信中沒有留下寄信人的地址，信末只署一個「夷」字。
陽翰笙看了字跡潦草的信，才猜出這個「夷」是葉希夷。信中說，他已經被押解到重慶，並提到陽翰笙的老朋友、音樂家任光在皖南事變中陣亡。從筆跡、從信的內容，陽翰笙斷定這確實是葉挺寫的，馬上轉交給周恩來。周恩來一見信，欣慰地說：「失蹤了的希夷有了下落了，我們可以向蔣介石要人了！」
後來才得知，葉挺在囚室中事先寫好這封信和一張條子。一天，他被押解到重慶近郊途中，說要如廁，趁看守不注意，他把信、條子和五元錢用小石頭壓在地上。條子上寫著，他吃了冤枉官司，仁人君子見了此條子，代為寄信，家中就知道他的下落了。天下果有仁人君子，見了此條，把信寄出……
至於葉挺會把信寄給陽翰笙，是因為1939年葉挺到重慶時，陽翰笙請他到中國電影製片廠看紀錄片《戰地特輯》。他和陽翰笙早在1926年便已相識於廣州，那時周恩來是北伐軍第一軍政治部主任，陽翰笙則是政治部秘書。他正是考慮到陽翰笙在重慶目標不算太大，而又與周恩來有著密切關係，所以把信寄給陽翰笙……
葉挺是在1941年8月被從上饒李村押往重慶關在望龍門二號的；此後他又被轉往重慶郊區、湖北恩施、廣西桂林……
葉挺在獄中度過漫長的四個春秋。他在重慶紅爐廠蔣家院子的囚室裡，曾把所寫的《閃歌》贈給郭沫若，頓時不脛而走，膾炙人口：
為人進出的門緊鎖著，
為狗爬出的洞敞開著，
一個聲音高叫著：
——爬出來呵！給你自由！
我渴望著自由，但也深知道
人的軀體哪能由狗的洞子爬出
我只期望著，那一天
地下的火沖騰，
把這活棺材和我一起燒掉，
我應該在烈火和熱血中，
得到永生。