就在離開中國大陸前夕，蔣介石下令殺害了楊虎城將軍。
1936年12月12日，張學良將軍與楊虎城將軍發動了震驚中外的西安事變。蔣介石對張、楊耿耿於懷。張學良在護送蔣介石回到南京之後，遭到軟禁，而在1937年4月，蔣介石對楊虎城做出「革職留任」的處分。緊接著，蔣介石指派楊虎城以「歐美考察軍事專員」名義出國考察。這樣，楊虎城偕夫人謝葆真被迫離開中國，離開了西北軍。
楊虎城考察歐洲、美國，一路上發表抗日演說，使海外華僑深受鼓舞。
在1937年「七七事變」之後，抗日烽火在華夏大地熊熊燃燒，楊虎城多次從國外致電蔣介石，要求回國參加抗日，都被蔣介石以種種理由拒絕。
1937年11月26日，楊虎城和謝葆真回到香港，又一次要求回國參加抗戰，蔣介石勉強答應。
有人勸楊虎城，回國會遭到蔣介石的迫害。楊虎城卻說：「寧使蔣負我，不能使我負國家民族，個人利害，在所不計。」
11月30日，楊虎城和謝葆真從香港飛往武漢。在那裡，楊虎城拜訪了國民黨元老於右任。
楊虎城的夫人謝葆真帶著兒子楊拯中，先回西安老家。
坐鎮南昌的蔣介石，生怕楊虎城從武漢也回到西安，重振西北軍的軍威，於是秘召軍統頭目戴笠趕往南昌授計。戴笠在南昌急調三十多名便衣警衛，由軍統特務隊長李家傑帶領，隨時聽命。
佈置停當之後，戴笠前往武漢，宣稱蔣介石要在南昌召見楊虎城。於是，楊虎城隨戴笠登上飛往南昌的專機。到了南昌，楊虎城便被軟禁在百花洲曾任江西省政府主席的熊式輝的私人別墅。
這座別墅是一幢獨立的小洋房，由軍統特務隊長李家傑帶領三十多名便衣警衛嚴加看守。蔣介石還嫌兵力不夠，增派了一個連的憲兵負責外圍警衛。從這時候起，楊虎城遭到了軟禁，被切斷了所有對外聯繫。
夫人謝葆真在西安沒有接到楊虎城的電話，不知楊虎城音訊，非常著急。她通過楊拯民找到過中共地下組織，在西安八路軍辦事處見到了林伯渠等人，但是當時中共方面也不知道楊虎城的去向。後來，謝葆真打聽到楊虎城被拘禁在南昌的消息，就帶了兒子楊拯中直奔南昌。到了那裡，謝葆真和楊拯中當即被關押。半年之後，謝葆真和楊拯中才允許與楊虎城關在一起。從此，楊虎城和謝葆真以及兒子楊拯中被投入漫漫黑獄之中。
1937年12月13日南京淪陷。蔣介石在離開南昌之前，命令戴笠把楊虎城夫婦以及兒子楊拯中、隨員秘密押解到長沙東郊朱家花園。此後，又轉移到益陽桃花坪。後來，又關押在貴州息烽縣玄天洞。玄天洞位於高山頂上，是一個天然的大石洞，離縣城十多里。
每一次轉移，都是重兵警戒，而且都是在夜間進行，生怕走漏風聲。
當楊虎城被關押在貴州息烽縣玄天洞的時候，張學良被關押在貴州桐梓縣。發動西安事變的兩位將軍，都失去了人身自由。
1941年，謝葆真在獄中生下女兒，楊虎城為小女取名楊拯貴。
楊虎城有過三次婚姻，共生育十個子女：
長子楊拯民、長女楊拯坤是元配羅培蘭所生。
次子楊拯仁是第二位夫人張惠蘭所生，不幸在西安事變時因照顧不周患猩紅熱天折，年僅五歲。
謝葆真與楊虎城結婚後，總共生了兩個兒子和五個女兒。結婚不久，謝葆真生下兒子楊拯亞。當謝葆真隨楊虎城東渡日本時，楊拯亞被留在南京，後因白喉症而夭亡。此後，謝葆真生了兒子楊拯中和女兒楊拯美、楊拯英、楊拯漢、楊拯陸、楊拯貴。
謝葆真產後，在獄中得不到應有的照顧。有一回，正值特務隊長李家傑來了。正在吃飯的謝葆真，指著粗劣的飯菜對李家傑說，這是一個產婦吃的東西？李家傑頂撞她，她極度生氣，把飯碗朝李家傑摔去。
李家傑知道謝葆真是中共黨員，本來就要整她。這時，他趁機造謠說謝葆真得了神經病，於是硬要把謝葆真關到另一處，把她跟楊虎城分開，楊虎城再三抗議，李家傑置之不理。
1945年8月15日，終於迎來了抗日戰爭的勝利。喜訊傳來，楊虎城萬分感慨：他和張學良為了逼蔣抗日，把蔣介石扣留了半個月，而蔣介石把他和張學良關押了八年！
抗日戰爭的勝利，並沒有使抗日英雄張學良將軍和楊虎城將軍獲得自由。1946年，毛澤東曾提出釋放張學良、楊虎城，蔣介石置之不理。
楊虎城被關押到重慶歌樂山下的「中美特種技術合作所」。
就在這時，楊虎城蒙受了沉重的打擊：農曆臘月三十日原本是謝葆真和楊虎城的結婚紀念日，然而在1946年的農曆臘月三十日，謝葆真在重慶「中美特種技術合作所」被特務注射了毒藥，慘遭殺害，年僅三十三歲！楊虎城得知慘訊，淚如雨下。
蔣介石發動全面內戰，聲稱要在幾個月內消滅中國共產黨。不料，事與願違，蔣介石軍隊兵敗如山倒。1949年1月21日，總統蔣介石宣佈下野，由李宗仁任代總統。
李宗仁走馬上任，為了顯示與中國共產黨「和談」的誠意，宣佈釋放張學良將軍、楊虎城將軍。一時間，張學良與楊虎城再度成為全國人民關注的焦點。
然而，蔣介石密令由毛人鳳控制的軍統拒不執行代總統李宗仁的命令。為了避人耳目，1949年2月，國民黨西南長官公署第二處處長兼西南特區區長徐遠舉調動空軍飛機，把楊虎城從重慶轉移到貴陽，關押在黔靈山麒麟閣。
當時徐遠舉曾主張在川黔公路的荒山僻野把楊虎城殺害，但是保密局局長毛人鳳不同意，以為還是在「中美特種技術合作所」下手更加保密。毛人鳳挑選了楊進興、楊欽典、熊祥、王少山、張鵠、安文芳六人，執行「重要任務」。
就在重慶解放前夕，楊虎城被從貴陽騙到重慶，說是「蔣介石要見他，並把他送到台灣」。
1949年9月17日，楊虎城和兒子拯中以及秘書宋綺雲等人到達重慶歌樂山松林坡戴公祠。
後來，據落入人民法網的特務楊進興交代：特務張鵠引他們進入房內，楊虎城走在最前面，兒子拯中雙手捧著母親謝葆真的骨灰盒跟在後面。當拯中正要進入臥室時，特務楊進興用匕首刺進了楊拯中的腰間，楊拯中一聲慘叫：「爸……」楊虎城剛一回頭，也被殺害了。宋綺雲夫婦和他們的孩子一同被害。楊虎城年僅九歲的幼女也未能倖免。頃刻之間，八條人命，死於慘禍。兇手們還在楊虎城父子二人的臉上淋上硝鏹水毀容，然後把楊虎城的遺體掩埋在花園的一座花壇裡。
事後，毛人鳳曾說：「老頭子（蔣介石）對於這件事幹得如此乾淨利落，很感滿意。」
楊虎城將軍終年五十六歲。
1949年11月30日，重慶解放。12月1日，剛剛進城的中國人民解放軍第二野戰軍便在楊虎城舊部帶領下，在重慶戴公祠找到了楊虎城將軍的遺體。12月16日，中共中央、中央人民政府向楊虎城將軍家屬發去唁電。中共中央的唁電指出：「楊虎城將軍在1936年與中國共產黨合作，推動全國一致抗日，有功於國家民族。」「楊將軍的英名，將為全國人民所永遠紀念。」重慶市軍管會成立了楊虎城將軍治喪委員會。
1950年1月15日，重慶各界隆重舉行楊虎城將軍暨遇難烈士追悼會。中共中央西南局劉伯承、鄧小平、張際春等親往祭奠。1月16日，楊虎城將軍的靈柩、夫人謝葆真的骨灰，在數以萬計的群眾護送下，由長子楊拯民扶柩登輪，離開重慶。30日，以彭德懷為首的西北各界人民，在西安車站舉行了隆重的迎靈公祭。2月7日，根據家屬的意見，楊虎城，謝葆真安葬在西安南鄉市曲少陵原杜甫祠西側。葉劍英為陵園題詞。與楊虎城將軍一起犧牲的兒子楊拯中、女兒楊拯貴，秘書宋綺雲夫婦和他們的兒子宋振中（即小蘿蔔頭）、副官閆繼民和張醒民，也都安葬於陵園。