雍正整頓吏治的同時，對行政機構、管理制度也相應作了一些變革，最主要的是確立奏折制度和設立軍機處。
第一節 “台省合一”和觀風整俗使的設置
元年（1723年），雍正說六科的掌印給事中責任緊要，人選交都察院公同揀選保奏。並具體規定各科掌印給事中員缺，該科知會吏部，開列各科不掌印的給事中名單，送都察院揀選二人，出具考語，轉回吏科，繕本具題。題本用都察院的印信。這是把六科給事中的考核交都察院掌管，使他們成為該院的屬吏，都御史的屬員。都察院的監察御史，向例有巡視京師五城、京倉、通倉、巡鹽、巡漕等差，給事中歸都察院考核後，都御史把他們與御史一體對待，巡視城、漕、鹽、倉等差。於是給事中與御史沒有什麼區別了。
六科，原是一個衙署，職責是所謂“傳達綸音，稽考庶政”。它把皇帝批過的臣工題本，從內閣領出，謄抄清楚，發給有關部門執行。它不僅轉發文件，還具有封駁權，已經皇帝批准的奏章，六科認為有不妥的地方，可以封還執奏，若內閣票簽批本錯誤，原奏章的失當之處，就應當接受它的駁正。它還稽察六部，察核奉旨事件完結情況，如有遷延遲誤情事，即行參奏。六科給事中所理之事，在唐朝屬於門下省，是宰執機關的事情，清初雖沿元、明之舊，沒有門下省，但給事中有封還奏章之權，職位不高，而地位重要。
給事中自歸都察院管轄，被按照御史來分派差遣，原來分外的事多了，以至“奔走內外，朝夕不遑”，原屬分內的事，沒有時間和精力去管。有時大量被派遣出去，本科只留一人，忙不過來，把領到的本章，匆匆發出，來不及詳細審讀，封駁就無從談起了。這樣就削弱了給事中的職權，使他們等同於御史了。都察院在唐代為御史台，雍正使六科實質上隸屬於都察院，按當時的說法，是“台省合一”，即御史台和（中書）〔門下〕省合一的意思。
六科由都察院管轄的命令剛一下達，引起一些人的不滿，給事中崔致遠“嘵嘵陳奏”，反對這一措施，雍正拒不理睬。乾隆初有人說這個做法是“輕重倒置”，是不尊重綸綍。雍正恰是要重者輕之，使給事中不能抗皇帝之命，使綸音得到絕對尊崇。
雍正這樣做，還是接受明末黨爭的歷史教訓。明朝六科，比較能夠實現“制敕宣行，大事復奏，小事署而頒之，有失，封還執奏”的權力，明後期，以言官的身份，較多地干預了朝政。這種情況，清初已經有所改變，但康熙後期儲位鬥爭，也就是雍正說的朋黨之弊嚴重，明末遺風不息，而六科官員又參與其間，給事中秦道然為允禟管理家政即是一例。雍正為打擊朋黨，就對六科的官制進行了相應的改革。
雍正貶低給事中職能，卻加重了監察御史的職任，向地方派遣了各種類型的巡察御史。元年（1723年），以黑龍江船廠等處人口增殖，貿易事繁，原設將軍料理不開，命派出御史、給事中二員，巡視吉林和黑龍江。三年（1725年），向各省派遣巡察御史，其中山東、河南各一人，兩湖一人，江寧、安徽兩布政司共一人，官員由小京堂、科道及各部郎中內揀選，他們到各省，處理一些政事，監察地方官吏，有欽差的味道。四年（1726年），因直隸旗下人多，不法者眾，派御史和給事中數人往八府巡視，凡旗下告退官員、莊頭、內監的親戚、在籍紳衿，犯法的，即會同地方官懲處。七年（1729年），又因直隸興建了營田，特派巡農御史，巡歷州縣，查察農民生產情形，以定州縣考成，以示重視農業。在京城，於四年（1726年）添設稽察內務府的御史四員，五年（1727年）又增設稽察宗人府的御史二員。
台省合一，削弱六科諫議權，加強都察院對臣工的監察，兩者相輔相成，是強化皇權的兩個側面。雍正這一改制，使皇帝更加集權了。
向地方派遣觀風整俗使，也是雍正的一個創造。浙江文化發達，人才較多，浙籍士人與江南士人一起壟斷科闈，官員散佈朝內外，幕客佈滿各衙門。三年（1725年）十月發案的汪景祺、四年九月判決的查嗣庭都是浙江人，這兩個案子引起雍正的警覺，他再聯想到歐秀臣為允禵造輿論，杭州發生反對攤丁入糧的風潮，對浙江的印象之壞可想而知了。四年（1726年）八月，浙撫李衛折奏，謂該省“民刁俗悍，動則錢糧詿誤，命案參黜”，以致“大吏屢易其人，守令席不暇暖”。這就更使雍正認為“浙江風俗澆漓，甚於他省”，紳衿“好尚議論”，浙江人是“恩德所不能感化者，狼子野心聚於一方”，決心對他大加整頓，當年十月，決定派遣專職官員到浙江“查問風俗，稽察奸偽，應勸導者勸導之，應懲治者懲治之，應交於地方官審結者即交地方官審結，應參奏提問者即參奏提問，務使紳衿士庶有所儆戒，盡除浮薄囂陵之習”，規定了赴浙官員的任務。至於用什麼官名，吏部以為唐太宗貞觀年間派遣蕭瑀、李靖等巡行天下，號“觀風使”，可仿之取名“觀風整俗使”，雍正接受這個建議，任命光祿寺卿、河南學政王國棟為右僉都御史銜浙江觀風整俗使。與此同時，雍正宣佈取消浙江人鄉試和會試，他說浙江文風很盛，而風俗太壞，故採取這一措施，促其風俗的變化。所謂“浙江文詞甲於天下，而風俗澆漓敝壞已極，如查嗣庭、汪景祺自矜其私智小慧，傲倪一世，輕薄天下之人，遂至喪心悖義，謗訕君上”，與開科取士目標不合，既然“浙江風氣如此，挾其筆墨之微長，遂忘綱常之大義”，因此停止浙江人的鄉會試，而生員的歲考，仍然進行。同月，浙江人、吏部左侍郎沈近思奏請整頓其故鄉風俗十事，說該省逆種迭生，“越水增羞，吳山蒙恥”。他的十議是：（1）童生縣府試不得求鄉紳請托，違者府縣、鄉紳、父、師、本童各坐罪。（2）生員不得奔走當事投拜門生，通謁顯貴，乞求關節，不許造作揭帖污蔑官民，違者以光棍例治罪。（3）禁士子寫作淫詞艷曲，不得刊刻詩歌獻媚權貴。（4）遇有地方事務，嚴禁舉貢生監哭廟抬神，以免干預官方。（5）禁止鄉紳關說公事。（6）生監不許聯名公呈。（7）禁無賴棍徒包攬衙門。（8）禁止衙役勾結鄉紳訟棍挾制本官。（9）禁士人耍紙牌馬吊及打降等事。（10）禁地棍強派賽神演戲錢，禁婦女遊覽寺觀。雍正認為這十議切中浙江情弊，敕令浙撫和觀風整俗使貫徹施行，又誇獎沈近思不為惡俗所染，足“洗越水吳山之羞恥”。王國棟赴任前進京覲見，雍正給他關於浙江棚民的兩份奏折，又要他清查錢糧積欠。王國棟到任，遍巡浙江府縣，到處召集紳衿於孔廟明倫堂訓話，宣佈雍正整飭浙江士俗民風的宗旨。那時查嗣庭的家鄉海寧縣發生“屠城”的謠傳，有的居民遷出縣城，人心惶惶，王國棟前往宣講，使紳士“戰戰慄栗叩頭謝恩，切齒查[嗣庭]賊”。他在一般的宣講之外，做了三件事，一是清查錢糧，行文各府州縣依限催征，及時將徵收情況報告給他，凡未按期完納的，如系紳衿黎庶頑抗，不待州縣詳報，即分別輕重處分，應參究的參究，應革懲的革懲，以使錢糧清楚。他為清積欠，嚴懲包攬紳衿，還預備在仙居縣清丈土地。一是清查各府州縣命盜訟獄案件。再一項是清查保甲，編審棚民。此外，他對整理營伍、興修水利、買糧備荒等事亦行參與。雍正對王國棟的活動很滿意，在他的奏折上批寫：“爾到浙與[巡撫]李衛協衷任事，能推誠布公，宣明朕旨，風俗人心頗覺轉移，朕聞知嘉悅之至”。“所奏辦理數事，均屬公當明白”。他到任半年多，雍正就將他升為湖南巡撫，把他同鄂爾泰、田文鏡相提並論，說“朕又慶得一好撫臣矣”。王調任後，由浙江糧道許容接任，六年（1728年）許升甘肅巡撫，遺缺由糧道蔡仕舢補進，七年（1729年）蔡署巡撫，八年（1730年），雍正以浙江風俗已漸改移，又有總督李衛善於訓導，因而不再派遣觀風整俗使。從雍正的歷次上諭和王國棟在浙江的實際做法可知，這個官職，是針對某省的特殊情況設置的，其使命主要是懲治不法紳衿，改變當地風俗，強化對紳衿和人民的統治。觀風整俗使所辦理的事務，有的與巡撫職責相衝突，因此雍正要王國棟與李衛和衷共濟，又命他將徵收錢糧等具體業務交李衛辦理，避免雙方矛盾的發展，並在觀風整俗使任務完成之後，即行撤銷。八年（1730年）認為浙江弊儻已經改變，並接受總督李衛請求，恢復士人的鄉、會試。
曾靜案發之後，湖南被官方認為“風俗不端，人情刁惡”，雍正即向這裡派遣觀風整俗使。七年（1729年），雍正以廣東“盜案繁多，民俗獷悍”，設置觀風整俗使加以整訓。前已敘過，廣東礦徒問題嚴重，雍正很是擔憂，這是他向廣東派出觀風整俗使的主要原因。福建地處沿海，民窮事繁，雍正也派了觀風整俗使。湘、粵、閩等省的觀風整俗使，在職權上都不如王國棟。八年（1730年）六月，粵藩王士俊折奏觀風整俗使焦祈年行為虛浮，大約是焦好勝越出職權，與地方官發生了衝突，雍正為支持觀風整俗使，並不責備焦祈年，同時安撫王士俊說：“其責任不過為稽查耳目之寄，非有專閫重權，縱使儀制少逾，庸何傷乎？”說明這個職務已不能管理多少政事了。
與觀風整俗使性質相近似的，是雍正向陝甘派出的宣諭化導使。雍正後期，陝甘人民因西北用兵負擔加重，不滿情緒大增，雍正派尚書史貽直、侍郎杭奕祿、署理內務府總管鄭禪寶率領翰林院庶吉士、進士分赴六部學習人員、國子監肄業的貢生，到陝甘宣撫，希望民人“篤尊君親上之義，消亢戾怨懟之情”。
“雍正間，或用人惟賢，或因事權授，往往不拘定制”。吳振棫的這個評論比較反映實際。督撫的設置亦時有變化。直隸原設巡撫，為了獎勵李維鈞改作總督，後成為定制，原無布、按二司，亦行增設。河南巡撫田文鏡為雍正寵信，特為他授河南總督，又置河南、山東總督，轄這兩個省。閩浙總督先為一人，雍正用李衛為浙江總督，兼理江南五府二州的盜案，於是福建也單獨為一總督。兩廣總督轄下的廣西割歸雲貴總督，廣東仍保留總督。巡撫，歷來各省只有一個，雍正在有的省派人協理。當王國棟署理山東巡撫時，雍正又用吏部左侍郎劉於義協辦山東巡撫事務。伊都立為晉撫，布政使高成齡協辦巡撫事。馬爾泰署陝撫，宣諭化導使史貽直亦為協理巡撫，待史貽直任署撫，雍正又用內閣學士德齡協辦巡撫事，後又命甘肅布政使鄂昌協辦。直隸總督宜兆雄任上，禮部侍郎劉師恕被任命為協辦總督，後何世琪接替宜兆雄，劉師恕協辦如故。齊蘇勒任河道總督多年，雍正又命署理廣東巡撫尹繼善為總河協辦。大學士也增添協辦。二年（1724年），雍正命田從典為協理大學士，六年（1728年），命尹泰、陳元龍為額外大學士，十年（1732年），用福敏為協理大學士，到乾隆時，協理大學士就成了定制。
雍正對這些官制的變動，有的成為定制，反映了客觀事物發展的需要；有的因特殊情況所必需，事竣即裁撤；有的是他觀察客觀事物不準確，故亦不能長久；有的是他為酬勞寵臣，特為立制，他說得很明確，人去事變，不為保持。
第二節 奏折制度與政令的推行
比台省合一更影響政治的是奏折制度的全面實行。雍正君臣日常使用秘密通訊的辦法，交流政治與社會情報，使之成為貫徹政策的一種特殊的、重要的工具。
一、奏折制度的起源
奏折是後起的官文書，在先，地方官有事報告皇帝，凡系地方公事，用題本，若繫個人私事，則用奏本，前一種蓋官印，後一種不用印，兩種文體都交由通政司進呈，在皇帝觀覽之前，已先由有關官員看過，因此這兩種文體的奏章，是公開的，不是只有皇帝拆閱的秘密奏疏。這樣的文體，有些事情官員不便奏聞，皇帝想知道的從中得不到，不利於下情上達。奏本、題本原本是明朝制度，清朝沿襲以來，皇帝感到不便，據記載，在順治年間產生了補救的文書——秘密奏折。研究者認為，其時是倣傚奏本而為皇室戚屬所專設的一種上行文書，主要內容是向皇太后、皇上請安、謝恩和慶賀，遞送方式要直送內廷，內侍衛、太監轉達。至遲到康熙三十二年（1693年），它已確實存在了。今存蘇州織造李煦在那年七月奏報蘇州得雨、糧價和民情的折子，康熙見到後，硃筆批復說：“五月間聞得淮徐以南時暘舛候，夏澤愆期，民心慌慌，兩浙尤甚。朕夙夜焦思，寢食不安，但有南來者，必問詳細，聞爾所奏，少解宵旰之勞。秋收之後，還寫奏帖奏來。凡有奏帖，萬不可與人知道”。由此獲知，不得讓第三者知道的奏章，是秘密的，不是題本、奏本；這種文字，當時叫做“奏帖”；它的要點，是在一個“密”字。康熙在江寧織造曹寅於四十三年（1704年）七月二十九日的奏折上朱批：“倘有疑難之事，可以密折請旨。凡奏折不可令人寫，但有風聲，關係匪淺。小心，小心，小心，小心！”這裡管這種奏章叫“密折”，又稱為“奏折”。康熙於再立胤礽後，聽到有不同的輿論，苦於不知其詳，因在李煦的奏折上寫道：“近日聞得南方有許多閒言，無中作有，議論大小事。朕無可以托人打聽，爾等受恩深重，但有所聞，可以親手書折奏聞才好。此話斷不可叫人知道，若有人知，爾即招禍矣”。奏折人李煦、曹寅，都是皇帝的家奴，是特別親信者。康熙四十年（1701年），江蘇巡撫宋犖的奏折，由李煦代達，這表明當時具有寫、送奏折權力的人，不在官階，而在同皇帝的關係。五十一年（1712年），康熙諭領侍衛內大臣、大學士、都統、尚書、副都統、侍郎、學士、副都御史等，說他有聽不到的話，常令總督、巡撫、提督、總兵官、將軍在請安折內，“附陳密奏，故各省之事不能欺隱”。因令這些官員也於請安折上，“將應奏之事，各罄所見，開列陳奏。”並表示代為保密，原折朱批後發還。這說明康熙晚年能上奏折的官員增多了。至此，總體說明康熙朝奏折制度，應該是：奏折作為一種官文書的體裁業已產生，並已形成專門詞條；具折人為皇帝派到地方上的家奴（親信）和朝內外的官員，是特定的少數人；它淵源於奏本，開始具有兩種形式，即奏帖和請安折，似乎尚未統一；奏折的關鍵之處是言事的秘密性，要求具折人親自書寫，內容不得為他人所知；內容主要是報告吏治民情。總之，奏折制度已初步形成，但很不完善，功能上也較單純。
二、奏折制度的完善
雍正朝奏折制度的完善，主要表現在具折人員類型多樣化和確定奏折傳遞方式，內容範圍的擴展，朱批諭旨制度的形成四個方面。
雍正時期，奏折人的範圍固定化並明顯地擴大。元年（1723年），雍正下令各省督撫密上奏折，於是封疆大吏都有了這個權力，只是在實行中有的犯了錯誤，遭到處分，停止其使用權。後來雍正又給任職提督、總兵官、布政使、按察使和學政的官員書寫密折的權力，只是在上交的渠道上與督撫有所不同。督撫提鎮藩臬學政均是地方大員，此外，一些微末之員，由於雍正的特許，也可徑上密章，像湖南衡永郴道王柔、廣西右江道喬於瀛、福建鹽驛道伊拉齊、浙江糧道蔡仕舢、杭嘉湖道徐鼎、江安糧道葛森、陝西平慶道李元英、糧鹽道杜濱、寧夏道鄂昌、直隸通永道高礦、雲南驛鹽道李衛、浙江杭州知府孫國璽、山東兗州知府吳關傑、湖廣鄖陽府同知廖坤、山東沂州營副將楊鵬等。這些道府同知副將是中級官員，而用雍正的話說：“道府等員，乃系小臣，品級卑微，無奏對之分”。他們的能上奏折，是雍正特給的恩寵。這些人或者與雍正有特殊關係，或者為親重大臣的子侄，或在引見時獲得青睞，因得榮膺書寫奏折之寵。由中央派到地方的常設官員，如江寧、蘇州、杭州三織造、各處巡監御史、稅關監督、各種臨時性的巡察御史、給事中，或因掛有科道銜名，或因為皇帝家臣，自然賦予密折言事之責。還有的臨時派到地方辦事，也可密上折子，如清理江蘇積欠，負責大員戶部侍郎王璣有此權利自不必說，連分查松江府錢糧的王溯維也得奏折言事。在中央，京堂以上和翰詹科道官員都能書寫奏折。雍正擴大奏折人員的範圍，使它達到了一定的數量，僅《朱批諭旨》一書所收的奏折的撰寫人，即達223人，實際奏折人多達1000人以上。
奏折，幾乎全有皇帝的硃筆批語，叫做“朱批諭旨”，批過的奏折稱作“朱批奏折”，奏折和朱批諭旨構成奏折制度的必備成分。
三、奏折制度的功用
雍正朝的奏折內容，比康熙朝大大豐富了。君臣籌商全國的或地方的政務，是最重要的內涵。二年（1724年）十一月，雍正向大學士等發出上諭：“凡督撫大吏任封疆之寄，其所陳奏皆有關國計民生，故於本章之外准用奏折，以本所不能盡者，亦可於奏折中詳悉批示，以定行止”。督撫所要陳奏的政事，限於題本程式和保密要求，很難詳盡，皇帝就不能徹底瞭解臣下隱衷和下情，而皇帝的指示也以同樣的原因不能盡述，使臣下對皇帝的意圖瞭解也受到限制。這樣，上邊難於決策，下面不能全力奉行。雍正就是要用奏折這種公文，使臣工和皇帝雙方亮明觀點，經過討論，定策施行。雍正朝的重大改革，許多是先經君臣密商，而後決策付諸實行，前述攤丁入糧制度，就是雍正同黃炳、李維鈞及九卿通過奏折，反覆商酌確定下來的，這裡不作贅言。
改土歸流的政策，也是在多人的奏折中，君臣密籌，議而後定。雍正元年（1723年），禮部掌印給事中繆沅就處理苗民事務，疏請令土司諸子分襲以殺其勢，雍正把它交湖廣總督楊宗仁議奏，楊不同意，認為那樣做會出現強弱兼併的後遺症，雍正朱批不以為然，他寫道：
從來統馭外蕃，以眾建諸侯以分其勢為善策，一時陡然舉行，彼中頭目自必不願遵依，苟可緩緩設法，諭令聽從，逐漸分襲，似亦潛移默化安邊之一道，其強弱欺凌之虞，何必為之遠慮耶！朕謂其勢既分，心即離異，日後縱慾鴟張其中，必互相掣肘，或畏懼相誡，則其邪謀自息矣。於我內地頗覺有益。朕偶然見及於此，非欲必行其事，爾等切勿勉強遵承，以求符朕旨為念，當徐徐斟酌，詳議具奏可也。
就這個問題詳述自己意見，不作結論，然後要臣工討論。
至於改土歸流，雍正起始並不贊成，他於二年（1724年）在廣西巡撫李紱的奏折上批云：
土官相襲已久，若一旦無故奪其職守，改土為流，誰不驚疑？
李紱服膺主子的見解，上奏折表態，雍正又批道：
斟酌處頗為合宜，諸凡總在爾等封疆大吏審擇中道而行也。
三年，貴州提督馬會伯奏請對苗民用兵，以推行改土歸流，雍正讓他同雲南巡撫管雲貴總督事鄂爾泰商討，朱批說：
黔屬仲苗之凶悍及從前地方官之姑息因循，皆朕所悉知，覽所奏數條，雖屬有理，然不可輕舉妄動。鄂爾泰愖重明敏，實心為國人也，諸凡與之詳細商酌而行。
這時署理貴州巡撫石禮哈亦欲用兵，雍正內心贊同他們的意見，但怕他們少年魯莽，把事物辦壞，故而壓住了。不久，何世琪出任黔撫，折奏主張招撫，雍正內心不以為然，但亦允許他實行，然而不見效驗。四年四月，鄂爾泰折請貴州用兵，雍正大加讚賞，朱批寫道：
前者馬會伯奏到，朕恐其猛浪，後見何世琪之奏，朕又恐其怯懦因循，正在憂疑，覽汝此奏，朕始寬懷，量爾料理必得事情之中也。事定之時，應具本題奏，當以軍功賞敘。石禮哈已調用廣州將軍，因汝此奏，覆命其暫停往粵，俟料理此事畢，再赴新任矣。
至此決定強力推行改土歸流。這是幾年間持有不同意見的君臣往復磋商的結果，就中，雍正從對苗民事務的不熟悉，主意不定，到把握實情，作出裁斷，是他吸收臣下意見的過程，所以這種奏折，便於君臣商討事務，決定政策措施。
河工的問題，雍正亦通過河臣的奏折進行探討，決定行止。李紱曾向雍正當面提出疏浚淮揚運河的建議，雍正覺得有些道理，命他與河道總督齊蘇勒商酌，齊以工程浩大，不敢輕定，擬於實地考察之後，再提出具體意見。他的奏折上呈後，雍正朱批：
朕命李紱來傳諭旨，不過令爾得知有此一論，細細再為斟酌，並不為其所奏必可行也。大率河官惟希望興舉工程，爾屬員多不可信。況此事關係甚大，豈可猛浪，若徒勞無益，而反有害，不但虛耗錢糧，抑且為千古笑柄。倘果於國計民生有益，亦不可畏難而中止，總在爾詳悉籌畫妥確，將始終利益通盤打算定時，備細一一奏聞。並非目下急務，尤非輕舉妄動之事也。
李紱的建議是否可行，雍正說的全是活話，他並非為推卸己責，事成則居乾斷之功，事敗則推諉臣下，而是要大家商量，他則從中考慮。即如治黃專家靳輔的兒子靳治豫奏稱滾水壩無益，減水壩有利，雍正說自己“實未洞徹”其利弊，而“河務關係甚大，不便自立主意”。因將靳治豫打發到齊蘇勒處，命他們“悉心通盤打算，酌量為之”。有一官員折陳河工備料的弊端，雍正匿去撰折人姓名，將折轉發齊蘇勒，命其“盡心籌畫”，齊蘇勒遵旨陳奏事情原委，雍正覽後朱批：“所奏是當之至，朕原甚不然其說，但既有此論，其中或不無些少裨益，所以詢汝者，此意耳。今覽爾奏，朕洞徹矣”。河工事務複雜，學問甚大，雍正早年雖曾隨侍康熙南巡視察河工，參與過永定河工程，但畢竟不是身任其事，瞭解有限，登極後要拿主意，又不能魯莽蠻幹，自認知識有限，多方考察，臣工奏折就成為他考慮決策的一種材料。上述與齊蘇勒商議的幾件事，都被否定了，也是處決了政事。雍正君臣利用奏折籌商政務，雖鉅細非一，行否不定，但卻是奏折的重要內容。
奏折的其他內容，雍正在寧夏道鄂昌奏謝允其奏折言事的折子後寫了一篇六七百字的長諭，講敘極其詳明，他寫道：
今許汝等下僚亦得折奏者，不過欲廣耳目之意。於汝責任外，一切地方之利弊，通省吏治之勤惰，上司孰公孰私，屬員某優某劣，營伍是否整飭，雨暘果否時若，百姓之生計若何，風俗之淳澆奚似，即鄰近遠省，以及都門內外，凡有駭人聽聞之事，不必待真知灼見，悉可以風聞入告也。只須於奏中將有無確據，抑或偶爾風聞之外，分析陳明，以便朕更加採訪，得其實情，汝等既非本所管轄，欲求真知灼見而不可得，所奏縱有謬誤失實，斷不加責。
雍正要瞭解的情況較多，有地方政事的好壞，地方官的勤惰優劣，大吏待屬員是否公正或徇私，軍隊的訓練和紀律，水旱和農業生產，百姓的生活和風俗以及本省和外地的重大事情，概括起來，不外兩條，即地方吏治和民情，可以說它們分別是奏折的第二項、第三項內容。
雍正用奏折考察地方吏治，從他的實踐看，著重點是在對地方官吏的察核。當李衛任雲南鹽驛道時，雍正在雲南永北鎮總兵馬會伯奏折上批道：“近聞李衛行事狂縱，操守亦不如前，果然否？一毫不可瞻顧情面及存酬恩報怨之心，據實奏聞”。這是調查李衛。待其任浙江巡撫時，雍正在他的奏折上批示說：對新任黃巖鎮總兵董一隆的優劣所知不多，“於伊蒞任後，其細加察訪，密奏以聞”。雍正派大理寺卿性桂赴浙江清查倉儲錢糧，要他到浙後，“凡有風聞之事，即行密奏”。性桂到任後報告杭州將軍鄂彌達與李衛的隔閡。田文鏡也折奏，說李衛是“當世之賢員，所謂難能而可貴者也”，但“馭吏繩尺未免稍疏，振肅規模未免少檢，則於大僚之體有未全，於皇上任使之意亦有所未付”。以“模範督撫”李衛來講，他密奏別人，別人也密查他。當雍正派李紱為廣西巡撫時，李正得寵信，然在他赴任之際，命原廣西署撫、提督韓良輔“細訪其吏治，密奏朕知”。雍正要重慶總兵任國榮留心文武官聲名，他於七年六月折奏：四川學政宋在詩“公而且明，聲名甚好”。川東道陸賜書“辦事細心，人去得”。永寧道劉嵩齡“人明白，身子甚弱。”永寧協副將張英“聲名平常”，漳臘營游擊張朝良“操守廉潔，諳練營伍，但不識字”。雍正對這些人分別給了批語：“謹愖自守，小才器”；“為人老成，才情未能倜儻”；“觀其人甚有長進，於引見時不似有病，為何如此？”“原系甚平常人，且有孟浪多事之疵”；“其人優劣，前此未知”。湖南布政使朱綱深受雍正信任，亦同樣受人考察。雍正在湘撫王朝恩奏折上批示：“朱綱行止，輿論不一，依朕觀之，似欲速成者，然否？據實奏來。密之！”而在此以前是讓朱綱訪查他的頂頭上司王朝恩——在朱綱的二年九月初五日的奏折上批語講其引見王朝恩的印象：“觀其為人於地方吏治頗為諳練，但才具微覺狹小”，“汝其事事留意，看其居心行事，倘少有不妥處，密奏以聞。”又怕他有顧慮，指示說：“如稍隱匿，不以實告，欺蔽之咎，汝難辭也”。雍正對親信和非親信，瞭解的或不甚瞭解的，都令臣下互相監察，文員武弁，上下級之間，中央差遣人員和地方官員都在互相進行。文武不同途，互察出了正常範圍。上級監督下級，本是應有職責，但又要密訪密奏，就不全是正常的考核了。中央特差人員只解決專門問題，報告地方吏治，則是額外的事情。屬員向皇帝匯報主官的事，是不正常的，而雍正很重視這類報告，他要鄂昌奏述“上司孰公孰私”即指此。
對於地方上紳民的情況，雍正甚為關切，希望從奏折中獲得確實消息。六年三月，蘇州織造李秉忠奏報蘇州春雨調和，油菜、小麥長勢良好，物價平穩，小民樂業，雍正批道：“覽雨水調和情形深慰朕懷，凡如此等之奏，務須一一據實入告，毋得絲毫隱飾。”“蘇州地當孔道，為四方輻輳之所，其來往官員暨經過商賈，或遇有關係之事，亦應留心體訪明白，密奏以聞”。同年，雍正在廣西學政衛昌績的奏折上批示：“地方上所聞所見，何不乘便奏聞耶？”衛昌績隨即應詔折奏：“粵西風俗之惡薄有宜整齊者，紳士之強橫有宜約束者。”使雍正獲知該省百姓畏“鄉紳如虎，畏士子如狼，故俗有‘舉人閣老，秀才尚書’之語，其畏官長也不如畏紳士，故俗有‘官如河水流，紳衿石頭在’之語”。七年，署理直隸總督劉於義折奏：趙州隆平縣民李思義等妄稱跪拜太陽可以攘災避難，接受信徒，騙取錢財，然並無黨羽，請將李思義發遣邊疆，餘眾枷責。雍正同意，但指出折中未言及李到發遣地後的管束問題，命作題本時添敘明白。兩廣總督孔毓珣等奏報廣東龍門營千總劉貴於巡查中捕人，遭遇搶犯，被殺身死，業已將攔截者抓獲，題請正法，並請治疏忽之罪。雍正朱批：“地方上凡遇此等事件，但要據實奏聞，何罪之有？若隱諱支飾，則反獲罪於朕矣！”就是這些奏折，使雍正及時地掌握了各地方的民風習俗、生產生活和治吏情況。
討論用人問題和宣佈對官員的任使，也是奏折的一項內容，也即第四個內容了。四年（1726年）八月，鄂爾泰折奏滇黔兩省大小文武各官的情況，雍正作了長篇批語：
治天下惟以用人為本，其餘皆枝葉事耳。覽汝所論之文武大吏以至於微弁，就朕所知者，甚合朕意。……覽卿之奏，非大公不能如是，非注意留神為國得人不能如是，非虛明覺照不能如是，朕實嘉之。但所見如是，仍必明試以功，臨事經驗，方可信任，即經歷幾事，亦只可信其已往，猶當留意觀其將來，萬不可信其必不改移也。
他很明確，用人是為政的根本大事，而觀察人，是看其實踐，看他的變化。他自己要掌握這個方法，還要通過朱批讓大臣運用這個法則。
雍正利用朱批啟示官員如何做人和任職。田文鏡剛被提拔為河南巡撫，感恩圖報心切，會急躁辦壞事，雍正顧慮及此，在其奏折中朱批：“豫撫之任，汝優為之。但天下事過猶不及，適中為貴，朕不慮不及，反恐報效心切，或失之少過耳”。在另一個折子上，就田文鏡處理一事不妥善，批示說：“大凡臨事，最忌猶豫，尤不宜迎合，設一味揣摩遷就，反致乖忤本意。……今後勿更如是游移無定，隨時變轉，始於身任封疆重寄，臨大節而不可奪之義相符也，切記勿忘”。讓他不要迎合，正確理解皇帝意圖，方是大臣立足的根基。這是針對具體人、事而發，此類事例很多，如在李秉忠的一個折子上批道：“今將爾調任蘇州織造矣。勉力供職，惟當以顧惜顏面為務”。另一折上批云：“竭力保全顏面，莫負朕任用之恩，但爾等包衣下賤習氣，率多以欺隱為務，每見小利而不顧品行，辜恩者不一其人，即爾奏中失公失愖之語，朕亦未能遽信，試勉力行與朕看”。
官員之間，特別是平級的，只有和衷共濟，才能理好政事，雍正常以此考查和啟示臣下。在李衛的敘及鄂彌達赴京陛見、希望令其早日回任的奏折上，雍正批道：“盡心奉職之人，同城共事，焉有不彼此相惜之理，鄂彌達於駐防武臣中論，實一好將軍，汝今奏伊約束駐兵之長，伊在朕前極口贊服汝之勤敏，亦出公誠。朕覽之甚為欣悅，如是方好”。禪濟布與丁士一同為巡視台灣御史，在他們的奏折上，雍正指示說：“和衷二字最為官箴之要，倘有意見不同處，秉公據實密奏，不可匿怨而友，尤不可徇友誤公”。不怕有不同的政見，問題在於秉公辦理，這樣的批示是正確的。
雍正用奏折表彰或訓飭一些官員。元年四月江南提督高其位的請安折，雍正批道：“覽高其位此奏，字句之外，實有一片愛君之心，發乎至誠，非泛泛虛文可比，朕觀之不覺淚落，該部傳諭嘉獎之，以表其誠”。雍正在朱批中要領旨人向“模範官吏”傚法，他寫：“魯論雲擇善而從，何不努力傚法李衛、鄂爾泰、田文鏡三人耶？內外臣工不肯似其居心行事之故，朕殊不解。若不能如三人之行為，而冀朕如三人之信任，不可得也。亟宜殫心竭力黽勉盡職。”雍正在朱批中訓斥臣下，非常嚴厲。楊名時奏折論因循干譽，雍正於行間批云：“人為流俗所漸染，每苦不自知，然所謂漸染者，不過沽名矯廉之習，其病本輕而可治，無如身既為流俗所染，而反泥古自信，認古之非者為是，則病入膏肓，難以救藥也。”“一切姑聽朕之訓示，反躬內省，有則改之，無則加勉，不必簧鼓唇吻，掉弄機鋒也。”最後作總批：“朕因欲汝洞悉朕之居心，故走筆而諭，不覺言之纚迤而繁也”。指責楊名時犯了沽名釣譽的毛病。
雍正借用奏折評論人物，並決定或宣佈官員的取捨任用。李衛奏折稱仁和知縣紀逯宜“過於拘禁”，不能勝繁劇之任。候補官朱永齡如上諭所說，人去得，確係誠實勤慎，但因系北方人，不熟習南方情況，恐怕難於承擔仁和縣重任。此外還論到浙江知縣張坦熊、雲南知州張坦驄、知州張坦讓的居官情形。雍正則向他評論新發往浙江的袁皞與申成章二人。
雍正時或命人轉傳諭旨，又謂傳錯了，用朱批諭旨改過來。福建按察使劉藩長向布政使潘體豐傳達諭旨，謂：“潘體豐人草率，亦鹵莽，因他在那裡搖搖不定，朕也拿不住他。”潘聽後慌懼上折，轉述劉言，雍正閱後，說是被劉弄錯混傳了，將之改正為“潘體豐系朕物色之人，但涉與草率，辦事亦鹵莽，因他主見尚在搖搖未定，朕亦未之確許，命他堅定志向，以精詳和平自勉”。
雍正在朱批中對官員的除陟降調先打招呼，預告本人，或他的主官。如在江蘇崇明總兵官李燦九年（1731年）十月初一日奏折上朱批宣佈：“今命爾署理浙江總督印務，須當竭力黽勉”。七年八月，廣東瓊州總兵官施廷專奏報香山澳洋船遭風事，雍正批云：“今已調爾離瓊，該鎮地方一切總與爾無涉矣。”
雍正對奏折的批諭，具有很強的針對性，往往因人而異，有的事相近，而批語卻大不一樣。他為此在關於《朱批諭旨》一書的上諭中特作說明：
至其中有兩奏事，而朕之批示迥乎不同者，此則因人而施，量材而教，嚴急者導之以寬和，優柔者濟之以剛毅，過者裁之，不及者引之，並非逞一時之胸臆，信筆旨畫，前後矛盾，讀者當體朕苦心也。
有些事有特別的機密性，雍正通過朱批諭旨下達命令，這可以說是奏折的又一項內容。查嗣庭案發，雍正在李衛奏折上批示，要杭州將軍鄂彌達委派副都統傅森、李衛選派可信屬官一同星速馳去抄查嗣庭的家。這是亟待執行的絕密命令，不走頒布正式公文的渠道，避免被查抄人獲知消息，先行準備，破壞抄檢，這樣，通過奏折途徑保證秘密不至洩露。
奏折內容，包羅廣泛，既然涉及政策的制定和執行，涉及官員的取捨，不要說那些絕密事件的貫徹，就是這些政治事務，也決定了它的保密性。雍正一再以此要求具折人，在命鄂昌書寫奏折的朱批上說：“密之一字，最為緊要，不可令一人知之，即汝叔鄂爾泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挾制上司，凌人舞弊，少存私意於其間，豈但非榮事，反為取禍之捷徑也”。對禪濟布的奏折，雍正於保密問題說得極透徹：“至於密折奏聞之事，在朕斟酌，偶一宣露則可，在爾既非露章，惟以審密不洩為要，否則大不利於爾，而亦無益於國事也。其凜遵毋忽”。又向李秉忠說：“地方上事件，從未見爾陳奏一次，此後亦當留心訪詢；但須慎密，毋借此作威福於人，若不能密，不如不奏也”。不能保密，就不要上奏折，保密與奏折完全一致，保密是寫作奏折的前提條件。這是要求具折人不要聲揚文件內容，同時要求領受朱批諭旨的人保守朱批的機密，不得轉告他人，更不能交他人觀看，只有雍正特別指令告訴某有關人員時，才令其閱讀，或轉傳諭旨精神，若私相傳述，即使保密性較小的內容，也是非法的。如原甘肅提督路振聲將朱批中對其弟固原提督路振揚的褒語抄告乃弟，路振揚又因此上折謝恩，雍正就此指出：“朕有旨，一切密諭，非奉旨通知，不許傳告一人，今路振聲公然將朕批諭抄錄，宣示於爾，甚屬不合，朕已另諭申飭。可見爾等武夫粗率，不達事體也”。雍正嚴格要求大小臣工保守奏折內容和朱批的機密，特別是對小臣，教導不厭其煩，並以洩密對他們不利相威脅。他考慮到小臣得此榮寵，容易擅作威福，挾制上司和同僚，造成官僚間互相猜忌，政治混亂，對國事不利。
對於不遵守奏折機密的人，雍正採取了必要的懲罰措施。雍正初年，封疆大吏多半派親屬或親信在京，拆看奏折，為的是他們瞭解朝中情況，看此奏折合否時宜，有無罣礙，決定上奏與否，對於皇帝的朱批，他們也先行閱視，以便早做料理和應付。二年（1724年），雍正發現了浙閩總督覺羅滿保、山西巡撫諾岷、江蘇布政使鄂爾泰、雲南巡撫楊名時等人的這種情況，決定停止他們書寫奏折的權力，以示懲罰。這樣一來，需要同皇帝商酌的事不好辦了，楊名時等為此承認錯誤，請求恢復他們的密奏權，雍正也從政事出發允許了。沒有處分路振聲，乃因他是武人，不知書。看來對這類具折人要求低一些。
雍正知道，制裁不能成為主要手段，重要是制定奏折保密制度。他採取了四項措施：一是收回朱批奏折。雍正即位的當月，命令內外官員上交康熙朱批、朱諭的上諭中，又規定：“嗣後朕親批密旨，亦著交進，不得抄寫存留”。此後定制，奏折人在得到朱批諭旨的一定時期後，將原折及朱批一併上交，於宮中保存，本人不得抄存留底。奏折中的朱批，亦不得寫入題本，作為奏事的依據。楊名時有一次把朱批敘入本章，暴露了機密，雍正指責他是有意這樣辦，以證明他過去洩露朱批沒有罪。二是打造奏折專用箱鎖。雍正於內廷特製皮匣，配備鎖鑰，發給具奏官員，凡有奏折，均裝匣內，差專人送至京城。鑰匙備有兩份，一給奏折人，一執於皇帝手中，這樣只有具折人和皇帝二人能夠開匣，別人不能也不敢私開。為具折人不斷書寫奏折的需要，奏匣每員發數個，一般為四個，它只作傳遞奏折用，凡所上奏折只能用它封裝，否則內廷亦不接受。廣（州）〔東〕巡撫常賚的奏匣被賊盜去，只得借用廣東將軍石禮哈的奏匣，不敢仿製。三是奏折直送內廷。奏折由地方送至北京，不同於題本投遞辦法，不送通政司轉呈，若是督撫的折子，直接送到內廷的乾清門，交內奏事處太監徑呈皇帝；其他地方官的奏折不能直送宮門，交由雍正指定的王大臣轉呈。雍正說若小臣徑赴宮門送折，不成體統，其實他是為具折的小臣保密，不使人知道除了方面大員以外有一些什麼人能上折子。被指定轉傳奏折的人，有怡親王允祥、尚書隆科多、大學士張廷玉、蔣廷錫等人，如趙向奎、鄂昌的奏折送怡親王府，潘體豐、王溯維的交張廷玉，呂耀曾的交蔣廷錫，朱綱的交隆科多。邊遠地區的小臣，還有送交巡撫代呈的，如雍正命廣西右江道喬於瀛將奏折交巡撫李紱或提督韓良輔轉送。轉呈的王大臣都是雍正的親信，他們只是代轉，亦不得拆看，具折人也不向代呈人說明奏折內容，如朱綱一再在奏折中保證所奏內容絕對秘密，連隆科多“亦不敢令聞知一字”。四是雍正親自閱看，不假手於人。折子到了內廷，雍正一人開閱，寫朱批，不要任何人員參與此事。他說：“各省文武官員之奏折，一日之間，嘗至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕親自覽閱批發，從無留滯，無一人讚襄於左右，不但宮中無檔可查，亦並無專司其事之人”。由於他要專斷，以及奏折的保密性，不會讓他人與聞，他在這裡所說的是實際情況。雍正批閱以後，一般折子轉回到具折人手中，以便他們遵循朱批諭旨辦事，有少量折子所敘問題，雍正一時拿不定主意，就將它留中，待到有了成熟意見再批發下去。
關於奏折制度的作用，雍正作過說明。他在《朱批諭旨·卷首上諭》中寫道：
（朕）受皇考聖祖仁皇帝付託之重，臨御寰區，惟日孜孜，勤求治理，以為敷政寧人之本，然耳目不廣，見聞未周，何以宣達下情，洞悉庶務，而訓導未切，誥誡未詳，又何以使臣工共知朕心，相率而遵道遵路，以繼治平之政績，是以內外臣工皆令其具折奏事，以廣諮取，其中確有可采者，即見諸施行，而介在兩可者，則或敕交部議，或密諭督撫酌奪奏聞。其有應行指示開導及戒勉懲儆者，則因彼之敷陳，發朕之訓諭，每折或手批數十言，或數百言，且有多至千言者，皆出一己之見，未敢言其必當，然而教人為善，戒人為非，示以安民察吏之方，訓以正德厚生之要，曉以福善禍淫之理，勉以存誠去偽之功，往復周詳，連篇累牘，其大指不過如是，亦既殫竭苦心矣。
他把朱批奏折的作用歸結為兩點：一是通上下之情，以便施政；二是啟示臣工，以利其從政。他說的有一定道理，但是並不透徹，他每日看幾十封奏折，書寫千百言批語，對其作用自然清晰，不過有的話他不便明說，故未談及。其實奏折制度的作用，可以概括為如下三點：
第一，皇帝直接處理庶務，強化其專斷權力。
明朝初年，朱元璋廢中書省，罷丞相，由皇帝親領庶務，皇權最重。迨後內閣制形成，它的票擬權使大學士握有一定的宰輔權力。清初承明之制，又有議政王大臣會議，都分散一部分皇帝權力。康熙致力於強化皇權，設南書房，用一部分職位低的文人協助議政，用少數人寫告密文書的奏折，加強了對下情的瞭解。雍正比乃父又跨進一大步，使奏折成為正式官文書，一切比較重大的事情，官員都先通過奏折請示皇帝，而這種奏折既不通過內閣所屬的通政司轉呈，皇帝的批示完全出自御撰，不需要同內閣大臣商討，這樣奏折文書由皇帝親自處理，部分剝奪了內閣票擬權，即把內閣拋在一邊了。雍正時內閣中書葉鳳毛說：“國朝擬旨有定例，內外大臣言官奏折，則直達御前；天子親筆批答，閣臣不得與聞”，正是說的奏折制下的情況。《四庫全書總目》亦云：“自增用奏折以後，皆高居紫極，親御丹毫，在廷之臣，一詞莫贊，即《朱批諭旨》是也”。雍正中期又設立作為纂述轉達機構的軍機處，代行內閣職權，這就使皇權如同朱元璋時代，真正是“庶務事皆朝廷總之”了。內閣職能削弱的同時，封疆大吏的職權也有所下降，稍微大一點的地方事情，都要上奏折請示，秉承皇帝旨意辦理，他們成為皇帝的膀臂，由中樞神經來支配，使中央與地方真正融成一體，在皇帝絕對統治下行施國家機構的職能。章學誠曾就讀《朱批諭旨》的感受說：“彼時以督撫之威嚴，至不能彈一執法縣令、詈誤之吏，但使操持可信，大吏雖欲擠之死，而皇覽能燭其微。愚嘗讀《朱批諭旨》，而歎當時清節孤直之臣遭逢如此，雖使感激殺身，亦不足為報也。”說明當時政令確係出自雍正。奏折制度不僅加強了皇權，還為皇帝行施至高無上的權力提供必要的條件。各種不同身份官員反映各種社會問題的奏折，使皇帝瞭解情況，洞悉下情，為制定政策、任用官員提供了較為可靠的根據。奏折文書含有互相通訊的意思，君臣間在私下討論一些問題，君主不懂的事情可以詢問臣下，從而增長見識，有利於決策，也即有利於君主集權。
第二，討論並決定新政策，成為推行雍正政治的工具。奏折文書的制度化，除反映強化皇權的共性外，還體現了雍正的特殊要求。雍正登極，立志改革，他的大政，也即他所說的“機密緊要之事”，通過奏折和朱批諭旨的往復討論，迅速決定下來，又利用這種文書，指導和監督它的實行。這些，前述奏折的內容已經說明，這裡不再複述。要之，雍正把奏折利用為推行其革新政治的一種工具。他那些重大改制的完成，原因是多方面的，他在實行耗羨歸公、攤丁入糧、改土歸流等重大政策的同時，實行的奏折制度，促使了這些改革的實現。關於這個問題，楊啟樵在《雍正帝及其密折制度研究》一書中認為，密折制是雍正推行政治的主要手段，筆者雖不完全贊同，但這確係有識之見，在很大程度上反映了奏折制度實行的意義。凡是推行改革政策，必須雷厲風行，講求高效率。奏折制度，使臣下奏議“無不立達御前”，這是免去中間的轉呈機關的必然結果。奏折迅速遞到雍正手中，他又勤於政事，挑燈閱覽，立刻批示，該執行的馬上付諸實施，從而大大提高行政效率，促進改革政治的實現。
第三，考察整飭地方吏治，是控制官員的一種手段。康熙間的儲位鬥爭及其在雍正初年的延續，造成雍正瞭解官民動向的迫切性，增強對官僚控制力的迫切性。秘密奏折制度，在官僚的職責範圍以外，使他們互相告密，迫使他們彼此監督，各存戒心，不敢放膽妄為，不敢擅權，因而對雍正更存畏懼之心，做忠順的奴才，而雍正則可從奏折中窺見臣下的思想、心術以至隱衷，因之予以鼓勵和教誨，這樣多方聯絡，上下通情，就能在更大程度上控制臣下。
奏折制度，就其密察官員講，也是一種告密制度。告密，是一般人所反對的，因為這是不正當的。康熙初行奏折，具折人少，保密程度也高，沒有引起多大反響。雍正推廣奏折制，就出現反對勢力了。他在責備楊名時將奏折朱批敘入題本時，說楊犯錯的根本原因，是“其心中以為不當有密奏密批之事耳”。透露出不滿奏折制度的力量的存在。他死後一個多月，謝濟世代替伯爵欽拜書寫《論開言路疏》，提出“欲收開言路之利，且先除開言路之弊”的呼籲，而所謂言路之弊就是奏折告密。疏中說：“告密之例，小人多以此讒害君子，首告者不知主名，被告者無由申訴，上下相忌，君臣相疑。”因此“請自今除軍機處，皆用露章，不許密奏”。謝濟世和欽拜的發難，是乘雍正之喪，代表反對奏折制的勢力要求取消這一制度。據說該疏得到乾隆的首肯，然而新君實際堅持實行奏折制，並於十二年停止奏本的使用，進一步肯定了奏折制度。總而言之，奏折制度下官員互相告密，使他們本身具有特務性質，但這種制度把官員秘密言事變為做官的職能，變為本職工作的一部分，他們不是專業的特務，把特務的職任寓於一般官職之中了，這是奏折制下官僚政治的一個特點，因此，雍正政治不宜於視為特務橫行的政治。
說到告密，雍正有時不忌諱，而關於這方面的傳說又很多，不妨在這裡一敘。雍正自云：“朕勵精圖治，耳目甚廣”。他所說的耳目，包括科道言官，奏折撰寫人，另外還有不同類型的人。被他引見的官員，必須上條奏，其中有官員狀況及吏治的內容，這是一種人。另一種是發往督撫處試用後補的侍衛，如派侍衛王守國等六人到直隸總督李紱身邊，又如把侍衛派到年羹堯處，被年用作擺隊，引起他的惱火。這些侍衛賦有瞭解該地官民情況的職責，如年羹堯調離陝西時，雍正要掌握他赴浙江的沿途情況，指示田文鏡調查，田即派分發豫省試用的侍衛白琦去跟蹤，用皇帝的耳目去察看，雍正當然相信，田文鏡確係老吏多謀，然亦表明赴各省的侍衛的特務性質。還有一種是臨時派員到指定地區密訪。八年（1730年），雍正派御史嚴瑞龍和旗人安某到江南、江西辦事，又命他們順路到浙江，“密訪吏治民風，沿海戰船營汛。”嚴瑞龍去過浙江後，又托其四川同鄉、原任河工通判張鵬飛代為留心暗察。李衛報告這件事，雍正避開嚴瑞龍、安某不談，說早知道張鵬飛愛招搖生事，已令江蘇巡撫尹繼善查拿了。又說即位以來，“並無一次差人密訪之事”，今後若有人稱密訪者，“督撫即拿之，參之”。說得很凶，並沒有從嚴、安、張開始究處，可見這是欺人之談，由他派出是實。密訪人種類也多，有的情況因資料語焉不詳弄不清楚了，但他們干密察勾當則是明確的，如《嘯亭雜錄》記有數事：一官入都引見，購置新帽子，為熟人所見，告知其故，次日引見時，免冠謝恩，雍正笑著說：小心，不要弄髒你的新帽子。就是說置帽當天已有人報告了。鼎甲出身的官僚王雲錦於新年休沐日在家與友好耍葉子戲，忽然丟掉一張，一天上朝，雍正問他元旦幹什麼了，王從實回奏，雍正對他的誠實很高興，說細事不欺君，不愧為狀元郎。隨著從袖中把葉子拿出來給他。昭槤還記一事：王士俊離京赴任，張廷玉向他推薦一名長隨，此人供役也很勤謹，後來王士俊要入京陛見，他先告辭，王問為什麼要走，他說：我跟你數年，看你沒有大錯，先進京見皇帝，報告你的情況。其後知道這個人是侍衛，是雍正通過張廷玉安置到王士俊身邊監視他的。還有記載說田文鏡的幕客烏思道是雍正派的暗探，故烏對田要挾高價，不許變更他草擬的奏折，田對他言聽計從，參揭隆科多，因而更得到雍正信任，及至對烏尊禮不足，烏不給書寫奏折，田就失寵，只好又貴待他。還有記載說雍正私訪，某年除夕夜，小吏蘭某在衙門值宿，突然一個偉男子進來，問何不回家過年，回說別人都走了，怕有事要辦，故留下了，於是二人對飲，問蘭有何慾望，答願得廣東河泊所。迨後雍正坐朝，問廣東有何稅務官缺，命以蘭某補用。這些說法近於演義，不實成分很多，有的根本不是那麼回事，如烏思道事，李紱奏參田文鏡疏，說烏是張球向田推薦的，田自雲與烏是舊相識。更重要的是謂田因烏而寵有盛衰，與田之始終得寵的實際不相合，可見是後人編造。話說回來，雍正用了一些密探，當是事實。
雍正用耳目是為獲得真實情況，又知道耳目有時蒙蔽人，反倒得不到實情，所以對他們也非絕對信任。四川巡撫憲德上任之初，苦於無耳目，不瞭解情況，並以此上奏折，雍正批道：
耳目見聞之論，朕殊不以為然。若能用耳目，即道路之人皆可為我之耳目，否則左右前後無非蔽明塞聽之輩。偏用一二人，寄以心腹，非善策也。朕御極之初，實一人不識，然彼時之耳目甚公且確；近數年來股肱心膂大臣多矣，而耳目較前反似不及。訪察二字，不被人所愚弄甚屬難事，至於用耳目，惟宜於新。勉之，慎之！古雲聽言當以理察於博采廣諮中，要須平情酌理，辨別真偽，方可以言用耳目也。
說不用耳目是瞎話，但他深知用耳目有利有弊，要善於利用他們，要能夠識別真假，獲得真知灼見。是用耳目，而不是為耳目所用，這是他區別於一般平庸君主的地方。
奏折制度是一種文書制度，它的確立，不像某個官衙的設置，似乎是無形的，其實，它的影響之大，遠遠超出一般衙門的興廢，它涉及君臣間權力的分配，皇帝政令的施行，是官僚政治上的重大變化。雍正的這方面的活動，值得研究。日本學者在20世紀50年代，舉辦《朱批諭旨》研讀班，延續十幾年，極其看重這批歷史文獻，並有不少研究成果問世，是可喜的事情。
第三節 設立軍機處與皇帝綜理庶務
雍正即位一週年之際，說“國家政治，皆皇考所遺，朕年尚壯，爾等大學士所應為之事，尚可勉力代理，爾等安樂怡養，心力無耗，得以延年益壽，是亦朕之惠也”。他的代行臣下之事，除朱批奏折外，就是設立軍機處，直接處理庶務。
七年（1729年），雍正開始對準噶爾策妄阿拉布坦用兵。為了這場戰爭的順利進行，他採取了許多措施，設立軍機處，便為其中的一項。六月，雍正發出上諭：“兩路軍機，朕籌算者久矣。其軍需一應事宜，交與怡親王、大學士張廷玉、蔣廷錫密為辦理”。表明至遲在這時正式建立軍機房，派允祥、張廷玉等主持其事。
雍正究竟於哪一年設立這個機構，載籍所示不一，有七年、八年、十年諸說，其實是可以統一的。王昶在《軍機處題名記》一文中說：“雍正七年青海軍事興，始設軍機房，領以親王大臣”。他於乾隆前期即為軍機章京多年，所說軍機房設於雍正七年具有權威性。嘉慶末年梁章鉅亦充任軍機章京，他說：“自雍正庚戌（八年）設立軍機處，迨茲九十餘年”云云，認為軍機處建立於雍正八年。迨後，吳振棫不知所從，含糊地說：“雍正七八年間，以西北兩路用兵，設軍機房”。但是他在說到軍機處官員軍機章京准懸朝珠一事時，又說這是“自雍正七年始”，這就又肯定為雍正七年了。《清史稿》的記載，在《職官志》和《軍機大臣年表》兩處自相矛盾，年表處列軍機大臣自七年始，而《職官志》則說：“雍正十年，用兵西北，慮儤值者洩機密，始設軍機房，後改軍機處”。它的誤失很大，然亦有原因。十年（1732年）春，雍正命大學士等議定軍機處的印信，三月初三日，大學士等擬議印文用“辦理軍機印信”字樣，雍正同意，命交禮部鑄造，制得歸軍機處，派專員管理，並將印文通知各省及西北兩路軍營。不久，印信改由內奏事處保管，軍機處使用時請出。由上述諸說可知，雍正設立軍機處，經歷一個過程，即七年置軍機房，八年改名辦理軍機處（軍機處），十年鑄造關防，這是這一機構不斷完善和成為定制的過程。雍正死，乾隆守喪期間，把它改名總理處，諒陰畢，復名軍機處，後來這個機構堅持到清末，所以說雍正創立軍機處，成為清朝一代的制度。
軍機處設有軍機大臣，雍正從大學士、尚書、侍郎等官員中指定充任，人數不限，正式稱呼是“軍機處大臣上行走”、“軍機大臣上學習行走”，統稱“辦理軍機大臣”，“軍機大臣”則是它的簡稱了。它是軍機處的主官，下屬有軍機章京，雍正時也沒有定員，由內閣、翰林院、六部、理藩院、議政處等衙門官員中選擇充任，他們負責滿、漢、蒙古諸種文字工作。
軍機處要辦理機密緊急事務，辦公地點必然要靠近寢宮，尤近於雍正日常起居辦公的養心殿，如此則聯絡方便，而不能像內閣在太和門外。據王昶記錄，軍機值房最初設在乾清門外西邊，旋遷於乾清門內，與南書房相鄰，後來移到隆宗門的西面。無論是在乾清門內或門外，都離雍正寢宮養心殿很近，聯繫較便捷。雍正初設軍機處時，它的房舍是用木板蓋成，乾隆初年才改成瓦房，建築很不講究。
軍機處只有值房，沒有正式衙門，有軍機大臣和軍機章京，但他們都因有別的官職，派充的軍機處職務；軍機大臣不是專職，本職事務仍照常辦理；軍機章京以此為職責，但仍屬原衙門的編制，佔其缺額，升轉也在原衙門進行，因此王昶說軍機處“無公署，大小無專官”。
軍機處這樣聞名後世的機構，原來是這樣子的，所以它問世後的一段時間內，沒有被人們承認為正式衙門。即如最早擔任軍機大臣的張廷玉，乾隆中自陳履歷，備言他歷任各種官職和世爵，以及臨時性的差使，唯獨沒有提到擔任軍機大臣的事。乾隆五十年前後纂修成功的《清朝通典》、《清朝通志》、《清朝文獻通考》等官書，也沒有把軍機處作為正式衙署看待。軍機處成立了，人們還沒有充分意識到它的重要性，這是由它沒有官署和專職人員的特點所決定的。
軍機處的職掌是，面奉諭旨，書成文字，並予轉發。雍正每天召見軍機大臣，形成一套制度，其詳細情況，記載缺略，不得而知。稍後的情形是，每天寅時（3—5點），軍機大臣、章京進入值房，辰時（7—9點），皇帝召見，或有緊要事務，提前召見。每天見面一次，有時幾次。退出後，軍機大臣書寫文件。雍正勤政，估計他召見軍機大臣的時間不會晚，次數不會少。當雍正即位之初，辦理康熙喪事，特命吏部左侍郎張廷玉協辦翰林院文章之事，那時，“凡有詔旨，則命廷玉入內，口授大意，或於御前伏地以書，或隔簾授幾，稿就即呈御覽，每日不下十數次”。由於撰寫諭旨的需要，每日召見多至十幾次，這當然不是張廷玉後來軍機大臣任上的情況，但它卻是日後雍正召見軍機大臣，指授區劃的預演。及至張廷玉為軍機大臣時，“西北兩路用兵，內直自朝至暮，間有一二鼓者”。八九年間，雍正身體不好，“凡有密旨，悉以諭之”。這時，張廷玉可能是在圓明園內軍機處值房中工作，雍正不分晝夜地召見，以至張廷玉一二更後才返回住宅。在鄂爾泰入閣以前，張廷玉是雍正最親近的朝臣，他的繁忙比一般官僚又不同，不過他的每日頻被召見，則還是反映了軍機大臣的情況。
雍正向軍機大臣所授旨意，以西北兩路用兵之事為重要內容。如十年（1732年）二月，寧遠大將軍岳鍾琪奏劾副將軍石文焯縱敵，雍正命軍機大臣議奏。同年，西路軍大本營要移駐穆壘，雍正為它選定六月初四日巳時起行，於四月十三日命軍機大臣通知岳鍾琪，“將一應事宜預先留心備辦，但軍營切宜慎密，以防漏洩”。其他方面的軍政、八旗事務，也命軍機大臣辦理。九年（1731年），雍正認為山東登州是濱海重鎮，所轄地方遼闊，只有六千兵丁，怕不夠用，命軍機大臣詳細討論，是否酌量增添兵額。次年，打牲烏拉地方的丁壯問題，也命軍機大臣提出處理意見。看來，在軍機處設立之初，主要是辦理戰爭、軍政和八旗事務，而後擴大範圍到所有的機要政事。