1947年12月，蔣英抵美。錢學森重返麻省理工學院，在那裡繼續教學和研究工作。他們住在查爾斯河旁邊昌西路9號的一所公寓裡，這裡離哈佛廣場只有幾步路。蔣英來了，錢學森終於找到了一個可以與他一同領略波士頓音樂文化的伴兒。他加入了位於波士頓的美國藝術與科學學院，購買了波士頓交響樂團的季票。他和蔣英都熱衷於收集唱片，參加在城裡舉行的各類交響樂演出、演奏會和歌劇。他們還一起逛畫廊。偶爾，他們會與錢學森的朋友勒內·米勒夫婦共度一個愉快的晚上。
1948年的頭幾個月，錢學森勤奮而多產。他在麻省理工學院的教學任務很重，需要講授兩門空氣動力學課程和一門火箭課程，此外，他還需要主持關於結構和穩定性理論的研討會。這年一月，他在紐約的一場學術會議上提交了關於風洞測試問題的論文，從3月到9月，他還與研究生和同事合作發表了多篇學術論文。他繼續擔任科學顧問委員會（SAB）的空間交通工具小組成員，與其他科學家一道，向美國空軍最高指揮官通報最新的科學進展。在科學顧問委員會中，錢學森同時隸屬於一個評委會，第一架超音速載人飛機「貝爾XS-1」的未來發展規劃就是由這個評委會作出的。與科學顧問委員會的創始人馮·卡門一道，錢學森經常出差，到全美各地的軍事基地考察。
剛從中國回到波士頓，錢學森就對他在麻省理工學院的朋友們斷言，毛澤東將迅速贏得內戰，將蔣介石趕出大陸。種種跡象表明，他的預測將變為現實。1948年是國共內戰的關鍵性一年：國民黨損失了400萬軍隊，與此同時，共產黨卻收復了山東，整個東北也將成為囊中之物。
這也是中國通貨膨脹日益嚴重的一年。1937年賣12元法幣的一袋大米，到了1948年便漲到了670萬法幣。就在人們推著一車形如廢紙的鈔票從一家店舖走到另一家店舖的短短幾分鐘裡，物價便會飛漲。為了遏制物價上漲，國民黨實行新的貨幣制度，強迫人們用自己手中的金子、銀子和外幣以固定價格兌換新法幣。然而，儘管實行了極盡嚴苛的監管手段，國民黨依然未能阻止猖獗的黑市交易和沸騰的輿論。1948年10月，市場交易中斷，人們轉而以物易物，對國民黨的信心跌到了最低點。
當看到所有這些來自家鄉的壞消息以頭條形式出現在美國報紙上的時候，錢學森想必會因自己和妻子身在美國而深感慶幸。他們的生活幸福迷人。1948年10月13日，錢家的長子錢永剛出生。與此同時，錢學森收到了來自古根海姆基金會的一份工作邀請，他的人生自此改變。
古根海姆基金會一直熱心資助太空航天方面的研究。20世紀20年代，他們投資創辦了古根海姆航空工程學院。20世紀30年代，他們資助了隱居在新墨西哥羅斯維爾的羅伯特·高達德的研究工作。到了1948年，基金會決定，在加州理工學院和普林斯頓設立兩個噴氣推進研究中心。這兩所中心都向錢學森發出了出任主任的聘書。
兩所大學都熱切希望將錢學森招致麾下。在普林斯頓，錢學森教過的一位學生約瑟夫·查裡克遊說他盡快接受邀請。與此同時，剛剛走馬上任的加州理工學院校長李·杜布裡奇（Lee Dubridge）則給錢學森開出了充滿誘惑力的條件：每年1萬美元的津貼，以及額外的用於招募年輕科學家和助手的研究經費。杜布裡奇告訴錢學森，這筆研究基金每7年重新評估審核一次，但即使這筆錢沒有了，加州理工學院也歡迎錢學森出任羅伯特·高達德講座教授。這是噴氣推進領域最高等的終身教職。1948年9月29日，杜布裡奇給錢學森寫信說：「你在這裡的朋友全都真誠地希望你能夠接受這個重返帕薩迪納的機會。」
在仔細地權衡輕重之後，錢學森決定去加州理工學院。這一點都不出人意料。那裡有他的朋友，還有馮·卡門。在錢學森正式接受聘任後，加州理工學院董事會在10月發佈任命。錢學森開始為在1949年夏天重返帕薩迪納而作準備。
就在此時，錢學森收到了老朋友弗蘭克·馬利納寄來的一張明信片。他現在旅居巴黎。1946年，馬利納辭去了噴氣推進實驗室執行主任的職務，開始了新的生活：1947年，他在聯合國教科文組織找到了一份工作。離婚的陰影和與克拉克·密利根的政見不合或許是導致馬利納決定離開帕薩迪納的兩個因素，儘管他後來宣稱，離開噴氣推進實驗室的主要原因是在戰爭中身心俱疲，對軍事研究也不再感興趣。「我一直堅信，高科技國家之間的戰爭就是一種全國性的瘋狂。在我看來，現在真正需要投入智慧和力量的，是找到一種讓主權國家能夠和平共處而不是自相殘殺的方式。」
馬利納有充足的經濟實力，讓他可以全然拋棄以往的職業軌跡。他在美國航空噴氣發動機公司的股份給他帶來驚人的財富，也給他探索其他興趣的大把時間。還是加州理工學院的一個年輕學生的時候，馬利納就夢想成為一名藝術家。在巴黎，他終於可以向這個目標努力了。幾年後，馬利納發明了動態藝術（kinetic art），一種將藝術和科學有機結合起來的藝術表現形式。他還製作了一些精巧的光影和形狀投射儀器。
1948年，聖誕節過去兩天之後，錢學森興奮地給馬利納寫信，告訴他關於加州理工學院的新職位的事。錢學森很高興能夠離開麻省理工學院。他寫道：「這裡的氣氛太商業化了，我在加州理工學院所受的馮·卡門式的訓練和這兒的老套教學方式很難融合。坦率地講，我在這兒並不開心。我不認為亨塞克會對我的離去感到遺憾。我就是和這個老古板的航空工程系不搭調。」
錢學森寫道，現在，他不僅得到了羅伯特·高達德講座教授職位，還可以有一個年輕科學家、3個研究生或博士後來幫助他的工作，另有一筆研究經費。命運之手翻雲覆雨，現在居然是錢學森而不是馬利納，來享受當年馬利納滿懷熱情地加以推動的「火箭敢死隊」的研究成果。錢學森在信中指出了這一點：
這正是你幾年前夢寐以求要得到的。今天從天而降的這些機會，在很大程度上都要歸功於你在戰爭期間在加州理工學院噴氣推進實驗室所做的工作。當接到加州理工學院的邀約時，我無法不回想起我們以前在阿諾德的資助下一起為火箭項目共同努力時的情景。現在要在沒有你的情況下來做這些工作，實在讓我感到有些陌生。當然，你可能現在對這些事情根本都不關心。
信中的一段如同讖語，錢學森寫道：「東方的形勢變化非常快。我真的不知道我的未來會怎樣。但或許，沒人對自己的未來有把握。」
從1948年底到1949年，錢學森一直通過報紙密切關注中國的戰局。國民黨正在節節敗退。解放軍和平解放北京，並於1949年4月攻克南京。5月份，中國最大的城市上海被共產黨收復。在毛澤東率領的共產黨軍隊勢不可擋的進逼下，蔣介石率領的國民黨軍隊最終撤退到台灣。
這時候，錢學森面臨著也許是他一生中最重要的一個決定。或遲或早，他必須下定決心，讓自己和家人在哪裡落地生根。他為身為中國人而驕傲，他將永遠是一個中國人，但他知道，他的未來在美國。1949年，錢學森邁出了最後一步：他提交了美國公民權申請。