6月6日，天色陰沉，下著小雨。兩名美國聯邦調查局的特工來到錢學森的辦公室。錢學森現在佔據了馮·卡門以前位於古根海姆大樓第二層的辦公室。房間很大，辦公桌上擺滿中文雜誌。桌子後面是一塊寫滿了數學公式的黑板。一扇大窗正對著庭院。兩名特工的來意很簡單：錢學森是不是，或是有沒有加入過共產黨？
聯邦調查局宣稱，20世紀30年代，錢學森在加州理工學院過從甚密的好幾個人都是共產黨員。在威因鮑姆家中舉行的社交聚會，實際上是美國共產黨帕薩迪納支部122教授小組的集會。錢學森的名字出現在一份1938年的黨員名單上，並與一個化名「約翰·德克爾」（John Decker）有關。聯邦調查局特工向錢學森調查了他與美國共產黨和威因鮑姆的關係。
錢學森否認所有「指控」。他不承認自己曾經加入過共產黨。至於他的名字為什麼會出現在共產黨的花名冊上，錢學森說，他對此毫不知情。他從來沒有聽說過約翰·德克爾這個名字。
此外，錢學森對聯邦調查局特工表示，他相信威因鮑姆是忠於美國政府的。與錢學森其他的朋友一樣，威因鮑姆或許偶爾會表現出一些左翼傾向，但錢學森並無法確定他們就是共產黨。聯邦調查局的報告稱：「錢學森說，作為一名科學家，他衡量一個人是否忠誠的唯一標準是事實，但對於一個人的忠誠或政治信仰這種無形的東西，事實的標準又不能適用。因此，他拒絕懷疑他的那些朋友。」
但是，美國政府已經對錢學森的忠誠產生了懷疑。錢學森的保密許可證被收回。就在聯邦調查局找錢學森談話的那一天，加州理工學院校方收到了一封來自駐紮在舊金山的美國陸軍第六軍總部的信件。信上說，錢學森不再被允許參與機密軍事項目。對於錢學森來說，這可不是一件小事。按照計劃，他本來要為噴氣推進實驗室和美國航空噴氣發動機公司擔任顧問，而且經手加州理工學院的保密國防合同。現在那些都變得不可能了。鑒於噴氣推進實驗室研究項目的90%都屬於保密範疇內，保密許可證幾乎是在這裡工作的必要條件。然而，錢學森知道，政府的行動並不會妨礙他的理論研究，這並不需要保密許可證。
加州理工學院的教職員工聽到這條新聞時都感到不敢相信。錢學森，一個共產黨員？在有些人眼裡，錢學森可能是他們認識的人中貴族氣最重的了。而且他不是娶了蔣介石軍事顧問的女兒嗎？不可能。在加州理工學院的教授裡，錢學森可能是最不像共產黨的人了。
當聯邦調查局的特工離開他的辦公室時，錢學森的直接反應是什麼？沒有人知道。但可以想像，他該是多麼的震驚。多年以後，他的朋友們記得，在這段時間裡，錢學森對成為這樣一條「指控」的對象大惑不解，而且感到被深深地傷害了。這種傷害的程度是如此之深，以至於兩個星期後，錢學森發表了一個令人震驚的聲明：他將從加州理工學院辭職，返回中國。
當聯邦調查局通過加州理工學院的一位情報員獲知此事時，他們又找上了錢學森。這一次，是電話問訊。錢學森說，他覺得「除此以外，他已別無選擇」。但他同意與聯邦調查局的人再次見面。
6月19日，錢學森向聯邦調查局遞交了一份事先寫好的聲明文件。他說，在過去的10年裡，在美國，他一直是一個受歡迎的客人，而他也生活得很好。他相信，這是一種互惠的關係，因為在「二戰」期間，他為美國的科學進步貢獻良多。既然現在這種受歡迎的地位已經不復存在，而懷疑的陰影也在他的頭上盤旋，那麼，最紳士的辦法就是離開。錢學森對聯邦調查局的人說，這份報告他也提交給了加州理工學院的工程系負責人弗雷德·林德瓦爾（Fred Lindvall）和校長歐內斯特·沃森（Ernest Watson）。
沒人知道為什麼錢學森決定在這時候離開。關於他的動機的種種猜測在加州理工學院流傳多年，而他後來的行動也令這個故事更加撲朔迷離。令事情更加複雜的是，在錢學森返回中國後，在許多事情的敘述上，他都改口了。回過頭來看，在當時，這種突然決定離開的做法，只有證實了聯邦調查局最初對錢學森的猜疑：他就是一個共產黨，或許還是一個間諜。但是，根據錢學森朋友所回憶的當時情形來推測，這只不過是錢學森在驕傲、憤怒、迷惑和恐懼種種情緒交織下，作出的本能反應。
必須考慮到，錢學森從一開始就是一個極其驕傲的人，而一連串的成功又助長了他的傲慢，使得他有些時候甚至表現得令人無法忍受。他把剝奪了保密許可證這件事當成一種巨大的侮辱，覺得自己「丟了臉」。馮·卡門在回憶錄中這樣描寫當時的情況：「（錢學森）不認為他應當向有關當局證明他不是一個共產黨。我想，如果有人因為我當年在匈牙利貝拉·庫恩政府短暫工作過的經歷就『指控』我是一名共產黨員，我也會作出和錢學森一樣的反應。」
在錢學森突然決定離開的背後，也隱藏著另一個更重要的原因。1949年10月新中國成立後不久，錢學森就開始收到父親錢家治的來信，一封比一封口氣更急迫。錢學森的父親催促他盡快回國，因為自己將接受一個胃部手術。很顯然，他也希望能夠與從未謀面的孫子孫女共享天倫之樂。
在保密許可證被撤銷前，錢學森和朋友們談起過這些來信，表現得深為內疚。「他不知道該怎麼做，」他的朋友馬丁·薩默菲爾德回憶道。「看上去，他深為忠孝不能兩全而苦惱，我認為，他想要留在美國，他想入籍成為美國公民，但是他必須找到安慰父親的辦法。」
撤銷保密許可證這件事改變了錢學森的看法。他對美國的忠誠開始動搖，並且開始懷疑，專注於工作是否令他忽略了身為人子的責任。或許現在正是一個返回中國並待上一段時間的良機也未可知。錢學森也考慮到了將他的父親接出大陸、送至香港的可能性。但是他對朋友承認，這個方案成功的機會甚微。作為替代方案，他決定在中國找一份暫時的教職，等到他的父親駕鶴西歸再作考慮。
或許在那個時候，錢學森最需要的是來自他所信任的導師馮·卡門的撫慰和建議。然而，出任美國政府科學顧問的馮·卡門當時正好在巴黎出差。
不過在幾個星期之內，促使錢學森更加堅定信心離開美國的幾件事情接連發生。6月16日，威因鮑姆在家中遭到逮捕。美國政府以偽證罪向威因鮑姆提出指控，控訴他在1949年9月對一名美軍軍官說謊，否認自己曾是一名共產黨員。屆時，威因鮑姆正在為了申請噴氣推進實驗室材料分部的一個數學家職位而接受安全審查。錢學森正是威因鮑姆的推薦人。馮·卡門在自傳中寫道，錢學森被要求出庭指證自己的老朋友，但他卻加以拒絕，這使得聯邦調查局後來將注意力轉移到了他的身上。
另一個可能的促成因素是6月朝鮮戰爭的爆發。美國與亞洲社會主義國家的矛盾進一步激化。因為妻子和孩子都仍留在大陸，錢學森的朋友羅沛霖打算馬上回國。鑒於中美之間日益惡化的關係，羅沛霖擔心，如果他再多加逗留，可能就再也回不去了。羅沛霖回憶道，當時錢學森也懷有同樣的擔心。
錢家的第二個孩子、女兒錢永真出生後不久，錢學森就開始公開地為離開作準備。他寫信給美國國務院，甚至親自造訪華盛頓，以獲取官方的離境許可。他試著預定返回中國的船票，但卻被告知，預訂無法被確認。7月初，在加州理工學院其他一些中國學者的建議下，錢學森寫信給國際商業聯合會，由這個組織出面幫助錢學森訂好了飛往中國的加拿大航班。錢學森計劃從溫哥華離境，乘飛機直抵香港。
錢學森的朋友對他真的決定要離開都深感震驚。當錢學森在古根海姆大樓的樓梯間對漢斯·利普曼教授漫不經心地提起他將回到中國時，利普曼認為他「瘋了」。錢學森的老朋友威廉·西爾斯曾經問他，為什麼一定要接觸到那些機密材料。錢學森回答道：「不這樣的話，我就無法完成我作為古根海姆教授的職責了。」西爾斯覺得錢學森有點過於誇張，但也理解，「撤銷保密許可證這件事傷害到了他的自尊」。
一點兒都不令人意外，加州理工學院開始出面干預了。他們可不想失去這位最年輕的學術新星。校方請求錢學森重新考慮。李·杜布裡奇暗地裡非常積極地替錢學森爭取恢復保密許可證，希望這樣就可以讓整件事就此了結。7月份，杜布裡奇寫信給馮·卡門，希望他運用自己在空軍的關係，為錢學森進言。他還動用了自己在華盛頓的關係，向海軍情報部門打探錢學森的案情進展。傳回來的消息表明，整個事情不過是捕風捉影罷了。在所有這些信件中，杜布裡奇都反覆強調，錢學森是一位被錯誤地「指控」為共產黨員的偉大科學家，如果讓錢學森回到中國，美國政府將面臨著雙重損失。「讓一個全美最優秀的火箭和噴氣推進專家無法在自己選擇的領域從事工作，通過這種方法迫使他回到中國，讓他的天賦為共產黨政權所用，這實在是荒謬。」杜布裡奇寫道。不止一位加州理工學院教授表示，他們擔心錢學森將成為「蘇聯人的左膀右臂」。
在這個時候，杜布裡奇也在為錢學森安排一個在華盛頓特區舉行的由陸軍工業就業評審委員會主持的聽證會。這可以迫使政府解釋清楚，為什麼錢學森的保密許可證會被撤銷。那時候，錢學森已經失去了接觸空軍、海軍、陸軍和陸軍軍械部機密材料的權利。事實上，早在一年前，陸軍軍械部便撤銷了錢學森的保密許可證。
「加州理工學院方面非常希望我能夠留下。」錢學森後來回憶道。他知道，校方相信，只要能替錢學森把保密許可證爭取回來，他便有可能留在美國。看到加州理工學院如此急於搞定這件大事，錢學森不情願地推遲了啟程時間。他告訴校方，希望聽證會能夠盡早舉行，因為他打算在8月底離開美國。
到這時為止，錢學森幾乎是同時在為華盛頓的聽證會和動身回國這兩件事作準備。7月將盡的時候，錢學森僱用了一家搬家公司，將他的家當都裝在板條箱裡，用船運回中國。這些東西預計在他乘飛機動身一天後搭載威爾遜總統號從洛杉磯前往中國。送貨地址是在香港，最終它們將被轉運到錢學森的父親位於上海的家中。錢學森的妻子和子女隨後與他在中國會合。
8月中旬，時間迅速流逝。華盛頓的聽證會預計於8月23日舉行，錢學森則要在8月28日動身。他的家裡亂成一團，搬家公司的人進進出出，幫助錢學森打包。這家公司還收到錢學森的指令，將他的書籍和論文裝在用防水紙隔好的箱子裡。看起來，錢學森急於趕時間，當打包工人到的時候，他要求他們將這些材料放在箱子裡，帶到庫房，在那裡完成包裝。
種種跡象顯示，錢學森很可能會一去不回。這家搬家公司的所有者哈羅德·塞克斯史密斯（Harold Sexsmith）說：「準備運走的東西一看就是想要長久過日子用的。其中包括一架鋼琴、傢俱、盤碟、床上用品、書籍、辦公桌、收音機，甚至還包括一個洗碗機。這些都是安頓一個家所必需的。」鑒於錢學森打包帶走了幾乎所有的家產，看起來他是不打算再回來了。
8月21日，錢學森飛往華盛頓。他的第一站是丹·金博爾（Dan Kimball）的辦公室。杜布裡奇強烈建議錢學森先去與他見上一面。金博爾是個光頭高個子男人，目光凌厲。他此前曾經擔任美國航空噴氣發動機公司的執行副總裁和總經理。因為在杜魯門的選舉中幫了忙，他被推選為海軍副部長。「二戰」期間，金博爾對錢學森所做的工作瞭如指掌，而且稱讚他為全美國最好的火箭專家。
在金博爾的辦公室中，錢學森開始傾訴發生在他身上的一切：聯邦調查局特工的拜訪，撤銷機密許可證所帶來的羞辱。錢學森是如此的憤懣不平，以至於在講述中忍不住流下了眼淚。看到錢學森所表現出的焦慮情緒之後，金博爾提醒他說，加州理工學院已經提議讓錢學森出任數學教授，這樣就不再需要機密許可證了。當然，金博爾也希望看到錢學森可以再度拿到機密許可證，他向錢學森推薦了一名華盛頓律師保羅·波特（Paul Porter）。錢學森後來回憶道：「他有點不知所措，我懷疑他根本就沒有仔細聽。他只是把我推出辦公室，然後說：『你去見波特先生吧，一切都會好起來的。』」
這個下午，錢學森與波特律師見了面。在聽完他的故事後，這位律師表示，要在聽證會上有好的結果，他需要一些時間去作點調查。錢學森開始懷疑，這個聽證會是否有必要。不管怎樣，他都打算離開美國了。波特對此表示贊同，他說聽證會看上去可能的確沒什麼意義，並建議推遲。錢學森於是又回過頭來找金博爾。金博爾無限期地推遲了聽證會。
8月23日，錢學森與金博爾再度見面。這一次，錢學森比之前更強調了他打算離開美國的決心。他覺得金博爾根本都沒有把他第一次見面時說的話當真。據說，金博爾對錢學森說：「你不能離開，你太有價值了。」他還指出，如果一切可以由他決定，他是絕對不會放錢學森走的。作為國民黨的支持者，金博爾警告錢學森說，最好對這件事嚴肅地加以三思。錢學森說，他會回到加利福尼亞好好考慮一下。這個下午，錢學森坐上了飛往洛杉磯的飛機。
就在錢學森剛剛離開金博爾的辦公室時，金博爾就立刻給司法部打電話。他警告他們，錢學森知道得太多，絕對不能被允許離境。金博爾相信，中國政府急需錢學森的技術專長，希望錢學森返回中國。當錢學森當天晚上抵達洛杉磯機場時，一名聯邦調查局特工走上前來，遞給他一張紙，那是由美國政府簽署的禁止錢學森離境的法令。可以想像，錢學森當時是多麼的憤怒。
計劃無法實行，錢學森取消了預定的機票，請求搬家公司將發出的包裝箱追回來。在與妻子蔣英商量過之後，錢學森考慮將家小先送回中國，而他隻身留在美國。為此，他還從銀行裡取出了一部分積蓄。
但是，錢學森並不知道，此時，海關已經將他的行李加以檢查和扣押。8月19日，就在錢學森前往華盛頓之前，放在他辦公室中的書籍和文件被運到了包裝公司的打包間，第二天早晨開始卸車。一位打包工人領班向他的老闆哈羅德·塞克斯史密斯匯報，一些文件上標有「機密」或「絕密」的字樣。塞克斯史密斯立刻與海關官員羅伊·戈林（Roy Gorin）聯繫。後者讓塞克斯史密斯停止打包。戈林還要求塞克斯史密斯不要與任何人談起有關錢學森行李的事情，直到海關確定應當採取何種必要措施時為止。
從這時起，形勢急轉直下。8月21日和22日這兩天，海關官員、聯邦調查局特工、海軍情報部、空軍情報部、陸軍軍械部和美國國務院的人都光顧了帕薩迪納貝金斯倉庫。美國國務院的官員建議，將這些文件沒收，將錢學森收監，但洛杉磯地方檢察院卻認為，只要對錢學森加以監視就足夠了。海關官員申請了對錢學森的8箱文件加以扣留的民事搜查許可證，認為錢學森違反了出口管理法案、中立法案和間諜法案。申請被一名聯邦法官通過了。8月25日，移民局發出了對錢學森的逮捕令。
很明顯，錢學森對暗中進行的所有這一切一無所知。第二天早晨，當從報紙上見到相關新聞時，大驚失色的蔣英打電話給搬家公司老闆塞克斯史密斯，要求解釋。塞克斯史密斯說，他被下了禁口令，在海關官員發佈消息之前，不得告訴任何人有關錢學森行李的事情。「我對錢夫人說，對於行李扣押這件事她居然一點風聲都沒聽到，我對此也深感驚奇。錢夫人回答說，直到看到報紙上的新聞，他們才第一次知道發生了什麼事情。」塞克斯史密斯回憶道。
很明顯，錢學森並沒有意識到，要把一些特定領域的技術數據帶出國外，必須申請特殊的許可證。在接下來的幾天中，他忙於回答媒體記者關於行李問題的提問。「那是我的個人物品，」錢學森說，「我本來打算返回中國，但現在回不去了。移民局的人告訴我不得離開。我不知道為什麼他們會對我的行李加以檢查。我對整件事都沒有任何頭緒。」他告訴媒體，他打算回中國處理一些家事，最終還是要返回美國的。錢學森宣稱，他仔細看過他的私人文件，將那些涉密的文件封存在辦公室的一個上鎖的櫃子裡，並把鑰匙交給了另外一名航空學教授克拉克·密利根。
「沒有什麼密碼本，沒有什麼密令手冊，也沒有什麼設計圖紙，」錢學森在一篇準備交給媒體發表的聲明中寫道，「不過是一些草圖和可能被一些人誤認為密碼本的對數表。我希望帶走自己的私人筆記，其中許多只不過是教學筆記，而另外的一些材料則是我離開時要做的工作。我非常肯定，我從未試圖帶走任何涉密文件，或是以合法方式以外的途徑離開這個國家。」
按照金博爾的本意，他只不過想靜悄悄地阻止錢學森離開。但預想之外的新聞發佈會卻讓這件事情一下子在公眾中引起轟動，從此超出金博爾的控制範圍。洛杉磯的當地報紙紛紛以「運往中國的機密文件被查扣」為標題報道了這條新聞，美聯社和合眾社進一步將消息散播到全美各地的報紙上。只不過幾個月之前，這些媒體還將錢學森捧為預言家，現在，他們給他貼上了間諜的標籤。