對於錢學森來說，公眾對他的行李發生興趣的這一時機，壞得不能再壞。從時間點上，它恰好與威因鮑姆出庭受審的時間重合。那件案子從8月30日開始審理，一直持續到9月中旬。
軍方很早就開始對錢學森和他的共產黨活躍分子朋友們產生了懷疑——早至1941年。對威因鮑姆的第一項指控便緣於那一時期，當時，威因鮑姆正在為邦迪克斯（Bendix）公司工作。在加州理工學院航空系舉行的一次大型派對上，克拉克·密利根教授對弗蘭克·馬利納說，他聽說，馬利納、威因鮑姆和另外的兩三個人都是共產黨。很顯然，是聯邦調查局把這些信息告訴給密利根的。威因鮑姆回憶道：「我於是去拜訪一位律師朋友，對他說：『我該怎麼辦？』我很肯定，在這種指控下，他們一定會取消我的機密許可證。但是沒有！從1941年到1949年，我都可以接觸到機密信息。從麻煩一開始，我便一直獲准接觸最機密的工作。」20世紀40年代早期，陸軍情報部門也受到過關於錢學森是共產黨的「指控」，但是並沒有採取措施，撤銷他的機密許可證。與之相反，錢學森卻被准許參與那些列為「保密」、「機密」甚至是「絕密」的項目。很顯然，當時的政府認為，像錢學森、威因鮑姆和馬利納這些人的科學能力，遠比潛在的洩密風險重要得多。
一開始的時候，很多人都相信威因鮑姆是「無辜」的。對他的逮捕令其親友和加州理工學院的同事十分震驚。在這些人裡，便有大名鼎鼎的萊納斯·鮑林，美國著名化學家，威因鮑姆此前的上司。鮑林對報社記者說，他對威因鮑姆的「清白」「極有信心」，「想不出有任何理由對他加以懷疑」。幾位科學家寫信為威因鮑姆的「忠誠」和「誠實」作證，一群加州理工學院教授——詹姆斯·邦納（James Bonner）、查爾斯·德普裡馬（Charles DePrima）、保羅·愛潑斯坦、萊納斯·鮑林和弗納·朔馬克（Verner Schomaker）甚至設立了一項基金，為給威因鮑姆聘請辯護律師籌款。
但當審判開始，一些證人出庭作證，指出威因鮑姆不僅是共產黨員，而且還是帕薩迪納共產黨小組的組織者和領導者。這些證人中包括當年的共產黨小組成員：弗蘭克·奧本海默，當年加州理工學院的物理學研究生；古斯塔夫·阿爾佈雷克特（Gustave Albrecht），當年的化學系研究生和助理研究員；理查德·羅森諾夫（Richard Rosanoff），當年是一個本科生；雅各布·杜布諾夫，當年的生物系研究生。在他們的證詞所描述的景象中，威因鮑姆是一個熱情堅定的共產黨人，他積極向加州理工學院的學生們散發入黨申請表，並且鼓動他們加入共產黨。另一項具有毀滅性的證據是檢控方作為證據呈交的一份黨員花名冊。陪審團成員對著一幅被放大至5英尺見方的花名冊照片，據聯邦調查局的文獻專家稱，這本花名冊上的字跡便是威因鮑姆親手所寫。這時候，威因鮑姆「咬著指甲，眉頭緊鎖」。
審判中出現的最奇怪的事情便是，這個共產黨小組的成員都是用化名。比如，威因鮑姆的化名便是西德尼·愛普頓（Sydney Empton），而雅各布·杜布諾夫的化名是約翰·凱利（John Kelly），弗蘭克·奧本海默的化名為弗蘭克·福爾瑟姆（Frank Folsom）。這在加州理工學院和帕薩迪納當地，都是一件吸引眼球的奇事。既然加入共產黨並不違法，他們為什麼還要使用化名呢？這些黨小組成員後來表示，他們使用化名是為了躲避右翼組織的報復。然而，化名的使用只有更加深了公眾對這個小組的疑惑，認為他們可能是在替蘇聯刺探情報。
對威因鮑姆來說，審判結果相當糟糕。1950年9月，他被判3項偽證罪成立，入獄4年，甚至不允許保釋，因為法官指出，威因鮑姆此前曾經接觸過噴氣推進實驗室的機密技術信息。「他可能知道對那些伺機對美國加以破壞的敵人來說有利的信息，」聯邦法官本·哈里森（Ben Harrison）表示，「我們離港口和邊境太近，讓威因鮑姆獲得假釋是不安全的。除了妻子和女兒，他在這裡並無親人。他沒有工作，而且直到整件事冷卻下來，他也不可能找到工作。」
與此同時，政府官員花了不計其數的時間在審查錢學森被扣押的文件上。光是那樣像小山似的堆在一起，就夠讓人望而生畏了。在托運的行李中，有超過100本未分類的書籍，以及大量中文、德文和俄文的科學論文、政府文件和行業報告。所有這些都需要經過召集自全國各地的頂尖航空專家的審查。光是將這些不同的文件分門別類就已經是一個大問題。1950年9月5日，3個從萊特·帕特森空軍基地趕來的人花了3天時間把這些文件都製成微縮照片。他們帶回了大約12000張照片。調查人員開始將這些文件詳細編目，這個「錢學森圖書館」僅是目錄就足有26頁。
在錢學森的行李中發現的最耐人尋味的物件是9大本整理得極其仔細的剪報本，足有400多頁，顯然「花了相當多的時間和精力」。剪報裡是從報紙、雜誌和學術期刊上收集到的與美國原子能計劃和核間諜案相關的信息。錢學森精心收集了美國歷年來的間諜審判記錄。他還保存了詳細報道那些被控為蘇聯間諜或同情蘇聯革命者事跡的報刊文章。其中甚至還有關於間諜罪的立法討論。這自然引起了調查人員的疑問。為什麼這麼關心原子能和與之相關的間諜案？行李中的物品顯示出錢學森對俄國非常著迷，其中有許多向弗蘭克·馬利納借來的外語筆記。錢學森會不會是一個間諜？
接下來，在評估錢學森的技術文獻時，調查人員遇到了更大的困難。他們很難確定這些文獻中哪些是機密文件而哪些不是。其中大多數都已經過期，或者是出自錢學森之手。不同部門的意見很難達成一致。一些部門認為這不過是一個不錯的個人資料庫，但卻對國家安全構不成什麼威脅。比如，原子能委員會就表示，對於一個飛行器和導彈設計領域的世界一流技術專家來說，在該領域工作10年之後，收集到這麼多文獻是再自然不過的事情。另外的一些人則對錢學森的動機持負面看法。他們認為發現的一些文件應該是涉密的。一些官員認為，從不讓潛在敵人染指的立場來看，錢學森的所有文獻都應當被認定為是保密的。
來自海軍研究辦公室的一份報告或許最接近事實的真相：「這些文獻對於敵人的重要性，同錢學森通過多年來接觸美國軍隊戰備建設所積累到的經驗相比，簡直可以忽略不計。」
1950年9月7日，移民局派出兩名特工，在錢學森家中逮捕了他。事實上，幾個星期以前，逮捕證就已經被簽署。為什麼他們選擇等待這麼久才付諸行動，如今已經無從知曉。政府官員擔心錢學森可能會潛逃出國，尤其是在威因鮑姆的偽證罪名指控被判成立、可能面臨長達10年的監禁和2萬美元的罰款之後。在此之前，錢學森的確曾經試圖躲過聯邦調查局特工的監視，消失過一段時間。那時候，美國國務院甚至險些給墨西哥政府拍電報，請求他們在錢學森逃過邊境的情況下協助抓捕。
當移民局官員來到錢學森家中時，很明顯，錢學森根本就沒打算逃跑過。錢夫人手裡抱著女兒錢永真，為來訪者打開門，錢學森的兒子錢永剛「躲在牆角瑟瑟發抖」。然後錢學森就走了出來。一名特工幾年後回憶道，錢學森臉上的表情彷彿在說：「好吧，一切終於結束了。」
移民局的人對錢學森進行了常規的審訊，收集了盡可能多的個人信息。他們還問及錢學森與共產黨的關係。錢學森重申，他從來都沒有加入過共產黨。這之後，兩名特工以隱瞞黨員身份、於1947年非法入境的罪名向錢學森提出指控。當天下午晚些時候，他們向錢學森出具了逮捕證。
關於錢學森被捕的消息當天便迅速傳開。錢學森的朋友弗蘭克·高達德在從聖迭戈開車前往長灘的路上從車載收音機中聽到了錢學森被逮捕的消息。「一聽到那個消息，我們馬上直接往他家開，心裡想著：『天哪，錢學森有麻煩了，我們能做點什麼？』」高達德夫婦把車停在錢宅門口，衝上去敲門，錢學森替他們打開門。數十年後，高達德回憶道：「突然之間，我意識到這個地方已經為聯邦調查局的人所包圍。」
「在他的臉上，出現了一種我以前從來沒見過的神情，」高達德說，「他看著我的樣子，說話的語氣，都表明他的內心受到了致命的傷害。他很懊惱自己被我看見身處此種境地之下。但他很有禮貌地對我表明了心境：『非常感謝你們來看我，但現在你們最好離開這裡。』於是，我們離開了，錢學森則被帶走。」
移民局特工簇擁著錢學森坐進一輛早已等候在側的汽車，對他加以搜查，然後一直向南，朝著洛杉磯開去。汽車越過一座橋，來到聖佩德羅郊外。特米諾島便位於東部的港口中。這個狹長的小島原名「響尾蛇島」，1871年，美國陸軍在這裡建造了防波堤和隧道。美國聯邦監獄管理局和海岸警衛隊將小島上一塊長方形的區域改造成辦公區。1950年，這個島上已經有了一座聯邦監獄，一座燈塔，幾棟政府的辦公樓，以及政府僱員的宿舍。
汽車經過罐頭工廠、破爛的小木屋和儲油罐，來到移民局遣送中心的鐵絲網大門前。這是一座三層樓的洋灰小樓，上覆紅瓦。管理部門的辦公室位於第一層、第二層和第三層則被用來關押外國人。大多數在這裡關押的外國人都是偷越邊境的墨西哥移民勞工，他們通常被關在裡面擺滿架子床的大房間裡。
錢學森沒有被關在那些擁擠的房間裡。他的容身之處是一個帶有獨立洗手間的單人房間。一些房間有安著鐵欄杆的窗戶，可以從裡面看到通往洛杉磯的隧道和聖佩德羅的居民區。
可以想像，當錢學森被押解到這裡時，他是多麼憤怒和恐懼。他從來未曾有過這樣的體驗。他所有的一切——他的學位，獲得的獎項，開創噴氣推進實驗室的功績，與美國軍方高官的交往——這些都救不了他。他是令人敬仰的羅伯特·高達德講座教授，為了得到這個職位，他兢兢業業地奮鬥了15年。但他現在卻身陷囹圄。當他決定返回帕薩迪納時，或許做夢也想不到會發生這樣的事。