幾年後，錢學森對他被關押的那段日子有過一次戲劇性的描述。他對一名記者說：「15天裡，我一直被嚴密看押，不能和任何人說話。每天晚上，獄警每隔15分鐘就打開一次電燈，讓我得不到任何休息。這種折磨讓我在這麼短的時間裡便瘦了30磅。」
很難判斷，在被關押於移民局監獄的這兩周時間裡，錢學森到底受到了什麼樣的待遇。真相很可能相當的平靜而波瀾不驚。李·杜布裡奇幾十年後回憶道，錢學森住在一個「相當舒服」的小單間裡，有一張寫字桌，采光也不錯。然而，他的確與大多數親友和同事分隔開來。身在歐洲的馮·卡門試圖與錢學森通電話，但是未能獲准。錢學森的家人幾乎每天都來探視他。當他們來的時候，錢學森總是面帶微笑，從牢房的窗戶向他們揮手致意。
或許錢學森的確在此期間受到了肉體和精神上的雙重折磨。獄警可能真的讓錢學森睡不好覺，對於他們來說，每晚借助手電筒的光線查看關押在牢房裡的人的狀況是一項常規工作。一名在監獄中待過幾個小時的中國學生記得，這些獄警會把手電筒直接照上他的臉，確認他「還活著，沒有自殺」。身處壓力之中的錢學森顯然對移民局監獄中的飯菜無心下嚥，他的消瘦可能也緣於此。在他所承受的種種不適中，自尊心受傷所帶來的打擊可能是最大的。
加州理工學院校方一直在背後努力，爭取早日釋放錢學森。9月18日，錢學森寫下一份聲明，保證在沒有得到杜布裡奇和金博爾的書面許可的前提下，絕對不會離開美國。兩天後，特米諾島上的移民局官員對錢學森進行了審訊。加州理工學院為錢學森聘請的洛杉磯地區著名律師格蘭特·庫珀（Grant Cooper）陪同在側。列席此次審訊的還包括美國移民局地區負責人艾伯特·德爾·古奇奧（Albert Del Guercio）、海關辦事人員羅伊·戈林和6名其他機構的官員。
當被問及失去保密許可證和父親來信這兩件事對錢學森的影響時，錢學森回答道：
父親來信這件事對我影響很大，他一直希望我能夠回到中國。他的健康狀況不佳，我早已深知，但是我一直只顧自己的工作，因為我實在是太忙了。當你總是埋頭於工作時，很難對個人情況加以審視和思考。但當我的保密許可證被吊銷之後，我十分震動。這讓我靜下來考慮個人問題，便在此時，我開始想到，到底是要繼續留在這個國家，還是應該回到中國？
當我看到美國和中國大陸政府之間可能會出現公開的敵對行動時，這讓我更困惑了。
如果這種敵對事件確實發生，我可能再也沒有機會給我的父親寄錢，而他目前只能依靠我的供養。對於這種可能性，我深感不安。所以我的初衷是事先作些安排，讓我父親的生活來源不致中斷，有所保障……事實上，我已經對沃特森教授提到過，我終究還是希望返回美國並繼續在這裡工作，但當然，我也對他表明，加州理工學院最好別指望我能夠給出一個確切的返回日期。
在這次聆訊會之後，加州理工學院校方與地方總檢察官辦公室的官員一起召開了一場關於錢學森的會議。兩天後，錢學森被交保釋放，保釋費高達15000美元。他在加州理工學院的同事不得不求助於錢學森的一位富翁朋友，才把這筆錢湊齊。幸運的是，錢學森在秋季學期開始前便得到了釋放。
後來，在接受報紙記者採訪時，錢學森以玩笑的口吻談及此事：「相對於普通綁架案1000～2000美元的標準贖金，我真的挺替自己驕傲的。」但在當時，錢學森卻深感屈辱。
美國航空噴氣發動機公司當時的副總裁威廉·齊捨（William Zisch）是少數親眼目睹了錢學森內心受傷之重的人之一。一天傍晚，他來到錢學森家中小坐，簡短地跟錢學森說明秘密許可證被吊銷的情況。齊捨一向把錢學森當成該公司最有價值的科學顧問之一，但此時此刻，他卻不得不告訴錢學森，後者已經不能夠再在本公司工作了。這時候，一向沉默寡言的錢學森突然抑制不住奔湧的感情，滔滔不絕地向齊捨傾訴了四五個小時。這讓齊捨大為吃驚。
錢學森強調自己不是共產黨員。他認為，與弗蘭克·馬利納的友誼才是給他帶來麻煩的深層次原因。後來，在翻閱過海軍情報部門的卷宗之後，齊捨才知道，真正的禍因不是馬利納而是威因鮑姆事件。但是，錢學森對齊捨說，不管怎樣，如果有人問到，他還是會說，馬利納是他的好朋友。再怎麼調查也不會改變這一事實。
齊捨回憶道，看起來，錢學森正掙扎於父親、祖國和師友幾種力量的撕扯中。他很希望能回到父親身邊盡孝，但他也想要履行自己對馮·卡門所作過的承諾，終生追隨其左右。最後，祖國對於錢學森依然有很大的吸引力。對於錢學森來說，被儒家文化所浸淫的中華文明，是永遠不會被蘇聯的影響而磨滅的。錢學森說：「中國永遠是中國人的中國。」
錢學森剛出獄的時候，所有人都對他將迅速被宣告無罪一事充滿樂觀。其他一些大學甚至表示出僱用錢學森的興趣。剛被釋放不到一個星期，世界著名物理學家、普林斯頓高等研究院主任羅伯特·奧本海默便給杜布裡奇寫信，詢問錢學森的狀況。他說，如果錢學森和洛杉磯政府官員之間的麻煩仍未能消除的話，他或許應當考慮前往普林斯頓。奧本海默與數學家約翰·馮·諾依曼也討論過這件事。奧本海默說，馮·諾依曼「對錢學森所做的工作很感興趣，並認為即使是在一個計算機可以解決航空問題的時代，像錢學森這樣的人依然有其存在價值。杜布裡奇稍後回復道，錢學森對留在加州理工學院更感興趣，但非常感謝奧本海默的邀請。
杜布裡奇認為，「澄清」錢學森「名譽」的最佳途徑是召開一個由工業就業評審委員會主持的聽證會。然而，他也擔心，要求評審委員會恢復錢學森的保密許可證是否是一件明智的事。「他的父親仍在中國，這件事本身就會導致錢學森的保密許可證申請被駁回。」杜布裡奇在寫給朋友的信中提到。或許更好的辦法是證明錢學森從來都未曾加入過共產黨，而且從未試圖竊取機密情報。畢竟，證明錢學森身為共產黨員的證據非常牽強無力。對於錢學森在行李打包托運前曾試圖將機密文件取出這一事實，杜布裡奇也堅信不疑。
種種跡象顯示，這件事將很快被畫上句號，無人問津。然而，10月份，意想不到的事情發生了。美國移民局決定根據1950年出台的《顛覆活動管製法》（Subversive Control Act）將錢學森驅逐出境。原因是，移民局認為錢學森在上一次入境美國之前，他是一名共產黨員。