接到陳國瑞、劉銘傳相互指責對方的投訴，曾國藩的立場是毫無疑問的，他拿起筆來，在陳國瑞的狀紙上批復了幾千字，狠狠地批判了陳國瑞這廝的半生功罪，令其改過自新。陳國瑞不忿，繼續上告，曾國藩大怒，立即將其奏參，要追究陳國瑞隻身逃脫，陷主帥僧格林沁之死的大罪。
朝廷聖諭，脫去陳國瑞黃馬褂，撤去幫辦軍務名號，責其戴罪立功。
陳國瑞這才見識到曾國藩的厲害，敢情這老曾，老虎不發威，假裝是病貓，看起來斯斯文文的讀書人，一副人不忍欺的善良厚道模樣，一旦惹到了他，竟比劉銘傳更狠。陳國瑞被收拾得服帖了，再也不敢多吭一聲。而僧格林沁的舊班底也全都識趣地配合曾國藩，沒人敢再惹是生非。
曾國藩很開心，整合這支雜牌軍，最讓他頭疼的就是僧王的人馬，如今全都擺平了，於是曾國藩發號施令，點兵布將。
這一點兵布將，曾國藩立即發現情況不對頭，他被最心愛的弟子李鴻章給算計了。
頭一個不聽話的是劉銘傳，曾國藩命其駐紮周口，對撞新捻子。劉銘傳接到命令，也不說反抗，只是堅決不執行。他把曾國藩的命令千里迢迢送李鴻章處報告，李鴻章研究過後，推翻了曾國藩的軍令並通知老師。
當時曾國藩那個彆扭呀，再下令命李鴻章的弟弟李昭慶統率馬隊。李昭慶接令，立即給哥哥寫信。李鴻章收到信，研究分析後推翻，寫信給曾國藩，讓曾國藩考慮更成熟的方案。
曾國藩氣得七竅生煙，這都什麼事呀，他李鴻章竟然自居太上皇！可他又不能和弟子李鴻章吵翻，只好再寫信給李鴻章，解釋諸軍令何以如此佈置的因由。李鴻章對曾老師獎勉有加，鼓勵老師再接再厲，再創新高，把個曾國藩氣得哭都哭不出來。
最後曾國藩費盡周折才把李鴻章說服，於是師徒二人達成協議，對於淮軍，除了撤掉營官之事需要和李鴻章商量外，其餘軍務李鴻章就別插手了，要不老師這邊的活真沒法兒干。
曾、李達成協議，劉銘傳也沒理由再鬧了，只好統兵上馬，於四河流域之間，千里平原之上，開始狂追新捻子，尋求決戰。可是新捻子疾奔如飛，來去無蹤，劉銘傳狂追了大半年，不見絲毫效果。
追不上新捻子倒還罷了，新捻子還時常截長補短，狠狠地給曾國藩一個驚喜。
同治四年年底，新捻子突然發了瘋般集結起來從河南直撲湖北麻城，麻城駐紮的是湘軍成大吉部。及至兵臨城下，成大吉部嘩變，原來這支部隊早被秘密社團哥老會控制了，遂由湘軍轉型為新捻子，諸捻合流，進逼襄陽。劉銘傳聞訊在後面急追，卻哪裡追得上，行軍之中傳來壞消息，諸捻大破官軍於黃岡，殺總兵梁洪勝。
朝廷聞訊大駭，急命正在家生悶氣的曾國荃曾老九速速出山，與哥哥曾國藩共赴國難。曾國藩也寫信相勸，曾國荃終於答應出任湖北巡撫，總算是穩定了局勢。
此後的戰局無聊之至，曾國藩不停地調兵遣將，繼續追擊新捻子。新捻子則東奔西走，玩起了躲貓貓，拒絕與官軍親密接觸。這個遊戲一直玩到同治五年五月，也沒玩出個名堂。
實際上效果是有的，而且完全按照曾國藩的設計與部署，循序漸進地向前發展。曾國藩之方略，是困新捻子於四河之間，堅壁清野，慢慢縮小新捻子的生存空間，待其疲弱不堪，一鼓而擊之。這個辦法，一如此前湘軍緩慢地擠壓天京太平軍的生存空間，有一個漫長的時間段，比拚的是堅忍。
這個道理大家都能聽懂——但實際上根本沒人聽得懂，你說緩慢擠壓，大家忙不迭地點頭，要得要得，就是要緩慢擠壓，然後突然問你：「你曾國藩耗費民力財力，折騰了這麼長時間，怎麼還沒把新捻子擺平？」
朝廷的耐性終於耗盡了，這麼追來追去的不好玩，遂下諭旨修理曾國藩：
捻匪滋擾日久，蔓延愈廣，迄未大受懲創，若不力籌進剿，靡餉勞師，軍務將何日蕆事？曾國藩……著即趕緊趲程，星速馳赴陳郡，親臨各營，就近調度，以期呼應較靈。並著督飭湘淮各營，視賊所向，盡力窮擊，不得專事防守，任賊縱橫。內地賊氛一日不淨，則洋人之窺伺當日甚一日，該大臣公忠體國，為朝廷柱石，尤當統籌全局，迅將捻匪竭力剿除，以副委任。
朝廷沉不住氣，那是因為朝臣們蠢蠢欲動了。最先出場的是監察御史朱學篤，他妙語連珠，談笑風生地嘲弄曾國藩，曰：「夫防剿不能偏廢，若舉能戰之兵悉力以防，則又誰與之戰？不戰而防之，豈有窮期乎！且以難籌之餉，供此不戰之兵，其何能濟乎？」
把朱學篤的彈劾奏章翻譯成白話文，意思就是：曾國藩，大笨蛋，不會打仗白吃飯，朝廷餵你有何用？只知防守不敢戰。
朝廷覺得朱學篤說得極是在理，就把朱學篤的奏折批給曾國藩看，請曾國藩認真學習領會。
朱學篤這個彈劾來得正是時候，新捻子在流竄之中，始終在尋找機會打破曾國藩依托四河佈防的戰略。曾國藩就抓住新捻子這個急於逃竄的心理，考慮將新捻子向周家口擠壓。周家口三河交匯，是個兵家絕地，倘新捻子竄到此處，必可一戰而殲。但要達成這個目標，就必須先行開浚河工，將沙河和賈魯河的水灌至周家口，讓新捻子渡河不得。
新捻子真的鑽進了曾國藩布下的口袋——只不過，時候有點早。當新捻子突然衝過來時，官軍這邊的河工還未完成，三河流域的水流極淺。這就好比口袋仍然是口袋，只是底部破了個大洞，新捻子呼嘯一聲，呼啦啦就從破洞中擠了出去。
諸捻突破防線，衝出重圍，向著山東遼闊大地縱馬疾奔。曾國藩完美的戰略佈局，至此宣告失敗。