◎盧溝橋事變
1937年7月7日，日本軍隊經過長期密謀策劃，終於開始了佔領平津，繼而征服整個華北和中國的侵略行動。是日夜，早已佔領北平城郊宛平與長辛店一帶的日本軍隊，突然向盧溝橋龍王廟中國守軍發起進攻，炮轟宛平城。中國守軍第二十九軍何基灃一一旅吉星文團奮起抵抗，震驚中外的「盧溝橋事變」爆發，日本全面侵華戰爭由此開始，中國軍民八年抗戰的悲壯序幕隨之拉開。
時在廬山的蔣介石，除接二連三地向宋哲元、秦德純等二十九軍將領拍發「固守勿退」的電令1，分別邀請各界人士火速趕往廬山牯嶺，頻頻舉行談話會及國防參議會，共商救國圖存大計。北京大學校長蔣夢麟、文學院院長胡適，清華大學校長梅貽琦，天津南開大學校長張伯苓、教務長何廉，中央研究院史語所所長傅斯年等一大批學界要人也應邀參加會議。
此時，平津兩地各高校正逢暑期，被邀請到廬山參加會議的各大學校長、院長與著名教授，以及部分在外地的教職員工，由於遠離平津，對戰事進展消息難辨真偽，而混亂的時局伴著恐怖的謠言，如同風中野火在中國大地上四處流竄飛騰。面對來自四面八方的消息，在廬山的蔣、梅、張等三校校長憂心如焚，坐臥不安，其情狀正如梅貽琦所言：「實屬腸一回而九折。」2為此，三校校長與學術界資深人士紛紛陳情，渴盼中央政府盡快做出決斷，以挽救平津，挽救在水火中苦苦掙扎的高校和學界同人。
日軍開進北平城
7月25日，日軍已完成軍事部署，大規模攻擊平津的戰爭前奏——廊坊之戰打響。二十九軍所部愛國將士奮起反擊，敵我雙方傷亡慘重。
7月28日夜，秦德純、馮治安等二十九軍將領，以及北平城防司令張維藩等高官大員，率部倉皇南撤。身後，甩下了一座正在淪陷的千年古城和沉浸在驚恐迷惘中的芸芸眾生。
7月29日，北平淪陷。
就在北平陷落的同時，天津守軍張自忠部接到命令，開始退卻，日軍趁機展開全面進攻。地處城西的天津南開大學突遭日軍炮火猛烈轟炸，校園內的木齋圖書館、秀山堂、思源堂和教師宿舍區均被日軍炮彈擊中，頓時樓塌屋倒，幾十萬冊寶貴圖書資料灰飛煙滅。緊接著，日軍派大股騎兵和數輛汽車滿載煤油闖入校園，四處投彈，縱火焚燒。這所由著名教育家張伯苓等人創辦，靠各界人士贊助，經過千辛萬苦發展起來的中國當時最傑出的私立大學，在戰火中頃刻化為灰燼。時已轉往南京的張伯苓聞訊，當場昏厥，而後老淚縱橫，悲愴不能自制。
當天下午，張伯苓強忍劇痛，以悲壯的語調和不屈的精神對《中央日報》記者發表談話：「敵人此次轟炸南開，被毀者為南開之物質，而南開之精神，將因此挫折而愈益奮勵。」3
7月31日，也就是天津陷落，華北大部落入敵手之時，蔣介石約見張伯苓，以同樣的悲壯與堅毅之情表示：「南開為中國而犧牲，有中國即有南開。」4
蔣介石與張伯苓的談話，給茫然四顧的平津教育界注入了一支強心劑，由此增添了一份慷慨悲歌之氣。此時的日本人十分清楚，要徹底擊垮一個民族，除動用武力在政治、經濟、軍事諸方面摧毀，更重要的是精神上的徹底征服。但「自瀋陽之變，我國家之威權逐漸南移，惟以文化力量，與日本爭持於平津，此三校實為其中堅」5。因此，日本軍國主義者決不會輕易放過平津高校和高校中的民族文化精英。事變前就把平津等地高校作為重要征服目標而虎視眈眈的日本軍隊，口口聲聲要打斷中國人的脊樑骨，讓中國人徹底以日本人的意志為意志。在這種驕橫癲狂的意念中，日本軍隊終於將南開大學置於炮火之中，開始了精神上的征服。
在民族生死存亡之際，保護和搶救平津地區教育、文化界知識分子與民族精英，越來越顯得重要和迫在眉睫。由廬山轉入南京繼續參與國事討論的北大、清華、南開三校校長及胡適、傅斯年等學界名流，日夜奔走呼號，與國民政府反覆商討如何安全撤出和安置各校師生。一時間，南京與平津高校間密電頻傳，共同為之出謀劃策。
8月中旬，傅斯年以中央研究院史語所所長兼北京大學文科研究所副所長的身份，同北大、清華、南開等三所大學校長及學界名流反覆商討、權衡後，力主將三校師生撤出平津，在相對安全的湖南長沙組建臨時大學，這一決定得到了南京國民政府的同意。9月10日，國民政府教育部發出第16696號令，宣佈由北大、清華、南開三校校長蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓等三人為長沙臨時大學籌備委員會常務委員，教育部代表楊振聲為籌委會主任秘書（代表教育部次長周炳琳），籌委會成員每校委派一人，北大胡適，清華顧毓琇，南開何廉，此外另有學界大腕傅斯年、湖南教育廳廳長朱經農、湖南大學校長皮宗石等，籌委會主席由教育部部長王世傑親自擔任。
9月28日，開始啟用國立長沙臨時大學關防，校務由三校校長及主任秘書所組織的常務委員會負責。
在此之前，由教育部發出的撤退命令已在平津三校師生中用書信和電報秘密傳達。早已心力交瘁、翹首以盼的北大、清華、南開三校教職員工和學生們接到通知，紛紛設法奪路出城，盡快逃離淪於敵手的平津兩地，輾轉趕赴湖南長沙——中國現代歷史上最為悲壯的一次知識分子大撤退開始了。由於這一決定是在時局激變的緊急情況下倉促做出的，因而，此次撤退實際上是一次毫無組織和秩序可言的慌亂大逃亡。
被轟炸後的南開大學慘狀
建校歷史最為悠久的北大校園內，由於校長蔣夢麟、文學院院長胡適等名流均赴廬山參加政府會議，各項善後工作落在了北大秘書長、中文系教授鄭天挺身上。此時，一些骨氣與民族氣節都呈「五短身材」狀的文人、學者紛紛「下水」，開始與日寇狼狽為奸，企圖阻止師生南下，局勢異常嚴峻。面對危局，鄭天挺不顧夫人新喪，子女年幼，全部身心用於保護校產和組織師生安全轉移中來。
南開大學校長張伯苓
11月17日，鄭天挺與羅常培、陳雪屏、羅膺中、魏建功、王霖之、周濯生、包尹輔等北大教授，最後一批離開淪陷的北平，向南方奔去。正如羅常培所說：「北大殘局就這樣暫時結束了！」6
在北大師生逃難的同時，清華、南開師生也展開了大規模的流亡。南開師生直接自天津碼頭乘船南下，但清華、北大師生就沒有如此幸運了。由於唯一的一條南下通道——津浦路被日軍截斷，必須乘火車由北平轉天津再設法乘船沿海路南下。陳寅恪與大部分師生，正是沿這條線路開始了九年的流亡生活。
◎流亡途中
時為清華大學歷史、中文兩系合聘教授的陳寅恪，仍兼任中央研究院史語所歷史組主任。在此之前的七八年間，陳氏在學術研究上著述頗豐，教學上業績輝煌，深得中央研究院蔡元培、朱家驊、傅斯年以及清華大學梅貽琦、葉企孫、馮友蘭、朱自清、劉文典等雙方大大小小主事者的讚譽和尊敬，亦深受學生們尊崇與敬愛。由於陳寅恪的名聲越來越大，不僅清華本校教授如朱自清、吳宓、劉文典與各系高年級的學生經常前來聽課，遠在城內的北大學生和年輕教員，也成群結隊，走出古城，穿越西直門，跑到離城幾十里的西北郊外清華園「偷聽」陳寅恪講課。據聽過陳氏課的學生回憶，從北平城內到清華園，宛如一次短途旅行，頗費一番周折。沿途幾十里全是一片接一片的農田，秋天青紗帳起，尚有綠林人士攔路搶劫，甚至不惜鋌而走險，殺人越貨。前往聽課的師生曾幾次遇到攔路劫財的強盜，多虧每次都靠人多勢眾，手裡又各自拎著木棍鐵器等防身傢伙，使對方不敢輕舉妄動。即使如此，北大師生也願冒險出城，親自聆聽陳寅恪上課時那如同從天幕傳來的梵音絕唱。相對城內北大的遙遠，近在燕京大學的學生與教員，則得天時地利之便，一溜小跑即可到達清華講堂，先是喘著粗氣，接下來屏息靜氣，美美地享受一頓免費大餐。人云天下沒有免費的午餐，但在陳寅恪這裡卻是例外。當然，這套大餐是文化的、學術的、思想的、精神的，並非由「孔方兄」為主體組成的一團物質混沌。據1930年入學清華，後留德十年，歸國後由陳寅恪舉薦於傅斯年而進入北大東方語言文學系任教，許多年後頭戴「國學大師」「學界泰斗」「國寶」7等三頂桂冠的季羨林回憶說：在清華讀書的時候，「我旁聽了寅恪先生的『佛經翻譯文學』。參考書用的是《六祖壇經》，我曾到城裡一個大廟裡去買過此書。寅恪師講課，同他寫文章一樣，先把必要的材料寫在黑板上，然後再根據材料進行解釋、考證、分析、綜合，對地名和人名更是特別注意。他的分析細入毫髮，如剝蕉葉，愈剝愈細，愈剝愈深，一種實事求是的精神，不武斷，不誇大，不歪曲，不斷章取義。他彷彿引導我們走在山陰道上，盤旋曲折，山重水復，柳暗花明，最終豁然開朗，把我們引上陽關大道。讀他的文章，聽他的課，簡直是一種享受，無法比擬的享受。在中外眾多學者中，能給我這種享受的，國外只有亨利希·呂德施，在國內只有陳師一人。他被海內外學人公推為考證大師，是完全應該的。」又說：「這種學風，同後來滋害流毒的『以論代史』的學風，相差不可以道里計。然而，茫茫士林，難得解人，一些鼓其如簧之舌惑學人的所謂『學者』，驕縱跋扈，不禁令人浩歎矣。寅恪師這種學風，影響了我的一生」。8
就在季羨林聽課的這一時期，根據清華大學規定，教授月薪最高以400元為限，對所在學科有特殊貢獻者，可超過此限，其人數不得超過全體教授總數的五分之一。作為兩系合聘教授的陳寅恪，屬當之無愧的「特殊貢獻者」，因而得以連年加薪。到1937年上半年，月薪已達480元，為清華教授中薪水最高者。一家人生活穩定，無憂無慮。最令陳寅恪得意的是，他的父親三立老人得以從南京遷到北平城內和兒孫輩家人經常見面，不再孤獨。平時城內與清華園兩面家務都有僕人打理，省心省力，大事小事均可通過家中電話隨時聯絡。陳寅恪講課、讀書、會客、散步，皆感舒心愜意，如處桃花源中，真正過上了俗世中所說的「幸福像花兒一樣」的美滿生活。9想不到盧溝橋一聲炮響，將世外桃源之夢擊得粉碎。
據《吳宓日記》載，7月6日晚7時，陳吳二人來到校內西園散步，「坐體育館後球場，觀晚霞」10。覺大自然之美妙，人生之苦短。忽陳寅恪心中若有所失，默坐了一會兒，二人又談起時局變化，感日本之洶洶，歎中國之落後，不禁黯然神傷。意想不到的是，第二天夜裡盧溝橋畔就響起了槍聲。自此，西天的雲霓霞光被騰起的炮火硝煙所籠罩。
7月28日，北平西部一帶戰事激烈，當晚，二十九軍潰敗後被迫撤退。此時清華園不斷傳出可怕的消息，風聞日軍已進入清華園火車站，於是人心惶惶，眾皆逃避。仍在清華園的陳寅恪與吳宓、葉企孫等緊急商量後，攜家帶口乘人力車急入北平城內西四牌樓姚家胡同三號寓所暫避。
正應了「福無雙至，禍不單行」的古話，此時住在城內八十五歲高齡的陳三立老人已重病在身。當盧溝橋事變發生後，面對山河破碎，生靈塗炭，日本軍隊咄咄逼人的凶妄氣焰，三立老人憂憤不已，情緒低沉。無論家人如何勸慰，總是憂憤難平。臥床期間，每有親朋故舊前來探視，老人則艱難撐起病體，以低沉沙啞的聲調問道：「時局究竟如何，國軍能勝否？」外傳馬廠國軍大捷，老人特向來訪親友詢問消息是否確鑿。當中國軍隊敗退，有悲觀者言稱中國非日本人之對手，必棄平津而亡全國時，三立老人於病榻上圓睜二目，怒斥曰：「中國人豈狗彘不若，將終帖然任人屠割耶？」11言畢遂不再服藥進食，欲以死明志。從來訪者得知平津淪陷後，老人傷心欲絕，大放悲聲，曰：「蒼天何以如此對中國耶！」延至9月14日，一代詩文宗師溘然長逝。
炮火連天中，老父的不幸棄世，對陳家可謂雪上加霜。時陳寅恪幾個兄弟均在南方，因交通阻隔，一時難以趕赴北平奔喪，陳寅恪只得先行主辦喪事。9月23日，吳宓自清華園至城內姚家胡同陳宅參加三立老人祭弔。此時，北平早已淪陷，日軍已進清華園，清華師生多數已躲避逃亡。在陳宅，吳宓與陳寅恪商量逃難辦法。吳宓不願南下，欲留北平暫避讀書，寅恪表示贊成，唯謂「春間日人曾函邀赴宴於使館，倘今後日人徑來逼迫，為全節概而免禍累，則寅恪與宓等，亦各不得不微服去此他適矣」12。也就是說，要想不當漢奸，做有辱人格與民族氣節之事，就必須離開北平，遠走他鄉。國恨、家愁交疊而來，陳寅恪急火攻心，導致視力急劇下降，不得已到同仁醫院檢查，診斷為右眼視網膜剝離，醫生叮囑及時入院手術治療，不可延誤。陳氏聽罷，猶豫不決。據陳寅恪女兒流求回憶：「記得那天晚上祖父靈前親友離去後，父親仍久久斜臥在走廊的籐躺椅上，表情嚴峻，一言不發。」13又說：「考慮到當時接受手術治療，右眼視力恢復雖有希望，但需費時日長久。而更重要的是父親絕不肯在淪陷區教書，若在已陷入敵手的北平久留，會遭到種種不測。當年，美延剛出生，流求八歲（南按：應為九歲）。側聽父母嚴肅交談反覆商量，從大人的語句中感覺出父母作出決定很慎重，也極艱難。父親終於決定放棄手術治療眼疾，準備迅速趕赴清華大學內遷之校址。此時父輩四兄弟均已抵達，共議祖父身後事，在祖父逝世後剛滿『七七』尚未出殯時，於11月3日父親隱瞞了教授身份，攜妻帶女，離開北平，決心用唯一的左眼繼續工作。」14
陳寅恪常年漂泊海外求學，無心婚配，直到1928年三十九歲時才與唐篔結婚。唐篔，字曉瑩，生於1898年（小陳寅恪八歲），廣西灌陽人，其祖父為清廷台灣巡撫唐景崧。甲午海戰一役，中國戰敗。1895年4月17日，清廷代表李鴻章與日本簽訂《馬關條約》，割讓台灣給日本。台灣官吏與士紳聞訊，激昂悲憤，聯合上書唐景崧，謂「萬民誓不服倭，割亦死，拒亦死，寧先死於亂民之手，不願死於倭人手」，力主唐氏抗日守台。同年5月23日，唐景崧發表《台灣民主國獨立宣言》，宣稱「台灣同胞誓不服倭，與其事敵寧願戰死」云云。5月25日，台灣民主國成立，唐景崧被推選為總統，年號「永清」，開始組織軍隊與招募義勇抗擊日本侵台之敵。關於這段事實，從零星的資料中可以看出一個大體輪廓。台灣淡江大學歷史系教授林呈蓉主編的《台北縣史料彙編·淡水篇》「獨立紀」條，有如下記載：
青年時代的唐篔
清光緒廿年（甲午）
八月，（略）；提督李本清統七營駐滬尾，嗣以廖得勝代之；（略）。
清光緒廿一年（乙未）
二十一年（日本睦仁天皇明治廿八年）春正月，景崧奏曰：「（略）。而基隆、滬尾尤為台北之門戶。臣與提臣楊岐珍每事會商，鼓舞士氣，固結人心，以整防務。伏思台北港口紛岐，防營雖多，分佈尚弱。又以財力有限，不能遠圖。（略）」（略）。
當是時，全台之兵，土、客、新、舊為數三百數十營，每營三十六十人。（略），總兵陳永隆駐滬尾，（略）。以同知黎景嵩為台灣知府，（略），凌汝曾知淡水，（略）。然自軍興以來，糈餉浩大，旋奉部撥五十萬兩，南洋大臣張之洞奏請續撥壹百萬兩，劃交駐滬援台轉運局，以資接濟。（略）。
煙台換約之後，日廷以海軍大將樺山資紀為台灣總督；而清廷亦以李經芳為委員，至台授受。聞獨立，不敢登。（略）。當是時，日廷以近衛師團長能久親王率師伐台，次中城灣；以少將東鄉平八郎為海軍司令官，大佐福島安正為陸軍參謀，率浪速、高千穗兩艦赴淡水，就英艦詢台事。炮台擊之，乃駛去，游弋基隆。
唐景崧
清光緒二十一年
十三日，日軍以一大隊迫獅球嶺，台人請景崧駐八堵，為死守計。不從。營官李文魁馳入署，大呼曰：「獅球嶺亡在旦夕，非大帥督戰，諸將不用命。」景崧見其來，悚然立，舉案上令架擲地曰：「軍令俱在，好自為之。」文魁側其首以拾，則景崧已不見矣。景崧既入，攜巡撫印，奔滬尾，乘德商輪船逃；將出口，炮台開炮擊之。適德兵艦泊附近，以其擊己船也，亦開炮擊。（略）。十五日，川村景明入台北，以騎兵略淡水。15
日本隨軍畫家所繪，台灣抗日軍藏在竹林內以長矛刺殺日軍，日軍則放火燒村（徐宗懋《日本統治台灣之始》，來源《20世紀台灣》，2013年3月）
唐景崧率一幫親信悄然乘船逃往廈門後，台籍士紳、新上任的義勇統領丘逢甲亦不再抗日，於混亂中攜帶公款十萬元逃往廣東嘉應州。此後，整個台島人心惶惶，潰兵散勇與當地流氓四處搶掠，台北藩庫存銀被搶劫一空，繼之倉庫失火，秩序大亂，總統府亦遭搗毀焚燒。延至6月7日，強悍的日軍佔領台北，曇花一現的台灣民主國宣告覆亡。所謂覆巢之下，安有完卵？逃到大陸的唐景崧被清廷以抗命罷黜，1903年卒於家中，有《請纓日記》等傳世。16
台灣布政使司衙門原為台灣巡撫唐景崧辦公處所，在遭日軍佔領之後，成為日軍臨時最高指揮所（徐宗懋《日本統治台灣之始》，來源《20世紀台灣》，2013年3月）
在唐氏出任台灣巡撫之時，陳寅恪的舅公，即俞大維的伯父俞明震曾入台襄助唐氏策劃防務並出任民主國內務大臣。而胡適的父親胡傳（字鐵花）曾以台灣直隸州知州兼（軍事）統領的職務，助唐景崧、劉永福守台，後於1895年退出台灣病死於廈門。17胡適五歲之前曾在台灣隨父居住。許多年後，胡適赴台出任「中央研究院」院長職，曾專門尋找過兒時的舊居。因了這一歷史的淵源，唐氏家族與俞家、胡家、陳家皆有交情。陳寅恪在海外學成歸國並出任清華研究院導師期間，不願獨住工字廳單身宿舍，時趙元任夫婦住清華南院一、二號兩棟中西合璧的連體小洋房，經協商，趙元任將二號讓一半給陳寅恪居住，陳吃飯也在趙家搭伙。1927年秋，清華教員郝更生與高仰喬戀愛，高有義姊唐女士尚待字閨中，趙夫人聽說，力促陳寅恪至高處探個究竟。據陳寅恪晚年回憶：「同事中偶語及：見一女教師壁懸一詩幅，末署『南注生』。寅恪驚曰：『此人必灌陽唐公景崧之孫女也。』蓋寅恪曾讀唐公《請纓日記》。又親友當馬關中日和約割台灣予日本時，多在台佐唐公獨立，故其家世，知之尤諗。因冒昧造訪。未幾，遂定偕老之約。」18
作為灌陽名門望族的唐家，至唐景崧由台內渡後已開始衰敗，兒女輩更顯其速。作為唐公景崧孫女的唐篔從小喪父，隨母移居天津，讀書於天津北洋女子師範學校，其母在另一女校任教。後唐篔由女師保送上海體專進修，畢業後又回到母校任體育老師。未久，轉任北京女子文理學院體育教師。因了這段家世淵源與風雲際會，陳寅恪遇到唐篔猶如乾柴烈火，二人越談越投機，很快訂了終身。
1928年夏，陳寅恪與唐篔喜結連理，7月15日中午借趙元任宅設喜筵招待好友。吳宓特易新衣往賀，並作詩一首，以紅箋寫贈陳寅恪：
賀陳寅恪新婚
廿載行蹤遍五洲，今朝簫史到瓊樓。
斯文自有千秋業，韻事能消萬種愁。
橫海雄圖傳裔女，望門耆德媲前修。
蓬萊合住神仙眷，勝絕人間第一流。19
席間眾人飲酒頗多，陳寅恪以吳宓賀詩傳示來賓，眾皆歡喜，意趣濃濃。以後的若干歲月，陳氏夫婦相濡以沫，榮辱與共，手拉肩扶地走過了悲欣交集的人生旅程。
陳寅恪、唐篔夫婦共育三女：長女流求，其名為台灣古稱；次女小彭，意指澎湖列島，兩個名字皆是陳寅恪夫婦為紀念唐景崧與台海列島所取。三女取名美延。
蒼昊沉沉忽霽顏，春光依舊媚湖山。
補天萬手忙如許，蓮蕩樓台鎮日間。
盈箱縑素偶然開，任手塗鴉負麝煤。
一管書生無用筆，舊曾投去又收回。
（為人作書，口佔二絕。冬陰已久，立春忽晴，亦快事也。南注生。20）
此為光緒二十一年，台灣陷落日寇之手，曾任台灣民主國總統的唐景崧內渡後，於戊戌變法前夕所作，亦即唐篔為紀念先祖在京租賃房屋懸壁之詩幅。近四十個春秋匆匆過去，日本吞亡中國的野心越來越大，直至在瀋陽搞出了震驚中外的「九一八」事變，東北四省淪陷，幾千萬人民流離失所。出於對時局和當權者的義憤，陳寅恪於事變的第二天請胡適為唐景崧此詩題詞，借古論今，以澆心中之塊壘。胡適以《題唐景崧先生遺墨》為題回贈詩一首：
南天民主國，回首一傷神，
黑虎今何在？黃龍亦已陳。
幾枝無用筆，半打有心人。
畢竟天難補，滔滔四十春。21
陳寅恪對胡適題詩心領神會，專致謝函一封：
適之先生講席：
昨歸自清華。讀賜題唐公墨跡詩，感謝感謝！以四十春悠久之歲月，至今日僅贏得「不抵抗主義」，誦尊作現竟不知涕泗之何從也。
專敬叩
著安
弟寅恪頓首九月二十三日22
1930年陳寅恪夫婦與長女流求於清華園
更令陳寅恪和胡適沒有想到的是，離「九一八」事變僅是幾年的時間，盧溝橋槍聲再起，繼之平津淪陷，上海、南京搖晃，整個華北、華東大部燃起了熊熊戰火，而淪陷區的知識分子，將別無選擇地根據國民政府的指示，離開平津，踏上流亡西南的旅程。此時，陳寅恪四十八歲，流求九歲，小彭七歲，美延出生僅四個多月。
陳寅恪將父親靈柩暫奉某處之事委託從外地陸續趕來的幾個兄弟料理，自己於1937年11月3日攜全家連同用人忠良與照顧美延的王媽媽，踏上了奔赴長沙的逃亡之旅。此時日軍已在平津地區穩住了陣腳，整個局面已完全被日偽政權控制，對出逃的中國人而言，平津局勢更加嚴峻兇惡。為防止平津文化、教育界人士逃走南下與抗日力量會合，日偽軍在車站、碼頭及沿途重要關口設卡堵截。在出逃之前，陳家就聽說清華教授高崇熙逃出北平後，在天津火車站一下車，即被日偽軍識破身份，當場按倒在地一頓拳腳揍了個鼻青臉腫，然後一根繩子拴住手腳倒吊著扣押起來。為防不測，陳寅恪扮成生意人，又叫孩子們熟背沿途及目的地等有關地址及人名，以便在走失後設法尋找親人或故舊。
這個時候，深秋已降臨中國北方遼闊大地，在寒風的肆虐中，樹葉凋零，草木枯萎，天地蕭瑟。清晨，北平城內霜氣陣陣，冷風襲人，越發令人感到淒苦悲涼。陳寅恪一家與北大毛子水等幾位教授結伴，在淒冷、慘淡的星光映照下，於微明的夜色中踏著晨霜，悄然告別北平相依相戀的家園，由前門乘火車向天津進發。所幸的是，由於逃難人潮如黃河之水奔騰四溢，無論是火車之內還是沿途停靠的車站，如同一鍋煮爛的餃子，人聲鼎沸，身影幢幢，混亂不堪，使日偽軍的辨別能力受到限制。陳寅恪等幾名教授趁著混亂，引領家人小孩在慌亂的人群中穿行。孩子們則一個接一個牽著父母的衣角，越過了日軍和偽警察設置的盤查關卡，提心吊膽走出了天津火車站，在租界暫時躲了起來。次日，陳家又與毛子水等轉道塘沽，登上「濟南」號英國郵輪向青島駛去。跟隨陳氏一家服務十年之久的用人忠良，因家事不能前行，把陳家老小送上輪船後，含淚作別，依依不捨地離去。
輪船在大海中一路顛簸動盪總算到了青島，乘客登岸時已過午夜，陳家與毛子水等不敢停留，急忙購好長沙聯票，連夜擠上去濟南的火車。行至濟南，火車停開，班次皆無。此處風聲更緊，人爭相傳說日軍即到，逃難者如同被火燒著屁股的螞蟻，擠成一堆，滾成一團，又各自向心中的目標掙扎衝撞。火車站每有火車南開，人潮如江海巨濤，轟然而上。陳寅恪一家被裹挾在湧動的大潮中，於茫茫人海不知身歸何處。幸虧蒼天有情，一班列車停在車站未動，被擠撞得熱汗淋漓的毛子水突然從一個窗口中發現清華教授劉清揚眷屬已先在車內。這一發現，如同大海迷途的航船突然看到了暗夜的燈火，眾人拼盡力氣擠上前來求援。劉清揚等見車門已不能通行，索性把陳寅恪家人連拖帶拉從窗口一一拽進車廂，毛子水等也藉機鑽了進去。車廂內如同一個被封了蓋的熱鍋，擁擠不堪的人群如同熱鍋上爆炒的螞蟻，在一片大呼小叫、哭爹喊娘中四處衝撞游動，難以找到尺寸落腳之地。不懂世事的美延突見如此混亂情景，連驚帶嚇大哭不停，弄得陳氏一家情緒低落，叫苦不迭。此時，北風呼嘯，陰雨連綿，敵機不斷在沿線轟炸，濟南車站時聞炸彈在附近爆炸的聲音，並有炸起的碎石塵土落入站台之上，車內車外驚恐淒苦之狀令人心碎。所幸的是，陳家乘坐的火車沒有遭炸彈掀翻，未久即駛出濟南站，一路狂奔向南疾駛。至徐州後下車，轉隴海線至鄭州，旋又轉車抵漢口。在漢口旅店休息半日，即搭粵漢車於11月20日夜終至長沙。同來的大小知識分子各尋住處，陳氏一家無處覓房，暫時在一位親戚家借住。自北平至長沙，整個行程5000餘里，歷時18天，一家人備嘗亂離迭苦，總算擦乾汗水，落下腳來。23
◎再別長沙
就在北大、清華、南開等校師生向長沙逃亡之時，傅斯年已隨一批黨國大員回到南京，整日大汗淋漓地主持中央研究院總辦事處日常工作。
史語所自北平遷入上海後，未久即轉遷南京北極閣史語所大廈，與中央研究院總辦事處駐在一處，算是落地生根，安頓下來。
1936年春，繼楊杏佛之後擔任中央研究院總幹事的丁文江因煤氣中毒不幸在長沙去世，蔡元培與傅斯年共同邀請朱家驊接任總幹事。是年冬，朱家驊被國民政府任命為浙江省主席，成為威震一方的封疆大吏。不久，盧溝橋事變爆發，日軍即有進攻上海、迫近南京之勢，華東陷入全面危急，朱家驊已無法繼續兼顧中研院事務，只好請傅斯年出面代理。而這個時候，中央研究院已由最初的幾個所，發展到十個研究所，開始步入歷史上的鼎盛時期。從廬山回到南京的傅斯年，開始以事實上的總幹事身份處理中央研究院各項事務，史語所只是他掌控大局中的一個組成部分。
就在傅斯年上下奔波，忙得焦頭爛額之時，淞滬抗戰爆發。
1937年8月13日，駐上海日軍與中國張治中部第九集團軍因虹口機場的「大山勇夫事件」發生摩擦並交火，日軍乘勢向江灣、閘北中國駐軍發起進攻，中國軍隊奮起抵抗，舉世矚目的淞滬抗戰拉開了序幕。
日軍佔領上海
8月15日，日本政府緊急動員兩個師團開往中國，並擬成立作戰大本營，中日戰爭機器全面開動，就此踏上了不是魚死就是網破，不分勝負決不罷兵的不歸路。
8月17日，國防最高會議國防參議會在南京召開，胡適、傅斯年、蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓等學界要人出席了會議。在這次會議上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重點大學，內遷長沙與南昌一帶城市暫避。這個請求得到了多數與會者的響應與支持，並很快形成了政府決議。蔣介石受全民抗日激情的影響，下定決心與日本一戰，同時又希望在外交上能得到英美等國的同情和支持。當天的會議決定派胡適出使美國，蔣百里出使德國，孫科出使蘇聯，爭取國際援助，壓制日本的囂張氣焰。此時的胡適已完全拋棄了過去堅持與日本和談的夢想，發出了「和比戰難百倍」清醒而符合時代大勢的呼聲。未久，胡適從香港乘飛機抵達舊金山，開始了被他自己譽為「過河卒子」的外交生涯。
8月23日，日軍將領松井石根率領第三、第十一師團在吳淞登陸，日軍實力大增。9月11日，日軍第九、第十三、第一一等三個精銳師團抵達上海，與先前部隊兵合一處向中國軍隊發動全線攻擊，中國守軍拚死抵抗。蕰藻濱、蘇州河之戰，雙方死亡慘重，成堆的死屍阻斷了航道，血流成河，濱水皆赤。
上海戰事正酣，南京國民政府開始設法動用運輸力量，把國家珍寶、工業設施、戰略物資和科研設備，經長江、隴海鐵路和各條公路悄悄運往內地，以保存實力，準備長期抗戰。與此同時，根據國民政府命令，中央研究院各研究所也開始向長沙與南昌一帶遷徙。
決策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆紮物資儀器，打點行裝，準備起程。同時滿懷豪情地寫下了岑參《輪台歌奉送封大夫出師西征》詩，以此鞭策自己，激勵同事：「輪台城頭夜吹角，輪台城北旄頭落。羽書昨夜過渠黎，單于已在金山西。戍樓西望煙塵黑，漢軍屯在輪台北。……古來青史誰不見，今見功名勝古人。」
早在淞滬戰事爆發之前，中央研究院史語所考古組已根據戰爭形勢，在富有遠見和責任心的李濟指揮下，開始對歷次發掘器物和各種器材進行打包裝箱，準備內遷。據史語所《大事記》民國二十六年（1937）七月條載：「本所隨本院西遷，先選裝最珍貴中西文圖書、雜誌及善本書共六十箱，首批運往南昌農學院，其餘一千三百三十三箱分批運長沙。但部分殷墟出土的人骨、獸骨及陶片等，限於運輸工具，暫留原址。」八月條：「本院組織長沙工作站籌備委員會，本所遷入長沙聖經學院，所長傅斯年仍留南京，派梁思永為籌備會常務委員。」24
《大事記》所說的殷墟出土物，為史語所三組人員在安陽小屯發掘的古物。早在史語所正式成立之前，富有學術遠見和辦事才幹的傅斯年就指派時任中山大學副教授、史語所通信員的董作賓，悄悄趕往安陽殷墟，對甲骨出土地進行調查並收集甲骨了。此時距光緒二十五年（1899）秋，甲骨文被時任國子監祭酒的山東煙台福山人王懿榮發現，已有三十多年。傅斯年決定派三十四歲的河南南陽人董作賓前往甲骨文出土地——安陽調查的時候，曾遭到不少學者的反對，以羅振玉為首的大部分金石學家和古器物學家認為安陽之地「寶藏一空矣」，沒有發掘的價值。但董作賓到達安陽後，通過實地調查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，並不像羅振玉等人所說的那樣已被挖盡，他從當地農民盜掘甲骨留下的坑痕做出判斷，殷墟規模龐大，地下遺物十分豐富，且遺址破壞嚴重，有組織的科學發掘已到了刻不容緩的緊要關頭。董作賓在向傅斯年報告中頗為焦慮地宣稱：「遲之一日，即有一日之損失，是則由國家學術機關以科學方法發掘之，實為刻不容緩之圖。」25
傅斯年得知安陽殷墟情形，驚喜交加，馬上籌措經費，購置設備，調配人員，在中央研究院蔡元培院長的大力支持下，組成了由李濟、董作賓等為首的殷墟科學發掘團，開赴安陽進行發掘，從此揭開了殷墟發掘的序幕。這是史語所繼內閣檔案之後，找到的又一豐富的研究資源，通過對殷墟的科學考古發掘，湮沒了3000多年的殷商歷史大門轟然洞開，傳說中的古代燦爛王朝終於露出了它的真容。
1930年殷墟發掘現場（台灣「中研院」史語所提供）
1934年秋到1935年秋，由史語所三組考古學家、梁啟超之子梁思永主持的第10、11、12次殷墟發掘，對已發現的王陵跡象緊追不捨。此時，參加發掘的專業人員達到了鼎盛之勢，除總指揮梁思永外，另有董作賓、石璋如、劉燿（尹達）、祁延霈、李光宇、王湘、胡福林、尹煥章、馬元材、徐中舒、滕固、黃文弼、李景聃、高去尋、潘愨、王建勳、李春巖、丁維汾、劉守忠、王獻唐、富占魁、夏鼐（實習）、吳金鼎（訪問）、傅斯年、李濟（視察），以及法國漢學家伯希和（訪問），河南大學、清華大學等部分師生。一時間，在幾十平方公里的殷墟發掘工地上，大師雲集，將星閃耀，氣勢如虹。胸有成竹的梁思永充分表現出一個戰略家的宏大氣魄，規劃周密，指揮若定，每天用工達到500人以上，遺址得以大面積發現，連續發掘了10座王陵，以及王陵周圍1200多座小墓和祭祀坑。所發現的商代墓葬規模巨大，雄偉壯觀，雖經盜掘，成千上萬件的精美銅器、玉器、骨器等出土文物仍令舉世震驚。
1936年春、夏，繼郭寶鈞主持的第13次發掘，在尋求甲骨方面也取得了突破性進展。在第13次發掘中，在著名的編號為YH127號商代灰坑，一次發現帶字甲骨17096片，其中有300多塊是未破損的整版甲骨且刻有卜辭。更為重要的是，這些甲骨出於同一坑中，說明相互之間有某種內在的聯繫，比之零星出土的傳世甲骨殘片，其學術價值更高一籌。這一重大發現令學者們欣喜若狂。同年秋冬，由梁思永主持的第14次發掘，於小屯村北部兩區開掘探方60個，面積3950平方米，發現版築基址26處，灰坑122個，墓葬132座以及多條水溝等，一批精緻的青銅禮器、玉石器及大量陶器、青銅武器隨之出土。而其間由高去尋主持發掘的大司空村，開挖探坑63個，面積達1100平方米，發現殷代窖穴29個，殷代與戰國墓葬91座，出土了一批重要文物。
中央研究院史語所於抗戰前發掘安陽殷墟大墓（台灣「中研院」史語所提供）
1937年春，由石璋如主持的第15次更大規模的殷墟發掘再度展開。此次發掘從3月16日開始，一直延續至6月。此時，華北已是戰雲密佈，局勢一日緊似一日，日本人磨刀霍霍，即將血濺中原。面對一觸即發的中日大戰，為防不測，殷墟發掘不得不於6月19日匆匆結束——這是抗日戰爭全面爆發之前最後一次發掘。
至此，從1928年開始的殷墟發掘共進行了九年15次，出土有字甲骨24918片，另有大量頭骨、陶器、玉器、青銅器等器物出土。其發掘規模之大，牽涉人員之多，收穫之豐，前所未有，世所罕見。這一創世紀的偉大成就，正如後來著名考古學家、美國哈佛大學人類學教授張光直所言：「在規模上與重要性上只有周口店的研究可以與之相比。但殷墟在中國歷史研究上的重要性是無匹的。」26
殷墟出土的甲骨（龜甲）
發掘人員於匆忙中將出土器物整理裝箱，風塵僕僕押運到南京欽天山北極閣中央研究院史語所大廈，喘息未定，額頭的汗水尚未抹去，震驚中外的盧溝橋事變與淞滬會戰相繼爆發，史語所人員被迫對這些發掘物進行處理和轉運。
此次行動，按照史語所研究人員石璋如的說法，首先選擇重要的文物裝箱，「像骨頭就選人骨，其他部分就留下，這也是一種決定」。27根據不同的情況，傅斯年與李濟、梁思永商定，已捆裝完畢的60箱最珍貴中西文圖書及善本書等，由李濟親自負責押運到南昌農學院保存，其他1300多箱出土器物，陸續運到南京下關碼頭裝船，分批運往長沙，由梁思永總負其責，組織僱用船隻、運輸和安置。經過一個多月的忙碌，史語所物資、人員陸續抵達長沙聖經學院。
殷墟出土的甲骨（牛骨）（台灣「中研院」史語所提供）
日軍攻陷南京中山門時情形
就在北大、清華、南開三校和中央研究院下屬的幾個研究所，在長沙聖經學院空曠的校區安頓下來之時，從後方退出的大批機關單位、知識分子、工人、商人、難民、乞丐、流氓無產者等各色人物，潮水一樣紛紛向長沙湧來，整座城市已呈人滿為患、混亂不堪之勢。而每一股難民潮的湧入，都標誌著前線戰場國軍潰退以及大片國土的喪失。
11月12日，遠東最大的海港城市上海失陷，日軍轉而圍攻國民政府首都南京，中華民族到了最危急的緊要關口。
12月5日，日軍開始圍攻南京，中國10萬守軍在司令官唐生智的總指揮下拚死抵抗，傷亡慘重但未能阻止日軍的凌厲攻勢。
12月13日，日軍攻佔了南京，這座散發著濃重的脂粉與墨香氣味的六朝古都，頓時淹沒在鮮血、呻吟與絕望的哀號之中。放下武器的中國官兵被集體屠殺，30餘萬手無寸鐵的無辜市民遭到殺戮，日本天皇的軍隊像出籠的野獸一樣在大街小巷瘋狂強暴淚盡滴血的中國婦女。連續40餘日的屠城，橫七豎八的屍骨滿目皆是，揚子江成為一條流動的血河，整個南京籠罩在「天雨粟，鬼夜哭」的陰霾恐怖之中。消息傳出，舉世震動。大海那邊的日本國民按捺不住心中的狂喜，紛紛叫喊著擁上東京街頭，燃放焰火，提燈遊行，歡呼著「戰爭就要結束，中國已被無往不勝的大日本皇軍全面征服」等口號。整個日本四島大街小巷燈火閃耀，人潮湧動，許多人擁抱在一起，喜極而泣。此時，全世界每一個關注中國命運的人，都感受到了1937年隆冬那來自遠東地區強烈的震撼與滴血的呼喊。
緊接著，杭州、濟南等重量級省會城市於12月下旬陷落。
由於平漢鐵路沿線的保定、石家莊、新鄉等軍事重鎮相繼失守，長江沿岸的上海、南京、蕪湖等地區陷落，驕狂的日軍開始集結精銳部隊，沿長江一線大規模向西南方向推進，地處兩條幹線交會處的軍事要道武漢三鎮，立即成為中日雙方注目的焦點和即將進行生死一搏的主戰場。
12月14日，蔣介石由江西抵達武昌，緊急佈置軍事防務。國民政府最高統帥部加緊了武漢大會戰的策劃和兵力集結。
大戰在即，而長沙與武漢只有300公里之距，一旦武漢失守，長沙勢難獨撐。面對危局，無論是剛組建不久的臨時大學，還是中央研究院在長沙的幾個研究所，又一次面臨遷徙流亡的歷史抉擇。