現在，威利成了首席巡視員、首席檢察官、起訴煽動者、檢舉人、陪審員和法官。哪個製造商膽敢公開反對這種不公平的情形，必將遭受威利和媒體的指責：「他是造假者和預言家……」獨攬大權的威利說：「我是《純淨食品和藥品法案》的精神和靈魂，沒有我就沒有法律。」
——《美國食品雜誌》，1912年2月15日
自從1883年到達華盛頓，美國化學物質局局長哈維・威利博士就一直堅定不移地打擊假貨，但直到1902年「試毒小組」成立，哈維・威利的名字才開始家喻戶曉。「試毒小組」的12名年輕人是威利懷疑有害於健康的食品添加劑的實驗品。「實驗」過程缺乏科學的控制措施，並忽略了志願者吃五穀生百病的可能性。雖然這種調研不嚴謹，但他們仍然將結果公之於眾，新聞記者於是創作了一首諷刺性的順口溜：
我們正在搜尋一種毒藥，一種必然致死的毒藥，
雖然它狡猾且難以捉摸，但很快會被我們找到。
我們喝下許多難喝飲料，只為尋找致命的毒藥，
但體重每天都增加一磅，只因威士忌神奇的功效！
第二年，威利借助他在政府部門的新地位，開始攻擊專利藥品行業，要求通過一部《純淨食品和藥品法案》。但是所有相關提案——在過去30年中接近200例——都遭美國有產階級協會和威士忌與食品行業的聯合遊說而被否決。「國會的參眾兩院似乎達成了某種默契，」威利回憶道，「當一方通過了一項法案……另外一方就會拖延表決，直到不了了之。」然而，輿論開始逆轉，這在很大程度上歸功於新聞媒體。19世紀，專利藥品的廣告製作商促使了全國雜誌銷量的增長。具有諷刺意味的是，正是這些雜誌給類似哈維・威利和記者塞繆爾・亞當斯及馬克・沙利文這樣的人提供了場所，讓他們在那裡抨擊自我吹噓的廣告和秘方中的麻醉藥品成分。1905年10月，《科利爾週報》發表了題為《偉大的美國騙子》系列文章的第一篇——賽繆爾・亞當斯激烈的言辭和充分的調查立刻在公眾和立法機構中引起了強烈的反響。
在他的第一篇文章中，亞當斯揭露了專利藥品廣告客戶利用「紅條款」勒索出版物，以求得到有利的版面位置。如果州立法委員會通過了不利的法案，廣告合同中用紅色印刷的條款就會讓整個合同作廢。「這些暴君般的廣告客戶是廣告版面的大買主。」亞當斯評論道。他還讚揚堪薩斯州《恩波裡亞報》編輯威廉・懷特不向強權低頭。
給予懷特和其他編輯們這樣大勇氣的是其他美味產品所帶來的越來越多的廣告收益。專利藥品曾經引領了這條路，但現在，早餐食品、縫紉機、農場機具和其他大規模生產的產品廠商都認識到了廣告的價值。亞當斯1905年的鞭策促使威廉・懷特編輯用他的這份堪薩斯州小鎮報紙搭建了一個平台，並成為此後40年間美國人倫理道德的心臟地帶。
1901年，威廉・麥金利總統遇刺以後，難以捉摸而又爭強好鬥的西奧多・羅斯福繼任總統。從此，「鍍金時代」讓位於「進步時代」。19世紀晚期發生的迅猛變革和工業化革命自然促成了一系列的改革，改革的舉措突然之間獲得了廣泛的認同。連以前那些溫順的城市中產階級，現在也要求確保他們購買的食品和藥品的安全性與純潔性。他們開始懷疑那些與個人無關的大公司經常利用誘騙性廣告來促銷摻假的產品。記者不斷揭發出千奇百怪的醜聞。受此激勵，消費者強烈要求各行各業進行變革。1906年2月，社會學家厄普頓・辛克萊出版的《屠場》一書曝光了芝加哥肉類包裝廠裡令人作嘔的加工環境。辛克萊寫這本書的主要目的是控訴惡劣的作業條件。正是他生動地描述了勞工掉進染缸、污染了街角商店售賣的豬油這一情景，才起了實質性的作用。他悲歎道：「我本意是想喚醒公眾的良知，不料卻意外觸碰到一個正合大家胃口的話題。」
在揭發新醜聞事件的風口浪尖上，可口可樂不幸成了眾矢之的。J.J.威拉德在《可口可樂瓶裝商》一書中寫道：「在過去的幾年裡，我們看見一股席捲全國的改革颶風，表面上假裝要剷除各種邪惡，補救所有缺陷……國內成功的工業企業幾乎沒有幾家不遭受它的侵襲。」
他指出，可口可樂公司顯然也不例外地發現自己被「熱心過頭而知識貧乏的人、專業的酒家、最初的禁酒主義者以及無所事事的人所誹謗」。威拉德列舉的名單恰如其分地總結了該飲料所有的敵人。在他看來，改革家擁有「過度的熱情」和無知的頭腦。釀酒商（威拉德所指的釀酒企業）深信可口可樂公司為了禁酒令而賄賂了遊說議員的人，他們憎恨可口可樂自稱是一種溫和的飲料而實質上含有像酒精一樣的刺激性成分。可口可樂也被禁酒勢力（禁酒主義者）詆毀，因為它含有咖啡因，謠傳還含有可卡因。最後，法官們（無所事事的人）把富有的瓶裝商和可口可樂公司看作是「特別贖罪稅」唾手可得的納稅人。（在此後80多年的時間裡，對可口可樂公司徵收特種州稅成了全國範圍內地方議員的一大消遣活動。雖然許多法案一看便知道是貪婪的政治家在敲詐勒索，但他們希望瓶裝商拿出足夠的誠意，感謝他們為阻止通過這些徵稅法案所付出的努力。）
《純淨食品和藥品法案》通過
1906年，亞當斯在《科利爾週報》上繼續他的系列報道，辛克萊的書也十分暢銷，通過一項強制性國家立法的時機終於成熟了。威利不知疲倦地在全國奔走，遊說議員，勸告富有同情心的記者。他給政府的化學家寫信，在婦女俱樂部演講，為商業協會致辭，他幾乎出現在任何一個地方。於是，當1906年6月《純淨食品和藥品法案》通過的時候，幾乎全世界都認為這是「威利博士法」。
當然，阿薩・坎德勒和可口可樂公司其他的人都警覺到了這場純淨食品運動的來臨。薩姆・多布斯頑皮地稱那些擁護者是「純淨食品怪人」，約翰・坎德勒則抱怨他們是「被誤導的狂熱分子」。在州這一層面，可口可樂公司從新世紀開始就一直在和對它不利的立法做鬥爭，並呼籲當地瓶裝商聲援它，否決幾乎在南方各州都有的徵稅法案或禁售令。然而，約翰・坎德勒法官清楚地知道，一定形式的國家立法是不可避免的。儘管1902年被任命為佐治亞州最高法院法官，他仍然把自己接近半數的時間奉獻給了可口可樂公司的法律事務。當純淨食品運動升級後，這位法官意識到，可口可樂公司需要一位全職律師。衡量利弊得失後，他於1906年1月辭去了法官職務。政治嗅覺一貫靈敏的約翰・坎德勒使他的哥哥阿薩確信，即將實施的《純淨食品和藥品法案》實際上會給公司帶來好處，支持該法案會讓可口可樂顯得道德高尚，同時也和「劣質」的專利藥品劃清界限。除此之外，這部法案有利於鞏固可口可樂的地位，很可能把那些含有可卡因的仿冒品趕出市場。
於是，1906年春，約翰・坎德勒到華盛頓，表示同意通過《純淨食品和藥品法案》。該法案一生效，公司馬上刻意發佈廣告，宣稱可口可樂絕對純淨而且有益於健康，是了不起的全國禁酒飲料。「彷彿夏天一陣清新的微風，」1906年末的一則廣告寬慰地以此開頭，「它幫助消化，味道純正，給你繼續工作的熱情，讓你享受休閒的愜意。本產品由《純淨食品和藥品法案》擔保。」可口可樂冷飲料銷售員用這個新法案恐嚇那些稀釋品和仿冒品的業主，威脅說他們會把樣品寄給純淨食品委員會。
這個法案的通過也迫使可口可樂公司改變配方，去除了瓶裝和冷飲櫃檯糖漿中的糖精，因為大家都知道威利反對使用糖精，認為它是一種摻雜物。至於添加人造甜味劑的確切時間和原因，只能靠推測，但這極可能發生在坎德勒同本傑明・托馬斯協商之後，托馬斯以人造甜味劑更加便宜，而且能作為防腐劑為由說服了坎德勒。因為改變配方後成本增加，阿薩・坎德勒試圖把每加侖瓶裝飲料的價格提高10美分。但是托馬斯堅決反對提價，並拿出了當初簽訂的固定價格合同。兩人最終妥協，達成了每加侖漲價2美分的協議。為了避免引起大家的注意，可口可樂公司沒有公開宣佈改動了配方，但這事很快就傳開了。在堪薩斯州的恩波裡亞，威廉・懷特報道說：「這種飲料的大多數飲用者認為，新產品不如老產品好喝，但是冷飲櫃檯前仍然擠滿了老主顧。」
威利向「麻醉藥」宣戰
幾個月後，似乎一切都進展順利。但是1907年年初，阿薩・坎德勒拿起一份報紙，看到了這樣一則新聞標題：「威利博士著手調查冷飲櫃檯出售的『麻醉藥』。」顯然，威利說的「麻醉藥」指的就是可口可樂。他說，儘管生產商聲稱剔除了可卡因，可口可樂的咖啡因含量仍然需要調查。1907年2月25日，坎德勒寫信給威利，抱怨他的聲明會對飲料的銷量產生「嚴重的壞影響」，並提醒威利一個「清楚的事實」，即可口可樂是一種無害的、不含酒精的飲料。「不含一點可卡因或任何有毒藥物」，他強調並補充說，一份這種軟飲料的咖啡因含量只相當於一小杯茶。「比起進口使用的茶和咖啡，反對以飲用可口可樂的方式消費咖啡因顯然缺乏更多的理由，」坎德勒總結道，「因此，我們無比尊敬地懇請您，認可我們投入了所有精力、理所應當受到讚賞的這項事業。」
坎德勒認為，這麼做就能解決問題，這是可以諒解的，但是他並不瞭解哈維・威利的想法。在許多方面，坎德勒和威利有著相似的背景。兩人都受正統派基督教熏陶，有著堅定的宗教信仰，而且都是在美國內戰前的農場長大成人。在印第安納州長大的威利回憶說，那時候必須嚴守主日，連釣魚都被視為「罪大惡極」。坎德勒希望當一名醫師，後來卻轉向了製藥業；威利確實獲得了醫學學位，但從來沒有當過醫生，反而成了化學家。然而，他們最大的相似點在於，對自己所尊重的事業的正義性和正確性持有近乎狂熱的信念。威利認真地秉承父親的教誨：「只要你確信自己是對的，就要堅持到底。」
威利和坎德勒在其他方面幾乎都恰恰相反。威利是北方人，他的父親經常為他大聲朗讀斯托夫人的小說《湯姆叔叔的小屋》，還把家作為「地下鐵路組織」的後勤站。威利在謝爾曼的軍隊中服役，但是親身經歷的戰鬥並不多。從外形上看，坎德勒和其他大多數人與威利相比都成了矮子。威利身體結實，身高1.83米，「身材高大魁梧」。一位記者描述他時說，「一個大腦袋穩固地擺在堅定有力的肩膀上」，他「敏銳的眼光」會讓對手失去勇氣。但與坎德勒不同的是，威利十分幽默，博覽群書，能從生活中尋找有益於健康的樂趣。然而，當威利站在純淨食品講壇上大發雷霆時，往日的幽默感卻蕩然無存。由於他的穿著和風度，他總是被人誤以為是牧師，還因此得到了「威利牧師」的外號。事實上，雖然他自稱是不可知論者，但兒時所有的宗教訓誡都被他引入工作中了。他的崇拜者稱他是一位「純潔的傳教士」，他的批評家把他叫作「狂熱分子」，某位歷史學家客觀地形容他是一名「信奉正統派基督教的化學家」。
尤其重要的是，威利發起了一場討伐欺詐和惡行的道德運動。「有害公眾健康，」他說，「是最不重要的問題……也應該放在最後。摻假食品的真正罪行是欺騙消費者。」威利對欺騙行為甚於健康問題的擔憂也體現在他的法典之中。1906年的《純淨食品和藥品法案》並沒有明確規定有毒的物質是非法的，只是要求它們必須在標籤上予以說明。咖啡因（不像可卡因）不屬於有毒物質，沒有必要列在標籤上，因此，坎德勒理所當然地認為，根據新的《純淨食品和藥品法案》的精神，可口可樂是安全的。坎德勒僅僅是用常識進行判斷，認定可口可樂的危害不會超過一杯茶。
然而，對威利來說，這之間卻有著明顯的差別。人人都知道茶中含有咖啡因，但是可口可樂自稱是健康飲料，並以此為由向孩子銷售。同時，咖啡因是茶和咖啡中的天然組成成分，但在可口可樂中卻不是。1907年2月28日，威利的回復讓坎德勒很不悅：「我接到許多有關可口可樂癮的控訴……你當然可以說氫氰酸無害，因為它天然存在於桃子和杏仁裡。」威利在信的末尾帶有不祥預兆地向坎德勒保證：「部裡不會採取任何草率或非法的行動……當我們來調查你的產品時，你有足夠的機會申述」。
7月，農業部代理部長（毫無疑問是受到威利的指使，因而化學局隸屬於農業部）寫信給可口可樂公司，威脅說：如果不停止在廣告中宣稱可口可樂得到《純淨食品和藥品法案》的擔保，就撤銷產品的序列號。身為公司律師的約翰・坎德勒禮貌地回信詢問起因，結果被告知：農業部反對可口可樂廣告聲稱它是「純淨食品」。公司同意在以後的廣告中不再使用這句冒犯性的廣告詞。
基督教婦女禁酒聯合會參與論戰
此時，威利在幕後陰謀反對可口可樂的行為還得到了瑪莎・艾倫夫人的支持，她是基督教婦女禁酒聯合會（簡稱婦禁會）醫學禁酒部的主席，丈夫是衛理公會教派的牧師。艾倫夫人是個難以對付的高手，曾經出版過一本書，提及隱含在藥品中的酒精和麻醉劑，目前已經當選為美國科學發展聯合會的會員。她和威利不知從哪裡弄到了1901年美國國內收入署無效審判中的舊證詞，顯示可口可樂含有少量的可卡因和2%的酒精。威利和艾倫夫人利用老的審判證詞，獲得了陸軍軍醫處處長的幫助，對方在五月份寫道：「一個士兵每天喝6瓶可口可樂，就會攝入一定量的可卡因……相當於同樣數量的啤酒裡含有的酒精。」基於這個診斷，美國陸軍在1907年6月宣佈禁飲可口可樂——這給了公司以沉重一擊，公司原本打算把可口可樂定位為愛國的全民禁酒飲料。
事實上，可口可樂的確含有微量的酒精，糖漿中酒精的含量不足1%，是提煉油和搾取物的殘留物。2%這個數據顯然來自摻假糖漿的化驗結果。為了說服陸軍撤銷禁令，可口可樂公司勇闖虎穴，請威利的化學局分析飲料樣品，希望向威利證明飲料是無害的。1907年9月，約翰・坎德勒寄給威利一份由獨立藥劑師作出的化學檢驗報告，顯示飲料中含有1.25格令的咖啡因，而一杯普通咖啡中咖啡因的含量是2格令。「實驗中沒有發現可卡因。」藥劑師寫道。對此，威利僅僅回復了一封簡短的致謝信。
有影響力的政治家圍攻陸軍部，要求重新審議這個禁令，這顯然是為了取悅他們背後強大的可口可樂選民。同時，媒體的煽動性報道把這件事鬧得舉國皆知。新澤西州一家報紙打出大字標題——「冷飲櫃檯出售可卡因」。「陸軍部軍區食堂全面禁止供應可口可樂——據說可口可樂不僅含有可卡因和咖啡因，還含有和啤酒等量的酒精——南方已蔚然成風。」結果，一些部門的行政長官讀到這類新聞報道後，紛紛致函部隊詢問原委。國際主日學校協會、伊利諾伊州衛生組織和暑期講學會都想知道，可口可樂是否真的有害健康。對可口可樂公司來說，這是一場公共關係危機。
當可口可樂裡沒有可卡因、酒精含量也可以忽略不計的真相大白於天下時，陸軍部隊在1907年11月廢除了禁令，但實質性損害已經產生了。雖然可口可樂在美國的銷量沒有受到太大的影響，可這次事件幾乎毀掉了可口可樂在古巴的業務。1902年，可口可樂公司在哈瓦那開辦了自己的瓶裝工廠，生意十分興隆，主要銷售給古巴人、旅遊者和美國軍隊（從美西戰爭以來，為鎮壓叛變而被第二次派駐到古巴）。當地的競爭者發現可口可樂被軍隊禁售後，便四處散發傳單，聲稱該飲料是一種「狡猾的毒藥」，古巴的銷量就此一落千丈。「競爭者認為我們完蛋了。」工廠經理後來寫道。可口可樂第一次但不是最後一次成了美國帝國主義的象徵，公司花費了多年的心血才得以重返古巴市場。
薩姆・多布斯巧遇艾倫夫人
艾倫夫人想動員所有的美國母親反對可口可樂。在威利的幫助下，她出版了一本小冊子，暗示這種飲料仍然含有可卡因，還斷定其中的咖啡因和酒精成分特別危害孩子健康。薩姆・多布斯試圖安撫這位活躍的婦禁會領袖。他決定北上，彷彿參加一場決鬥似的。多布斯一開始就稱讚舅舅阿薩：「對一位品格高尚的人來說，生產並銷售一種可能致人毒癮的飲料是絕對不可能發生的事情。」他解釋道：「為什麼呢？因為他曾經慷慨地為慈善機構和學校捐贈了很多。」
艾倫夫人仍然不為所動。她只是冷靜地說，英國暴君查理一世也曾因為疼愛孩子而出名。「至於資助慈善機構，多布斯先生，這是對這些年來宣傳可卡因飲料的贖罪。」此時的多布斯顯然情緒失去了控制。他在艾倫夫人面前揮舞著這本破壞可口可樂名譽的婦禁會小冊子，尖聲叫道：「你以為我們會給我們自己的孩子喝毒藥嗎？我的孩子也喝可口可樂，如果可口可樂有毒，你認為我還會讓他們喝嗎？」待他從氣急敗壞中恢復平靜之後，艾倫夫人回答說，小冊子裡從未使用「毒藥」一詞，但她相信該飲料是有害的，「我認識一位少年，可口可樂癮使他在學校或其他任何地方都一無是處」。最後，多布斯借揭發醜聞者的保護神塞繆爾・亞當斯之名進行反擊，聲稱當《科利爾週報》派遣亞當斯到佐治亞州調查可口可樂時，並沒有發現任何人因為飲用該飲料而受害。
顯然，當兩位角鬥士分手時，誰都沒能改變對方的想法。瑪莎・艾倫隨後就寫信給亞當斯，詢問他到佐治亞州的情況。亞當斯回信說：「多布斯先生不僅沒有經過我的同意就盜用我的名義，而且在某種程度上還製造了一種假象。我對《科利爾週報》講的意思是，我確信可口可樂不含可卡因，但我十分確切地相信它會讓人上癮……有害於健康，而且很難戒掉。正如空氣中煙塵太多就會讓人感覺像起火了一樣。我通過書信往來和個人訪談瞭解到，南方所有地區的那些癮君子必須每天喝15～20杯這種『麻醉藥酒』。」
那幾年，有關可口可樂的謠言四起。在北卡羅來納州阿什維爾市長大的托馬斯・烏爾夫聽到的謠言很多，但這反而使他更加鐘情於可口可樂。在他的著名小說《天使望故鄉》中，一段話就讓美國了不起的可口可樂飲料名垂千古：
請喝可口可樂。據說（坎德勒）從一位山區老嫗那裡竊取了配方，但如今卻價值5000萬美元。伍德（藥品店）裡的麻醉藥更好，這裡的不帶勁。（吉恩）近來品嚐了這個飲料，便一發而不可收，每天都要喝四五杯。
基布勒副主管遊歷南方
1907年秋季，到南方調查可口可樂的不只亞當斯一人。美國陸軍只進行簡單的樣品分析，但威利的要求遠不止於此。於是，他派出他的藥品副主管萊曼・基布勒，穿越可口可樂的中心地帶，大範圍調查和走訪陸軍基地、主要城市及可口可樂瓶裝廠。一位評論家巧妙地指出，基布勒的報告讀起來彷彿他「到了充滿敵意的異域國家，被當地古怪而危險的風俗嚇得膽戰心驚」。
這位藥品副主管形容亞特蘭大是「可口可樂的家鄉和……一座冷飲櫃檯城市」。他觀察到，幾乎每個街角和所有主要辦公樓裡都有冷飲櫃檯。他說，可口可樂的飲用者包括「各行各業的人，但最多的還是辦公室職員和……腦力勞動者」。他驚奇地發現，這些人工作前要喝一杯，午餐時要喝一杯，晚上還會再喝幾杯。冷飲櫃的店員告訴他，「可口可樂迷」每天要喝10～12杯。「我們親眼看到，連四五歲的孩子都喝這種飲料。」他補充寫道，可口可樂經常被大桶大桶地買回家，然後一家人一起喝個夠。
基布勒還親自視察了可口可樂工廠，在那裡看到的場景令他作嘔：「煮糖漿的鍋好像隨時都要溢出來，周圍是各式各樣的垃圾，包括棍棒、泥土、稻草及各種碎片。」他寫道，雖然內堂的填充區稍微乾淨一些，但容器卻恰恰相反。「在裝糖漿的桶（無論大小）倒空之後，總能發現裡面有死老鼠之類的東西。」
基布勒在調查查塔努加的可口可樂裝瓶廠後，同樣對工人們「懶散的工作態度和不衛生的操作方式」大為不滿。「舉例說，如果一些『異質成分』出現在暗色黑瓶子中，」他寫道，「工人們很可能視而不見，讓它繼續留在裡面，然後照常往瓶子裡灌裝飲料。清潔工作通常都只是表面的，僅僅清除了小部分的垃圾。」在奧格爾索普城堡附近，基布勒獲悉，在禁令頒布以前，可口可樂主要用來治療宿醉。但是當地一名酒店老闆說，士兵經常喝「可口可樂烈酒」——軟飲料和威士忌的混合物——這讓他們「非常瘋狂」。
1907年晚秋的時候，基布勒終於返回到華盛頓。他深信，飲用可口可樂會上癮，這證實了威利最初的擔心。10月底，威利宣佈，要組建一個特別針對軟飲料的新試毒小組。報紙報道了他的12名勇敢的志願者。他們是一群20多歲的年輕人，將要測試100種不同的飲料，包括「廣告中大肆宣傳的補藥、精神恢復劑和大腦刺激物」，而且據瞭解，它們還都含有「可卡因、咖啡因、水合氯酸或鴉片」。
威利進攻受挫
當1907年最終結束的時候，薩姆・多布斯在年度報告中寫道：「在過去的一年裡，我們不僅為開拓新業務而工作，更為保持已有的業務而努力。整整一年我們都在堅持不懈地與偏見、無知和嫁禍抗爭。」經過1907年的多重衝擊後，令阿薩・坎德勒感到欣慰的是，隨後一年會平安無事地度過，糖漿銷售量將近300加侖，現金盈餘120萬美元。
但威利並沒有放棄。他正在醞釀一場大規模的正面進攻，這一行動本該在1908年11月發起，但遭到了官員們的干涉。食品和藥品檢查委員會成員兼法律顧問喬治・麥凱布多次否決了威利的查封建議，因為沒有證據顯示咖啡因有害。2月8日，在挫敗中一籌莫展的威利寫信給亞當斯，向他保證「我會繼續監視貨船，直到我被軍事法庭審判或被逮捕為止」。第二個月，威利在新奧爾良查到一艘可口可樂的州內貨船，並且建議將它查封。被他吵得煩躁不安的麥凱布最終決定，將此事交給委員會成員鄧拉普博士來裁決。鄧拉普指出，「如果所有人都強烈反對咖啡因」，他就不得不禁止進口茶葉和咖啡——不過，這是不可能的事——他駁回了這位首席化學家的建議。
被再次激怒的威利不再拿茶或咖啡與可口可樂進行比較了。他聲稱，這個問題已經不「值得討論」了。他在備忘錄中痛苦而清楚地表露，自己最擔心的是孩子喝可口可樂。5月，他進行了又一次嘗試。他寫道，地方委員會的一位婦女反對可口可樂公司把廣告牌樹立在學校附近，誘導學生們飲用。「如果孩子們的父母知道他們在喝咖啡因，」威利斷言，「他們將會恐慌。我再次重申我的請求，雖然它已經被否決了多次，但我還是要起訴可口可樂公司。」結果，他再一次被否決了。這一次，農業部部長詹姆斯・威爾遜親自告訴威利，不要再糾纏可口可樂公司了。威利當時「既驚訝又傷心」。但他後來寫道：「和往常一樣，我能看見幕後有一雙強有力的手在操控著一切。」他痛苦地意識到，雖然公眾把他奉為名人，他也獲得了當年的諾貝爾化學獎提名，但他的意見在上級面前卻沒有絲毫的份量。
儘管威爾遜部長曾命令他不要插手亞特蘭大飲料大王的事務，但威利還是在7月派遣了檢查員J.L.林奇去調查這家大工廠。林奇在那裡觀察到，一個黑人正在「煮」一大鍋可口可樂。他報告說，這位「廚師」的髒襯衣浸透了汗水，腳趾從爛鞋子裡伸了出來，還無所顧忌地把一團團的嚼煙吐在緊挨著攪拌鍋的檯子上。當糖濺到檯子上時，他還用腳把它重新踢進缸裡。
彷彿要嘲弄威利似的，1909年，阿薩・坎德勒雇了一艘載著可口可樂大標識的飛艇在華盛頓上空漂浮。同時，薩姆・多布斯和威廉・達西合編了一本《可口可樂真相》。這本自我辯護的小冊子一開始寫道：「這是一本增長知識的書——而不是辯護詞。」在以後幾年的鬥爭中，公司不顧本・托馬斯對防禦策略的反對，發行了上百萬份這樣的小冊子。
最終獲得批准
1909年8月，約翰・坎德勒仍在吹噓「不會再有任何一個州或者聯邦起訴可口可樂公司了」。但是兩個月後，一切都改變了。《亞特蘭大佐治亞人報》的編輯弗雷德・西利在華盛頓質問哈維・威利，為什麼沒有依據《純淨食品和藥品法案》起訴可口可樂公司。與《亞特蘭大憲政報》和《亞特蘭大日報》不同，《亞特蘭大佐治亞人報》不是隸屬於亞特蘭大的商業組織。新澤西州人西利在1906年創立了這份報紙，他反對僱用童工和囚犯，因而被認為是激進分子。這位富有改革精神的編輯和阿薩・坎德勒早已成為敵手了。1909年5月，西利威脅說，要公佈德凱特孤兒院令人震驚的照片，坎德勒正是其理事之一。
受西利問題的啟發，威利揮舞著他手裡有關可口可樂的調查文件，向這位編輯傾吐自己的挫敗。西利直接找到威爾遜部長並警告他，除非准許威利繼續調查下去，否則自己將在《亞特蘭大佐治亞人報》上給他製造麻煩。就像威利所說的，「對大眾媒體的恐懼心理起了巨大的作用」。第二天，威利獲得了准許令。
1909年10月19日，藥品副主管基布勒和檢查員林奇跟蹤一艘運送糖漿到查塔努加的貨船。第二天，他們再次秘密巡視了可口可樂工廠。霍華德・坎德勒發現他們在釀造車間附近鬼鬼祟祟、神出鬼沒時，嚇了一大跳，但他仍不失禮貌地給他們提供了一份古柯和可樂混合物「5號商品」樣品。當霍華德的父親發現政府又一次派人來窺探時，像一隻被激怒的大黃蜂一般撲了過去。「他非常衝動，發瘋似的，神經高度緊張。」林奇回憶道。坎德勒說：「要是當時我在場，你們根本得不到樣品。」坎德勒稱基布勒是個「該死的木匠」，林奇對此迷惑不解。事實上，這位北方來的檢查員顯然誤解了這個綽號。坎德勒其實是在辱罵這位政府檢查員是該死的北方佬，以發洩自己心中的憤怒。
兩天後，檢查員林奇在查塔努加沒收了37大桶和20小桶可口可樂糖漿，後來不知道為什麼又多沒收了3大桶。這個案子被官方稱為「美國政府訴40大桶和20小桶可口可樂案」。儘管名字聽起來滑稽可笑，但此案的法庭辯論卻是唇槍舌劍，精彩紛呈。這是因違反《純淨食品和藥品法案》而鬧上法庭的第二起案件。現在，威利終於獲得了農業部的支持，自然會不遺餘力地奮戰到底。
間諜戰與反間諜戰
可口可樂公司和政府幾乎花了一年半的時間進行案件審理的準備工作。威利的檢查員們獲悉，可口可樂打算召集著名的科學家證明咖啡因是無害的，威利於是也開始思考自己的專家證人人選。他還命令間諜們盡力收集對方科學家的把柄，但卻一無所獲。雖然威利強烈反對，但審判地點還是定在糖漿的查封地查塔努加，而不是在華盛頓。威利知道，查塔努加是座可口可樂城，這裡的陪審團容易偏袒被告。「這無異於在亞特蘭大審理此案。」威利抱怨道。
1911年3月，審判即將開始時，7位政府間諜秘密潛入查塔努加市監視陪審團成員，力圖證明他們沒有資格、缺乏道德或是和可口可樂有瓜葛。同時，坎德勒也僱用了自己的反間諜人員跟蹤政府方面的代表們。整個事件的開始類似一部「吉斯通式的電影」。有消息透露，一位陪審員曾經因為偷馬被逮捕過，而另外一位則經常光顧酒吧。代表們解散了剩下的陪審員，因為他們的「層次十分低下」，看上去「完全不能勝任這種性質的案子」。在收集這類情報時，一個政府間諜抱怨說，他們也被「被告的間諜監視、跟蹤和揭穿身份……這幾乎讓我們一籌莫展」。他還提到，住在市區的佩頓酒店是個錯誤，因為那裡的老闆是可口可樂公司的J.T.盧普頓。
就在審判開始之前，66歲、打了一輩子光棍的單身漢威利娶了年齡比他小一半多的圖書管理員安娜・凱爾頓。為了讓她知道自己嫁給了一個什麼樣的人，威利帶她到可口可樂的審判會上度「蜜月」，那裡人人都以為他是主要證人。查塔努加的報界和上流社會因為「名人」威利博士坐在他們中間而激動得渾身發抖，即便他支持有罪的一方，人們仍把威利夫婦視為前來巡視的「皇室成員」。
法庭審判
從1911年3月13日開庭那天起，大小桶審判案就引起了全國人民的關注，成為查塔努加和亞特蘭大的新聞報紙近一個月來的頭版頭條新聞。可口可樂公司的兩條主要罪狀分別是「在飲料中摻假」和「使用虛假商標」。根據純淨食品法的規定，一種食品裡如果含有某種有害的添加劑，就被認為是摻假品。接下來，政府不得不證明，咖啡因既是有害物質，又是這部法律所說的有害添加劑。起訴書聲稱可口可樂使用虛假商標，是因為事實上它並不含有完整的古柯葉（也就是說可卡因被去掉了），而且可樂果也僅僅是微量的。當然，使用虛假商標的指控有些諷刺，因為如果飲料裡面確實含有可卡因，那它早就是非法產品了。
對查塔努加市民來說，這場審判為他們在茶餘飯後的消遣提供了豐富的談資。林奇和基布勒反覆強調他們在骯髒的可口可樂工廠裡看到的情況，詳細陳述黑人廚師汗流滿面的工作場景和隨地吐痰的惡習，希望能激起種族主義者的不滿情緒。基布勒證明，可口可樂不僅有害，而且還致使一位已故受害者的心臟硬化，甚至用小刀也根本切不開。這時，愛德華・桑福德法官不得不訓斥可口可樂公司的專家證人，因為他們沒能控制自己的情緒，聽到這些奇聞趣事後竟然笑了起來。另外一個政府證人說，他在沒收的糖漿裡發現了稻草、大黃蜂殘骸以及其他昆蟲的一些碎片。
知名的衛理公會傳教士喬治・斯圖爾特簡短地陳述了自己的觀點。然而，對於那些急於想聽到真正聳人聽聞言論的人來說，很不幸的是，由於被告律師反對，他的話不久就被打斷了。斯圖爾特曾在亞特蘭大的講道壇上攻擊可口可樂，後來又給坎德勒主教寫了一封很長的公開信，提到一所女子學校的學生大量飲用可口可樂後變成了「放蕩不羈的夜間幽靈……違反校規和女性禮儀，甚至做了一些不道德的事情」。斯圖爾特還說，可口可樂還讓男孩子興奮得睡不著覺，這不可避免地會誘使他們犯下手淫的罪惡。
然而，大部分的審訊都離不開專家證人的參與。不管陪審員們是否真的來自「低層」，大家都很懷疑，他們能否完全理解醫生們和藥劑師們在法庭上使用的那些專業術語，哪怕只是其中的一部分。
證人的口才是無可挑剔的。《國家標準藥局》（1905年版）的三位合編者都在法庭上作證——亨利・魯斯比支持政府，查爾斯・卡斯帕裡和霍巴特・黑爾支持可口可樂公司。審判快要結束的時候，陪審團已經眼花繚亂了，可口可樂公司的律師們得意地公佈了一份有力的證詞，證人是享譽世界的德國藥理學家奧斯瓦爾德・施米德貝格，因為需要翻譯，審判被迫延長。
儘管他們的資歷證明書讓人印象深刻，可大部分專家證人還是主要依賴於有缺陷的實驗證據，並帶有明顯的個人偏見。然而，哈里・霍林沃斯和莉塔・霍林沃斯的雙盲實驗是個例外，這個實驗突破常規地研究了咖啡因對人體的影響，其研究文獻至今仍然被引為經典。年輕的哈里是哥倫比亞大學的心理學教授，接受這項工作——被認為「多少有點靠不住」——僅僅是因為他的前輩拒絕這項研究後。莉塔指導實驗的具體操作，結果顯示，適量的咖啡因能提高運動技巧，同時不影響睡眠規律。在等候出庭作證的時候，哈里・霍林沃斯發覺，整個庭審過程是「一場有趣的、經常逗人發笑的爭吵」。霍林沃斯被「雙方講述的傳聞和誤導性證詞」嚇壞了。一位科學家讓他感到相當失望，因為這位科學家竟然用木棒敲打兔子的頭部，然後得出「咖啡因能引起兔子的腦血管堵塞致死」的結論。
雙方的主要人物都沒有出庭作證，這在阿薩・坎德勒的案子中並不難理解。他的律師們不想讓這位暴躁的可口可樂擁有者靠近審判室一步。在開庭審判的大多數時間裡，坎德勒都待在亞特蘭大，給查塔努加寫了一連串充滿火藥味的信，罵林奇是個作偽證的騙子，他還通過佐治亞報紙的炒作性新聞報道來發洩自己的憤怒。他是很少受到責備的。西利的報紙曾一度打出這樣的標題：《8杯可口可樂的可卡因含量足以致人死亡》。坎德勒總結道：「政府折磨我們的行徑令人無法容忍，但是我相信，正義的力量最終一定會獲勝。」政府的科學家花費了好幾天時間來描述各種動物服用可口可樂以後出現的生理反應。當被告的辯護律師J.B.賽澤不滿地指出給青蛙注射可口可樂很難構成合理的證據時，哈佛大學教授威廉・布斯博士無力地反駁說：「飼養青蛙不是一件容易的事。你試過了嗎？」3月21日，阿薩・坎德勒懷著欣慰和幾分藐視的心情寫道：「政府快要把自己所有的老鼠、兔子和青蛙證人折磨得精疲力竭了。」
各大報紙一再預言威利會出庭作證，但他從來沒有這麼做。雖然威利策劃了整個起訴案件，但很明顯他更傾向於讓專家作證，並告訴律師們他在任何一個專業領域都沒有資格被稱為專家。如果他的試毒小組擁有足夠的對可口可樂不利的證據，威利肯定會出庭作證。但是很明顯，這群年輕人都因為喝了這個飲料僅僅只是精力旺盛。
可口可樂公司最終贏得了這場官司，雖然並沒有任何科學證據證明它無罪。所有的證詞和對陪審員的秘密監視都沒有起到作用。桑福德法官（1923年被任命為美國最高法院法官）在法官席上發表了他的看法，命令陪審團做出一個有利於可口可樂的裁決。他宣判，該產品沒有做虛假廣告，雖然其中的確含有古柯和可樂果，但都只是微量。桑福德沒有裁定咖啡因是否有毒，只是說可樂糖漿不屬於《純淨食品和藥品法案》規定的添加劑範疇，而是從該飲料被發明之日起整個配方中不可分割的一部分。
威利的討伐
公司的職員們喜氣洋洋地到處宣傳這次勝利。雖然如此，可口可樂的廣告也確實因為審判而立即發生了變化。原告對該飲料的指控主要基於孩子們飲用可口可樂這樣一個最引人注目的現狀。被告律師沒有證明咖啡因對孩童的健康是否有不良影響，只是一味否認小孩子喝可口可樂這個事實。這樣的手法顯得有點拙劣，因為當時許多廣告塑造的都是孩子和父母一起喝可口可樂的場景。「父親喜歡，兒子也喜歡。」1907年的一則廣告刻畫了一個5歲的孩子興高采烈地吸著可口可樂的情景。1911年後，一條不成文的法律規定出台：12歲以下的孩子不允許在可口可樂的廣告中出現。法官的這條附帶意見被強制執行，直到1986年才撤銷。
由於對審訊的負面宣傳報道，1912年，兩項議案被送到美國眾議院，建議修正《純淨食品和藥品法案》，將咖啡因列入「成癮」和「有毒」物質之列，而且必須在標籤上註明。可口可樂公司通過奮力抗爭，成功地否決了這兩項議案。可口可樂取得了首次勝利，保住了產品中的咖啡因成分，並使它盡量遠離公眾的視線。
審判同樣給威利博士帶來了影響。他的上司千方百計要踢走這個頑固的化學家，指控威利為獲取證詞而非法賄賂魯斯比醫生。參議院為此展開了特別調查，報紙上充滿了有關威利的漫畫和社論。雖然他最終被證明是清白的，但在1912年，他感覺自己總是受到政府官員的阻撓。於是，1912年3月，當他在國內的知名度達到頂峰的時候，他果斷提出了辭職，急流勇退。威利當時的名氣和影響力是不可估量的，遠遠大於現代的美國食品藥品監督管理局局長（與他處於同一職位的）拉爾夫・納達爾。威利獲准起訴可口可樂公司這件事意義十分重大，甚至在他離開化學局以後仍有影響。這也正是為什麼「紫色胡椒飲」董事長寄給他一份飲料的配方（因為不含咖啡因），邀請他參觀位於得克薩斯州韋科市的工廠，並向這位化學家保證自己會永遠支持他。1912年5月，67歲的威利當了爸爸，他的小男孩立即被稱為「純淨食品寶貝」。
如果坎德勒家族希望這位年邁的紳士（威利）安靜地退休，那他們就想錯了。威利開始了一場遍及全國的政治演講。考慮到他的所有專家證人最近都堅持認為咖啡因是一種有害物質，威利就「咖啡作為美國的全民飲料的好處」問題發表演講，這讓坎德勒大傷腦筋。同時，威利擔任了《好主婦》的固定專欄作家，以此作為攻擊可口可樂的全國性根據地。1912年12月，他出版了《可口可樂之戰》，在書裡他用自己的觀點對審判作了詮釋。他指出，站在可口可樂公司一邊的唯利是圖的科學家被收買了。在書裡附隨的一幅漫畫上，一位滿臉堆笑的科學家正透過一隻裝飾著誇張美元符號的玻璃杯觀察可口可樂。另外一幅漫畫描繪的是，好心的威利博士警告容易受騙的公眾提防在一隻巨大的可口可樂玻璃杯裡面爬行的小鬼，它們身上都寫著「神經過敏、上癮和消化不良」。
儘管可口可樂公司在審判中獲勝，全國性的宣傳卻對它十分不利，這引起了一位年輕的說教電影製片人D.W.格裡菲思的注意。1912年，距格裡菲思拍攝《一個國家的誕生》並獲得巨大成功已經過去了三年，但他仍然默默無聞地在紐約「傳記」電影公司工作，每週艱辛地製作兩部無聲電影短片。其中有一部短片是抨擊可口可樂的史詩，片名作《為了兒子》，劇中「麻醉可樂」的發明家看見自己的兒子深深陷入可卡因的折磨之中。一行電影字幕寫道：「這種飲料已不能讓他感到滿足了。」最後，這個年輕人因為皮下注射過量毒品而死去。格裡菲思並不關心可口可樂不再含有可卡因的事實。「傳記」電影公司的專職演員布蘭奇・斯威特扮演神經緊張、有藥癮的女主人公，為了得到「麻醉可樂」而把一個小男孩推開，喝完飲料後因為痛苦得以減輕而微笑歎息。在男友的指導下，她學會了往飲料中摻加可卡因粉末（這是當時的一種普遍做法，甚至在喝不含麻醉劑的可口可樂時也這樣做）。
物歸原主
大小桶案被上訴到聯邦地方法院，雖然判決還沒有下達，但美國政府已經著手從另一個方向努力了。第一部公司稅法在1909年通過，但是它的稅率並不高，因此，改革者要求提高稅率。「企業正在逐步匯聚成一種勢力，其權力高度集中，」1909年一位評論家寫道，「所以，需要集權的政治力量從各個方面去規範它。」1913年，改革者的呼聲有了回應，累進制所得稅法出台了。這是對那些存儲現金「超過合理商業需要」的公司徵收的懲罰性稅賦。這部稅法強迫公司支付股息，這是個人股東的應稅收入，公司不得予以相應的抵扣，這就相當於雙重徵稅。
新稅法讓會計師們苦惱不堪，他們不得不將阿薩・坎德勒個人的權益與公司的權益分開——這不是一份輕鬆的工作。「從真正意義上來說，」霍華德・坎德勒寫道，「可口可樂公司就是阿薩・坎德勒，他個人和公司的產權收益界限一直沒有明確劃清。」從1914年年末新稅法生效起，可口可樂公司賬目顯示盈餘超過1000萬美元。坎德勒對這部稅法無比怨恨，他認為錢是自己賺的，只能由他決定是花還是留。除此之外，他還認為，有必要設立「戰備基金」，以便應對不可預見的意外事故，特別是在那個特定的時代背景下。「他對這點反應強烈，」他的兒子回憶說，「並且還經常說，摩西在聖經時代曾嘗試實行過這樣的稅收制度，可惜最終失敗了。」
坎德勒被迫申報了高額的股息，在接下來的兩年裡共支付股東1000多萬美元的現金和價值640萬美元的房地產。公司公開發行的股票共530股，其中阿薩・坎德勒就持有400股。因此，那些年坎德勒必須繳納個人所得稅。1914年，他捐贈給埃默裡大學100萬美元，這無疑是試圖減輕自己的稅務負擔。
休斯法官的最後一擊
1914年，政府在聯邦地方法院敗訴之後，就將案子上訴到了美國最高法院。1916年3月22日，最高法院的法官查爾斯・休斯推翻了聯邦地方法院的裁定，這是他準備離任，與伍德羅・威爾遜角逐總統寶座之前做出的最後一項判決。休斯出生於浸信教會之家，曾想投身浸信教會做牧師，他對「大桶小桶案」的判決也反映了他一貫嚴謹的態度。令政府欣喜若狂而讓可口可樂公司氣憤不已的是，休斯說「可口可樂」這個名稱不具有區別性特徵，僅僅是兩個普通名詞簡單地拼湊在一起而已。更重要的是，他認定咖啡因確實是一種有害添加劑，並把案子打回查塔努加，讓桑福德法官重審此案，以便裁決咖啡因是否真正有害。
休斯的決定剛一公佈，哈羅德・赫希就著手準備，希望通過協商來避免一場新的審訊。可口可樂公司和化學局雙方都在瘋狂地做實驗——可口可樂公司的科學家是評估減少咖啡因後飲料的口感和風味變化，而政府的化學家阿爾斯伯格博士則試圖證明咖啡因是有害物質。因為沒有得出任何確定的結果，阿爾斯伯格請求延長實驗時間。
1917年11月12日，此案終於庭外和解了。可口可樂公司同意對起訴書指控的罪名「不爭辯」，使政府在法律意義上獲勝。反過來，公司同意減少一半咖啡因含量，即每盎司糖漿中的咖啡因含量不超過0.61格令，但這仍是降低了古柯葉和可樂果含量的「5號商品」中咖啡因含量的兩倍。儘管桑福德法官在和解書裡沒有明確說明，但是雙方達成了默契——政府將放開對可口可樂的管制，威利也不再在化學局裡繼續追究這個問題。從最初的追查到現在已經8年了，如今每個人都已厭倦了這場官司。然而，霍華德・坎德勒在幾年以後暗示說，當時一位聯邦律師接受了賄賂才同意庭外和解。
可口可樂公司為打這場官司花費了25萬多美元，但除了公眾的抗議減少、當初被沒收的那40大桶和20小桶陳腐變味的糖漿被追討回來以外，公司顯然沒有從中得到任何好處。但是，這些都不重要。正如哈羅德・赫希後來寫道的：「這是一起重大的訴訟案，處理不當，它完全可能會徹底摧毀整個公司所有的業務。」事實上，赫希大獲全勝了：可口可樂活下來了。
毀滅危機隱現
然而，大桶小桶案的和解並不說明可口可樂捲入的官司或者與政府官員之間的糾葛就此結束。這場混亂為年邁的阿薩・坎德勒敲響了警鐘，他認為這是不公平的迫害。當他離職、把公司交給孩子們打點的時候，卻引起了一系列事件，使可口可樂遭受了更加嚴峻的威脅。但是，威脅不是來自競爭者、政治家或改革者，而是來自公司內部。麻煩就像潛伏在人體內的病毒一樣。