「戰爭即將結束，我將直面人生中最後一項使命，解決教會問題。然後德意志民族才能徹底安全。我對宗教信條不感興趣，但是我無法容忍一個牧師干涉世俗事務。有組織的謊言必須被徹底粉碎，讓國家成為絕對的主宰。」1941年12月中旬，當計劃對蘇聯發動的「閃電戰」明顯遭到了挫敗之後，希特勒在午餐桌邊透露。他又補充道：「我年輕時就堅持認為：應該用炸藥摧毀它！現在我認識到，我們不能操之過急，它應該像生壞疽的肢體一樣慢慢腐爛。我們必須做到，將來只有老太婆們還願意聽站在布道壇上的白癡們說話，青年們聽我們的。」
這番表白並非出於一時衝動；這個獨裁者向來對基督教抱著敵視的態度。教會是「元首國家」裡唯一不受國家社會主義意識形態全面操控的機構。讓教會屈從於絕對的統治意志，並將其貶低到無足輕重的社會地位——這是希特勒在戰爭取得勝利之後計劃完成的事情。「國家社會主義與教會無法長期共存。」
同時他也明白，不能用暴力達到目的，基督教會依舊頗具影響力，與其打交道必須採取靈活而有策略的手段：「沒有必要人為製造麻煩，幹得越聰明越好。」這個獨裁者決不想正面攻擊德國的基督教信仰和基督教文化，他還牢牢地記得俾斯麥在與天主教會的文化鬥爭中落敗的先例。他認為「現在對教會發起鬥爭」是錯誤的，1941年10月他宣佈。「最好我們讓基督教慢慢地自行消亡，緩慢的消亡蘊含某種和解之意：基督教教義在科學面前瓦解。」
1933年前希特勒對待教會的態度已經具有兩面性了。一方面國家社會主義被打造成世俗宗教，「元首」被視為「萬能的主」派來的拯救德國人民脫離苦海的彌賽亞。希特勒的個人神化與他的追隨者們演變成「門徒」的過程相輔相成，他們無條件地服從他，如有需要願意為他赴湯蹈火。希特勒不斷召喚著據稱能創造奇跡的信仰力量，他的演講稿總少不了祈禱文般的措辭和源於基督教思想的典故。尤其在他的聖誕公告中，他喜歡把耶穌引為自己和戰友們的榜樣。如同耶穌揮舞著鞭子將高利貸商人趕出神廟一樣，他將把國際猶太金融資本驅趕出德國。
另一方面，這個煽動者在納粹運動中對宗教問題保持中立的立場，對天主教和新教一視同仁。黨綱24條規定：「本黨主張積極的基督教，但不受任何教派的約束。」他在《我的奮鬥》中號召政黨「遠離宗教」，反之「宗教也不要牽扯到政黨事務中」。納粹運動的目標並非是宗教改革，而是我們民族的政治重建。希特勒很現實地意識到，沒有基督教選民的支持他不可能上台執政。為了與他們溝通，他把兩個基督教會稱為「支撐民族生存的同等寶貴的支柱」。
因此1925年2月重建國社黨之後，他堅決反對一切把宗教爭端帶入運動中的企圖，嚴格禁止對宗教團體和機構的攻擊。圖林根黨區主席阿圖爾·丁特爾沒有遵守這一禁令，他宣傳建立一種新的民族宗教，於是丁特爾被撤銷了職務，1928年被國社黨開除。阿爾弗雷德·羅森堡也被迫發表聲明，他在1930年出版的綱領性著作《20世紀的神話》——集在民族主義陣營中廣為流傳的新異教思想之大成——「是純粹的個人想法」，「沒有國社黨的官方性質」。希特勒本人直至1942年在元首總部還一再地與這本書撇清干係，他宣稱只讀了「其中一小部分」。
1933年1月30日奪取政權之後，新任帝國總理最初披著基督教政治家的外衣，他聲稱自己內心最迫切的願望是與基督教會攜手共同實現德國的「民族復興」。「希特勒一生中從未像在上台後的頭八個星期內這樣頻繁而熱烈地呼喚上帝，他再也沒有像在這段時間內這樣熱衷於基督教的表達方式，再沒有如此虔誠地向基督教的宗教場所及其神聖像征做出承諾」，克勞斯·朔爾德（Klaus Scholder）言之有據地指出。希特勒在1933年2月1日發表的第一個政府聲明中已經做出承諾，作為我們整體道德根基的基督教將會得到「民族政府」的「切實保障」。1933年3月23日，他在關於授權法案的講話中甚至進一步向教會靠攏：新政府認為「兩個基督教會是保存我們民族性的最重要的因素」，教會的權利將不會受到任何侵犯。這一聲明主要針對天主教的中央黨，為了達到他所需的國會三分之二多數，希特勒需要中央黨的贊成票。
1933年之前，天主教圈子普遍抵禦住了希特勒運動的誘惑。從1930年9月開始，主教們在通告中不斷警告人們抵制國家社會主義的異端邪說。1932年8月，當希特勒即將跨越權力的門檻時，富爾達主教區會議確認了他們對國家社會主義思想的判斷，宣佈「禁止」天主教信徒加入國社黨。1933年3月5日的國會選舉證明了天主教政黨頑強的抵抗力，中央黨與其在巴伐利亞的姐妹黨派BVP的得票數與從前的選舉相比只有輕微的損失。怎麼打破近乎團結一致的天主教抵抗陣線，希特勒在執政的初期將其視為亟待解決的問題。3月28日，希特勒取得了初步的成果，天主教主教們發表回應的聲明，表現出願意和解的意向，「我們不撤銷從前採取的措施中對於宗教和道德錯誤的譴責」，文中聲稱，「因而全體主教有信心認為，上述的普遍性禁令和警告已經不再有遵守的必要。」接下去提出「效忠於合法政權和認真履行公民義務」的告誡。從此取消了參與納粹運動的天主教徒將被革出教門的規定；天主教信眾對希特勒和由他發起的「民族覺醒」運動也同樣熱情高漲。「穿法衣的教士們是趨炎附勢的小人」，戈培爾高興地說。
希特勒自幼生長在天主教世界裡，從未脫離過天主教會，終其一生他對這個千年宗教機構的力量保持著某種敬意。以墨索里尼1929年簽訂的《拉特蘭條約》為榜樣（譯者註：意大利王國與教皇庇護十一世為解決羅馬問題在1929年2月11日簽訂的條約，此條約也被現今的意大利共和國接受），他也想與梵蒂岡簽訂高端協議，一方面他想與天主教教士們暫時達成妥協，另一方面他想挖德國天主教政黨的牆角。「只有羅馬教廷放棄了這兩個政黨」，他們才能真正擁有中央黨和BVP的傳統選民，1933年3月7日他在內閣中說。從4月10日開始，受希特勒委託的副總理巴本和前羅馬教廷駐德國大使、時任教廷國務部長的尤吉尼奧·帕切裡（Eugenio Pacelli）開始了談判，德國與梵蒂岡的談判幾個月之後就結束了。7月8日雙方草簽了納粹政府與羅馬教皇之間的協議，7月20日正式簽字，9月10日協議生效。該協議禁止天主教神職人員今後再從事任何政治活動——它意味著中央黨和BVP事實上的投降，兩黨旋即宣佈自我解散。作為回報，納粹政府保證宗教信仰自由、保護天主教信徒組織、允許教會學校和宗教課繼續存在。
第一個國際條約的簽訂明顯提升了納粹政權的地位，它也意味著希特勒的個人勝利。「與羅馬教廷簽訂協議的速度比他在1月30日之前預想的快得多」，帝國總理在1933年7月14日的內閣會議上說，「難以形容的成功，所有重要的關注點都無法與之相提並論」 。由此現在「我們獲得了一個機會並創造了一個令人放心的領域，當前與國際猶太人的鬥爭迫在眉睫，它們顯得尤為意義重大」。天主教神職人員紛紛向帝國總理表達感激之情，慕尼黑紅衣主教米歇爾·福爾哈伯（Michael Faulhaber）熱情洋溢地讚美希特勒：「舊議會和政黨在六十年間沒有做到的」，7月24日他在致希特勒的信中寫到，「您以政治家的高瞻遠矚在六個月之內歷史性地實現了，（德國）和世界歷史上最偉大的道德力量——羅馬教皇的握手乃是能帶來無限福報的壯舉，有助於德國在東歐和西歐以及在全世界面前提高聲譽」。但福爾哈伯沒有忘記提出請求，「不要讓協議條款停留在紙面上」，不要讓底層機構的作為遠遠滯後於「元首作為政治家的偉大胸襟」。
但主教們的期望落空了。協議簽字沒多久，觸犯協議精神和內容的行為已經屢見不鮮。在很多地方發生了國社黨幹部和警察破壞天主教機構的事情，天主教的報刊遭到查禁和恐嚇，天主教青年組織被解散，它們的財產被沒收。人們只是勉為其難地提出抗議和控訴，不管教廷國務部長帕切裡還是國內主教團上層都無法動搖已經與納粹政權達成的宗教契約。然而，從1933年基督降臨節的頭一天到除夕夜，紅衣主教福爾哈伯在慕尼黑聖米迦勒教堂做的布道依舊傳達出了他內心的幻滅。他抗議納粹對舊約的貶斥，明顯不肯苟同種族主義的理論：「我們永遠不要忘記：我們並非因德意志的血得到救贖，我們是因被釘上十字架的救世主的寶血得到救贖。」納粹高層不可能忽略這樣的聲音，「神父們在進行反對我們的煽動宣傳。要當心！」1933年12月底戈培爾在日記中寫道。
1934年1月底，希特勒授命阿爾弗雷德·羅森堡 「監督整體思想教育和國社黨與之接軌的其他社團的教育工作」，此舉引起了天主教頭面人物的警惕，《20世紀的神話》的作者一向被視為國社黨內部反教會勢力的象徵。2月初該書被梵蒂岡列為禁書，1934年復活節的主教通告號召信徒們堅決反對「新異教」。有關羅森堡反基督教理論的爭論產生了令神職人員意想不到的副作用：人們對該書興趣大增，它成為排在希特勒《我的奮鬥》之後的第二本廣為流傳的國家社會主義著作。「羅森堡的神話變成暢銷書。教會替它做了宣傳」，戈培爾生氣地寫道，他對《民族觀察家報》的主編一直暗中抱有敵意。
在1934年6月30日的「長刀之夜」，就像上文提到過的，有兩位著名的天主教人士成為受害者：埃裡希·克勞澤納，非常重要的一個天主教信徒組織「天主教行動」的領導人；弗裡茨·格爾裡希，天主教週刊《正道》的總編。1932年7月這位記者在一篇題為《國家社會主義是瘟疫！》的文章中對希特勒運動進行了毫不留情的批判：「國家社會主義……意味著：對鄰國的敵視，國內的暴政，內戰，民族之間的戰爭。國家社會主義代表著謊言、仇恨、同室操戈和無窮無盡的苦難。阿道夫·希特勒宣告著說謊的權利。而你們吶，這些聽信了熱衷暴政者的謊言的人，快清醒過來吧！」現在希特勒的嘍囉們為他說過的勇敢的話實施報復了。天主教主教們卻緘默不語。與新教教會領袖以及大部分民眾一樣，希特勒表面上制止了衝鋒隊極端勢力的行動讓他們鬆了口氣。
在與新教教會打交道的過程中，希特勒從一開始就顯得游刃有餘。因為1933年之前國社黨正是在德國新教地區攻城略地取得了巨大的成功。民族新教對於民族主義綱領的接受程度在「德國基督教信仰運動」中表現得尤為突出，1932年6月它公然提出，教會的制度「應該與上帝在其造物中所設計的、迄今為止仍清晰可見的自然條件相適應」，「我們能在民族性和種族中發現它」，「認識到這一點之後，我們號召大家為建立一個真正的德國教會而鬥爭。只有真正的德國基督徒才屬於這個社團。每個德國血統的國民都歸屬於它……但它不包括受洗的猶太人」。「從積極的基督教的意義上說」，德意志基督徒應當信仰「持積極態度的、符合種族身份的、與德意志路德精神相符的、具有英雄主義虔誠精神的基督教思想」。在1932年11月的普魯士教會選舉中，時常自稱為「耶穌基督衝鋒隊」的褐色基督徒（譯者註：指支持納粹的基督徒）已經佔據了全部席位的三分之一，在東普魯士和波美拉尼亞地區甚至達到了50%。
因此無足為怪，大部分新教教會領導人熱烈歡迎1933年春天的政治巨變。普魯士新教大主教在復活節講章中宣稱，他與所有福音派教友一樣，「為蘊藏在我們民族內心最深處的力量迸發出的愛國主義意識、真正的民族共同體和宗教重建感到歡欣鼓舞」。在新教陣營中，只有少數人沒有受到蒙蔽，其中包括歷史學家弗雷德裡希·提默（Friedrich Thimme），他是《歐洲議會的偉大政治，1871—1914》的三位文獻編撰者之一，他早在1933年2月中旬寫的信中已經慧眼如炬地看穿了希特勒及其追隨者的本質：「在我的眼裡，每個相信他的偉大承諾甚至相信他有基督教觀念的人都是傻瓜。他們應當認識到這些人帶來的後果，除了謀殺、殺戮、各種形式的暴力和爭權奪利之外不會有別的。」同時他批判新教教會對「有組織的仇恨、謀殺和驅逐」的態度根本是「可恥的」。「怎麼可以將上帝的祝福賜予一個不斷地當面羞辱最簡單最明確的基督教信條的運動？」1933年5月他質問道。教會應該責無旁貸地不斷對自上而下發生的一切不義發出警告和規勸的聲音。1933年11月，他在致英國歷史學家喬治·皮博迪·古奇（George Peabody Gooch）的信中寫道：「我絕對無法認同，人們對雅利安種族加以神化，而剝奪猶太人——在他們中間，我結識了眾多品性高潔的朋友——的職位和榮譽，將他們在德國逼入絕境」。但這類聲音在德國的新教圈子裡是少見的。庫爾馬克總教區牧師奧托·迪貝柳斯（Otto Dibelius）代表了他們中的典型，他在教會發行的報紙中評論1933年4月1日全國範圍的抵制猶太人運動：帝國政府已經宣佈了，「在大變革的疾風驟雨的初期，也許襲擊時有發生，但諸如此類的事情在這種時期總是難以避免的……」
希特勒的目標是將28個新教地方教會合併成一個組織嚴密的帝國教會，從而形成一個能與天主教會分庭抗禮的組織。他主要寄希望於德意志基督徒（譯者註：希特勒當權之後，支持納粹的德國新教教徒組成了「德意志基督徒」陣營）的支持。1933年4月25日，希特勒委任完全聽命於他的柯尼斯堡隨軍牧師路德維希·米勒（Ludwig Muller）為「新教教會事務全權代理」，並賦予他迅速推行「帝國教會計劃」的特殊使命。7月11日，地方教會的全權代表們在新的教會法規上簽了字，7月14日內閣通過了新的教會法規。按照新規定，所有的地方教會將聯合成一個「統一的德國新教教會」，由全國新教教會代表會議指定的帝國大主教擔任領導人。教會機構的新選舉定在7月23日。
在選舉的準備階段，德意志基督徒為政府的大力支持感到高興。選舉的前夜，希特勒在拜羅伊特發表了一篇演說，所有電台都進行了轉播，他在演說中明確表示國社黨支持信仰運動。在這種情況下，「德意志基督徒」在新教教會選舉中取得勝利是毫不令人驚奇的。他們獲得了約70%的選票，佔了全部選票的三分之二還多。此後，1933年9月27日，路德維希·米勒在路德之城維滕堡舉行的第一屆「全國教會代表會議」上當選為帝國大主教，其實那只不過是走走形式而已。這位被稱為賴比（Reibi）的大主教自覺實現了抱負，「作為普魯士地區大主教和德國帝國大主教，他無疑成為德國新教最重要的宗教人士」。
早在全國新教教會代表會議召開之前，國內的反對運動已經初具規模。達勒姆的牧師馬丁·尼莫勒（Martin Niemoller）起了關鍵性的推動作用，他曾經當過潛水艇指揮官和自由團戰士，1933年春天尼莫勒還對希特勒和新政府寄予厚望，但後來他清醒地轉變了政治立場。1933年9月21日，他對全國的牧師發出公開信，邀請他們參加「牧師緊急聯盟」。公開信附件中提出的基本原則包含以下的義務：牧師「只遵循《聖經》和被認為正確詮釋了《聖經》的宗教改革信仰聲明」行事，並明確反對「在基督教會內部實施雅利安條款」。到年底已經有6000名牧師在承諾宣言上簽了名。尼莫勒由此奠定了教會反對希特勒的基礎。
1933年11月13日，在柏林體育館舉行的德意志基督徒群眾大會遭遇到「空前的慘敗」，此後「牧師緊急聯盟」獲得了強勁的發展動力。因為當晚在現場20 000名觀眾瘋狂的掌聲中，主要發言人柏林黨區主席賴因霍爾德·克勞澤（Reinhold Krause）提出「在第二次德國宗教改革中完成能媲美馬丁·路德的民族使命」的要求。他毫不含糊地指出「新的德國教會」應有的樣子：為「與種族身份相符的宗教生活」開闢無比遼闊的空間。第一步是「在禮拜和宗教課中摒棄一切非德意志的東西」，也就是說「清除宣揚猶太功利主義道德和講述牲口販子皮條客歷史的《舊約》」。此外克勞澤還號召一鼓作氣「將《新約》中明顯被歪曲的和迷信的內容清理掉」，拋棄「聖保羅的全部替罪羊和自卑神學理論」。這種觀點已經與羅森堡的民族主義宗教相差無幾了。「牧師緊急聯盟」圈內的人立刻發出激烈的抗議，德國基督教溫和派也表示不滿。帝國大主教米勒被迫解除了克勞澤的教職，並且中止了雅利安條款的實施。
希特勒對體育館群眾大會之後出現的非議極為惱怒。帝國大主教的退縮被他看作軟弱的表現。11月29日，他接見米勒時向他明示，他不想插手教會的爭論，大主教必須自己負責搞定。從此希特勒對他曾經的寵兒冷淡下來，他逐漸認識到，米勒不是能建立一個統一的忠誠於政府的新教教會的合適人選。1933年12月初希特勒在總理府午餐桌邊的言論揭示出他對誰更有好感，根據戈培爾的記載，當時他不遺餘力地痛罵教會：「他現在看穿了軟骨頭的牧師們和帝國大主教米勒。克勞澤是最正直的一個，他至少能出於厭惡直言不諱地抨擊《舊約》中猶太人的謊言。」
為了抵禦對他的批評，米勒採取了壓制的措施。1934年1月初他頒布了《關於重建德國新教教會有序狀態的法令》，它規定在宗教禮拜活動中禁止一切有關宗教問題的爭論和聲明。這種「鉗制言論的法令」自然很不適合作為讓反對派牧師們閉嘴的工具，它反而激起了新一輪的激烈抗議，抗議者聲稱，帝國大主教用暴力威脅所有「基於良心和為了教區利益無法對教會目前的所作所為保持沉默的人」。
與他想置身於新教教會內部爭議之外的初衷相悖，現在希特勒宣佈他準備調解德意志基督徒的代表人物和反對者之間的矛盾。接見活動安排在1934年1月25日中午的總理府，整個接見過程與反對派教會領導人——其中包括特奧菲爾·烏爾姆（Theophil Wurm）主教、奧古斯特·馬拉倫斯（August Marahrens）主教和漢斯·邁澤爾（Hans Meiser）主教——設想得完全不一樣。出乎所有人的意料之外，一開始希特勒讓戈林發言。戈林宣讀了蓋世太保監聽到的馬丁·尼莫勒當天上午打電話的通話記錄，這位達勒姆的牧師在通話中對此次教會領導人見面之前希特勒與興登堡的一次談話表現出極大的不敬。主教們非但沒有對警察國家的行事方式提出抗議，反而嚇得魂不附體。甚至在元首總部發表獨白時，希特勒還幸災樂禍地回憶起「新教教會的代表們」聽到「通話記錄」時嚇得張口結舌的樣子，別人幾乎聽不清他們說的話。
可尼莫勒依舊保持著鎮靜。當希特勒質問他在電話裡是否真的那麼說過，他給出了肯定的答案，但是他試圖解釋牧師緊急聯盟只是為了真正的宗教信仰而鬥爭，它並不想反對「第三帝國」，相反是為了帝國的福祉。希特勒顯然火了，他答道：「為第三帝國操心的事您就交給我吧，您只需要為教會操心就行了。」最終希特勒讓教會領導人做出保證，今後他們必須與帝國大主教真誠地合作。總理接見之後發表的一份宣言強調他們「必須無條件地忠誠於第三帝國和元首」，並且「最強烈地譴責所有批判國家、民族和運動的圖謀」。教會領導人的歸順宣言暫時削弱了牧師緊急聯盟的力量，路德維希·米勒的地位似乎又暫時穩固了。希特勒沒有忘記，尼莫勒是唯一一個敢於無畏地面對他的人，後來他滿心仇恨地迫害尼莫勒和他的同盟者。1934年4月底，他在和希姆萊、戈培爾的談話中號召「發起對牧師緊急聯盟的鬥爭」。「我們將用趕山羊的手段對付他們（譯者註：趕山羊是巴伐利亞和蒂羅爾地區的民間私刑，將罪犯披上羊皮驅趕毒打）」，宣傳部部長在日記中寫道，「可憐的牧師敗類。我們要變成基督徒了。」
但是日漸嚴厲的彈壓也無法再恢復新教內部的平靜。帝國大主教採取專制的手段強迫地區教會向帝國教會看齊，他的嘗試遇到了阻力，教會內部的反對力量反而獲得了更多的同情。1934年5月底，139名代表在巴門召開了第一屆「德國福音教會認信大會」，與會者議定了——基本上由神學家卡爾·巴特（Karl Barth）起草的——宣言，巴門宣言第一條著名的論點標誌著它與德意志基督徒的觀點徹底劃清了界限：「我們拒絕以下虛妄的信條：除了將上帝的言語作為教義宣講的來源之外，教會可以和必須承認其他事件、力量、人物和真理源自於上帝的啟示」。正如克勞斯·朔爾德所言，1934年5月31日的巴門宣言「無疑是教會鬥爭中的突出事件」，「由於它清晰明白的文字、對《聖經》的論證和無可置疑的認信性質，它不僅能讓神學家和牧師們接受，而且也深深打動了認信教會信徒們的心」。它成為認信教會的主旋律，雖然一再有被其他聲音蓋過的危險。繼第一次認信大會之後，1934年10月在達勒姆教區大廳召開了第二屆認信大會。大會選出了負責認信教會未來事務的管理「委員會」，並且號召「全國的基督教團體、牧師和教區教堂理事會」「不要服從目前的帝國教會領導及其下屬機構的任何命令」。
到了1934年秋季，形勢已經變得很明顯了，帝國大主教無法再平息新教內部的爭端。10月底，希特勒出人意料地取消了接見路德維希·米勒的計劃，反而為遭到米勒懲處的南德地區主教烏爾姆和邁澤爾平反昭雪，並將他們和漢諾威主教馬拉倫斯一起召到柏林。10月30日，他在兩個小時的會談中開誠佈公地告訴他們，他對宗教事務不再有興趣了——這是帝國大主教失寵的一個明顯跡象。被召來的地區大主教們認為米勒時代終於過去了，可他們的期盼還是落空了。雖然希特勒在私人圈子裡對這位「賴比」的能力極盡蔑視，說他「既不是一個有謀略的人，也不是一個堅守原則的人。內心軟弱，外表強硬，而不是相反。」但是他不準備徹底放棄他。而米勒本人呢，雖然明知失勢了，卻不肯辭去職務，於是他在民間的外號從「賴比」變成了「賴著不走」。
天主教徒和新教徒中的教會鬥爭引起了極大的動盪，但我們不可將其錯認為是對政府無聲的否定乃至於公開的政治抗議。相反，所有跡象都表明，人們普遍認為反教會的措施和種種刁難都源自於意識形態煽動者阿爾弗雷德·羅森堡之流，希特勒本人的聲望沒有受到任何影響。這位偽裝大師一直假裝自己是一個具有宗教意識的人，一個在運動中堅決捍衛基督教價值觀並反對過激派的政治家。兩個教會的領袖人物一再向「元首」表達忠心和敬意，這使得信教的一部分群眾更不會把不滿的矛頭對準最高領導人，他們反感的是地方上的國社黨激進分子。
通過教會內部的一體化讓其聽命於政府的努力失敗之後，納粹領導人準備改弦易張。1935年7月，希特勒讓前普魯士司法部部長漢斯·克爾管理一向由內政部和文化部負責處理的教會事務。作為新成立的國家宗教事務部長，克爾有權對整個教會頒布有法律效力的命令。他建立了「帝國教會委員會」和「州教會委員會」，其任務是調解國家與教會之間的關係以及解決教會內部糾紛。1935年8月初，他對集合開會的黨區主席和國家督察員宣佈，有必要「穩住支持國家的和被納粹滲透的基督教會力量並保持其宗教生活」。
希特勒改變對教會的政策路線有兩個完全不同的目的：一方面他想把教會盡可能地排擠出公共生活，另一方面他想在某種程度上平息與教會的爭端，至少避免公開的對抗，1935年夏季和秋季社會情緒已經明顯惡化了，他不想再雪上加霜。「（希特勒）能夠明白地看到社會情緒的低落，（他）想和教會休戰了，至少在一段時間之內。」8月14日戈培爾在日記中寫道。但是幾天後，天主教會的主教們在教會講壇上宣讀了一份主教通告，它重申了教會要在公共生活中發揮作用的要求，並用最嚴厲的言辭譴責了政府的壓制政策。他們在致希特勒的備忘錄中雖然強調了「支持國家的立場」，但是表示「目前對基督教和基督教會愈演愈烈的攻擊」令他們深感憂慮。
希特勒非常生氣，他和戈培爾一起思考著應對之策。「元首相當重視天主教問題」，1935年9月初宣傳部部長在日記中寫道。「現在就開始戰鬥嗎？我不希望這樣，以後也許更好，首先我們要取得一些外交上的成功。」9月11日，這個獨裁者在紐倫堡黨代會上發表的公告中宣稱，「在任何情況下他都無法容忍」「某些人以迂迴的方式繼續或者重新開始宗教的政治化」。我們將堅決地展開一場鬥爭，「不讓某些神父染指我們的公共生活，這些不務正業的傢伙不好好做個靈魂拯救者，卻一心想當政治家」。
1935—1936年，納粹政府利用第一批外匯和風化案再次對天主教會施加壓力。天主教神父和修道士被人以性侵少年兒童以及違反嚴格的外匯管理規定的罪名告上法庭。1935年底，原定在科布倫茨地區法院舉行的庭審進入籌備階段，國家警察給予大力協助，1936年7月底希特勒卻下令暫時停止庭審。他改主意的原因是西班牙內戰的爆發，納粹政府與天主教會有可能以建立「反布爾什維克統一陣線」的形式締結和約。雖然主教們在1936年8月19日的主教公告中表明了反布爾什維克的立場，但他們同時堅持認為，雙方在此基礎上取得諒解之前，德國政府應該先解除違反宗教契約的對國內宗教生活的種種「限制」。
1936年10月底，希特勒在和戈培爾的談話中重申他的意圖，也許他將和天主教會「講和了，至少暫時休戰。發動對布爾什維克的鬥爭，（他）想和福爾哈伯談談」。11月4日他在上薩爾茨堡接見了紅衣主教福爾哈伯。在三個小時的談話中，他又大肆渲染了一番布爾什維克主義威脅歐洲的可怕圖景，並要求天主教會在反對布爾什維克的鬥爭中支持他：「要不國家社會主義和教會一起勝利，要不兩者一起淪亡。」這個獨裁者做出承諾，（他們）「將和過去徹底告別」，不允許再出現「任何破壞和平合作的紕漏」。他強調說，這是與教會取得諒解的「最後一次努力」。這一回他又用上了蘿蔔加大棒的戰術。「元首就像天生的君王一樣熟悉外交和社交禮儀……」福爾哈伯在一份秘密報告中描述這次談話。「總理無疑懷有對上帝的信仰。他承認基督教是歐洲文化的締造者。」
後來希特勒告訴戈培爾，他狠狠地敲打了紅衣主教一番。福爾哈伯「淺薄狹隘」，「胡扯了一通教條」。「戰鬥還是和解。此外別無出路。教會必須歸順我們，而且沒有任何附加條件。」但是天主教神父們並不肯無條件地臣服，在1936年聖誕節主教公告中，雖然他們宣佈將在「全世界歷史性的反布爾什維克鬥爭中」支持政府，但是又再次要求獲得宗教契約所保證的權利。1937年1月初，在上薩爾茨貝格午餐桌邊一次冗長的「關於宗教問題的討論」中，希特勒盡情發洩了他對神父們犯上行為的憤怒，他抱怨說「天主教神父們又發表了反對我們的主教公告。諸神欲懲罰某人，先令其盲目」。希特勒明確表示，一切聲稱教會不可或缺的公開聲明不過是漂亮的場面話，「元首認為基督教理應消亡。這也許需要很長時間，但是終歸會到來的」。
1937年1月30日，內閣中發生了一起轟動事件，它讓希特勒堅定了反天主教的鬥爭意志。如前文所述，郵政和交通運輸部部長埃爾茨-呂貝納赫，一個嚴格的天主教徒，拒絕接受國社黨金色黨徽並拒絕加入國社黨，他的理由是國社黨「壓迫教會」。獨裁者和他的宣傳部部長非常惱怒：「這就是黑袍教士們。他們把所謂唯一能救世的教會的崇高命令置於祖國之上。」隨後的日子裡，希特勒不斷地痛罵著教會：「他們過去什麼都沒有學會，將來也學不到任何東西。人們能想像出的最殘酷的機構。沒有慈悲和公正可言。我們不能與之妥協，否則我們就會完蛋。」我們必須與「這些神父開誠佈公地談談」，福爾哈伯在慕尼黑又發表了一次充滿批判性的布道之後，戈培爾說：「他們必須服從我們，否則將永無寧日。」
1937年2月底，希特勒在小圈子裡開始從根子上抨擊基督教和基督教會。戈培爾記錄道：「元首闡釋了基督教和基督。他（譯者註：指耶穌）也反對猶太人對世界的統治，然後猶太人把他釘上了十字架。可是聖保羅歪曲了他的學說，並借此顛覆了古羅馬。基督教中的猶太人。同樣，馬克思也用他的政黨思想歪曲了社會主義思想。這並不能阻止我們成為社會主義者。」雅利安人耶穌符合國家社會主義的英雄主義理想形象，而猶太奸細聖保羅卻偽造了基督思想，將基督教引向了災難重重的道路——正如民族主義作家們所宣傳的，這絕非是本來的基督思想，而是對其思想的歪曲。與羅森堡的「神話」相比，希特勒受休斯敦·斯圖爾特·張伯倫（Houston Stewart Chamberlain）的主要著作《十九世紀的基礎》的影響更深。
然而希特勒完全以實用主義的態度對待這些思想：「並非本黨想反對基督教，但我們必須以唯一正宗的基督徒自居。然後集全黨之力反對那些破壞者。基督教代表摧毀神父階層的口號，就像從前社會主義意味著摧毀馬克思主義大佬一樣。」雖然希特勒允許他的擁護者們搞偽宗教的個人崇拜，尤其他自己也樂於在黨代會上扮演教主的角色，但是他始終不願意以宗教創始人的身份出現。他在1937年3月12日的黨代會上表示反對「創立新的宗教」——國家社會主義運動「還太年輕」——在此他明確地拒絕了羅森堡的計劃。他依然想避免與天主教會公開決裂。「他在反教會的鬥爭中引用了施裡芬的名言：『有重大意義的成功和平庸的成功。』他有理由不想要平庸的成功。」戈培爾評論，「我們必須讓對手徹底閉嘴或者覆滅，如此而已！」
教皇通諭《在焦慮中》的發表撕開了黏著的局面。通諭初稿出自福爾哈伯之手，經由帕切裡編輯，並由教皇庇護十一世批准。秘密特使將文件送抵德國，在德國印刷，1937年3月21日，復活節前的星期日，神職人員在講道台上公開宣讀了通諭。教皇通諭聲討了德國對「教會公開和隱晦的暴力攻擊」，宗教契約不斷遭到破壞；基督教徒受到的壓力是非法的、不人道的。公文尖銳地指出基督教信條與納粹理念之間水火不容：「如果有誰把民族或種族、政體、國家權力的主體或者其他人類社會形態的基本價值觀……從世俗價值體系中剝離出來，把他們變成至高的準則和宗教價值觀，並且用偶像崇拜的形式加以神化，那麼他就扭曲和偽造了上帝創造和保佑的萬物之道。」
宣讀通諭的前夜，海因裡希已經把其中的內容通知了戈培爾，「名副其實的挑釁」，宣傳部部長寫道。但他不同意蓋世太保首腦做出激烈反應的想法。最好是「裝聽不見，置之不理」，「然後從經濟上施壓，不要逮捕人。查封和禁止刊登了這個無恥公告的教會報紙。此外要保持冷靜，等待時機，到時候將這些搗亂分子一舉拿下。」但是裝死戰術不再合希特勒的心意。1937年4月初，他把戈培爾從上薩爾茨貝格召來，「現在他想和梵蒂岡反目了……神父們不理解我們的耐心與溫和，那麼就讓他們見識一下我們的嚴厲、強硬和無情。」4月6日希特勒下令讓居特納「撇開其他事務，有重點地」重啟去年暫時中止的風化案。同時媒體展開了反天主教的瘋狂的輿論戰，戈培爾親自坐鎮指揮。「展開了最猛烈的反擊。在我的示意下，地獄音樂會開場。現在神父們的日子難過了。」他在4月底寫道。
宣傳部部長的工作又一次令希特勒感到滿意，戈培爾記錄道：「元首在教會問題上的態度日漸激進。」現在他不再「手下留情」：「雞姦幫理應得到清理。」希特勒在傳統的五一講話中對教會發起了激烈的攻擊：「如果他們採取任何一種方式，寫信或者通諭，試圖攫取原本屬於國家的權利，我們將強迫他們回去從事分內的治療心靈的宗教活動。」他在言語之間影射重新開庭的神父風化案：「當自己的道德水平堪憂時，最好不要從道德層面對國家指指點點。」
5月28日戈培爾在柏林德國大會堂發表的演說掀起了誹謗運動的高潮。前一天他和希特勒詳細討論過演說的內容，「元首」前所未有地口授了關鍵的段落，「非常尖銳激烈，我達不到那樣的水平」，戈培爾在日記中寫道。所有的德國電台都轉播了戈培爾的演講。演講開始前的一個小時，德國的報社接到了演講文本，他們得到命令，次日將以「最大的字體」刊登全文。戈培爾在演講中極盡煽動之能事，他說「他看到在整個人類文化史上絕無僅有的、達到駭人聽聞和令人髮指程度的道德淪喪」。整個天主教教士階層瀰漫著「淫亂之風」，「藏污納垢」，「穿著教袍的性犯罪者」到處追逐著「令人噁心的色慾」。「淫蟲」理應被徹底消滅。演講之後，在20 000名國社黨支持者的歡呼聲中，戈培爾匆匆趕往總理府謁見「元首」：「他和我握了手。他在收音機邊聽了整個演講，他告訴我，他激動得一分鐘都坐不安穩。」
德國大會堂群眾大會之後的一段日子，希特勒也常常在親信們面前發洩對教會的仇恨：「元首對神父們有一肚子火。」戈培爾繼續進行反教會的煽動，同時蓋世太保試圖壓制天主教報紙的反對聲音，監視天主教神職人員的布道活動。「德國的天主教徒被打入另冊」，柏林主教康拉德·馮·普雷辛（Konrad von Preysing）哀歎，「為了信仰他必須忍受蔑視、嘲弄、種種不自由和困窘而無法自衛，教會的敵人們卻享受著言語詆毀、攻擊和嘲弄的自由」。
可是風化案庭審的結果讓納粹領導人大失所望。因為在很多案子中，被告被無罪釋放或者只受了輕微的處罰。「法庭不中用。他們對神父們反國家的重罪只處以可笑的罰款或者短期徒刑的懲罰」，1937年7月初戈培爾生氣地說，他得出結論，「必須讓特別法庭受理案件。」宣傳部部長勸說希特勒接受了他的想法。7月底希特勒卻出人意料地下令讓司法部部長暫時中止了庭審，雖然戈培爾一再要求重新開庭，但是事情始終沒有落實。雖然希特勒在1937年12月做出保證，他只是在等待「重新開庭審理神父案件」的有利時機，可是「現在他想把教會問題先擱置一邊」。也許他態度的再次轉變與下文將要描述的納粹政府從凡爾賽和約修訂政策到擴張政策的轉變有關，希特勒決定實現其影響深遠的外交行動計劃，在這一階段，他認為與梵蒂岡和天主教神職人員鬧得劍拔弩張是不明智的。
此外他也意識到了，在短時間內難以實現讓教會屈從於政府威權的目的，需要打一場持久戰。1937年5月11日，在一次內閣會議之後，他對親信們透露了他內心的打算：「我們必須讓教會屈服，把它們變成我們的臣僕。必須取消神父終身不娶的制度。教會財產將被沒收，任何人在24週歲前都不可學習神學。這樣我們就可以從教會手中奪回最優秀的後輩。宗教社團必須解散，教會不再有法定監護權。唯其如此，我們才能做到在幾十年內讓他們屈服，把他們管得服服帖帖。」
即使對付新教的反對派，希特勒也避免過激行為。到了1936年底，事實表明，克爾調解德意志基督徒和認信教會之間矛盾的努力已經失敗了。1937年1月中旬，希特勒在總理府午餐桌邊痛斥宗教事務部長，他表明了「要嚴厲對待教會的態度」。「在任何情況下」都必須在鬥爭中貫徹「國家至上的原則」，克爾的政策「過於軟弱」。2月12日，帝國教會委員會——致力於重建新教教會內部團結的中央委員會——被解散了，隨後克爾在沒有和部長級同僚們溝通的情況下擅自宣佈了一條法令，該法令將把教會置於嚴格的國家監督之下。希特勒對克爾的自行其是非常惱火，他拒絕公佈這條法令，同時他召集克爾、弗裡克、赫斯、希姆萊、戈培爾和國務秘書施圖卡爾特2月15日到上薩爾茨貝格開會討論教會問題。戈培爾在日記中寫道：「現在元首明確表態。克爾犯了一個嚴重的錯誤，他越過我們擅自行事。」
宣傳部部長和希姆萊、施圖卡爾特一起乘夜車抵達上薩爾茨貝格，因此他們一路上有足夠的時間交換意見。三個人一致認為，嚴格的國家操控——譬如克爾法令草案所做的規定——只會製造出「殉教者」。同時他們還指出從長遠眼光看他們與克爾之間的根本區別：「克爾想保留教會，而我們想消滅它。」上薩爾茨貝格會議開了足足七個小時，它也說明了希特勒對此事的重視程度。他強烈地反對克爾的想法，克爾超越了宗教事務部「最高主教」應有的形象，只會「以暴力行事」。由於面臨著「偉大的全球鬥爭」，德國「目前不能與教會為敵」。經過長時間的討論之後，戈培爾提出了他之前和希姆萊、施圖卡爾特商定的建議：「或者政教分離——我認為為時尚早——或者重新選舉立法宗教會議，黨和國家這次完全不介入，最自由的比例選舉，然後給宗教會議代表們發高額津貼，這樣一來他們在一年之後都會來祈求國家的資助。」根據戈培爾的日記，希特勒「興奮」地同意了這個建議；他們討論了所有細節問題，包括克爾在內的所有與會者都表示贊成。「一個歷史性的日子，教會爭端的轉折點」，戈培爾興高采烈地寫道。
希特勒的政令被刊登在報紙的晚間版，事實上它引起了不小的轟動，因為文中聲稱：「帝國教會委員會失敗之後，為了實現德國新教不同派別的統一，教會應該完全自由地根據教民的天職自行制定新的教會法規和頒布新的法令。」帝國宗教事務部長受命「籌備教會代表大會並採取必要的措施」。次日戈培爾在柏林召開了以「元首在教會問題上邁出了通向和平的一步」為主題的新聞發佈會。
但美好的宣告並未成為事實。不久之後事實表明，教會選舉非但沒有促進分裂的新教派系的統一，反而引發了新一輪的社會動盪。部分認信教會公開以抵制選舉相威脅。1937年7月底，選舉的籌備工作停止了，這是少有的幾次希特勒的政令無聲無息地石沉大海。有一段時間希特勒考慮過另一個方案：實行政教分離，他得到了克爾的支持，正如戈培爾所說，克爾完成了「一個漂亮的大轉彎」。但這個計劃不久也流產了。1937年12月，希特勒表明了他的主要顧慮：「這樣一來新教就徹底完蛋了，我們失去了與梵蒂岡抗衡的砝碼。」在緊鑼密鼓為戰爭做準備時，有關教會問題的根本決定被擱置下來，克爾被明確禁止「進行任何改革」。但是再一次的態度大轉變卻不包括對著名新教代表人物的迫害。
1937年7月1日，希特勒下令逮捕馬丁·尼莫勒。他在達勒姆做布道時更加明顯地公開譴責國家社會主義「世界觀」的極權慾望，而且敢於直接點名迫害教會的主使者們，當眾宣讀被迫害的主教名單。「尼莫勒終於被逮捕了。報紙只是不顯眼地報道了這則新聞。現在等著判決，他無法再和外界聯繫，以後永遠不會放他自由。」宣傳部部長在這一點上與「元首」意見一致。1937年12月，乘坐專列前往慕尼黑參加魯登道夫葬禮的途中，希特勒明確宣佈：尼莫勒「不會再放出來，直到他徹底崩潰。不能容忍反對國家的行徑」。
1938年2月7日，庭審以不公開的形式舉行，庭審結果對於政府來說卻是一個失敗。尼莫勒和他的辯護律師著重強調他信奉國家社會主義的個人歷史。被告不僅陳述了他作為潛艇指揮官在第一次世界大戰中的戰功，還提到1918年之後他參加自由軍團後的事跡以及早期他對國家社會主義運動的同情。一些著名的證人出庭證明他具有純粹的愛國主義思想。最後他被判處7個月徒刑，並被課以2000馬克的罰款。因為他在莫阿比特監獄已經被單獨囚禁了8個月，因此被視為服過刑了。
戈培爾始終關注著庭審的所有環節，他越來越憤怒，等同於道義上無罪釋放的溫和判決讓他極端惱火：「真的夠了，我只對新聞界發了簡短的通告，元首下令讓希姆萊立刻把這個傢伙送到奧拉寧堡。」當外國記者們還等候在法庭門前時，尼莫勒從偏門被蓋世太保官員帶走，解往奧拉寧堡附近的薩克森豪森集中營。「在那裡他可以通過勞動和反省為上帝服務」，宣傳部部長在他的身後喊道。判決宣佈後的第二天，希特勒在總理府的午餐桌邊也詳細講述了「尼莫勒案件」：「他被關在集中營裡，他不會很快出來。所有的國家公敵都將得到這個下場。如果誰把仁慈的希特勒錯當成懦夫，他就會見識到希特勒的強硬。」事實上直到「第三帝國」滅亡，「希特勒的欽點囚徒」尼莫勒一直被關在集中營裡，1941年之前被關押在薩克森豪森集中營，後來轉移到達豪集中營。
除了轟動一時的「尼莫勒庭審」之外，希特勒於1937年底下達的與教會之間的停戰令一直延續到1939年上半年。在這個時期，希特勒開始轉向擴張戰爭的對外政策，他無法承受與教會之間的大規模衝突。「領導人清楚地知道，教會問題非常棘手，在戰爭時期也許會有非常惡劣的影響。」女秘書克裡斯塔·施羅德在一封信中對女友透露。與教會的徹底清算只能留待戰爭勝利之後。而政府對待「猶太人問題」的態度則截然不同。1938年成為通向把猶太人「趕出」德國的目標的一個標誌性年份。1938年12月初，帝國宗教事務部長克爾再次提出將新教教會置於強制性的國家監督之下，根據戈培爾的記錄，希特勒「叫停了命令」：「我們現在必須首先解決猶太人問題。」