在伊尹的協助下，湯成功推翻了夏朝的統治，建立了商朝。商朝建立之初，百廢待興，湯又在伊尹的幫助下完善了各項典章制度，使商迅速恢復了社會秩序，走上正軌。商湯在位三十年，臨終時，因為特別信任伊尹，把輔佐繼任帝王的重任囑托於他。
商朝時，繼承的法則是兄死弟及，沒有弟弟，才輪到兒子繼承。商湯沒有弟弟，因此應該是長子太丁繼位。可是湯還在世時，太丁就死了，因此按照禮法，應該由太丁的弟弟外丙繼位。於是伊尹便扶持外丙繼承了王位。外丙在位三年就去世了，他的弟弟仲壬繼位，仲壬體弱多病，注定也是個短命君王，在位四年就病亡了。這時能繼承王位的只有商湯的孫子、太丁的兒子——太甲了。此時的太甲只有十歲，但伊尹還是毫不猶豫地扶持年幼的太甲登上了商朝君主的寶座。他自己則掌握大權，盡心盡職地從旁輔佐，教給太甲如何區分是非對錯和治理國家的方法，希望把太甲調教成一代賢君。
太甲年幼少不更事，開始還能聽伊尹的教導，謹言慎行，恪守祖輩的禮法，認真對待政事。可是，他小小年紀就登上權力的頂峰，眾星捧月般地長大，而且自幼喪父，沒有受過嚴格的管教。沒幾年，他頑劣的性情就開始滋長，自認是一國之君，萬人之上，沒人能管得了自己，漸漸變得忘乎所以，對伊尹的教導也開始不耐煩起來。他覺得伊尹雖為宰相，卻是奴隸出身，自己憑什麼要聽他的教訓。因此，當伊尹給他講祖宗的規矩，向他傳授湯立下的法度，用歷史上賢君的故事教育他時，根本聽不進去，而且表現得很敵對。漸漸地，他變得恣意妄為，喜聲樂，醉酒宴，一再地破壞禮法。更可怕的是，他竟越來越像夏桀，喜歡濫用民力，暴虐嗜殺，百姓苦不堪言，對他的不滿越積越深。
對於太甲的無心長進，暴虐成性，伊尹和群臣都憂心忡忡，一再規勸，提醒太甲作為一代君王，要有所為有所不為。然而，太甲根本聽不進伊尹的規勸，不但一意孤行，甚至還變本加厲。伊尹非常憂慮，擔心如果繼續放縱太甲這樣胡鬧下去，湯好不容易打下來的天下，就會被他葬送。
為了商朝的天下，為了能把太甲調教成一代明君，伊尹決定對太甲下一劑猛藥。正好快要到湯的忌日了，按規矩，君主要帶領朝廷上下舉行盛大的祭祀活動。太甲貪玩，根本不想主持這種規規矩矩、枯燥乏味的儀式，可是伊尹一再強調身為湯的子孫，繼承了湯打下的天下，這件事他責無旁貸，除非他不想做這個君主了。太甲無奈，勉為其難主持祭奠，帶領群臣來到了湯的墓地——桐宮。祭奠一開始，伊尹宣讀祭文，向湯的亡靈宣告，為了商朝能千秋萬代，要將幼主留在桐宮，讓他反思自己的言行，幫他領悟治國的道理。太甲聽完祭文，才知道自己要被囚於桐宮，接受訓導，一下就慌了神，可是群臣百官都在場，顯然大家都支持伊尹的決定，他已經騎虎難下，只能聽從了。
太甲住進了桐宮，但國家大事不能無人管理，伊尹便攝政當國，代行天子職責。為了教導太甲上進，伊尹給他寫了《伊訓》、《肆命》、《祖後》三篇訓詞：《伊訓》中說，腐敗、婬蕩、逆亂之風是喪家亂國的根本，身為君主要想讓國家長治久安，就要修身養性，多聽賢臣的意見；《肆命》是講分辨是非的方法，清楚地說明應做什麼樣的事情，不應做什麼樣的事情；《祖後》則專門講商湯時候的典法制度，教育太甲祖先的規矩不可破，不能為了貪一時之快，而背棄祖訓，為所欲為。
桐宮遠在商都郊外，雖是商朝開國之君湯的陵墓，卻非常簡陋，跟普通人的墓沒什麼兩樣，只有一座又低又矮的宮室，以便每年到此祭奠。太甲是享樂慣了的人，怎能甘心呆在這裡受苦。為了能讓太甲安心悔過，伊尹語重心長地對他說：「我年事已高，本沒有爭權奪位的野心，可是先王臨終托孤，輔佐幼主，自己重任在身。為了不辜負先王的囑托，不能對你放任不管。你還是商朝的國君，但是在執政之前要多學習、走正道，修身養性，提高治國安邦的能力。所以要趁著這次機會，在這裡好好學習如何做一個英明的君王。」
太甲知道此事已經無可挽回，再加上伊尹的一番話也讓他有些感觸，便不再反抗，表示會老實地呆在桐宮學習。太甲在此，沒有高床軟臥，沒有錦衣玉食，遠離前呼後擁，遠離奢華的享受，也遠離各種誘惑，每天他早晚守候著祖父商湯的陵墓，讀著伊尹寫給他的訓詞，過著簡樸的生活，心竟真的漸漸平靜下來。
太甲逐漸瞭解到祖父歷盡艱辛，打下商朝天下，還能儉以修身，仁以立德，由衷地崇拜起祖父來，再想想自己對國家沒什麼貢獻，就登上王位，卻不思治國，只貪圖玩樂，還暴虐地對待百姓，真羞愧難當。同時，他想到伊尹對自己苦心教誨，自己卻不能理解，懊悔不及。於是，太甲下定決定要好好讀書，做一個不負祖父亡靈的明君，學習為君為政所必需的德行與知識，掌握國家法度，以及如何應對國家的困境。
就這樣，在不斷地學習與悔過自新中，太甲在桐宮一住就是三年。這三年間，太甲真的脫胎換骨了，他認真學習，以祖父為榜樣，嚴格要求自己，尤其注重修煉自己的德行。伊尹也經常派德才兼備的人給他授課，同時瞭解他在桐宮的情況。經過一番瞭解，伊尹確定太甲已經改過向善，也具備了一定才識，可以回來當君主了。於是，伊尹帶領文武大臣來到桐宮，用隆重的儀式把太甲接回了亳都，讓太甲歸位主政，自己只從旁輔佐。
經過三年的蛻變，太甲歸位後，果然完全改掉了過去的頑劣性情。他雖然年紀輕輕，卻成熟沉穩，對待國家大事從不懈怠，還發揚商湯的德政，勤儉愛民，凡是為大局著想，從不做違反祖制和朝廷法律的事。在他和伊尹的統治下，商朝社會穩定，百姓安康，諸侯臣服，進入了一個穩定發展鼎盛時期。《史記·殷本紀》中說太甲復位後，「諸侯鹹歸殷，百姓以寧」。太甲因此贏得了群臣和百姓的尊敬，被稱為「太宗」。伊尹又作《太甲訓》三篇，褒揚太甲的德政。
不過，太甲當政期間，對國家大事起決定性作用的還是伊尹，直到太甲的兒子沃丁繼承王位八年後，伊尹才去世。據說，他去世的時候，天降大霧，三日不散。沃丁感念他對商朝鞠躬盡瘁的功德，親自主持喪事，用天子之禮厚葬了他，將他安葬在亳都的郊區。
伊尹不僅是輔佐湯奪取天下的開國元勳，而且是名副其實的「五朝元老」，他以其卓越的才能和忠誠，為商王朝延續六百年的統治奠定了堅實的基礎，是我國歷史上最早的賢能相國聖人，史稱「元聖」。在甲骨卜辭的記載中，伊尹不但被列為「舊老臣」之首，受到隆重祭祀，而且還與湯同祭，單獨享祀。