挾持漢少帝和陳留王來到洛陽，先是向全國宣佈廢除漢少帝，然後擁立陳留王劉協即位，是為漢獻帝，董卓則自封相國，朝中大小事情都要經過他的批准。董卓大權在握，做了很多壞事，還不准別人勸諫，如果有誰說了一句他的壞話，立刻就會被董卓殺死。
大臣們也不敢得罪董卓，都害怕自己掉了腦袋，但尚書令王允決定為民除害，消滅董卓。
這個王允可不是一般的人物，他出身官宦人家，家族地位很高，十九歲的時候，他就擔任朝廷要職，後來做了豫州刺史，隨後出任河南尹，董卓挾天子後，任命王允為尚書令。
董卓生性凶險，重權在握，如果貿然反對他的話，肯定只能給自己帶來傷害，王允深知其中的利害關係。為了穩定董卓，王允表面上裝作十分忠誠，對董卓的任何決定都順從附和，久而久之，董卓便真的以為王允對自己忠心不二，他也把王允當作了自己的親信。不管大小事情，董卓都放手讓王允去主持。自己得到了這麼大的信任，王允求之不得，他藉著職位便利，頒布了很多對國家和社會有利的措施。
別看王允對董卓事事依順，其實他也有自己的堅持。朝廷有很多官員反對董卓，令董卓大為惱火，其中有個叫楊勳的，反抗特別強烈，後來他看到自己勢單力薄，也知道對抗不了董卓，只好放棄。但王允認為楊勳是個人才，當董卓詢問王允有誰能勝任司隸校尉這個職務時，王允首先就推薦了楊勳。董卓雖然討厭楊勳，但他相信王允的話，便讓楊勳上任司隸校尉。
王允表面上迎合董卓，暗地裡則聯絡社會各界人士商討討伐董卓。司隸校尉黃琬、尚書鄭公業等人都參與其中。王允請示漢獻帝，讓護羌校尉楊瓚擔任左將軍，讓執金吾士孫瑞擔任南陽太守，一點一點把反對董卓的人安排在朝廷要職和重要地方官職上。隨後王允對外下令討伐袁術，準備讓士孫瑞帶著軍隊駐紮在道武關，其實都是為誅殺董卓做準備，害怕董卓外逃。狡猾的董卓似乎知道了王允的打算，他沒有讓士孫瑞出城，王允為了不暴露計劃，順著董卓的意思，提任士孫瑞為僕射，又把楊瓚提升為尚書，進一步控制朝廷。
公元191年，董卓封王允為溫侯，作為給自己親信的嘉獎，王允有點猶豫，想拒絕加封，這個時候，士孫瑞提醒了他。士孫瑞說，董卓多疑暴戾，如果拒絕加封，可能會引起董卓的猜疑，對計劃不利。王允聽了覺得有道理，便高興地接受了董卓的加封。
公元192年，春耕時分，天氣始終不見晴朗，大雨連下了兩個多月，農民無法播種，個個搖頭歎氣。朝廷見此便準備了祭天大禮，王允和一干人等前去參加。大家看著眼前連綿不絕的陰雨，想到國家在董卓管制下變得污穢不堪，人人自危，心裡很不是滋味。幾個人在祭台上商量，乾脆借天災這個機會開始執行消滅董卓的計劃，每拖一天時間，事情就變得更加糟糕，情況也會無法預料。
得到大家的同意後，王允把自己的計劃說了出來。董卓有一個義子，名叫呂布，兩人雖然在別人面前表現得很和睦，其實心裡都對對方有著很強的戒備，王允准備利用兩人之間的猜忌心，唆使呂布除掉董卓。
一開始，呂布並不反對王允的計劃，但他覺得不應該由自己去刺殺董卓，而要換成別人，王允勸導呂布：“天下人都知道董卓是個奸臣賊子，況且你和他並不同姓，更不應該把他當作父親。而且他也沒有盡到做父親的職責，現在他被世人唾棄，你可不要認賊作父，盡早抽身出來才是正確的。”王允的話簡直說到呂布的心坎裡去了，呂布想了想，一咬牙，決定親自上陣。
恰好在這之後沒多久，久病當中的漢獻帝痊癒了，滿朝文武都聚在未央宮慶祝獻帝康復，王允就在這一次聚會時做好了準備。聚會前，呂布讓都尉李肅從軍中挑選出十名身手敏捷的士兵，大家穿著宮人的衣服，站在未央宮門外見機行事。沒過多久，董卓進宮了，等他一走進未央宮，埋伏好的士兵衝出來把他圍了起來，每個人都雙眼怒瞪，手裡的刀劍指著董卓，董卓嚇得高聲大叫救命。這個時候，呂布從後面衝出來，董卓以為自己有救了，誰料到呂布揮起武器朝董卓砍下去，董卓還沒反應過來是怎麼回事，就一命嗚呼了。
董卓死後，他的屍體被丟棄在大街上任人踐踏，他的家人也全部被誅殺，百姓得知董卓被殺的消息，個個拍手稱快。王允運用智謀為東漢王朝贏得了喘息的機會，也贏得了百姓的稱讚，在這之後，他上任錄尚書事，掌管朝廷事務。