1772年，正是乾隆在位時期，有一天，安徽學政朱筠向乾隆上奏，請示對《永樂大典》重新進行整理，搜集更多的資料文獻。乾隆很支持這件事，隨後便下令在全國範圍內徵集書籍，鼓勵老百姓把家中藏書貢獻出來，乾隆還給這部新的巨著起了一個名字，叫《四庫全書》。從中人們不難發現，《四庫全書》是在《永樂大典》的基礎上編修出來的，而對《永樂大典》的整理也成了《四庫全書》能夠編纂出來的原因。
聖旨一下，全國各地便開始忙碌起來，首先是徵集書籍。從1772年開始，清朝政府一共徵得12237種書籍，其中江蘇進獻了4808種，浙江進獻了4600種，排在全國前列；還有一些私人藏書家，比如馬裕、鮑士恭、汪啟淑等，也都把自己的藏書貢獻出來。征書工作一直到1778年才宣告結束，乾隆皇帝對結果非常滿意，他為此還制定了獎勵政策，即進獻書籍達到500種，獎勵進獻人《古今圖書集成》一部；進獻書籍達到100種的，獎勵《佩文韻府》一部，另外，凡是進獻書籍達到100種，乾隆皇帝為了表示恩寵，會從中選一本最精華的書，在上面親筆寫一些鼓勵的語句。同時，清朝政府還會把進獻書籍的人的姓名寫在功德簿上。
征書工作完成後，就開始對書籍加以整理、分類。《四庫全書》不單單只有《永樂大典》的內容，還包括了朝廷藏書閣的藏書；清政府自行編纂的書籍，一些皇帝的著作；各省政府進貢的書籍；民間收集來的圖書，以及民間流行的通俗書籍。負責編纂的文官對所有書籍進行篩選，被認可的書籍又分為三種，第一種是精華之作，不但要錄入《四庫全書》，還應該單獨發行，在民間流傳；第二種是能夠錄入《四庫全書》，但達不到單獨發行的條件；第三種就是既不能錄入《四庫全書》，也不能單獨發行，只在《四庫全書總目》中保存書名。對於前兩種符合條件的圖書，文官也要仔細選擇，因為每種圖書都有很多不同的版本，哪種版本最好，才能選進《四庫全書》。一旦確定了入選的版本，文官們就要對這個版本進行加工潤色，首先由低一級的文官對圖書內容進行修改，有錯別字的改錯別字，有語病的改語病，或者是哪些詞語用得不恰當，決定刪掉還是替換，這些改動都要寫在紙條上，然後夾在書裡相對應的地方，呈給上級審查。上一級的文官如果同意某些修改內容，就用硃砂毛筆在書中進行修改；如果不滿意，就不作改動。之後再把圖書呈給最高一級文官，由他總體判斷書中的修改內容是否恰當，如果有必要，高級文官可以否定中級文官的決定，而採用初級文官的修改。總之，一本書經過三道修改審查，最後呈給皇帝檢查，要是皇帝同意了，這本書的修改就算確定下來。
接著就要把修改好的圖書重新抄寫一遍，別看說得輕鬆，抄書可是一件體力活。在選擇抄書人的時候，就要特別仔細，務必徵召那些字跡工整優美的人。在徵召的時候，通常會讓應徵人當場寫幾行字，查驗字跡好壞，擇優錄取。每人每天抄寫的數量也有要求，每天必須抄寫1000字，一年就是33萬字，五年就是180萬字，如果在五年時間內抄寫完成200萬字，朝廷就會給予官職作為獎勵。第一等官職為州同，5年抄寫165萬字為第二等，官職為州判，第三等官職為縣丞，第四等官職為主簿。《四庫全書》的抄寫工作前前後後一共徵召了3826名抄寫人，人數最多的時候一天有600人抄書，每天可以抄寫60多萬字，可謂工程浩大。
編纂的最後一步，就是校訂。校訂工作十分嚴格，清政府為此專門制定了獎罰條例，羅列了很多種可能發生錯誤的情況，分別對應不同的懲罰。校訂需要進行兩次，初校和復校，在這之後，總負責人會在校訂好的圖書中隨意抽幾本出來進行審核，直到不再發現錯誤的地方，才允許拿去裝訂。可以說，校訂工序裡的每一個官員都要非常認真，他們肩上的責任是最重大的。
編纂《四庫全書》的同時，還編修了《四庫全書薈要》、《四庫全書總目》、《四庫全書簡明目錄》、《四庫全書考證》和《武英殿聚珍版叢書》，算得上是《四庫全書》的衍生物。
《四庫全書》共有4部44類66屬。經、史、子、集4部中，經部有10類9屬；史部有15類27屬；子部有14類25屬；集部有5類5屬。《四庫全書》涵蓋面非常廣闊，然而在編纂過程中，很多內容帶有反清思想的圖書都被清政府銷毀了，有些雖然沒被銷毀，內容也經過了大幅度篡改，後世人無法得知其中的真實情況。而且清朝對西方的科研技術也不重視，一些科學技術都沒有收錄在《四庫全書》中，從中我們也可以看出清朝政府的迂腐和目光短淺。