在英法等國準備發動新的侵華戰爭的時候，清王朝正被太平軍打得焦頭爛額，處於內外交困的窘境。盡避它對英法等國為攫取包大殖民特權而進行的「修約」活動等存有戒心，但為了維持其搖搖欲墜的封建統治，根本政策仍然是對內鎮壓、對外妥協，即力求和外國侵略者妥協相安，以便集中力量（乃至借助外國力量）鎮壓人民革命。在這種對內對外總的方針政策指導下，清政府對於應付外敵入侵缺乏足夠準備，沿海防備相當鬆懈。
當時，湘軍已經興起，但由於與太平軍交戰的綠營兵大量潰散，因而清軍在數量上並未增加１，而且絕大部分都用於鎮壓以太平天國為主的國內人民起義，用於邊海防的軍隊為數甚少。對於在第一次鴉片戰爭中遭到破壞的海防設施，戰後進行了修復和擴建工作。鑒於虎門為廣東海防咽喉，清政府對該要塞的設防予以特別關注。除在原址修復和擴建了威遠、靖運、鎮遠、大虎等炮台外，還將橫檔和永安兩台擴建為一座大炮台，在鞏固炮台遺址附近添建了南北兩台。另外，鑒於第一次鴉片戰爭中英軍在下橫檔登陸的教訓，新建了下橫檔炮台；並在威遠炮台右側山腰上，新建了威遠山腰炮台；於鎮遠炮台左側山腰上，新建了鎮遠山腰炮台。上述修復、擴建或新建的十二座炮台均用三合土築成。安設的大炮數量有所增加，但質量並無多大改進，只是將固定的木製炮架改為能使火炮升降、旋轉的滑車絞架，以便調整射擊方位和距離。炮台前後挖有壕溝和掩體，並於後牆上開了炮洞、槍眼，便於對付敵之側後抄襲。其它各地的沿海炮台也多少有些改進。但總的看來，海防設施變化不大，沿海防備仍然十分鬆懈。
早在1850年，就有人提出對於英國可能進行的新的侵略宜及早防範。清廷一方面認為應「於無事之時，為有事之備」，一方面又提出「總期不動聲色，慎密籌防，斷不可稍有洩漏，致啟疑釁」。１閩浙總督劉韻珂甚至認為：備戰「風聲一播，夷人定啟猜疑，將來首先張皇之地，即為首先紛擾之地，是防夷而適以招夷，未免失計。」２有的督撫則認為海防已臻完善，不需加強。如兩廣總督徐廣縉等把廣東水師吹得天花亂墜，說什麼「風濤耐於慣習，炮火熟於點放，船隻長於駕駛，器械、火藥在在極於精良」３，認為外國侵略者不敢進攻廣州。還說什麼「現就廣東地方情形而論，內河外海，炮台林立，分駐台兵數千名，若得文武同心，士卒用命，即使深入，何能徑出。」４上述畏敵和輕敵兩種錯誤思想，都嚴重地影響對外敵入侵的防範，妨礙沿海戰備的加強。
由於清廷仍然閉關鎖國，妄自尊大，不採納任何先進的軍事思想和軍事技術，不進行絲毫實質性的改革，軍事上始終處於停滯落後狀態。步兵除冷兵器外，仍然使用土製鳥槍、抬槍。火炮也無多大改進，並且依然沒有專門的炮兵部隊。除虎門要塞外，大多數炮台的火炮仍採用固定木製炮座，所有火炮都用火繩點火發射，射速慢，射程小（最遠不過千米），而且命中率低。水師戰船仍為木製的風帆船或划槳船，每船裝備數量不多的數百斤至千餘斤的火炮。1856年，新造炮船三百餘艘，裝備了從外國購買的火炮二百門，但主要用於鎮壓太平軍。