1898年6月15日（光緒二十四年四月二十七日），戊戌變法的第四天，翁同龢突然被光緒帝下令開缺回籍。由於他是光緒的授讀師傅、身邊最親近的大臣，因此他的開缺引起了人們的種種猜測。張孝若在《南通張季直先生傳記》中說：「帝……此時已懷了變政的決心，覺得翁公過於持重，常常掣他的肘，心上也不願意，遂……去翁。」張孝若這樣說，所持依據主要是翁同龢本人的日記記載。翁在日記中曾提到他在開缺前曾因為兩件事「與帝不協」，為光緒所不滿。一件是德國親王亨利二世來華的接待禮節問題。光緒主張「行西禮」、「宮中召見」，翁「力持不可」，「上皆駁之，盛怒」。
一件是光緒帝要他通知康有為將《明治變政考》等書再抄一份進呈，翁對以「臣以康素不往來」，「此人居心叵測」，於是「上怒詰責」。恰好這時安徽布政使於蔭霖疏劾翁同龢、張蔭桓，於是帝乃將翁「解組歸田，以示保全」。但有人對這一說法表示異議，認為僅此還不足以構成光緒帝將翁同龢開缺的理由，並否認這種說法。蘇繼祖在《清廷戊戌朝變記》中記：光緒對翁的開缺，事前毫不知情，說帝在宣讀此詔時「戰慄變色」，「驚魂萬里，涕淚千行」。另外，從翁同龢開缺的當天晚上，光緒仍令太監將端午節賞賜給軍機大臣的葛紗圍帽等物賞給翁同龢一事來看，下令將翁同龢開缺的似乎也不像是光緒帝。一說翁同龢開缺回籍是榮祿、剛毅等人挾嫌報復。胡思敬在《戊戌履霜錄》（卷四）中說：「同龢舊與榮祿不協，剛毅誦奏疏，誤讀劉鼒（音zi）名為劉才，復為同龢所誚，剛毅引為大恥。及（康）有為敗，……二人比而讒之。「持這種說法的人還相當多。《滿清稗史。聞見錄》裡說：」常熟丟官，時人多認為實木訥（指剛毅）主之。「直至今天，還有人這麼說。鄭逸梅在《藝林散葉》中說：」翁松禪由榮祿媒孽傾陷而被黜。「翁同龢與榮祿是結拜兄弟，剛毅是翁同龢在刑部時的屬員，是翁同龢一手大力提拔起來的，但彼此交惡已久，矛盾根深。據說戊戌政變的當天，剛毅曾在太后面前進言將翁同龢誅殺或充軍戍邊，後因王文韶、廖壽恆等人諫阻，才改為革職編管。從這些來看，並不排除榮、剛」媒孽傾陷「的可能性。但也有人不同意這種說法，併力白無之。陳夔龍在《夢蕉亭雜記》中就竭力為榮祿洗刷，說」維時上怒不測，幸榮文忠造膝婉陳「，翁方得以」倖免「（指免誅戮和充軍）。
一說下令將翁同龢開缺回籍的是西太后。裘毓麔在《翁常熟去官之遠因》中說：「翁常熟去官，言人人殊，其實甲午後，慈眷尚隆，其失眷在丁酉（1897年）秋冬，有旨交戶部提款百萬，搭排雲殿綵棚，以萬壽期近也（後生朝十月初十日），常熟持不可，內務府某大臣希後旨，遽撥百萬與之。後意甚怒。
逾月，太后召見內務府大臣時，尚申詈常熟不置也。未幾常熟竟開缺。（《清代軼聞》卷三）黃鴻壽在《清史紀事本末》一書中則說：「其時（指1898年6月）天津閱兵廢立之謀漸有所聞，同龢密言於帝，太后偵知之，遂命開缺回籍。」梁啟超給夏曾佑的信也說：「翁以阻天津之幸，至見擯逐。」（《梁啟超年譜長編》）聯想到翁同龢甲午年間主戰、疏請停罷慶典，移祝壽費為戰費及維新變法初期贊襄光緒帝變法的活動表現，再證之翁同龢開缺諭旨中的「至甲午中東一役信口侈陳，任意慫恿」，「今春力陳變法，濫保非人」的「罪名」，這一說法是頗有道理的。
翁同龢究竟緣何開缺？至今眾說紛壇，尚待人們作進一步的研究。
（謝俊美）