李贄，號卓吾，別署溫陵居士等名。福建泉州晉江人，生於公元1527年。嘉靖三十一年舉人，官至雲南姚安知府，54歲時辭去官職，專心著書講學，是明代的著名思想家和文學家。他在思想上主要是繼承和發展了泰州學派王艮、顏山農、何心隱等人的進步思想。明神宗萬曆三十年閏二月，因禮部都給事中張問達上疏彈劾，他被逮下獄，翌日，憤然自殺於獄中。對於他下獄的原因，是純粹由於他自身緣故，還是他人的加害？人們有著不同的看法。
一種說法認為，李贄入獄純粹是出於他自身的原因。他思想激進，銳利的鋒芒刺痛了明代統治者，因而遭了罪。李卓吾公開以「異端」自居，經常直言不諱地激烈抨擊被奉為聖典的孔孟之道，認為《六經》、《論語》、《孟子》並非「萬世之至論」，堅決反對「鹹以孔子的是非為是非」，說孔、孟的話都是在一定的情景下說出來的，是受到時代和環境的限制的；又認為所謂「存天理，滅人欲」只不過是極其虛偽的說教，因之，他竭力主張尊重人所各具有的天然情性。在《焚書。復京中友朋書》中，他說：「天下之人，本與仁者一般，聖人不曾高，眾人不曾低」；而在《明燈道古錄》中，他又說：「堯舜與途人一，聖人與眾人一。」大膽地把聖人和眾人等同起來，直接地對抗著森嚴的封建等級制度。這一切，客觀地反映了當時廣大農民階級和新興的城市平民階層的要求。同時，也震驚了明代的統治者，所以，就以「敢倡亂道」罪系獄了。張問達在彈劾李贄的疏中寫道：「李贄壯歲為官，晚年削髮，近又刻《藏書》、《焚書》、《卓吾大德》等書，流行海內，惑亂人心，以呂不韋、李園為智謀，以李斯為才力，以馮道為吏隱，以卓文君為善擇佳偶，以司馬光論弘羊欺武帝為可笑，以秦始皇為千古一帝，以孔子之是非為不足據，狂誕悖戾，未易枚舉，大都刺謬不經，不可不毀者也。」
這正代表了統治者的看法。
但是，周祖譔在他的《李贄下獄事探微》一文中對此說提出了異議，他認為，李贄的下獄和自殺，是沈一貫一手造成的。而沈一貫之所以加害於他，是為了阻止受詔而即將入京任次輔的沈鯉上任。沈一貫雖然想阻止沈鯉，但找不出沈鯉的不是之處，只好指使其近人張問達拿李贄開刀，次及當時名僧釋可真（即達觀），進而引出黃暉、陶石簣等親近沈鯉的朝士，最後牽連到沈鯉而達到其目的。周祖譔的證據是：在張問達彈劾李贄的疏中，於列數李贄之罪後，卻忽然筆鋒一轉，來了個「邇來縉紳大夫亦有捧咒念佛」者一段，周認為這是另有所指的，是想借李贄發端，以攻擊朝廷中的一部分信佛唸咒的縉紳大夫，因此，才建議對李贄「解發原籍治罪」，沒有置之於死地。李贄事發後不幾天，沈一貫的近人康丕揚就彈劾了達觀這位和李贄一同被時人稱為「二大教主」和「二導師」，並頗受慈聖皇太后和神宗器重的名僧，可見，張、康的塤箎和，確是「醉翁之意不在酒」。周又引沈德符的《萬曆野獲編。黃慎軒之逐》證實治李贄、達觀罪在於引出黃、陶二人的意圖，他在文中說：「壬寅（1602年）之春，禮部都給事中張誠宇問達耑劾李卓吾，其末段……蓋在暗攻黃慎軒及陶石簣諸公也。」
何以知道沈一貫最終的目的在於除去沈鯉呢？周引《明史。沈鯉傳》為證：（沈）一貫以士心夙附鯉，深忌之。貽書李三才曰：「歸德公（沈鯉邑名）來，必奪吾位，將何以備之？『」但是李三才回信說沈鯉是很好共事的人，所以沈一貫也並恨沈鯉和李三才了。他在毫無辦法之時，就找李贄開刀，企望成事，但無奈李贄、達觀均相繼自殺，未能成遂所願。沈鯉進京後，沈一貫還是不放過他，於三十一年一手操縱了楚宗、妖書二案，矛頭就直對著沈鯉。在妖書一案中，只因皇太子的請求和部分廷臣諫諍，才使得沈一貫的陰謀最終失敗。很明顯，周祖譔意思是說統治集團為了爭權奪利強加罪名於李贄，使李贄成了犧牲品，李贄的罪並非他自己以身試法招致的。
沈德符也認為李贄的下獄確出於沈一貫一人的歹毒之心，但是，他說沈一貫加害李贄，並不是因為沈一貫要排擠、打擊沈鯉，而是因為沈一貫聽說李贄著書詆毀他，因而恨之入骨，所以，就有恃無恐地指使張問達彈劾李贄。由於各個論點均有證據，因之各不相讓，所以李贄的下獄緣由至今仍難定論。（寧直）